Changeset 2015


Ignore:
Timestamp:
07/17/09 20:50:11 (3 years ago)
Author:
mswertz
Message:

regenerated

Location:
molgenis3_3_distro
Files:
9 added
4 deleted
84 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis3_3_distro/WebContent/META-INF/context.xml

    r1997 r2015  
    1010                url="jdbc:mysql://localhost/molgenis?innodb_autoinc_lock_mode=2"  
    1111                removeAbandoned="true" 
    12                 maxActive="1000"  
    13                 maxIdle="200"/>          
     12                maxActive="8"  
     13                maxIdle="4"/>            
    1414</Context> 

  • molgenis3_3_distro/WebContent/doc/entity-uml-diagram.dot

    r1980 r2015  
    66                rankdir="BT" 
    77                bgcolor = "grey"   
     8                labelfloat = "true" 
     9                mode = "hier" 
     10                overlap = "false" 
     11                splines = "false" 
     12                clusterrank = "global" 
    813 
    914        node [ 
    … …  
    3843                                        color = "black" 
    3944                 
    40                         label = "{Experiment\n implements Identifiable|Id : int\lName : string\lDescription : text\lDate : date\l}" 
     45                        label = "{Experiment\n implements Identifiable|Description : text\lDate : date\l}" 
    4146                ] 
    4247                "Sample" [ 
    … …  
    4752                                        color = "black" 
    4853                 
    49                         label = "{Sample\n implements Identifiable|Id : int\lName : string\lSpecies : string\lTissue : string\lSex : enum\lExperiment : xref(Experiment.Id)\l}" 
     54                        label = "{Sample\n implements Identifiable|Species : string\lTissue : string\lSex : enum\lExperiment : xref(Experiment.Id)\l}" 
    5055                ] 
    5156                "SpecialSample" [ 
    … …  
    5661                                        color = "black" 
    5762                 
    58                         label = "{SpecialSample\n extends Sample|Id : int\lName : string\lSpecies : string\lTissue : string\lSex : enum\lExperiment : xref(Experiment.Id)\ldetail : string\l}" 
     63                        label = "{SpecialSample\n extends Sample|detail : string\l}" 
    5964                ] 
    6065                "Trait" [ 
    … …  
    6570                                        color = "black" 
    6671                 
    67                         label = "{Trait\n implements Identifiable|Id : int\lName : string\lMolcular : bool\lExperiment : xref(Experiment.Id)\l}" 
     72                        label = "{Trait\n implements Identifiable|Molcular : bool\lExperiment : xref(Experiment.Id)\l}" 
    6873                ] 
    6974                "Measurement" [ 
    … …  
    7479                                        color = "black" 
    7580                 
    76                         label = "{Measurement\n implements Identifiable|Id : int\lName : string\lExperiment : xref(Experiment.Id)\lDataFile : file\l}" 
     81                        label = "{Measurement\n implements Identifiable|Experiment : xref(Experiment.Id)\lDataFile : file\l}" 
    7782                ] 
    7883                "Data" [ 
    … …  
    127132                color = "#808080" 
    128133        ] 
    129         "Experiment" -> "Identifiable" 
    130         "Sample" -> "Identifiable" 
    131         "Trait" -> "Identifiable" 
    132         "Measurement" -> "Identifiable" 
    133134 
    134135/*inheritance relationships*/ 
    … …  
    142143        edge [ 
    143144                arrowhead = "open" 
    144                 headlabel = "one" 
    145                 taillabel = "many" 
     145                arrowsize = 0.6 
    146146        ] 
    147                 "Sample" -> "Experiment" 
    148                 "Trait" -> "Experiment" 
    149                 "Measurement" -> "Experiment" 
    150                 "Data" -> "Measurement" 
    151                 "Data" -> "Sample" 
    152                 "Data" -> "Trait" 
    153                 "RoleEntityPermission" -> "Role" 
    154                 "RoleEntityPermission" -> "Entity" 
     147                "Sample" -> "Experiment" [ 
     148                        headlabel = "1" 
     149                        taillabel = "*" 
     150                ] 
     151                "Trait" -> "Experiment" [ 
     152                        headlabel = "1" 
     153                        taillabel = "*" 
     154                ] 
     155                "Measurement" -> "Experiment" [ 
     156                        headlabel = "1" 
     157                        taillabel = "*" 
     158                ] 
     159                "Data" -> "Measurement" [ 
     160                        headlabel = "1" 
     161                        taillabel = "*" 
     162                ] 
     163                "Data" -> "Sample" [ 
     164                        headlabel = "1" 
     165                        taillabel = "*" 
     166                ] 
     167                "Data" -> "Trait" [ 
     168                        headlabel = "1" 
     169                        taillabel = "*" 
     170                ] 
     171                "RoleEntityPermission" -> "Role" [ 
     172                        headlabel = "1" 
     173                        taillabel = "*" 
     174                ] 
     175                "RoleEntityPermission" -> "Entity" [ 
     176                        headlabel = "1" 
     177                        taillabel = "*" 
     178                ] 
    155179         
    156180         
    157181/*many to many 'mref' foreign key relationships*/ 
    158182        edge [ 
    159              arrowhead = "none" 
     183             arrowhead = "open" 
    160184             arrowtail = "open" 
    161185             color = "black" 
    162              headlabel = "many" 
    163              taillabel = "many" 
     186             taillabel = "*" 
     187             arrowsize = 0.6 
     188             rank = "same" 
    164189        ] 
    165                 "Role" -> "User" 
     190                "User" -> "Role" [ 
     191                        taillabel = "*"               
     192                        headlabel = "*" 
     193                        ] 
    166194} 

  • molgenis3_3_distro/WebContent/doc/objectmodel.html

    r1980 r2015  
    5656<body> 
    5757<h1><a name="_top_of_page">My First MOLGENIS</a> documentation.</h1> 
    58 <!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    5958This is an minimal example database to show how 
    6059                MOLGENIS works. The purpose of this example database is to 
    … …  
    8584<h3><a name="Identifiable">Identifiable</a> (interface).  
    8685</h3> 
    87 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    88 For modeling purposes only (denoted by 
     86<p>For modeling purposes only (denoted by 
    8987                        abstract='true', this entity defines fields id and name centrally. 
    9088                 
    … …  
    139137<h3><a name="Experiment">Experiment</a>  
    140138</h3> 
    141 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    142 Summary of an experiment. 
     139<p>Summary of an experiment. 
    143140</p> 
    144141<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
    … …  
    155152         
    156153        <!-- all the fields --> 
    157         <tr  > 
    158                 <td style="color:#000000">Id</td> 
    159                 <td style="color:#000000">int</td> 
    160                 <td style="color:#000000">autogenerated id number (autoid)</td> 
    161                 <td style="color:#000000"> 
    162  
    163 not null,  
    164 auto,           </td> 
    165         </tr> 
    166154        <tr  > 
    167155                <td style="color:#000000">Name</td> 
    … …  
    213201<h3><a name="Sample">Sample</a>  
    214202</h3> 
    215 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    216 Samples that are part of an experiment. 
     203<p>Samples that are part of an experiment. 
    217204                 
    218205</p> 
    … …  
    230217         
    231218        <!-- all the fields --> 
    232         <tr  > 
    233                 <td style="color:#000000">Id</td> 
    234                 <td style="color:#000000">int</td> 
    235                 <td style="color:#000000">autogenerated id number (autoid)</td> 
    236                 <td style="color:#000000"> 
    237  
    238 not null,  
    239 auto,           </td> 
    240         </tr> 
    241219        <tr  > 
    242220                <td style="color:#000000">Name</td> 
    … …  
    322300         
    323301        <!-- all the fields --> 
    324         <tr  > 
    325                 <td style="color:#333333; font-style:italic;">Id*</td> 
    326                 <td style="color:#333333; font-style:italic;">int</td> 
    327                 <td style="color:#333333; font-style:italic;">autogenerated id number (autoid)</td> 
    328                 <td style="color:#333333; font-style:italic;"> 
    329  
    330 not null,  
    331 auto,           </td> 
    332         </tr> 
    333302        <tr  > 
    334303                <td style="color:#333333; font-style:italic;">Name*</td> 
    … …  
    401370<h3><a name="Trait">Trait</a>  
    402371</h3> 
    403 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    404 Traits that are studied in this experiment. 
     372<p>Traits that are studied in this experiment. 
    405373                 
    406374</p> 
    … …  
    418386         
    419387        <!-- all the fields --> 
    420         <tr  > 
    421                 <td style="color:#000000">Id</td> 
    422                 <td style="color:#000000">int</td> 
    423                 <td style="color:#000000">autogenerated id number (autoid)</td> 
    424                 <td style="color:#000000"> 
    425  
    426 not null,  
    427 auto,           </td> 
    428         </tr> 
    429388        <tr  > 
    430389                <td style="color:#000000">Name</td> 
    … …  
    477436<h3><a name="Measurement">Measurement</a>  
    478437</h3> 
    479 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    480 Measurements (i.e. set of trait observations 
     438<p>Measurements (i.e. set of trait observations 
    481439                        per sample) that are part of an experiment. 
    482440</p> 
    … …  
    494452         
    495453        <!-- all the fields --> 
    496         <tr  > 
    497                 <td style="color:#000000">Id</td> 
    498                 <td style="color:#000000">int</td> 
    499                 <td style="color:#000000">autogenerated id number (autoid)</td> 
    500                 <td style="color:#000000"> 
    501  
    502 not null,  
    503 auto,           </td> 
    504         </tr> 
    505454        <tr  > 
    506455                <td style="color:#000000">Name</td> 
    … …  
    553502<h3><a name="Data">Data</a>  
    554503</h3> 
    555 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    556 Data values (observations) of a measurement. Note: 
     504<p>Data values (observations) of a measurement. Note: 
    557505                        Data doesn't inherit from Identifiable because it has no unique name. 
    558506                 
    … …  
    764712<h3><a name="Entity">Entity</a>  
    765713</h3> 
    766 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    767 Catalog of entity names 
     714<p>Catalog of entity names 
    768715</p> 
    769716<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
    … …  
    812759<h3><a name="RoleEntityPermission">RoleEntityPermission</a>  
    813760</h3> 
    814 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    815 Assign rights on entities to roles. 
     761<p>Assign rights on entities to roles. 
    816762</p> 
    817763<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
    … …  
    886832<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
    887833 
    888 <div align="center">Documentation generated on May 22, 2009 by MOLGENIS <a href="http://www.molgenis.org">http://www.molgenis.org</a></div> 
     834<div align="center">Documentation generated on July 17, 2009 by MOLGENIS <a href="http://www.molgenis.org">http://www.molgenis.org</a></div> 
    889835</body></html> 
    890836 

  • molgenis3_3_distro/WebContent/doc/tabledoc.html

    r1980 r2015  
    7070<h2>Table: <a name="Identifiable">Identifiable</a> (interface).  
    7171</h2> 
    72 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    73 For modeling purposes only (denoted by 
     72<p>For modeling purposes only (denoted by 
    7473                        abstract='true', this entity defines fields id and name centrally. 
    7574                 
    … …  
    127126<h2>Table: <a name="Experiment">Experiment</a>  
    128127</h2> 
    129 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    130 Summary of an experiment. 
     128<p>Summary of an experiment. 
    131129</p> 
    132130<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
    … …  
    196194<h2>Table: <a name="Sample">Sample</a>  
    197195</h2> 
    198 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    199 Samples that are part of an experiment. 
     196<p>Samples that are part of an experiment. 
    200197                 
    201198</p> 
    … …  
    345342<h2>Table: <a name="Trait">Trait</a>  
    346343</h2> 
    347 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    348 Traits that are studied in this experiment. 
     344<p>Traits that are studied in this experiment. 
    349345                 
    350346</p> 
    … …  
    415411<h2>Table: <a name="Measurement">Measurement</a>  
    416412</h2> 
    417 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    418 Measurements (i.e. set of trait observations 
     413<p>Measurements (i.e. set of trait observations 
    419414                        per sample) that are part of an experiment. 
    420415</p> 
    … …  
    485480<h2>Table: <a name="Data">Data</a>  
    486481</h2> 
    487 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    488 Data values (observations) of a measurement. Note: 
     482<p>Data values (observations) of a measurement. Note: 
    489483                        Data doesn't inherit from Identifiable because it has no unique name. 
    490484                 
    … …  
    708702<h2>Table: <a name="Entity">Entity</a>  
    709703</h2> 
    710 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    711 Catalog of entity names 
     704<p>Catalog of entity names 
    712705</p> 
    713706<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
    … …  
    759752<h2>Table: <a name="RoleEntityPermission">RoleEntityPermission</a>  
    760753</h2> 
    761 <p><!DOCTYPE description SYSTEM "/Development/Molgenis33Workspace/molgenis3_3_distro/molgenis.dtd"> 
    762 Assign rights on entities to roles. 
     754<p>Assign rights on entities to roles. 
    763755</p> 
    764756<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/MolgenisServlet.java

    r1952 r2015  
    11/* 
    22 * Created by: org.molgenis.generators.servlet.MolgenisServletGen 
    3  * Date: April 30, 2009 
     3 * Date: July 17, 2009 
    44 */ 
     5 
    56import java.io.File; 
    67 
    7 import javax.naming.InitialContext; 
    88import javax.naming.NamingException; 
    99import javax.servlet.http.HttpServletRequest; 
     10import javax.sql.DataSource; 
    1011 
    11 import org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource; 
    1212import org.molgenis.framework.Database; 
    13 import org.molgenis.framework.auth.Login; 
    14 import org.molgenis.framework.auth.SimpleLogin; 
     13import org.molgenis.framework.security.Security; 
    1514import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    16 import org.molgenis.framework.data.jdbc.datasource.JndiDataSourceWrapper; 
    1715import org.molgenis.framework.screen.UserInterface; 
    1816import org.molgenis.framework.server.AbstractMolgenisServlet; 
     17 
     18import org.molgenis.framework.data.jdbc.datasource.JndiDataSourceWrapper; 
    1919 
    2020public class MolgenisServlet extends AbstractMolgenisServlet 
    … …  
    2323        private static final long serialVersionUID = 3141439968743510237L; 
    2424        /** */ 
    25         private Database database = null; 
    2625 
    2726        public Database getDatabase() throws DatabaseException, NamingException 
    2827        { 
    29                 //get from JNDI (only first time, then cached) 
    30                 if(database == null) 
    31                 { 
    32                         String jndiName = "java:comp/env/jdbc/molgenisdb"; 
    33                         //InitialContext context = new InitialContext();                                 
    34                         //BasicDataSource dsource = (BasicDataSource) context.lookup( jndiName ); 
    35                         //database = new example.data.JDBCDatabase(dsource, new File("null")); 
    36                         JndiDataSourceWrapper source = new JndiDataSourceWrapper(jndiName); 
    37                         database = new example.JDBCDatabase(source, new File("null")); 
    38                 } 
     28                //The datasource is created by the servletcontext!               
     29                DataSource dataSource = (DataSource)getServletContext().getAttribute("DataSource"); 
     30                return new example.JDBCDatabase(dataSource, new File("null")); 
    3931                 
    40                 return database; 
     32                //TOMCAT 
     33                //String jndiName = "java:comp/env/jdbc/molgenisdb"; 
     34                //JndiDataSourceWrapper source = new JndiDataSourceWrapper(jndiName); 
     35                //return new example.JDBCDatabase(source, new File("attachedfiles")); 
     36         
     37                //GLASSFISH 
     38                //DataSource dataSource = (DataSource)getServletContext().getAttribute("DataSource"); 
     39                //return new example.JDBCDatabase(dataSource, new File("null")); 
    4140        } 
    4241 
    43         public Login createLogin( Database db, HttpServletRequest request ) 
     42        public Security createLogin( Database db, HttpServletRequest request ) 
    4443        { 
    45                 return new SimpleLogin(); 
     44                return new org.molgenis.framework.security.SimpleSecurity(); 
    4645        } 
    4746 
    48         public UserInterface createApplication( Database db, Login userLogin ) 
     47        public UserInterface createApplication( Security userLogin ) 
    4948        { 
    50                 UserInterface app = new UserInterface(db,userLogin); 
     49                UserInterface app = new UserInterface( userLogin); 
    5150                app.setLabel("My First MOLGENIS"); 
    5251                app.setVersion("3.3.0-testing"); 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/JDBCDatabase.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/JDBCDatabase 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.JDBCDatabaseGen 3.3.0-testing 
    … …  
    3030        public JDBCDatabase(DataSourceWrapper data_src, File file_src) throws DatabaseException 
    3131        { 
    32                 super(data_src, file_src); 
     32                super(data_src, file_src, new JDBCMetaDatabase()); 
    3333                this.setup(); 
    3434        } 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/JDBCMetaDatabase.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/JDBCDatabase 
    22 * Copyright:   Inventory 2000-2.009, GBIC 2002-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.JDBCMetaDatabaseGen 3.3.0-testing 
    … …  
    99package example; 
    1010 
     11import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    1112import org.molgenis.model.syntax.Entity; 
    1213import org.molgenis.model.syntax.Model; 
    … …  
    1415import org.molgenis.model.parser.MolgenisModelException; 
    1516 
     17/** 
     18 * This class is an in memory representation of the contents of your *_db.xml file 
     19 * Utility of this class is to allow for dynamic querying and/or user interfacing 
     20 * for example within a query tool or a security module. 
     21 */ 
    1622public class JDBCMetaDatabase extends Model 
    1723{ 
    18         public JDBCMetaDatabase()  throws MolgenisModelException 
     24        public JDBCMetaDatabase() throws DatabaseException 
    1925        { 
    2026                super("example"); 
    21                 Entity Identifiable_entity = new Entity("Identifiable",this.getDatabase()); 
    22                 Identifiable_entity.setImplements(new String[]{}); 
    23                 Field Identifiable_Id_field = new Field(Identifiable_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    24                  
    25                 Identifiable_entity.addField(Identifiable_Id_field); 
    26                 Field Identifiable_Name_field = new Field(Identifiable_entity, "Name", Field.Type.getType("string")); 
    27                  
    28                 Identifiable_entity.addField(Identifiable_Name_field); 
    29                  
    30                  
    31                 Entity Experiment_entity = new Entity("Experiment",this.getDatabase()); 
    32                 Experiment_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
    33                 Field Experiment_Description_field = new Field(Experiment_entity, "Description", Field.Type.getType("text")); 
    34                  
    35                 Experiment_entity.addField(Experiment_Description_field); 
    36                 Field Experiment_Date_field = new Field(Experiment_entity, "Date", Field.Type.getType("date")); 
    37                  
    38                 Experiment_entity.addField(Experiment_Date_field); 
    39                 Field Experiment_Id_field = new Field(Experiment_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    40                  
    41                 Experiment_entity.addField(Experiment_Id_field); 
    42                  
    43                  
    44                 Entity Sample_entity = new Entity("Sample",this.getDatabase()); 
    45                 Sample_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
    46                 Field Sample_type_field = new Field(Sample_entity, "type", Field.Type.getType("enum")); 
    47                  
    48                 Sample_entity.addField(Sample_type_field); 
    49                 Field Sample_Species_field = new Field(Sample_entity, "Species", Field.Type.getType("string")); 
    50                  
    51                 Sample_entity.addField(Sample_Species_field); 
    52                 Field Sample_Tissue_field = new Field(Sample_entity, "Tissue", Field.Type.getType("string")); 
    53                  
    54                 Sample_entity.addField(Sample_Tissue_field); 
    55                 Field Sample_Sex_field = new Field(Sample_entity, "Sex", Field.Type.getType("enum")); 
    56                  
    57                 Sample_entity.addField(Sample_Sex_field); 
    58                 Field Sample_Experiment_field = new Field(Sample_entity, "Experiment", Field.Type.getType("xref")); 
    59                 Sample_Experiment_field.setXRefVariables("Experiment", "Id","Name"); 
    60                 Sample_entity.addField(Sample_Experiment_field); 
    61                 Field Sample_Id_field = new Field(Sample_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    62                  
    63                 Sample_entity.addField(Sample_Id_field); 
    64                  
    65                  
    66                 Entity SpecialSample_entity = new Entity("SpecialSample",this.getDatabase()); 
    67                 SpecialSample_entity.setImplements(new String[]{}); 
    68                 Field SpecialSample_detail_field = new Field(SpecialSample_entity, "detail", Field.Type.getType("string")); 
    69                  
    70                 SpecialSample_entity.addField(SpecialSample_detail_field); 
    71                 Field SpecialSample_Id_field = new Field(SpecialSample_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    72                  
    73                 SpecialSample_entity.addField(SpecialSample_Id_field); 
    74                  
    75                  
    76                 Entity Trait_entity = new Entity("Trait",this.getDatabase()); 
    77                 Trait_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
    78                 Field Trait_Molcular_field = new Field(Trait_entity, "Molcular", Field.Type.getType("bool")); 
    79                  
    80                 Trait_entity.addField(Trait_Molcular_field); 
    81                 Field Trait_Experiment_field = new Field(Trait_entity, "Experiment", Field.Type.getType("xref")); 
    82                 Trait_Experiment_field.setXRefVariables("Experiment", "Id","Name"); 
    83                 Trait_entity.addField(Trait_Experiment_field); 
    84                 Field Trait_Id_field = new Field(Trait_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    85                  
    86                 Trait_entity.addField(Trait_Id_field); 
    87                  
    88                  
    89                 Entity Measurement_entity = new Entity("Measurement",this.getDatabase()); 
    90                 Measurement_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
    91                 Field Measurement_Experiment_field = new Field(Measurement_entity, "Experiment", Field.Type.getType("xref")); 
    92                 Measurement_Experiment_field.setXRefVariables("Experiment", "Id","Name"); 
    93                 Measurement_entity.addField(Measurement_Experiment_field); 
    94                 Field Measurement_DataFile_field = new Field(Measurement_entity, "DataFile", Field.Type.getType("file")); 
    95                  
    96                 Measurement_entity.addField(Measurement_DataFile_field); 
    97                 Field Measurement_Id_field = new Field(Measurement_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    98                  
    99                 Measurement_entity.addField(Measurement_Id_field); 
    100                  
    101                  
    102                 Entity Data_entity = new Entity("Data",this.getDatabase()); 
    103                 Data_entity.setImplements(new String[]{}); 
    104                 Field Data_Id_field = new Field(Data_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
    105                  
    106                 Data_entity.addField(Data_Id_field); 
    107                 Field Data_Measurement_field = new Field(Data_entity, "Measurement", Field.Type.getType("xref")); 
    108                 Data_Measurement_field.setXRefVariables("Measurement", "Id","Name"); 
    109                 Data_entity.addField(Data_Measurement_field); 
    110                 Field Data_Sample_field = new Field(Data_entity, "Sample", Field.Type.getType("xref")); 
    111                 Data_Sample_field.setXRefVariables("Sample", "Id","Name"); 
    112                 Data_entity.addField(Data_Sample_field); 
    113                 Field Data_Trait_field = new Field(Data_entity, "Trait", Field.Type.getType("xref")); 
    114                 Data_Trait_field.setXRefVariables("Trait", "Id","Name"); 
    115                 Data_entity.addField(Data_Trait_field); 
    116                 Field Data_Value_field = new Field(Data_entity, "Value", Field.Type.getType("string")); 
    117                  
    118                 Data_entity.addField(Data_Value_field); 
    119                  
    120                  
    121                 Entity Role_entity = new Entity("Role",this.getDatabase()); 
    122                 Role_entity.setImplements(new String[]{}); 
    123                 Field Role_id_field = new Field(Role_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
    124                  
    125                 Role_entity.addField(Role_id_field); 
    126                 Field Role_name_field = new Field(Role_entity, "name", Field.Type.getType("string")); 
    127                  
    128                 Role_entity.addField(Role_name_field); 
    129                 Field Role_superuser_field = new Field(Role_entity, "superuser", Field.Type.getType("bool")); 
    130                  
    131                 Role_entity.addField(Role_superuser_field); 
    132                  
    133                  
    134                 Entity User_entity = new Entity("User",this.getDatabase()); 
    135                 User_entity.setImplements(new String[]{}); 
    136                 Field User_id_field = new Field(User_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
    137                  
    138                 User_entity.addField(User_id_field); 
    139                 Field User_name_field = new Field(User_entity, "name", Field.Type.getType("string")); 
    140                  
    141                 User_entity.addField(User_name_field); 
    142                 Field User_password_field = new Field(User_entity, "password", Field.Type.getType("string")); 
    143                  
    144                 User_entity.addField(User_password_field); 
    145                 Field User_roles_field = new Field(User_entity, "roles", Field.Type.getType("mref")); 
    146                 User_roles_field.setXRefVariables("Role", "id","name"); 
    147                 User_entity.addField(User_roles_field); 
    148                  
    149                  
    150                 Entity Entity_entity = new Entity("Entity",this.getDatabase()); 
    151                 Entity_entity.setImplements(new String[]{}); 
    152                 Field Entity_id_field = new Field(Entity_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
    153                  
    154                 Entity_entity.addField(Entity_id_field); 
    155                 Field Entity_className_field = new Field(Entity_entity, "className", Field.Type.getType("string")); 
    156                  
    157                 Entity_entity.addField(Entity_className_field); 
    158                  
    159                  
    160                 Entity RoleEntityPermission_entity = new Entity("RoleEntityPermission",this.getDatabase()); 
    161                 RoleEntityPermission_entity.setImplements(new String[]{}); 
    162                 Field RoleEntityPermission_id_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
    163                  
    164                 RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_id_field); 
    165                 Field RoleEntityPermission_role_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "role", Field.Type.getType("xref")); 
    166                 RoleEntityPermission_role_field.setXRefVariables("Role", "id","name"); 
    167                 RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_role_field); 
    168                 Field RoleEntityPermission_entity_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "entity", Field.Type.getType("xref")); 
    169                 RoleEntityPermission_entity_field.setXRefVariables("Entity", "id","className"); 
    170                 RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_entity_field); 
    171                 Field RoleEntityPermission_permission_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "permission", Field.Type.getType("enum")); 
    172                  
    173                 RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_permission_field); 
    174                  
    175                  
    176                 Entity User_roles_entity = new Entity("User_roles",this.getDatabase()); 
    177                 User_roles_entity.setImplements(new String[]{}); 
    178                 Field User_roles_Role_field = new Field(User_roles_entity, "Role", Field.Type.getType("xref")); 
    179                 User_roles_Role_field.setXRefVariables("Role", "id","name"); 
    180                 User_roles_entity.addField(User_roles_Role_field); 
    181                 Field User_roles_User_field = new Field(User_roles_entity, "User", Field.Type.getType("xref")); 
    182                 User_roles_User_field.setXRefVariables("User", "id","id"); 
    183                 User_roles_entity.addField(User_roles_User_field); 
    184                  
    185                  
     27                try 
     28                { 
     29                        Entity Identifiable_entity = new Entity("Identifiable",this.getDatabase()); 
     30                        Field Identifiable_Id_field = new Field(Identifiable_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     31                         
     32                        Identifiable_entity.addField(Identifiable_Id_field); 
     33                        Field Identifiable_Name_field = new Field(Identifiable_entity, "Name", Field.Type.getType("string")); 
     34                         
     35                        Identifiable_entity.addField(Identifiable_Name_field); 
     36                        Identifiable_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     37                        Identifiable_entity.addKey(new String[]{"Name"},false,""); 
     38                         
     39                         
     40                        Entity Experiment_entity = new Entity("Experiment",this.getDatabase()); 
     41                        Experiment_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
     42                        Field Experiment_Description_field = new Field(Experiment_entity, "Description", Field.Type.getType("text")); 
     43                         
     44                        Experiment_entity.addField(Experiment_Description_field); 
     45                        Field Experiment_Date_field = new Field(Experiment_entity, "Date", Field.Type.getType("date")); 
     46                         
     47                        Experiment_entity.addField(Experiment_Date_field); 
     48                        Field Experiment_Id_field = new Field(Experiment_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     49                         
     50                        Experiment_entity.addField(Experiment_Id_field); 
     51                        Experiment_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     52                        Experiment_entity.addKey(new String[]{"Name"},false,""); 
     53                        Experiment_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     54                         
     55                         
     56                        Entity Sample_entity = new Entity("Sample",this.getDatabase()); 
     57                        Sample_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
     58                        Field Sample_type_field = new Field(Sample_entity, "type", Field.Type.getType("enum")); 
     59                         
     60                        Sample_entity.addField(Sample_type_field); 
     61                        Field Sample_Species_field = new Field(Sample_entity, "Species", Field.Type.getType("string")); 
     62                         
     63                        Sample_entity.addField(Sample_Species_field); 
     64                        Field Sample_Tissue_field = new Field(Sample_entity, "Tissue", Field.Type.getType("string")); 
     65                         
     66                        Sample_entity.addField(Sample_Tissue_field); 
     67                        Field Sample_Sex_field = new Field(Sample_entity, "Sex", Field.Type.getType("enum")); 
     68                         
     69                        Sample_entity.addField(Sample_Sex_field); 
     70                        Field Sample_Experiment_field = new Field(Sample_entity, "Experiment", Field.Type.getType("xref")); 
     71                        Sample_Experiment_field.setXRefVariables("Experiment", "Id","Name"); 
     72                        Sample_entity.addField(Sample_Experiment_field); 
     73                        Field Sample_Id_field = new Field(Sample_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     74                         
     75                        Sample_entity.addField(Sample_Id_field); 
     76                        Sample_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     77                        Sample_entity.addKey(new String[]{"Name"},false,""); 
     78                        Sample_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     79                         
     80                         
     81                        Entity SpecialSample_entity = new Entity("SpecialSample",this.getDatabase()); 
     82                        SpecialSample_entity.setParents(new String[]{"Sample"}); 
     83                        Field SpecialSample_detail_field = new Field(SpecialSample_entity, "detail", Field.Type.getType("string")); 
     84                         
     85                        SpecialSample_entity.addField(SpecialSample_detail_field); 
     86                        Field SpecialSample_Id_field = new Field(SpecialSample_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     87                         
     88                        SpecialSample_entity.addField(SpecialSample_Id_field); 
     89                        SpecialSample_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     90                         
     91                         
     92                        Entity Trait_entity = new Entity("Trait",this.getDatabase()); 
     93                        Trait_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
     94                        Field Trait_Molcular_field = new Field(Trait_entity, "Molcular", Field.Type.getType("bool")); 
     95                         
     96                        Trait_entity.addField(Trait_Molcular_field); 
     97                        Field Trait_Experiment_field = new Field(Trait_entity, "Experiment", Field.Type.getType("xref")); 
     98                        Trait_Experiment_field.setXRefVariables("Experiment", "Id","Name"); 
     99                        Trait_entity.addField(Trait_Experiment_field); 
     100                        Field Trait_Id_field = new Field(Trait_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     101                         
     102                        Trait_entity.addField(Trait_Id_field); 
     103                        Trait_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     104                        Trait_entity.addKey(new String[]{"Name"},false,""); 
     105                        Trait_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     106                         
     107                         
     108                        Entity Measurement_entity = new Entity("Measurement",this.getDatabase()); 
     109                        Measurement_entity.setImplements(new String[]{"Identifiable"}); 
     110                        Field Measurement_Experiment_field = new Field(Measurement_entity, "Experiment", Field.Type.getType("xref")); 
     111                        Measurement_Experiment_field.setXRefVariables("Experiment", "Id","Name"); 
     112                        Measurement_entity.addField(Measurement_Experiment_field); 
     113                        Field Measurement_DataFile_field = new Field(Measurement_entity, "DataFile", Field.Type.getType("file")); 
     114                         
     115                        Measurement_entity.addField(Measurement_DataFile_field); 
     116                        Field Measurement_Id_field = new Field(Measurement_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     117                         
     118                        Measurement_entity.addField(Measurement_Id_field); 
     119                        Measurement_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     120                        Measurement_entity.addKey(new String[]{"Name"},false,""); 
     121                        Measurement_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     122                         
     123                         
     124                        Entity Data_entity = new Entity("Data",this.getDatabase()); 
     125                        Field Data_Id_field = new Field(Data_entity, "Id", Field.Type.getType("int")); 
     126                         
     127                        Data_entity.addField(Data_Id_field); 
     128                        Field Data_Measurement_field = new Field(Data_entity, "Measurement", Field.Type.getType("xref")); 
     129                        Data_Measurement_field.setXRefVariables("Measurement", "Id","Name"); 
     130                        Data_entity.addField(Data_Measurement_field); 
     131                        Field Data_Sample_field = new Field(Data_entity, "Sample", Field.Type.getType("xref")); 
     132                        Data_Sample_field.setXRefVariables("Sample", "Id","Name"); 
     133                        Data_entity.addField(Data_Sample_field); 
     134                        Field Data_Trait_field = new Field(Data_entity, "Trait", Field.Type.getType("xref")); 
     135                        Data_Trait_field.setXRefVariables("Trait", "Id","Name"); 
     136                        Data_entity.addField(Data_Trait_field); 
     137                        Field Data_Value_field = new Field(Data_entity, "Value", Field.Type.getType("string")); 
     138                         
     139                        Data_entity.addField(Data_Value_field); 
     140                        Data_entity.addKey(new String[]{"Id"},false,""); 
     141                        Data_entity.addKey(new String[]{"Measurement","Sample","Trait"},false,""); 
     142                         
     143                         
     144                        Entity Role_entity = new Entity("Role",this.getDatabase()); 
     145                        Field Role_id_field = new Field(Role_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     146                         
     147                        Role_entity.addField(Role_id_field); 
     148                        Field Role_name_field = new Field(Role_entity, "name", Field.Type.getType("string")); 
     149                         
     150                        Role_entity.addField(Role_name_field); 
     151                        Field Role_superuser_field = new Field(Role_entity, "superuser", Field.Type.getType("bool")); 
     152                         
     153                        Role_entity.addField(Role_superuser_field); 
     154                        Role_entity.addKey(new String[]{"id"},false,""); 
     155                        Role_entity.addKey(new String[]{"name"},false,""); 
     156                         
     157                         
     158                        Entity User_entity = new Entity("User",this.getDatabase()); 
     159                        Field User_id_field = new Field(User_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     160                         
     161                        User_entity.addField(User_id_field); 
     162                        Field User_name_field = new Field(User_entity, "name", Field.Type.getType("string")); 
     163                         
     164                        User_entity.addField(User_name_field); 
     165                        Field User_password_field = new Field(User_entity, "password", Field.Type.getType("string")); 
     166                         
     167                        User_entity.addField(User_password_field); 
     168                        Field User_roles_field = new Field(User_entity, "roles", Field.Type.getType("mref")); 
     169                        User_roles_field.setXRefVariables("Role", "id","name"); 
     170                        User_entity.addField(User_roles_field); 
     171                        User_entity.addKey(new String[]{"id"},false,""); 
     172                        User_entity.addKey(new String[]{"name"},false,""); 
     173                         
     174                         
     175                        Entity Entity_entity = new Entity("Entity",this.getDatabase()); 
     176                        Field Entity_id_field = new Field(Entity_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     177                         
     178                        Entity_entity.addField(Entity_id_field); 
     179                        Field Entity_className_field = new Field(Entity_entity, "className", Field.Type.getType("string")); 
     180                         
     181                        Entity_entity.addField(Entity_className_field); 
     182                        Entity_entity.addKey(new String[]{"id"},false,""); 
     183                         
     184                         
     185                        Entity RoleEntityPermission_entity = new Entity("RoleEntityPermission",this.getDatabase()); 
     186                        Field RoleEntityPermission_id_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     187                         
     188                        RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_id_field); 
     189                        Field RoleEntityPermission_role_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "role", Field.Type.getType("xref")); 
     190                        RoleEntityPermission_role_field.setXRefVariables("Role", "id","name"); 
     191                        RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_role_field); 
     192                        Field RoleEntityPermission_entity_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "entity", Field.Type.getType("xref")); 
     193                        RoleEntityPermission_entity_field.setXRefVariables("Entity", "id","className"); 
     194                        RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_entity_field); 
     195                        Field RoleEntityPermission_permission_field = new Field(RoleEntityPermission_entity, "permission", Field.Type.getType("enum")); 
     196                         
     197                        RoleEntityPermission_entity.addField(RoleEntityPermission_permission_field); 
     198                        RoleEntityPermission_entity.addKey(new String[]{"id"},false,""); 
     199                         
     200                         
     201                        Entity User_roles_entity = new Entity("User_roles",this.getDatabase()); 
     202                        Field User_roles_Role_field = new Field(User_roles_entity, "Role", Field.Type.getType("xref")); 
     203                        User_roles_Role_field.setXRefVariables("Role", "id","name"); 
     204                        User_roles_entity.addField(User_roles_Role_field); 
     205                        Field User_roles_User_field = new Field(User_roles_entity, "User", Field.Type.getType("xref")); 
     206                        User_roles_User_field.setXRefVariables("User", "id","id"); 
     207                        User_roles_entity.addField(User_roles_User_field); 
     208                        User_roles_entity.addKey(new String[]{"Role","User"},false,""); 
     209                         
     210                         
     211                } catch (MolgenisModelException e) 
     212                { 
     213                        throw new DatabaseException(e); 
     214                } 
    186215        } 
    187216} 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Data.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Data.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Entity.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Entity.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Experiment.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Experiment.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Measurement.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Measurement.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Role.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Role.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/RoleEntityPermission.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/RoleEntityPermission.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Sample.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Sample.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/SpecialSample.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/SpecialSample.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/Trait.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/Trait.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/User.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/User.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/R/User_roles.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\R/User_roles.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/InMemoryDatabase.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/JDBCDatabase 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.InMemoryDatabaseGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2626        public Model getMetaData() throws DatabaseException 
    2727        { 
    28                 try 
    29                 { 
    30                         return new JDBCMetaDatabase(); 
    31                 } 
    32                 catch (MolgenisModelException e) 
    33                 { 
    34                         // TODO Auto-generated catch block 
    35                         e.printStackTrace(); 
    36                         throw new DatabaseException(e); 
    37                 } 
     28                return new JDBCMetaDatabase(); 
    3829        } 
    3930} 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/DataCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Data.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/EntityCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Entity.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/ExperimentCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Experiment.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/MeasurementCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Measurement.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/RoleCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Role.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/RoleEntityPermissionCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/RoleEntityPermission.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/SampleCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Sample.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/SpecialSampleCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/SpecialSample.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/TraitCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Trait.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/UserCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/User.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/csv/User_rolesCsvReader.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/User_roles.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.data.csv.CsvReaderGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/DataMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Data.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    8082                          +", xref2.name AS trait_name" 
    8183                          +" FROM data " 
    82                           +" LEFT JOIN measurement AS xref0 ON data.measurement=xref0.id"                         +" LEFT JOIN sample AS xref1 ON data.sample=xref1.id"                   +" LEFT JOIN trait AS xref2 ON data.trait=xref2.id" 
    83                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     84                          +" LEFT JOIN measurement AS xref0 ON data.measurement=xref0.id"                         +" LEFT JOIN sample AS xref1 ON data.sample=xref1.id"                   +" LEFT JOIN trait AS xref2 ON data.trait=xref2.id"; 
    8485        }        
    8586 
    … …  
    9091                          +" LEFT JOIN measurement AS xref0 ON data.measurement=xref0.id" 
    9192                          +" LEFT JOIN sample AS xref1 ON data.sample=xref1.id" 
    92                           +" LEFT JOIN trait AS xref2 ON data.trait=xref2.id" 
    93                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     93                          +" LEFT JOIN trait AS xref2 ON data.trait=xref2.id"; 
    9494        } 
    9595         
    … …  
    9797        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9898        { 
    99                 if("Id".equals(fieldName)) return "data.id"; 
    100                 if("Measurement".equals(fieldName)) return "data.measurement"; 
    101                 if("Sample".equals(fieldName)) return "data.sample"; 
    102                 if("Trait".equals(fieldName)) return "data.trait"; 
    103                 if("Value".equals(fieldName)) return "data.value"; 
     99                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.id"; 
     100                if("Measurement".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.measurement"; 
     101                if("Sample".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.sample"; 
     102                if("Trait".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.trait"; 
     103                if("Value".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.value"; 
    104104                //alias for query on id field of xref entity 
    105                 if("Measurement_Id".equals(fieldName)) return "data.measurement"; 
     105                if("Measurement_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.measurement"; 
    106106                //alias for query on label of the xref entity 
    107                 if("Measurement_Name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     107                if("Measurement_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    108108                //alias for query on id field of xref entity 
    109                 if("Sample_Id".equals(fieldName)) return "data.sample"; 
     109                if("Sample_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.sample"; 
    110110                //alias for query on label of the xref entity 
    111                 if("Sample_Name".equals(fieldName)) return "xref1.name"; 
     111                if("Sample_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref1.name"; 
    112112                //alias for query on id field of xref entity 
    113                 if("Trait_Id".equals(fieldName)) return "data.trait"; 
     113                if("Trait_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "data.trait"; 
    114114                //alias for query on label of the xref entity 
    115                 if("Trait_Name".equals(fieldName)) return "xref2.name"; 
     115                if("Trait_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref2.name"; 
    116116                return fieldName; 
    117117        } 
    … …  
    120120        public Type getFieldType(String fieldName) 
    121121        { 
    122                 if("Id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    123                 if("Measurement".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    124                 if("Measurement_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    125                 if("Sample".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    126                 if("Sample_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    127                 if("Trait".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    128                 if("Trait_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    129                 if("Value".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     122                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     123                if("Measurement".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     124                if("Measurement_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     125                if("Sample".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     126                if("Sample_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     127                if("Trait".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     128                if("Trait_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     129                if("Value".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    130130                return Type.STRING; 
    131131        }                
    … …  
    196196        { 
    197197                entity.setId(i); 
    198         }        
     198        } 
     199         
     200        @Override 
     201        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     202        { 
     203                 
     204                { 
     205                        return rule; 
     206                } 
     207        } 
     208         
    199209        @Override 
    200210        public int executeAdd(List<Data> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/EntityMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Entity.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7072                          +", entity.classname" 
    7173                          +" FROM entity " 
    72  
    73                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     74; 
    7475        }        
    7576 
    … …  
    7778        {        
    7879                return "select count(*) as num_rows "  
    79                           +" FROM entity " 
    80                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     80                          +" FROM entity "; 
    8181        } 
    8282         
    … …  
    8484        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    8585        { 
    86                 if("id".equals(fieldName)) return "entity.id"; 
    87                 if("className".equals(fieldName)) return "entity.classname"; 
     86                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "entity.id"; 
     87                if("className".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "entity.classname"; 
    8888                return fieldName; 
    8989        } 
    … …  
    9292        public Type getFieldType(String fieldName) 
    9393        { 
    94                 if("id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    95                 if("className".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     94                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     95                if("className".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    9696                return Type.STRING; 
    9797        }                
    … …  
    105105        { 
    106106                entity.setId(i); 
    107         }        
     107        } 
     108         
     109        @Override 
     110        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     111        { 
     112                 
     113                { 
     114                        return rule; 
     115                } 
     116        } 
     117         
    108118        @Override 
    109119        public int executeAdd(List<Entity> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/ExperimentMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Experiment.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7274                          +", experiment.date" 
    7375                          +" FROM experiment " 
    74  
    75                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     76; 
    7677        }        
    7778 
    … …  
    7980        {        
    8081                return "select count(*) as num_rows "  
    81                           +" FROM experiment " 
    82                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     82                          +" FROM experiment "; 
    8383        } 
    8484         
    … …  
    8686        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    8787        { 
    88                 if("Id".equals(fieldName)) return "experiment.id"; 
    89                 if("Name".equals(fieldName)) return "experiment.name"; 
    90                 if("Description".equals(fieldName)) return "experiment.description"; 
    91                 if("Date".equals(fieldName)) return "experiment.date"; 
     88                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "experiment.id"; 
     89                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "experiment.name"; 
     90                if("Description".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "experiment.description"; 
     91                if("Date".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "experiment.date"; 
    9292                return fieldName; 
    9393        } 
    … …  
    9696        public Type getFieldType(String fieldName) 
    9797        { 
    98                 if("Id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    99                 if("Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    100                 if("Description".equals(fieldName)) return Type.TEXT; 
    101                 if("Date".equals(fieldName)) return Type.DATE; 
     98                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     99                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     100                if("Description".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.TEXT; 
     101                if("Date".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.DATE; 
    102102                return Type.STRING; 
    103103        }                
    … …  
    111111        { 
    112112                entity.setId(i); 
    113         }        
     113        } 
     114         
     115        @Override 
     116        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     117        { 
     118                 
     119                { 
     120                        return rule; 
     121                } 
     122        } 
     123         
    114124        @Override 
    115125        public int executeAdd(List<Experiment> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/MeasurementMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Measurement.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7678                          +", xref0.name AS experiment_name" 
    7779                          +" FROM measurement " 
    78                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON measurement.experiment=xref0.id" 
    79                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     80                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON measurement.experiment=xref0.id"; 
    8081        }        
    8182 
    … …  
    8485                return "select count(*) as num_rows "  
    8586                          +" FROM measurement " 
    86                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON measurement.experiment=xref0.id" 
    87                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     87                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON measurement.experiment=xref0.id"; 
    8888        } 
    8989         
    … …  
    9191        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9292        { 
    93                 if("Id".equals(fieldName)) return "measurement.id"; 
    94                 if("Name".equals(fieldName)) return "measurement.name"; 
    95                 if("Experiment".equals(fieldName)) return "measurement.experiment"; 
    96                 if("DataFile".equals(fieldName)) return "measurement.datafile"; 
     93                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "measurement.id"; 
     94                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "measurement.name"; 
     95                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "measurement.experiment"; 
     96                if("DataFile".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "measurement.datafile"; 
    9797                //alias for query on id field of xref entity 
    98                 if("Experiment_Id".equals(fieldName)) return "measurement.experiment"; 
     98                if("Experiment_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "measurement.experiment"; 
    9999                //alias for query on label of the xref entity 
    100                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     100                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    101101                return fieldName; 
    102102        } 
    … …  
    105105        public Type getFieldType(String fieldName) 
    106106        { 
    107                 if("Id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    108                 if("Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    109                 if("Experiment".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    110                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    111                 if("DataFile".equals(fieldName)) return Type.FILE; 
     107                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     108                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     109                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     110                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     111                if("DataFile".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.FILE; 
    112112                return Type.STRING; 
    113113        }                
    … …  
    148148        { 
    149149                entity.setId(i); 
    150         }        
     150        } 
     151         
     152        @Override 
     153        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     154        { 
     155                 
     156                { 
     157                        return rule; 
     158                } 
     159        } 
     160         
    151161        @Override 
    152162        public int executeAdd(List<Measurement> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/RoleEntityPermissionMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/RoleEntityPermission.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7779                          +", xref1.classname AS entity_classname" 
    7880                          +" FROM roleentitypermission " 
    79                           +" LEFT JOIN role AS xref0 ON roleentitypermission.role=xref0.id"                       +" LEFT JOIN entity AS xref1 ON roleentitypermission.entity=xref1.id" 
    80                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     81                          +" LEFT JOIN role AS xref0 ON roleentitypermission.role=xref0.id"                       +" LEFT JOIN entity AS xref1 ON roleentitypermission.entity=xref1.id"; 
    8182        }        
    8283 
    … …  
    8687                          +" FROM roleentitypermission " 
    8788                          +" LEFT JOIN role AS xref0 ON roleentitypermission.role=xref0.id" 
    88                           +" LEFT JOIN entity AS xref1 ON roleentitypermission.entity=xref1.id" 
    89                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     89                          +" LEFT JOIN entity AS xref1 ON roleentitypermission.entity=xref1.id"; 
    9090        } 
    9191         
    … …  
    9393        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9494        { 
    95                 if("id".equals(fieldName)) return "roleentitypermission.id"; 
    96                 if("role".equals(fieldName)) return "roleentitypermission.role"; 
    97                 if("entity".equals(fieldName)) return "roleentitypermission.entity"; 
    98                 if("permission".equals(fieldName)) return "roleentitypermission.permission"; 
     95                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "roleentitypermission.id"; 
     96                if("role".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "roleentitypermission.role"; 
     97                if("entity".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "roleentitypermission.entity"; 
     98                if("permission".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "roleentitypermission.permission"; 
    9999                //alias for query on id field of xref entity 
    100                 if("role_id".equals(fieldName)) return "roleentitypermission.role"; 
     100                if("role_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "roleentitypermission.role"; 
    101101                //alias for query on label of the xref entity 
    102                 if("role_name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     102                if("role_name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    103103                //alias for query on id field of xref entity 
    104                 if("entity_id".equals(fieldName)) return "roleentitypermission.entity"; 
     104                if("entity_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "roleentitypermission.entity"; 
    105105                //alias for query on label of the xref entity 
    106                 if("entity_className".equals(fieldName)) return "xref1.classname"; 
     106                if("entity_className".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref1.classname"; 
    107107                return fieldName; 
    108108        } 
    … …  
    111111        public Type getFieldType(String fieldName) 
    112112        { 
    113                 if("id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    114                 if("role".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    115                 if("role_className".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    116                 if("entity".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    117                 if("entity_className".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    118                 if("permission".equals(fieldName)) return Type.ENUM; 
     113                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     114                if("role".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     115                if("role_className".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     116                if("entity".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     117                if("entity_className".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     118                if("permission".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.ENUM; 
    119119                return Type.STRING; 
    120120        }                
    … …  
    170170        { 
    171171                entity.setId(i); 
    172         }        
     172        } 
     173         
     174        @Override 
     175        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     176        { 
     177                 
     178                { 
     179                        return rule; 
     180                } 
     181        } 
     182         
    173183        @Override 
    174184        public int executeAdd(List<RoleEntityPermission> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/RoleMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Role.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7173                          +", role.superuser" 
    7274                          +" FROM role " 
    73  
    74                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     75; 
    7576        }        
    7677 
    … …  
    7879        {        
    7980                return "select count(*) as num_rows "  
    80                           +" FROM role " 
    81                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     81                          +" FROM role "; 
    8282        } 
    8383         
    … …  
    8585        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    8686        { 
    87                 if("id".equals(fieldName)) return "role.id"; 
    88                 if("name".equals(fieldName)) return "role.name"; 
    89                 if("superuser".equals(fieldName)) return "role.superuser"; 
     87                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "role.id"; 
     88                if("name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "role.name"; 
     89                if("superuser".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "role.superuser"; 
    9090                return fieldName; 
    9191        } 
    … …  
    9494        public Type getFieldType(String fieldName) 
    9595        { 
    96                 if("id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    97                 if("name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    98                 if("superuser".equals(fieldName)) return Type.BOOL; 
     96                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     97                if("name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     98                if("superuser".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.BOOL; 
    9999                return Type.STRING; 
    100100        }                
    … …  
    108108        { 
    109109                entity.setId(i); 
    110         }        
     110        } 
     111         
     112        @Override 
     113        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     114        { 
     115                 
     116                { 
     117                        return rule; 
     118                } 
     119        } 
     120         
    111121        @Override 
    112122        public int executeAdd(List<Role> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/SampleMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Sample.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7880                          +", xref0.name AS experiment_name" 
    7981                          +" FROM sample " 
    80                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id" 
    81                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     82                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id"; 
    8283        }        
    8384 
    … …  
    8687                return "select count(*) as num_rows "  
    8788                          +" FROM sample " 
    88                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id" 
    89                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     89                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id"; 
    9090        } 
    9191         
    … …  
    9393        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9494        { 
    95                 if("type".equals(fieldName)) return "sample.type"; 
    96                 if("Id".equals(fieldName)) return "sample.id"; 
    97                 if("Name".equals(fieldName)) return "sample.name"; 
    98                 if("Species".equals(fieldName)) return "sample.species"; 
    99                 if("Tissue".equals(fieldName)) return "sample.tissue"; 
    100                 if("Sex".equals(fieldName)) return "sample.sex"; 
    101                 if("Experiment".equals(fieldName)) return "sample.experiment"; 
     95                if("type".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.type"; 
     96                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.id"; 
     97                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.name"; 
     98                if("Species".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.species"; 
     99                if("Tissue".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.tissue"; 
     100                if("Sex".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.sex"; 
     101                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.experiment"; 
    102102                //alias for query on id field of xref entity 
    103                 if("Experiment_Id".equals(fieldName)) return "sample.experiment"; 
     103                if("Experiment_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.experiment"; 
    104104                //alias for query on label of the xref entity 
    105                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     105                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    106106                return fieldName; 
    107107        } 
    … …  
    110110        public Type getFieldType(String fieldName) 
    111111        { 
    112                 if("type".equals(fieldName)) return Type.ENUM; 
    113                 if("Id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    114                 if("Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    115                 if("Species".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    116                 if("Tissue".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    117                 if("Sex".equals(fieldName)) return Type.ENUM; 
    118                 if("Experiment".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    119                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     112                if("type".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.ENUM; 
     113                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     114                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     115                if("Species".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     116                if("Tissue".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     117                if("Sex".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.ENUM; 
     118                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     119                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    120120                return Type.STRING; 
    121121        }                
    … …  
    156156        { 
    157157                entity.setId(i); 
    158         }        
     158        } 
     159         
     160        @Override 
     161        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     162        { 
     163                 
     164                { 
     165                        return rule; 
     166                } 
     167        } 
     168         
    159169        @Override 
    160170        public int executeAdd(List<Sample> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/SpecialSampleMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/SpecialSample.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7173        public String createFindSql(QueryRule ... rules) throws DatabaseException 
    7274        {        
    73                 return "SELECT sample.id" 
     75                return "SELECT sample.type" 
     76                          +", specialsample.id" 
    7477                          +", sample.name" 
    7578                          +", sample.species" 
    … …  
    8184                          +" FROM specialsample " 
    8285                          +" INNER JOIN sample ON (specialsample.id = sample.id)" 
    83                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id" 
    84                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     86                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id"; 
    8587        }        
    8688 
    … …  
    9092                          +" FROM specialsample " 
    9193                          +" INNER JOIN sample ON (specialsample.id = sample.id)" 
    92                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id" 
    93                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     94                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON sample.experiment=xref0.id"; 
    9495        } 
    9596         
    … …  
    9798        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9899        { 
    99                 if("Id".equals(fieldName)) return "sample.id"; 
    100                 if("Name".equals(fieldName)) return "sample.name"; 
    101                 if("Species".equals(fieldName)) return "sample.species"; 
    102                 if("Tissue".equals(fieldName)) return "sample.tissue"; 
    103                 if("Sex".equals(fieldName)) return "sample.sex"; 
    104                 if("Experiment".equals(fieldName)) return "sample.experiment"; 
    105                 if("detail".equals(fieldName)) return "specialsample.detail"; 
     100                if("type".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.type"; 
     101                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "specialsample.id"; 
     102                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.name"; 
     103                if("Species".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.species"; 
     104                if("Tissue".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.tissue"; 
     105                if("Sex".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.sex"; 
     106                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.experiment"; 
     107                if("detail".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "specialsample.detail"; 
    106108                //alias for query on id field of xref entity 
    107                 if("Experiment_Id".equals(fieldName)) return "sample.experiment"; 
     109                if("Experiment_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "sample.experiment"; 
    108110                //alias for query on label of the xref entity 
    109                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     111                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    110112                return fieldName; 
    111113        } 
    … …  
    114116        public Type getFieldType(String fieldName) 
    115117        { 
    116                 if("Id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    117                 if("Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    118                 if("Species".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    119                 if("Tissue".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    120                 if("Sex".equals(fieldName)) return Type.ENUM; 
    121                 if("Experiment".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    122                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    123                 if("detail".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     118                if("type".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.ENUM; 
     119                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     120                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     121                if("Species".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     122                if("Tissue".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     123                if("Sex".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.ENUM; 
     124                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     125                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     126                if("detail".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    124127                return Type.STRING; 
    125128        }                
    … …  
    160163        { 
    161164                entity.setId(i); 
    162         }        
     165        } 
     166         
     167        @Override 
     168        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     169        { 
     170                 
     171                { 
     172                        return rule; 
     173                } 
     174        } 
     175         
    163176        @Override 
    164177        public int executeAdd(List<SpecialSample> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/TraitMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/Trait.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7577                          +", xref0.name AS experiment_name" 
    7678                          +" FROM trait " 
    77                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON trait.experiment=xref0.id" 
    78                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     79                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON trait.experiment=xref0.id"; 
    7980        }        
    8081 
    … …  
    8384                return "select count(*) as num_rows "  
    8485                          +" FROM trait " 
    85                           +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON trait.experiment=xref0.id" 
    86                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     86                          +" LEFT JOIN experiment AS xref0 ON trait.experiment=xref0.id"; 
    8787        } 
    8888         
    … …  
    9090        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9191        { 
    92                 if("Id".equals(fieldName)) return "trait.id"; 
    93                 if("Name".equals(fieldName)) return "trait.name"; 
    94                 if("Molcular".equals(fieldName)) return "trait.molcular"; 
    95                 if("Experiment".equals(fieldName)) return "trait.experiment"; 
     92                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "trait.id"; 
     93                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "trait.name"; 
     94                if("Molcular".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "trait.molcular"; 
     95                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "trait.experiment"; 
    9696                //alias for query on id field of xref entity 
    97                 if("Experiment_Id".equals(fieldName)) return "trait.experiment"; 
     97                if("Experiment_Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "trait.experiment"; 
    9898                //alias for query on label of the xref entity 
    99                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     99                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    100100                return fieldName; 
    101101        } 
    … …  
    104104        public Type getFieldType(String fieldName) 
    105105        { 
    106                 if("Id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    107                 if("Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    108                 if("Molcular".equals(fieldName)) return Type.BOOL; 
    109                 if("Experiment".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    110                 if("Experiment_Name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     106                if("Id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     107                if("Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     108                if("Molcular".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.BOOL; 
     109                if("Experiment".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     110                if("Experiment_Name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    111111                return Type.STRING; 
    112112        }                
    … …  
    147147        { 
    148148                entity.setId(i); 
    149         }        
     149        } 
     150         
     151        @Override 
     152        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     153        { 
     154                 
     155                { 
     156                        return rule; 
     157                } 
     158        } 
     159         
    150160        @Override 
    151161        public int executeAdd(List<Trait> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/UserMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/User.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7476                          +", user.password" 
    7577                          +" FROM user " 
    76  
    77                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     78; 
    7879        }        
    7980 
    … …  
    8182        {        
    8283                return "select count(*) as num_rows "  
    83                           +" FROM user " 
    84                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     84                          +" FROM user "; 
    8585        } 
    8686         
    … …  
    8888        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    8989        { 
    90                 if("id".equals(fieldName)) return "user.id"; 
    91                 if("name".equals(fieldName)) return "user.name"; 
    92                 if("password".equals(fieldName)) return "user.password"; 
     90                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user.id"; 
     91                if("name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user.name"; 
     92                if("password".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user.password"; 
    9393                return fieldName; 
    9494        } 
    … …  
    9797        public Type getFieldType(String fieldName) 
    9898        { 
    99                 if("id".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    100                 if("name".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    101                 if("password".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     99                if("id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     100                if("name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     101                if("password".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    102102                return Type.STRING; 
    103103        }                
    … …  
    111111        { 
    112112                entity.setId(i); 
    113         }        
     113        } 
     114         
     115        @Override 
     116        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     117        { 
     118                if("roles".equalsIgnoreCase(rule.getField())) 
     119                { 
     120                        // replace with id filter based on the many-to-many links in 
     121                        // User_roles 
     122                        List<User_roles> mref_mapping_entities = db.find(User_roles.class, new QueryRule( 
     123                                        "role_id", rule.getOperator(), rule.getValue())); 
     124                        if (mref_mapping_entities.size() > 0) 
     125                        { 
     126                                List<Integer> mref_ids = new ArrayList<Integer>(); 
     127                                for (User_roles mref : mref_mapping_entities) mref_ids.add(mref.getUser()); 
     128                                return new QueryRule("id", Operator.IN, mref_ids); 
     129                        }                
     130                        else 
     131                        { 
     132                                // no records to be shown 
     133                                return new QueryRule("id", Operator.EQUALS, Integer.MIN_VALUE); 
     134                        }                        
     135                } 
     136                else if("roles_name".equalsIgnoreCase(rule.getField())) 
     137                { 
     138                        // replace with id filter based on the many-to-many links in 
     139                        // User_roles 
     140                        List<User_roles> mref_mapping_entities = db.find(User_roles.class, new QueryRule( 
     141                                        "role_name", rule.getOperator(), rule.getValue())); 
     142                        if (mref_mapping_entities.size() > 0) 
     143                        { 
     144                                List<Integer> mref_ids = new ArrayList<Integer>(); 
     145                                for (User_roles mref : mref_mapping_entities) mref_ids.add(mref.getUser()); 
     146                                return new QueryRule("id", Operator.IN, mref_ids); 
     147                        }                
     148                        else 
     149                        { 
     150                                // no records to be shown 
     151                                return new QueryRule("id", Operator.EQUALS, Integer.MIN_VALUE); 
     152                        } 
     153                } 
     154                else 
     155                { 
     156                        return rule; 
     157                } 
     158        } 
     159         
    114160        @Override 
    115161        public int executeAdd(List<User> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/mappers/User_rolesMapper.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        example/model/User_roles.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.data.mappers.MultiqueryMapperGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2525 
    2626import org.molgenis.framework.Database; 
     27import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
     28import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2729import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2830import org.molgenis.framework.data.jdbc.JDBCConnectionHelper; 
    … …  
    7577                          +", xref1.id AS user_id" 
    7678                          +" FROM user_roles " 
    77                           +" LEFT JOIN role AS xref0 ON user_roles.role=xref0.id"                         +" LEFT JOIN user AS xref1 ON user_roles.user=xref1.id" 
    78                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     79                          +" LEFT JOIN role AS xref0 ON user_roles.role=xref0.id"                         +" LEFT JOIN user AS xref1 ON user_roles.user=xref1.id"; 
    7980        }        
    8081 
    … …  
    8485                          +" FROM user_roles " 
    8586                          +" LEFT JOIN role AS xref0 ON user_roles.role=xref0.id" 
    86                           +" LEFT JOIN user AS xref1 ON user_roles.user=xref1.id" 
    87                           +  ((JDBCConnectionHelper) this.getDatabase()).createWhereSql((JDBCMapper)this, false, true, rules); 
     87                          +" LEFT JOIN user AS xref1 ON user_roles.user=xref1.id"; 
    8888        } 
    8989         
    … …  
    9191        public String getTableFieldName(String fieldName) 
    9292        { 
    93                 if("Role".equals(fieldName)) return "user_roles.role"; 
    94                 if("User".equals(fieldName)) return "user_roles.user"; 
     93                if("Role".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user_roles.role"; 
     94                if("User".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user_roles.user"; 
    9595                //alias for query on id field of xref entity 
    96                 if("Role_id".equals(fieldName)) return "user_roles.role"; 
     96                if("Role_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user_roles.role"; 
    9797                //alias for query on label of the xref entity 
    98                 if("Role_name".equals(fieldName)) return "xref0.name"; 
     98                if("Role_name".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref0.name"; 
    9999                //alias for query on id field of xref entity 
    100                 if("User_id".equals(fieldName)) return "user_roles.user"; 
     100                if("User_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "user_roles.user"; 
    101101                //alias for query on label of the xref entity 
    102                 if("User_id".equals(fieldName)) return "xref1.id"; 
     102                if("User_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return "xref1.id"; 
    103103                return fieldName; 
    104104        } 
    … …  
    107107        public Type getFieldType(String fieldName) 
    108108        { 
    109                 if("Role".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    110                 if("Role_id".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
    111                 if("User".equals(fieldName)) return Type.INT; 
    112                 if("User_id".equals(fieldName)) return Type.STRING; 
     109                if("Role".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     110                if("Role_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
     111                if("User".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.INT; 
     112                if("User_id".equalsIgnoreCase(fieldName)) return Type.STRING; 
    113113                return Type.STRING; 
    114114        }                
    … …  
    148148        public void setAutogeneratedKey(int i, User_roles entity) 
    149149        { 
    150         }        
     150        } 
     151         
     152        @Override 
     153        public QueryRule rewriteMrefRule(Database db, QueryRule rule) throws DatabaseException 
     154        { 
     155                 
     156                { 
     157                        return rule; 
     158                } 
     159        } 
     160         
    151161        @Override 
    152162        public int executeAdd(List<User_roles> entities) throws SQLException, DatabaseException 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Data.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Data.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2222 
    2323/** 
    24  * Data: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    25                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    26 Data values (observations) of a measurement. Note: 
     24 * Data: Data values (observations) of a measurement. Note: 
    2725                        Data doesn't inherit from Identifiable because it has no unique name. 
    2826                 
    2927. 
    30  * @version June 18, 2009  
     28 * @version July 17, 2009  
    3129 * @author MOLGENIS generator 
    3230 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Entity.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Entity.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2020 
    2121/** 
    22  * Entity: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    23                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    24 Catalog of entity names 
     22 * Entity: Catalog of entity names 
    2523. 
    26  * @version June 18, 2009  
     24 * @version July 17, 2009  
    2725 * @author MOLGENIS generator 
    2826 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Experiment.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Experiment.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2121 
    2222/** 
    23  * Experiment: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    24                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    25 Summary of an experiment. 
     23 * Experiment: Summary of an experiment. 
    2624. 
    27  * @version June 18, 2009  
     25 * @version July 17, 2009  
    2826 * @author MOLGENIS generator 
    2927 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Identifiable.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Identifiable.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    1212 
    1313/** 
    14  * Identifiable: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    15                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    16 For modeling purposes only (denoted by 
     14 * Identifiable: For modeling purposes only (denoted by 
    1715                        abstract='true', this entity defines fields id and name centrally. 
    1816                 
    1917. 
    20  * @version June 18, 2009  
     18 * @version July 17, 2009  
    2119 * @author MOLGENIS generator 
    2220 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Measurement.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Measurement.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2424 
    2525/** 
    26  * Measurement: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    27                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    28 Measurements (i.e. set of trait observations 
     26 * Measurement: Measurements (i.e. set of trait observations 
    2927                        per sample) that are part of an experiment. 
    3028. 
    31  * @version June 18, 2009  
     29 * @version July 17, 2009  
    3230 * @author MOLGENIS generator 
    3331 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Role.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Role.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2121/** 
    2222 * Role: . 
    23  * @version June 18, 2009  
     23 * @version July 17, 2009  
    2424 * @author MOLGENIS generator 
    2525 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/RoleEntityPermission.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/RoleEntityPermission.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2222 
    2323/** 
    24  * RoleEntityPermission: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    25                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    26 Assign rights on entities to roles. 
     24 * RoleEntityPermission: Assign rights on entities to roles. 
    2725. 
    28  * @version June 18, 2009  
     26 * @version July 17, 2009  
    2927 * @author MOLGENIS generator 
    3028 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Sample.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Sample.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2323 
    2424/** 
    25  * Sample: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    26                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    27 Samples that are part of an experiment. 
     25 * Sample: Samples that are part of an experiment. 
    2826                 
    2927. 
    30  * @version June 18, 2009  
     28 * @version July 17, 2009  
    3129 * @author MOLGENIS generator 
    3230 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/SpecialSample.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/SpecialSample.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2222/** 
    2323 * SpecialSample: . 
    24  * @version June 18, 2009  
     24 * @version July 17, 2009  
    2525 * @author MOLGENIS generator 
    2626 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/Trait.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/Trait.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2323 
    2424/** 
    25  * Trait: <!DOCTYPE description PUBLIC "MOLGENIS 1.0" 
    26                              "http://molgenis.sourceforge.net/dtd/molgenis_v_1_0.dtd"> 
    27 Traits that are studied in this experiment. 
     25 * Trait: Traits that are studied in this experiment. 
    2826                 
    2927. 
    30  * @version June 18, 2009  
     28 * @version July 17, 2009  
    3129 * @author MOLGENIS generator 
    3230 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/User.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/User.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2424/** 
    2525 * User: . 
    26  * @version June 18, 2009  
     26 * @version July 17, 2009  
    2727 * @author MOLGENIS generator 
    2828 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/data/types/User_roles.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/model/User_roles.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.data.types.DataTypeGen 3.3.0-testing 
    66 * 
    … …  
    2323/** 
    2424 * User_roles: Link table for many-to-many relationship 'User.roles'.. 
    25  * @version June 18, 2009  
     25 * @version July 17, 2009  
    2626 * @author MOLGENIS generator 
    2727 */ 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/DataHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/DataForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/EntityHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/EntityForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/ExperimentHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/ExperimentForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 
    … …  
    3737                        input.setNillable(false); 
    3838                        input.setReadonly(true); //automatic fields that are readonly, are also readonly on newrecord 
     39                        input.setHidden(true); 
    3940                        inputs.add(input); 
    4041                } 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/IdentifiableHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/IdentifiableForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/MeasurementHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/MeasurementForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 
    … …  
    3838                        input.setNillable(false); 
    3939                        input.setReadonly(true); //automatic fields that are readonly, are also readonly on newrecord 
     40                        input.setHidden(true); 
    4041                        inputs.add(input); 
    4142                } 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/RoleEntityPermissionHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/RoleEntityPermissionForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/RoleHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/RoleForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/SampleHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/SampleForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 
    … …  
    4848                        input.setNillable(false); 
    4949                        input.setReadonly(true); //automatic fields that are readonly, are also readonly on newrecord 
     50                        input.setHidden(true); 
    5051                        inputs.add(input); 
    5152                } 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/SpecialSampleHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/SpecialSampleForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 
    … …  
    4141                        inputs.add(input); 
    4242                } 
    43                 //Id: Field(entity=Sample, name=Id, type=int, auto=true, nillable=false, readonly=true, default=) 
     43                //Id: Field(entity=SpecialSample, name=Id, type=int, auto=true, nillable=false, readonly=true, default=) 
    4444                { 
    4545                        IntInput input = new IntInput("Id",entity.getId()); 
    … …  
    4848                        input.setNillable(false); 
    4949                        input.setReadonly(true); //automatic fields that are readonly, are also readonly on newrecord 
     50                        input.setHidden(true); 
    5051                        inputs.add(input); 
    5152                } 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/TraitHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/TraitForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 
    … …  
    3838                        input.setNillable(false); 
    3939                        input.setReadonly(true); //automatic fields that are readonly, are also readonly on newrecord 
     40                        input.setHidden(true); 
    4041                        inputs.add(input); 
    4142                } 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/UserHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/UserForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/html/User_rolesHtmlForm.java

    r1980 r2015  
    22/* File:        example/html/User_rolesForm.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4  * Date:        June 18, 2009 
     4 * Date:        July 17, 2009 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.html.HtmlFormGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/MainMenu.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.MenuScreenGen 3.3.0-testing 
    … …  
    2929                new example.screen.main.ExperimentForm(this); 
    3030                new example.screen.main.PluginexamplesMenu(this); 
    31                 new example.screen.main.MartviewPlugin(this); 
    3231        }        
    3332} 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/Experiment/ExperimentMenu/Measurements/DataForm.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.Experiment.ExperimentMenu.Measurements.Data.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.FormScreenGen 3.3.0-testing 
    … …  
    1919 
    2020// molgenis 
     21import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2122import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
    2223import org.molgenis.framework.screen.Screen; 
    2324import org.molgenis.framework.screen.form.FormScreen; 
    2425import org.molgenis.framework.html.*; 
     26import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2527 
    2628import example.data.types.Measurement; 
    … …  
    3537 
    3638 
    37                  
    3839import example.data.types.Measurement; 
    39                  
    40                  
    4140 
    4241/** 
    … …  
    106105                FormScreen<Measurement> parent = (FormScreen<Measurement>)this.get("molgenis_main_Experiment_ExperimentMenu_Measurements"); 
    107106                List<Measurement> records = parent.getRecords(); 
     107         
     108                //add filters for xref or mref relationships (if any) 
     109                //if multiple xrefs apply then the filters are union (so xref1 OR xref2 OR etc) 
    108110                if(records.size()>0) 
     111                {                
     112                        List<QueryRule> xref_filters = new ArrayList<QueryRule>(); 
     113                        //filter on subform_entity.Measurement == parentform_entity.Id 
     114                        {        
     115                                QueryRule rule = new QueryRule("measurement",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
     116                                rule.setOr(true); 
     117                                xref_filters.add(rule); 
     118                        } 
     119                        rules.add(new QueryRule(xref_filters)); 
     120                }        
    109121                { 
    110                         { 
    111                                 QueryRule rule = new QueryRule("Measurement",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
    112                                 rules.add(rule); 
    113                         } 
    114                 } 
    115                 { 
    116                         QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getUserFilters(new Data()); 
     122                        QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getRowlevelSecurityFilters(new Data()); 
    117123                        if (rule != null /*&& !rule.equals(new QueryRule())*/) 
    118124                                rules.add(rule); 
    … …  
    124130        { 
    125131        } 
    126          
     132 
     133        @Override        
    127134        public String getSearchField(String fieldName) 
    128135        { 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/Experiment/ExperimentMenu/MeasurementsForm.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.Experiment.ExperimentMenu.Measurements.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.FormScreenGen 3.3.0-testing 
    … …  
    1919 
    2020// molgenis 
     21import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2122import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
    2223import org.molgenis.framework.screen.Screen; 
    2324import org.molgenis.framework.screen.form.FormScreen; 
    2425import org.molgenis.framework.html.*; 
     26import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2527 
    2628import example.data.types.Experiment; 
    … …  
    3133 
    3234 
    33                  
    3435import example.data.types.Experiment; 
    3536 
    … …  
    100101                FormScreen<Experiment> parent = (FormScreen<Experiment>)this.get("molgenis_main_Experiment"); 
    101102                List<Experiment> records = parent.getRecords(); 
     103         
     104                //add filters for xref or mref relationships (if any) 
     105                //if multiple xrefs apply then the filters are union (so xref1 OR xref2 OR etc) 
    102106                if(records.size()>0) 
     107                {                
     108                        List<QueryRule> xref_filters = new ArrayList<QueryRule>(); 
     109                        //filter on subform_entity.Experiment == parentform_entity.Id 
     110                        {        
     111                                QueryRule rule = new QueryRule("experiment",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
     112                                rule.setOr(true); 
     113                                xref_filters.add(rule); 
     114                        } 
     115                        rules.add(new QueryRule(xref_filters)); 
     116                }        
    103117                { 
    104                         { 
    105                                 QueryRule rule = new QueryRule("Experiment",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
    106                                 rules.add(rule); 
    107                         } 
    108                 } 
    109                 { 
    110                         QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getUserFilters(new Measurement()); 
     118                        QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getRowlevelSecurityFilters(new Measurement()); 
    111119                        if (rule != null /*&& !rule.equals(new QueryRule())*/) 
    112120                                rules.add(rule); 
    … …  
    117125        public void resetSystemHiddenColumns() 
    118126        { 
     127                this.systemHiddenColumns.add("Id"); 
    119128        } 
    120          
     129 
     130        @Override        
    121131        public String getSearchField(String fieldName) 
    122132        { 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/Experiment/ExperimentMenu/SamplesForm.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.Experiment.ExperimentMenu.Samples.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.FormScreenGen 3.3.0-testing 
    … …  
    1919 
    2020// molgenis 
     21import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2122import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
    2223import org.molgenis.framework.screen.Screen; 
    2324import org.molgenis.framework.screen.form.FormScreen; 
    2425import org.molgenis.framework.html.*; 
     26import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2527 
    2628import example.data.types.Experiment; 
    … …  
    3133 
    3234 
    33                  
    3435import example.data.types.Experiment; 
    3536 
    … …  
    102103                FormScreen<Experiment> parent = (FormScreen<Experiment>)this.get("molgenis_main_Experiment"); 
    103104                List<Experiment> records = parent.getRecords(); 
     105         
     106                //add filters for xref or mref relationships (if any) 
     107                //if multiple xrefs apply then the filters are union (so xref1 OR xref2 OR etc) 
    104108                if(records.size()>0) 
     109                {                
     110                        List<QueryRule> xref_filters = new ArrayList<QueryRule>(); 
     111                        //filter on subform_entity.Experiment == parentform_entity.Id 
     112                        {        
     113                                QueryRule rule = new QueryRule("experiment",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
     114                                rule.setOr(true); 
     115                                xref_filters.add(rule); 
     116                        } 
     117                        rules.add(new QueryRule(xref_filters)); 
     118                }        
    105119                { 
    106                         { 
    107                                 QueryRule rule = new QueryRule("Experiment",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
    108                                 rules.add(rule); 
    109                         } 
    110                 } 
    111                 { 
    112                         QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getUserFilters(new Sample()); 
     120                        QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getRowlevelSecurityFilters(new Sample()); 
    113121                        if (rule != null /*&& !rule.equals(new QueryRule())*/) 
    114122                                rules.add(rule); 
    … …  
    119127        public void resetSystemHiddenColumns() 
    120128        { 
     129                this.systemHiddenColumns.add("Id"); 
    121130        } 
    122          
     131 
     132        @Override        
    123133        public String getSearchField(String fieldName) 
    124134        { 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/Experiment/ExperimentMenu/TraitsForm.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.Experiment.ExperimentMenu.Traits.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.FormScreenGen 3.3.0-testing 
    … …  
    1919 
    2020// molgenis 
     21import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2122import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
    2223import org.molgenis.framework.screen.Screen; 
    2324import org.molgenis.framework.screen.form.FormScreen; 
    2425import org.molgenis.framework.html.*; 
     26import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2527 
    2628import example.data.types.Experiment; 
    … …  
    3133 
    3234 
    33                  
    3435import example.data.types.Experiment; 
    3536 
    … …  
    99100                FormScreen<Experiment> parent = (FormScreen<Experiment>)this.get("molgenis_main_Experiment"); 
    100101                List<Experiment> records = parent.getRecords(); 
     102         
     103                //add filters for xref or mref relationships (if any) 
     104                //if multiple xrefs apply then the filters are union (so xref1 OR xref2 OR etc) 
    101105                if(records.size()>0) 
     106                {                
     107                        List<QueryRule> xref_filters = new ArrayList<QueryRule>(); 
     108                        //filter on subform_entity.Experiment == parentform_entity.Id 
     109                        {        
     110                                QueryRule rule = new QueryRule("experiment",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
     111                                rule.setOr(true); 
     112                                xref_filters.add(rule); 
     113                        } 
     114                        rules.add(new QueryRule(xref_filters)); 
     115                }        
    102116                { 
    103                         { 
    104                                 QueryRule rule = new QueryRule("Experiment",QueryRule.Operator.EQUALS, records.get(0).getId()); 
    105                                 rules.add(rule); 
    106                         } 
    107                 } 
    108                 { 
    109                         QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getUserFilters(new Trait()); 
     117                        QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getRowlevelSecurityFilters(new Trait()); 
    110118                        if (rule != null /*&& !rule.equals(new QueryRule())*/) 
    111119                                rules.add(rule); 
    … …  
    116124        public void resetSystemHiddenColumns() 
    117125        { 
     126                this.systemHiddenColumns.add("Id"); 
    118127        } 
    119          
     128 
     129        @Override        
    120130        public String getSearchField(String fieldName) 
    121131        { 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/Experiment/ExperimentMenuMenu.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.Experiment.ExperimentMenu.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.MenuScreenGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/ExperimentForm.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.Experiment.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.FormScreenGen 3.3.0-testing 
    … …  
    1919 
    2020// molgenis 
     21import org.molgenis.framework.data.QueryRule.Operator; 
    2122import org.molgenis.framework.data.QueryRule; 
    2223import org.molgenis.framework.screen.Screen; 
    2324import org.molgenis.framework.screen.form.FormScreen; 
    2425import org.molgenis.framework.html.*; 
     26import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    2527 
    2628import example.data.types.Experiment; 
    … …  
    8284        { 
    8385                List<QueryRule> rules = new ArrayList<QueryRule>(); 
     86                 
    8487                { 
    85                         QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getUserFilters(new Experiment()); 
     88                        QueryRule rule = super.getRootScreen().getLogin().getRowlevelSecurityFilters(new Experiment()); 
    8689                        if (rule != null /*&& !rule.equals(new QueryRule())*/) 
    8790                                rules.add(rule); 
    … …  
    9295        public void resetSystemHiddenColumns() 
    9396        { 
     97                this.systemHiddenColumns.add("Id"); 
    9498        } 
    95          
     99 
     100        @Override        
    96101        public String getSearchField(String fieldName) 
    97102        { 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/PluginexamplesMenu.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.pluginexamples.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.MenuScreenGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/pluginexamples/ExperimentQueryPlugin.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.pluginexamples.ExperimentQuery.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/pluginexamples/GooglePlugin.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.pluginexamples.Google.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/screen/main/pluginexamples/HelloWorldPlugin.java

    r1980 r2015  
    11/* File:        Example/screen/molgenis.main.pluginexamples.HelloWorld.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    3  * Date:        June 18, 2009 
     3 * Date:        July 17, 2009 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/source.R

    r1980 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\example\source.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        June 18, 2009 
     4# Date:        July 14, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.RApi 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/example/tools/CopyMemoryToDatabase.java

    r1980 r2015  
    11 
    2 /* Date:        June 18, 2009 
     2/* Date:        July 17, 2009 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.tools.CopyMemoryToDatabaseGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/servlet/ContextListener.java

    r1980 r2015  
    33import java.util.logging.Level; 
    44import java.util.logging.Logger; 
     5 
     6import javax.naming.Context; 
    57import javax.naming.InitialContext; 
    68import javax.naming.NamingException; 
    … …  
    2022                        ServletContext sc = sce.getServletContext(); 
    2123 
    22                                 String jndiName = "jdbc:mysql://localhost/molgenis";  
    23                                 InitialContext context = new InitialContext(); 
    24                                 DataSource dsource = (DataSource) context.lookup(jndiName); 
    25                          
     24                                Context initContext = new InitialContext(); 
     25                                //for tomcat 
     26                                Context envContext  = (Context)initContext.lookup("java:/comp/env"); 
     27                                //for glassfish 
     28                                //Context envContext  = (Context)initContext.lookup(""); 
     29                                DataSource dsource = (DataSource)envContext.lookup("jdbc/molgenisdb"); 
     30 
    2631                        sc.setAttribute("DataSource", dsource); 
    2732                } catch (NamingException ex) { 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/source.R

    r1952 r2015  
    22# File:        example/R/generated\java\source.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2.009, all rights reserved 
    4 # Date:        April 30, 2009 
     4# Date:        July 17, 2009 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.RApi 3.3.0-testing 
    … …  
    1717source(paste(molgenispath,"example/R/Experiment.R", sep="")) 
    1818source(paste(molgenispath,"example/R/Sample.R", sep="")) 
     19source(paste(molgenispath,"example/R/SpecialSample.R", sep="")) 
    1920source(paste(molgenispath,"example/R/Trait.R", sep="")) 
    2021source(paste(molgenispath,"example/R/Measurement.R", sep="")) 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/tools/CsvExport.java

    r1980 r2015  
    11 
    2 /* Date:        June 18, 2009 
     2/* Date:        July 17, 2009 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.tools.CsvExportGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/java/tools/CsvImportByName.java

    r1980 r2015  
    11 
    2 /* Date:        June 18, 2009 
     2/* Date:        July 17, 2009 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.tools.CsvImportByNameGen 3.3.0-testing 

  • molgenis3_3_distro/generated/sql/create_tables.sql

    r1980 r2015  
    11/* 
    22 * Created by: org.molgenis.generators.sql.MySqlCreateSubclassPerTableGen 
    3  * Date: June 18, 2009 
     3 * Date: July 17, 2009 
    44 */ 
    55 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.