Changeset 2449


Ignore:
Timestamp:
11/30/09 23:00:58 (2 years ago)
Author:
mswertz
Message:

Simplified top menu.

Location:
molgenis_distro/3.3
Files:
8 added
9 deleted
30 edited
6 copied
3 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis_distro/3.3/WebContent/WEB-INF/web.xml

    r2263 r2449  
    2121                <servlet-name>MolgenisServlet</servlet-name> 
    2222                <servlet-class>app.servlet.MolgenisServlet</servlet-class> 
     23        </servlet> 
     24        <servlet> 
     25                <description> 
     26                </description> 
     27                <display-name> 
     28                StaticMethods</display-name> 
     29                <servlet-name>StaticMethods</servlet-name> 
     30                <servlet-class> 
     31                test.StaticMethods</servlet-class> 
    2332        </servlet> 
    2433 
    … …  
    5463                <servlet-name>MolgenisServlet</servlet-name> 
    5564                <url-pattern>/download/*</url-pattern> 
     65        </servlet-mapping> 
     66        <servlet-mapping> 
     67                <servlet-name>StaticMethods</servlet-name> 
     68                <url-pattern>/StaticMethods</url-pattern> 
    5669        </servlet-mapping>       
    5770</web-app> 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/MolgenisUpdateDatabase.java

    r2349 r2449  
    66import org.molgenis.MolgenisOptions; 
    77 
    8 import cmdline.CmdLineException; 
     8import org.molgenis.util.cmdline.CmdLineException; 
    99 
    1010public class MolgenisUpdateDatabase 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/dbquery/ExperimentQueryPlugin.ftl

    r2080 r2449  
    1 <#--this you need in every plugin.  
    2 Make sure the macro name is changed to match your plugin.-->  
    3 <#macro ExperimentQuery screen> 
    4 <#assign model = screen.model> 
     1<#macro plugin_examples_dbquery_ExperimentQueryPlugin screen> 
    52<!-- normally you make one big form for the whole plugin--> 
    63<form method="post" enctype="multipart/form-data" name="${screen.name}"> 
    … …  
    96        <!--needed in every form: to define the action. This can be set by the submit button--> 
    107        <input type="hidden" name="__action" /> 
    11   
    12 <#--begin your plugin--> 
     8         
     9<!-- this shows a title and border --> 
     10        <div class="formscreen"> 
     11                <div class="form_header" id="${screen.getName()}"> 
     12                ${screen.label} 
     13                </div> 
     14                 
     15                <#--optional: mechanism to show messages--> 
     16                <#list screen.getMessages() as message> 
     17                        <#if message.success> 
     18                <p class="successmessage">${message.text}</p> 
     19                        <#else> 
     20                <p class="errormessage">${message.text}</p> 
     21                        </#if> 
     22                </#list> 
     23                 
     24                <div class="screenbody"> 
     25                        <div class="screenpadding">      
     26<#--begin your plugin-->         
    1327 
    14 <!--show error message if needed-->      
    15 <#if model.errorMessage != ""><span style="color:red">Error: ${model.getErrorMessage()}!</span></#if> 
    16 <br/> 
    17  
    18 <!-- list of experiments--> 
    19 Below the list of known experiments: 
    20 <br/> 
    21  
    22 <!-- this plugin has a search option --> 
    23 <label>Search:</label><input name="search_terms" value="${model.searchTerms}"/> 
    24 <input type="submit" value="Search" onclick="__action.value='do_update_search';return true;"/> 
    25 <br/> 
    26  
    27 <!-- the list of experiments found--> 
    28 <ul> 
    29 <#list model.experiments as experiment> 
    30 <li>${experiment.name}</li> 
    31 </#list> 
    32 </ul> 
    33 <br/> 
     28Create your plugin layout code here. 
     29<#--<input name="myinput" value="${screen.getMyValue()}"> 
     30<input type="submit" value="Change name" onclick="__action.value='do_myaction';return true;"/--> 
    3431         
    35  
    3632<#--end of your plugin-->        
    37  
     33                        </div> 
     34                </div> 
     35        </div> 
    3836</form> 
    3937</#macro> 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/dbquery/ExperimentQueryPlugin.java

    r2326 r2449  
     1/* Date:        November 15, 2009 
     2 * Template:    PluginScreenJavaTemplateGen.java.ftl 
     3 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.2-testing 
     4 *  
     5 * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
     6 */ 
     7 
    18package plugin.examples.dbquery; 
    29 
    3 import java.util.ArrayList; 
    4 import java.util.List; 
    5  
    610import org.molgenis.framework.db.Database; 
    7 import org.molgenis.framework.db.Query; 
     11import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    812import org.molgenis.framework.ui.PluginModel; 
    9 import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    1013import org.molgenis.util.Tuple; 
    1114 
    12 import example.Experiment; 
    13  
    14 public class ExperimentQueryPlugin extends PluginModel  
     15public class ExperimentQueryPlugin extends PluginModel 
    1516{ 
    16         private ExperimentQueryModel screenModel = new ExperimentQueryModel(); 
    17          
    1817        public ExperimentQueryPlugin(String name, ScreenModel parent) 
    1918        { 
    … …  
    2120        } 
    2221 
    23         public ExperimentQueryModel getModel() 
    24         { 
    25                 return screenModel; 
    26         } 
    27  
    2822        @Override 
    2923        public String getViewName() 
    3024        { 
    31                 return "ExperimentQuery"; 
     25                return "plugin_examples_dbquery_ExperimentQueryPlugin"; 
    3226        } 
    3327 
    … …  
    4135        public void handleRequest(Database db, Tuple request) 
    4236        { 
    43                 logger.debug("handeling request in the ExperimentQueryPlugin"); 
    44  
    45                 String action = request.getString(INPUT_ACTION); 
    46                 if ("do_update_search".equals(action)) 
    47                 { 
    48                         logger.debug("handeling do_update_search request"); 
    49                         if(request.getObject("search_terms") != null) 
    50                         { 
    51                                 //search terms separated by " " 
    52                                 String[] filter_array = request.getString("search_terms").split(" "); 
    53                                 List<String> filters =  new ArrayList<String>(); 
    54                                 for(String filter: filter_array) 
    55                                 { 
    56                                         //remove spaces using trim 
    57                                         filters.add(filter.trim()); 
    58                                 } 
    59                                 getModel().setFilters(filters); 
    60                         } 
    61                         else 
    62                         { 
    63                                 //empty string 
    64                                 getModel().setFilters(new ArrayList<String>()); 
    65                         } 
    66                 } 
    67                  
     37                //replace example below with yours 
     38//              try 
     39//              { 
     40//              Database db = this.getDatabase(); 
     41//              String action = request.getString("__action"); 
     42//               
     43//              if( action.equals("do_add") ) 
     44//              { 
     45//                      Experiment e = new Experiment(); 
     46//                      e.set(request); 
     47//                      db.add(e); 
     48//              } 
     49//              } catch(Exception e) 
     50//              { 
     51//                      //e.g. show a message in your form 
     52//              } 
    6853        } 
    6954 
    … …  
    7156        public void reload(Database db) 
    7257        { 
    73                 logger.debug("reloading the ExperimentQueryPlugin"); 
    74                  
    75                 //refresh query results, using filters if available 
    76                 try 
    77                 {                                                
    78                         Query<Experiment> q = db.query(Experiment.class); 
    79                          
    80                          
    81                         for(String filter: this.getModel().getFilters()) 
    82                         { 
    83                                 q.like("Name",filter); 
    84                         } 
    85                         List<Experiment> experiments = q.find(); 
    86                          
    87                         this.getModel().setExperiments(experiments); 
    88                 } 
    89                 catch (Exception e) 
    90                 { 
    91                         getModel().setErrorMessage(e.getMessage()); 
    92                 }                
     58//              try 
     59//              { 
     60//                      Database db = this.getDatabase(); 
     61//                      Query q = db.query(Experiment.class); 
     62//                      q.like("name", "test"); 
     63//                      List<Experiment> recentExperiments = q.find(); 
     64//                       
     65//                      //do something 
     66//              } 
     67//              catch(Exception e) 
     68//              { 
     69//                      //... 
     70//              } 
    9371        } 
    94  
     72         
     73        @Override 
     74        public boolean isVisible() 
     75        { 
     76                //you can use this to hide this plugin, e.g. based on user rights. 
     77                //e.g. 
     78                //if(!this.getLogin().hasEditPermission(myEntity)) return false; 
     79                return true; 
     80        } 
    9581} 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/file/FileServingPlugin.ftl

    r2103 r2449  
    2626<#--begin your plugin-->         
    2727 
    28 This plugin generated a local temp file at ${screen.localfile}.<br/> 
    29 You can download it at <a href="${screen.hyperlink}">${screen.hyperlink}</a>. 
     28Create your plugin layout code here. 
    3029<#--<input name="myinput" value="${screen.getMyValue()}"> 
    3130<input type="submit" value="Change name" onclick="__action.value='do_myaction';return true;"/--> 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/file/FileServingPlugin.java

    r2326 r2449  
    1 /* Date:        August 6, 2009 
     1/* Date:        November 15, 2009 
    22 * Template:    PluginScreenJavaTemplateGen.java.ftl 
    3  * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.0-testing 
     3 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.2-testing 
    44 *  
    55 * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
    … …  
    88package plugin.examples.file; 
    99 
    10 import java.io.BufferedWriter; 
    11 import java.io.FileWriter; 
    12 import java.io.IOException; 
    13  
    1410import org.molgenis.framework.db.Database; 
     11import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    1512import org.molgenis.framework.ui.PluginModel; 
    16 import org.molgenis.framework.ui.ScreenMessage; 
    17 import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    18 import org.molgenis.util.FileLink; 
    1913import org.molgenis.util.Tuple; 
    2014 
    2115public class FileServingPlugin extends PluginModel 
    2216{ 
    23         String hyperlink; 
    24         String localfile; 
    25          
    26         public String getLocalfile() 
    27         { 
    28                 return localfile; 
    29         } 
    30  
    31         public void setLocalfile(String localfile) 
    32         { 
    33                 this.localfile = localfile; 
    34         } 
    35  
    36         public String getHyperlink() 
    37         { 
    38                 return hyperlink; 
    39         } 
    40  
    41         public void setHyperlink(String hyperlink) 
    42         { 
    43                 this.hyperlink = hyperlink; 
    44         } 
    45  
    4617        public FileServingPlugin(String name, ScreenModel parent) 
    4718        { 
    … …  
    8556        public void reload(Database db) 
    8657        { 
    87                 //generate a random file 
    88                 try 
    89                 { 
    90                         //todo: enable setting of extension. 
    91                         FileLink link = this.getTempFile(); 
    92                          
    93                         BufferedWriter out = new BufferedWriter(new FileWriter(link.getLocalpath()+".html")); 
    94                         out.write("This"); 
    95                         out.newLine(); 
    96                         out.write("is a"); 
    97                         out.newLine(); 
    98                         out.write("test"); 
    99                         out.close(); 
    100                          
    101                         //set the link. 
    102                         this.setLocalfile(link.getLocalpath()+".html"); 
    103                         this.setHyperlink(link.getLink()+".html"); 
    104                 } 
    105                 catch (IOException e) 
    106                 { 
    107                         // TODO Auto-generated catch block 
    108                         this.setMessages(new ScreenMessage(e.getMessage(),false)); 
    109                         e.printStackTrace(); 
    110                 } 
    111                  
    112                  
    113                  
    11458//              try 
    11559//              { 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/helloworld/HelloWorldPlugin.ftl

    r2103 r2449  
    1 <!--Date:        August 1, 2009 
    2  * Template:    PluginScreenFTLTemplateGen.ftl.ftl 
    3  * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenFTLTemplateGen 3.3.0-testing 
    4  *  
    5  * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
    6 --> 
    71<#macro plugin_examples_helloworld_HelloWorldPlugin screen> 
    82<!-- normally you make one big form for the whole plugin--> 
    … …  
    3226<#--begin your plugin-->         
    3327 
    34 Hello World! 
    35  
     28Create your plugin layout code here. 
     29<#--<input name="myinput" value="${screen.getMyValue()}"> 
     30<input type="submit" value="Change name" onclick="__action.value='do_myaction';return true;"/--> 
     31         
    3632<#--end of your plugin-->        
    3733                        </div> 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/helloworld/HelloWorldPlugin.java

    r2326 r2449  
     1/* Date:        November 15, 2009 
     2 * Template:    PluginScreenJavaTemplateGen.java.ftl 
     3 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.2-testing 
     4 *  
     5 * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
     6 */ 
     7 
    18package plugin.examples.helloworld; 
    29 
    310import org.molgenis.framework.db.Database; 
     11import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    412import org.molgenis.framework.ui.PluginModel; 
    5 import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    6 import org.molgenis.util.Tuple;  
     13import org.molgenis.util.Tuple; 
    714 
    815public class HelloWorldPlugin extends PluginModel 
    916{ 
    10         private static final long serialVersionUID = 5944394444180239960L; 
    11         private HelloWorldModel screenModel = new HelloWorldModel(); 
    12  
    1317        public HelloWorldPlugin(String name, ScreenModel parent) 
    1418        { 
    … …  
    2529        public String getViewTemplate() 
    2630        { 
    27                 // TODO Auto-generated method stub 
    2831                return "plugin/examples/helloworld/HelloWorldPlugin.ftl"; 
    2932        } 
    … …  
    3235        public void handleRequest(Database db, Tuple request) 
    3336        { 
    34                 this.logger.debug("handeling request in the plugin"); 
    35  
    36                 String action = request.getString(INPUT_ACTION); 
    37                 if ("do_update_name".equals(action)) 
    38                 { 
    39                         this.logger.debug("handeling update_name request"); 
    40                         getModel().setName(request.getString("new_name")); 
    41                 } 
     37                //replace example below with yours 
     38//              try 
     39//              { 
     40//              Database db = this.getDatabase(); 
     41//              String action = request.getString("__action"); 
     42//               
     43//              if( action.equals("do_add") ) 
     44//              { 
     45//                      Experiment e = new Experiment(); 
     46//                      e.set(request); 
     47//                      db.add(e); 
     48//              } 
     49//              } catch(Exception e) 
     50//              { 
     51//                      //e.g. show a message in your form 
     52//              } 
    4253        } 
    4354 
    … …  
    4556        public void reload(Database db) 
    4657        { 
    47                 //nothing to do here, see ExperimentPlugin for example on database interaction. 
     58//              try 
     59//              { 
     60//                      Database db = this.getDatabase(); 
     61//                      Query q = db.query(Experiment.class); 
     62//                      q.like("name", "test"); 
     63//                      List<Experiment> recentExperiments = q.find(); 
     64//                       
     65//                      //do something 
     66//              } 
     67//              catch(Exception e) 
     68//              { 
     69//                      //... 
     70//              } 
    4871        } 
    49  
    50         /** 
    51          * Although not required, it is good practice to put the 'state' of the 
    52          * application in separate object. This separation between controller (in 
    53          * 'this') and the model (in the 'model') makes the code easier to 
    54          * understand. The third component of this M(odel)V(iew)C(ontroller) is in 
    55          * the template that holds the 'view', that is the layout of the model. 
    56          */ 
    57         public HelloWorldModel getModel() 
     72         
     73        @Override 
     74        public boolean isVisible() 
    5875        { 
    59                 return this.screenModel; 
     76                //you can use this to hide this plugin, e.g. based on user rights. 
     77                //e.g. 
     78                //if(!this.getLogin().hasEditPermission(myEntity)) return false; 
     79                return true; 
    6080        } 
    61  
    6281} 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/portal/PortalIntegrationPlugin.ftl

    r2103 r2449  
    2626<#--begin your plugin-->         
    2727 
    28 <iframe src="${screen.getUrl()}" width="${screen.getWidth()}" height="${screen.getHeight()}" frameborder="0">\ 
    29 </iframe> 
    30  
     28Create your plugin layout code here. 
     29<#--<input name="myinput" value="${screen.getMyValue()}"> 
     30<input type="submit" value="Change name" onclick="__action.value='do_myaction';return true;"/--> 
     31         
    3132<#--end of your plugin-->        
    3233                        </div> 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/portal/PortalIntegrationPlugin.java

    r2326 r2449  
     1/* Date:        November 15, 2009 
     2 * Template:    PluginScreenJavaTemplateGen.java.ftl 
     3 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.2-testing 
     4 *  
     5 * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
     6 */ 
     7 
    18package plugin.examples.portal; 
    29 
    310import org.molgenis.framework.db.Database; 
     11import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    412import org.molgenis.framework.ui.PluginModel; 
    5 import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    613import org.molgenis.util.Tuple; 
    714 
    8 public class PortalIntegrationPlugin extends PluginModel  
     15public class PortalIntegrationPlugin extends PluginModel 
    916{ 
    10         //edit this to accomodate the desired iframe portal 
    11         private String url = "http://www.google.com"; 
    12  
    13         private String width = "100%"; 
    14         private String height = "400px"; 
    15          
    16         private static final long serialVersionUID = 5944394444180239960L; 
    17  
    1817        public PortalIntegrationPlugin(String name, ScreenModel parent) 
    1918        { 
    … …  
    2423        public String getViewName() 
    2524        { 
    26                 //this will call the macro in the template, see below 
    2725                return "plugin_examples_portal_PortalIntegrationPlugin"; 
    2826        } 
    … …  
    3129        public String getViewTemplate() 
    3230        { 
    33                 //you need to edit this if your plugin path changes... 
    3431                return "plugin/examples/portal/PortalIntegrationPlugin.ftl"; 
    3532        } 
    … …  
    3835        public void handleRequest(Database db, Tuple request) 
    3936        { 
    40                 //nothing to do here.  
     37                //replace example below with yours 
     38//              try 
     39//              { 
     40//              Database db = this.getDatabase(); 
     41//              String action = request.getString("__action"); 
     42//               
     43//              if( action.equals("do_add") ) 
     44//              { 
     45//                      Experiment e = new Experiment(); 
     46//                      e.set(request); 
     47//                      db.add(e); 
     48//              } 
     49//              } catch(Exception e) 
     50//              { 
     51//                      //e.g. show a message in your form 
     52//              } 
    4153        } 
    4254 
    … …  
    4456        public void reload(Database db) 
    4557        { 
    46                 //nothing to do here 
    47                 //could ask parent form for parameter, e.g. 
    48                  
    49                 //this is the path to the parent form you want to link from: 
    50                 //FormScreen<Experiment> parentForm = ((FormScreen<Experiment>)this.get(height) 
    51                  
    52                 //this is the visible record: 
    53                 //Experiment e = parentForm.getRecords().get(0); 
    54                  
    55                 //create an url from it: 
    56                 //this.url = "http://pathtomyscript?parameter="+e.getId(); 
    57                  
    58                 this.url = "http://www.google.com"; 
    59                  
     58//              try 
     59//              { 
     60//                      Database db = this.getDatabase(); 
     61//                      Query q = db.query(Experiment.class); 
     62//                      q.like("name", "test"); 
     63//                      List<Experiment> recentExperiments = q.find(); 
     64//                       
     65//                      //do something 
     66//              } 
     67//              catch(Exception e) 
     68//              { 
     69//                      //... 
     70//              } 
    6071        } 
    6172         
    62 //BORING GETTERS BELOW   
    63         public String getUrl() 
     73        @Override 
     74        public boolean isVisible() 
    6475        { 
    65                 return url; 
     76                //you can use this to hide this plugin, e.g. based on user rights. 
     77                //e.g. 
     78                //if(!this.getLogin().hasEditPermission(myEntity)) return false; 
     79                return true; 
    6680        } 
    67  
    68         public String getWidth() 
    69         { 
    70                 return width; 
    71         } 
    72  
    73         public String getHeight() 
    74         { 
    75                 return height; 
    76         } 
    77  
    78          
    7981} 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/wizard/WizardPlugin.ftl

    r2080 r2449  
    1 <!--Date:        July 24, 2009 
    2  * Template:    PluginScreenFTLTemplateGen.ftl.ftl 
    3  * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenFTLTemplateGen 3.3.0-testing 
    4  *  
    5  * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
    6 --> 
    71<#macro plugin_examples_wizard_WizardPlugin screen> 
    82<!-- normally you make one big form for the whole plugin--> 
    … …  
    126        <!--needed in every form: to define the action. This can be set by the submit button--> 
    137        <input type="hidden" name="__action" /> 
    14           
     8         
    159<!-- this shows a title and border --> 
    1610        <div class="formscreen"> 
    … …  
    3226<#--begin your plugin-->         
    3327 
    34 <table> 
    35 <#list screen.inputs as input> 
    36 <tr><td><label>${input.label}</label></td><td>${input.html}</td></tr> 
    37 </#list> 
    38 </table> 
    39  
    40 <#list screen.actions as action> 
    41 ${action.html} 
    42 </#list> 
     28Create your plugin layout code here. 
     29<#--<input name="myinput" value="${screen.getMyValue()}"> 
     30<input type="submit" value="Change name" onclick="__action.value='do_myaction';return true;"/--> 
    4331         
    4432<#--end of your plugin-->        

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/examples/wizard/WizardPlugin.java

    r2326 r2449  
    1 /* Date:        July 24, 2009 
     1/* Date:        November 15, 2009 
    22 * Template:    PluginScreenJavaTemplateGen.java.ftl 
    3  * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.0-testing 
     3 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.2-testing 
    44 *  
    55 * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
    … …  
    88package plugin.examples.wizard; 
    99 
    10 import java.util.ArrayList; 
    11 import java.util.List; 
    12  
    1310import org.molgenis.framework.db.Database; 
    14 import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    15 import org.molgenis.framework.db.QueryRule.Operator; 
     11import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    1612import org.molgenis.framework.ui.PluginModel; 
    17 import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    18 import org.molgenis.framework.ui.html.ActionInput; 
    19 import org.molgenis.framework.ui.html.HtmlInput; 
    20 import org.molgenis.framework.ui.html.MrefInput; 
    21 import org.molgenis.framework.ui.html.XrefInput; 
    2213import org.molgenis.util.Tuple; 
    2314 
    24 import example.Experiment; 
    25 import example.Sample; 
    26  
    2715public class WizardPlugin extends PluginModel 
    28 {  
    29         //remember current step of this wizard 
    30         private int step = 1; 
    31         //form currently to be shown 
    32         private List<HtmlInput> inputs = new ArrayList<HtmlInput>(); 
    33         //actions to be shown 
    34         private List<HtmlInput> actions = new ArrayList<HtmlInput>(); 
    35          
    36         //values to be collected 
    37         Integer experimentId = null; 
    38          
    39          
     16{ 
    4017        public WizardPlugin(String name, ScreenModel parent) 
    4118        { 
    … …  
    5835        public void handleRequest(Database db, Tuple request) 
    5936        { 
    60                 String action = request.getAction(); 
    61                 if("goto_step2".equals(action)) 
    62                 { 
    63                         //validate the input 
    64                         //... 
    65                         experimentId = request.getInt("experiment_id"); 
    66                          
    67                         //goto step 2 
    68                         step = 2; 
    69                 } 
    70                 else if("back".equals(action)) 
    71                 { 
    72                         if(step > 1) step--; 
    73                 } 
    74                 else if("reset".equals(action)) 
    75                 { 
    76                         experimentId = null; 
    77                         step = 1; 
    78                 } 
     37                //replace example below with yours 
     38//              try 
     39//              { 
     40//              Database db = this.getDatabase(); 
     41//              String action = request.getString("__action"); 
     42//               
     43//              if( action.equals("do_add") ) 
     44//              { 
     45//                      Experiment e = new Experiment(); 
     46//                      e.set(request); 
     47//                      db.add(e); 
     48//              } 
     49//              } catch(Exception e) 
     50//              { 
     51//                      //e.g. show a message in your form 
     52//              } 
    7953        } 
    8054 
    … …  
    8256        public void reload(Database db) 
    8357        { 
    84                 //clear wizard 
    85                 inputs.clear(); 
    86                 actions.clear(); 
    87                  
    88                 //step 1: choose experiment 
    89                 if(step == 1) 
    90                 {        
    91                         //add chooser for experiments 
    92                         XrefInput selectExperiment = new XrefInput("experiment_id",experimentId); 
    93                         selectExperiment.setXrefEntity(Experiment.class); 
    94                         selectExperiment.setXrefLabel("name"); 
    95                         selectExperiment.setXrefField("id"); 
    96                         selectExperiment.setTooltip("choose one experiment and click next"); 
    97                          
    98                         inputs.add(selectExperiment); 
    99                          
    100                         //add action to go next 
    101                         ActionInput next = new ActionInput("goto_step2"); 
    102                         next.setLabel("next"); 
    103                          
    104                         actions.add(next); 
    105                 } 
    106                  
    107                 //step 2: choose samples from this experiment 
    108                 else if(step == 2) 
    109                 { 
    110                         MrefInput selectSample = new MrefInput("sample_ids",null); 
    111                         selectSample.setXrefEntity(Sample.class); 
    112                         //todo: automate the filling in of label and field 
    113                         //add therefore default xref_label to <entity xref_label = ... 
    114                         selectSample.setXrefLabel("name"); 
    115                         selectSample.setXrefField("id"); 
    116                         selectSample.setXrefFilters(new QueryRule("experiment",Operator.EQUALS, experimentId)); 
    117                         selectSample.setTooltip("choose one or more samples and click next"); 
    118          
    119                         inputs.add(selectSample); 
    120                          
    121                         //add action to go next, and back 
    122                         ActionInput next = new ActionInput("goto_step2"); 
    123                         next.setLabel("next"); 
    124                         ActionInput back = new ActionInput("back"); 
    125                         back.setLabel("back"); 
    126                          
    127                         actions.add(next); 
    128                         actions.add(back);                       
    129                 } 
    130                  
    131                 //step 3: generate a datase 
    132                  
     58//              try 
     59//              { 
     60//                      Database db = this.getDatabase(); 
     61//                      Query q = db.query(Experiment.class); 
     62//                      q.like("name", "test"); 
     63//                      List<Experiment> recentExperiments = q.find(); 
     64//                       
     65//                      //do something 
     66//              } 
     67//              catch(Exception e) 
     68//              { 
     69//                      //... 
     70//              } 
    13371        } 
    13472         
    … …  
    14179                return true; 
    14280        } 
    143  
    144         public List<HtmlInput> getInputs() 
    145         { 
    146                 return inputs; 
    147         } 
    148  
    149         public void setInputs(List<HtmlInput> inputs) 
    150         { 
    151                 this.inputs = inputs; 
    152         } 
    153  
    154         public List<HtmlInput> getActions() 
    155         { 
    156                 return actions; 
    157         } 
    158  
    159         public void setActions(List<HtmlInput> actions) 
    160         { 
    161                 this.actions = actions; 
    162         } 
    16381} 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/query/view/MartView.ftl

    r2103 r2449  
    1 <!--Date:        May 10, 2009 
    2  * Template:    PluginScreenFTLTemplateGen.ftl.ftl 
    3  * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenFTLTemplateGen 3.3.0-testing 
    4  *  
    5  * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
    6 --> 
    71<#macro plugin_query_view_MartView screen> 
    82<!-- normally you make one big form for the whole plugin--> 
    … …  
    1812                ${screen.label} 
    1913                </div> 
    20                   
     14                 
    2115                <#--optional: mechanism to show messages--> 
    2216                <#list screen.getMessages() as message> 
    … …  
    3024                <div class="screenbody"> 
    3125                        <div class="screenpadding">      
    32 <script> 
     26<#--begin your plugin-->         
    3327 
    34  
    35  
    36 </script>                        
    37                          
    38                          
    39 <#--begin your plugin--> 
    40 Current query: 
    41 <#if screen.sql?exists>${screen.sql}<#else>NONE</#if> 
    42 <br/> 
    43 <#list screen.entities as entity> 
    44 ${entity.name}<br/> 
    45 <#list entity.fields as field> 
    46 &nbsp;&nbsp;<input type="checkbox" name="select_field" VALUE="${entity.name}.${field.name}">${field.name}<br/> 
    47 </#list> 
    48 </#list> 
    49 <input type="submit" onclick="__action.value='update_selection';return true;" value="update_selection"/> 
    50  
    51 <#--<table> 
    52 <#list screen.inputs as input> 
    53 <tr><td><label>${input.label}</label></td><td>${input.html}</td></tr> 
    54 </#list> 
    55 <table> 
    56 <#list screen.actions as action>${action.html}</#list--> 
     28Create your plugin layout code here. 
     29<#--<input name="myinput" value="${screen.getMyValue()}"> 
     30<input type="submit" value="Change name" onclick="__action.value='do_myaction';return true;"/--> 
    5731         
    5832<#--end of your plugin-->        

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugin/query/view/MartView.java

    r2349 r2449  
    1 /* Date:        May 10, 2009 
     1/* Date:        November 15, 2009 
    22 * Template:    PluginScreenJavaTemplateGen.java.ftl 
    3  * generator:   org.molgenis.generators.screen.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.0-testing 
     3 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenJavaTemplateGen 3.3.2-testing 
    44 *  
    55 * THIS FILE IS A TEMPLATE. PLEASE EDIT :-) 
    … …  
    88package plugin.query.view; 
    99 
    10 import java.util.ArrayList; 
    11 import java.util.List; 
    12  
    13 import org.molgenis.framework.db.JoinQuery; 
    1410import org.molgenis.framework.db.Database; 
     11import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    1512import org.molgenis.framework.ui.PluginModel; 
    16 import org.molgenis.framework.ui.ScreenMessage; 
    17 import org.molgenis.framework.ui.ScreenModel; 
    18 import org.molgenis.model.elements.Entity; 
    19 import org.molgenis.model.elements.Model; 
    2013import org.molgenis.util.Tuple; 
    2114 
    2215public class MartView extends PluginModel 
    2316{ 
    24         //layout:  
    25         //left a 'data model browser' with all entities and fields 
    26         //right 'count/list preview' of the selected result 
    27         //initially refresh action executes this as it may take some time 
    28          
    29         //data model browser dialog: 
    30         //selection to show all or selected only 
    31         //all fields are shown in a tree with entities as nodes 
    32         //mouse over or [?] shows annotation 
    33         //a field can be ticked to be selected 
    34         //a field can be ticked to create a filter rule 
    35         //left join is assumed -> otherwise a rule can be set? 
    36          
    37         //count/list preview: 
    38         //headers show selected fields including joinpath in small 
    39         //columns can be moved in the resultset to change column ordering 
    40         //columns can be set to be sorted (asc/desc) 
    41         //pagination is assumed and suitable limits set (e.g. 100) 
    42          
    43         //filters dialog: 
    44         //a ticked field can be enhanced with a filter 
    45         //future: each filter has a name A or B and C 
    46         //filter depends on the type  
    47         //-> enum/xrefs are listed with appropriate dialogs 
    48         //-> equals filters can have multiple values seperated by spaces or ',' 
    49         //-> date shows date dialogue 
    50         //inverse xrefs are shown as optional related elements (subnodes of tree) 
    51          
    52          
    53         //step one: show a set of main nodes to choose from 
    54         //only one root node can be opened at one time 
    55         //from each node there can be an endless path (except circular references) 
    56          
    57          
    58         //from one selected node, show a tree of related entities (nodes) and fields (leafs)  
    59         //each entity is shown closed but can be opened up for adding its fields 
    60         //this depends whether the  
    61         //each action should send to server which nodes are opened 
    62          
    63         //a query is a variant of this tree with selected fields 
    64          
    65         private List<String> selectedFields = new ArrayList<String>(); 
    66         private List<Entity> entities = new ArrayList<Entity>(); 
    67         private String sql = "NONE"; 
    68          
    69  
    70         public List<Entity> getEntities() 
    71         { 
    72                 return entities; 
    73         } 
    74  
    75         public void setEntities(List<Entity> entities) 
    76         { 
    77                 this.entities = entities; 
    78         } 
    79  
    8017        public MartView(String name, ScreenModel parent) 
    8118        { 
    8219                super(name, parent); 
    83         }  
     20        } 
    8421 
    8522        @Override 
    … …  
    9835        public void handleRequest(Database db, Tuple request) 
    9936        { 
    100                 logger.debug("Handle request "+request); 
    101                 // set field selection 
    102                 if ("update_selection".equals(request.getAction())) 
    103                 { 
    104                         logger.debug("update selection"); 
    105                         selectedFields.clear(); 
    106                         if (request.getObject("select_field") != null) 
    107                         { 
    108                                 logger.debug("add field"); 
    109                                 for (Object f : request.getList("select_field")) 
    110                                         selectedFields.add((String) f); 
    111                         } 
    112                 } 
    113                 else if ("clear_selection".equals(request.getAction())) 
    114                 { 
    115                         selectedFields.clear(); 
    116                 } 
    117  
    118                 // replace example below with yours 
    119                 // try 
    120                 // { 
    121                 // Database db = this.getDatabase(); 
    122                 // String action = request.getString("__action"); 
    123                 //               
    124                 // if( action.equals("do_add") ) 
    125                 // { 
    126                 // Experiment e = new Experiment(); 
    127                 // e.set(request); 
    128                 // db.add(e); 
    129                 // } 
    130                 // } catch(Exception e) 
    131                 // { 
    132                 // //e.g. show a message in your form 
    133                 // } 
     37                //replace example below with yours 
     38//              try 
     39//              { 
     40//              Database db = this.getDatabase(); 
     41//              String action = request.getString("__action"); 
     42//               
     43//              if( action.equals("do_add") ) 
     44//              { 
     45//                      Experiment e = new Experiment(); 
     46//                      e.set(request); 
     47//                      db.add(e); 
     48//              } 
     49//              } catch(Exception e) 
     50//              { 
     51//                      //e.g. show a message in your form 
     52//              } 
    13453        } 
    13554 
    … …  
    13756        public void reload(Database db) 
    13857        { 
    139                 try 
    140                 { 
    141                         Model m = db.getMetaData(); 
    142                         entities = m.getEntities(); 
    143                          
    144                         JoinQuery q = new JoinQuery(db,selectedFields); 
    145                         this.sql = q.toFindSql(); 
    146  
    147                 } 
    148                 catch (Exception e) 
    149                 { 
    150                         this.setMessages(new ScreenMessage(e.getMessage(),false)); 
    151                         this.sql="NONE"; 
    152                         e.printStackTrace(); 
    153                 } 
    154                  
    155                 // try 
    156                 // { 
    157                 // Database db = this.getDatabase(); 
    158                 // Query q = db.query(Experiment.class); 
    159                 // q.like("name", "test"); 
    160                 // List<Experiment> recentExperiments = q.find(); 
    161                 //                       
    162                 // //do something 
    163                 // } 
    164                 // catch(Exception e) 
    165                 // { 
    166                 // //... 
    167                 // } 
     58//              try 
     59//              { 
     60//                      Database db = this.getDatabase(); 
     61//                      Query q = db.query(Experiment.class); 
     62//                      q.like("name", "test"); 
     63//                      List<Experiment> recentExperiments = q.find(); 
     64//                       
     65//                      //do something 
     66//              } 
     67//              catch(Exception e) 
     68//              { 
     69//                      //... 
     70//              } 
    16871        } 
    169  
    170         public String getSql() 
    171         { 
    172                 return sql; 
    173         } 
    174  
    175         public void setSql(String sql) 
    176         { 
    177                 this.sql = sql; 
    178         } 
    179  
     72         
    18073        @Override 
    18174        public boolean isVisible() 
    18275        { 
    183                 // you can use this to hide this plugin, e.g. based on user rights. 
    184                 // e.g. 
    185                 // if(!this.getLogin().hasEditPermission(myEntity)) return false; 
     76                //you can use this to hide this plugin, e.g. based on user rights. 
     77                //e.g. 
     78                //if(!this.getLogin().hasEditPermission(myEntity)) return false; 
    18679                return true; 
    18780        } 
    188  
    189 //      public List<HtmlInput> getInputs() 
    190 //      { 
    191 //              List<HtmlInput> inputs = new ArrayList<HtmlInput>(); 
    192 //              for (EntityMetaData em : model.getEntities()) 
    193 //              { 
    194 //                      for (FieldMetaData fm : em.getAllFields()) 
    195 //                      { 
    196 //                              String field = em.getName() + "." + fm.getName(); 
    197 //                              OnoffInput bi = new OnoffInput("field", selectedFields.contains(field)); 
    198 //                              bi.setOnValue(field); 
    199 //                              bi.setLabel(field); 
    200 //                              inputs.add(bi); 
    201 //                      } 
    202 //              } 
    203 // 
    204 //              return inputs; 
    205 //      } 
    206 // 
    207 //      public List<HtmlInput> getActions() 
    208 //      { 
    209 //              List<HtmlInput> inputs = new ArrayList<HtmlInput>(); 
    210 //              inputs.add(new ActionInput("add fields")); 
    211 //              inputs.add(new ActionInput("clear fields")); 
    212 //              return inputs; 
    213 //      } 
    214 // 
    215 //      public MolgenisMetaData getModel() 
    216 //      { 
    217 //              // load the metadata 
    218 //              Model m; 
    219 //              try 
    220 //              { 
    221 //                      URL u = MartView.class.getResource("molgenis.properties"); 
    222 //                      // File f = new File(u.getFile()); 
    223 //                      // Properties p = new Properties(); 
    224 //                      // p.load(new FileInputStream(f)); 
    225 //                      m = MolgenisLanguage.parse(new MolgenisOptions(u.getFile())); 
    226 //                      return new MolgenisMetaDataImp(m); 
    227 //              } 
    228 //              catch (Exception e) 
    229 //              { 
    230 //                      // TODO Auto-generated catch block 
    231 //                      e.printStackTrace(); 
    232 //              } 
    233 //              return null; 
    234 //      } 
    235 // 
    236 //      public String getSql() 
    237 //      { 
    238 //              try 
    239 //              { 
    240 //                      CustomQuery q = new CustomQuery(model); 
    241 //                      q.setFields(selectedFields.toArray(new String[selectedFields.size()])); 
    242 //                      return q.toFindSql(); 
    243 //              } 
    244 //              catch (Exception e) 
    245 //              { 
    246 //                      //e.printStackTrace(); 
    247 //                      return e.getMessage(); 
    248 //              } 
    249 //      } 
    25081} 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/dbquery/ExperimentQueryModel.java

    r2263 r2449  
    1 package plugin.examples.dbquery; 
     1package plugins.examples.dbquery; 
    22 
    33import java.util.ArrayList; 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/dbquery/ExperimentQueryPlugin.java

    r2326 r2449  
    1 package plugin.examples.dbquery; 
     1package plugins.examples.dbquery; 
    22 
    33import java.util.ArrayList; 
    … …  
    3535        public String getViewTemplate() 
    3636        { 
    37                 return "plugin/examples/dbquery/ExperimentQueryPlugin.ftl"; 
     37                return "plugins/examples/dbquery/ExperimentQueryPlugin.ftl"; 
    3838        } 
    3939 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/file/FileServingPlugin.java

    r2326 r2449  
    66 */ 
    77 
    8 package plugin.examples.file; 
     8package plugins.examples.file; 
    99 
    1010import java.io.BufferedWriter; 
    … …  
    5858        public String getViewTemplate() 
    5959        { 
    60                 return "plugin/examples/file/FileServingPlugin.ftl"; 
     60                return "plugins/examples/file/FileServingPlugin.ftl"; 
    6161        } 
    6262 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/helloworld/HelloWorldModel.java

    r2079 r2449  
    1 package plugin.examples.helloworld; 
     1package plugins.examples.helloworld; 
    22 
    33public class HelloWorldModel   

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/helloworld/HelloWorldPlugin.java

    r2326 r2449  
    1 package plugin.examples.helloworld; 
     1package plugins.examples.helloworld; 
    22 
    33import org.molgenis.framework.db.Database; 
    … …  
    2626        { 
    2727                // TODO Auto-generated method stub 
    28                 return "plugin/examples/helloworld/HelloWorldPlugin.ftl"; 
     28                return "plugins/examples/helloworld/HelloWorldPlugin.ftl"; 
    2929        } 
    3030 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/portal/PortalIntegrationPlugin.java

    r2326 r2449  
    1 package plugin.examples.portal; 
     1package plugins.examples.portal; 
    22 
    33import org.molgenis.framework.db.Database; 
    … …  
    3232        { 
    3333                //you need to edit this if your plugin path changes... 
    34                 return "plugin/examples/portal/PortalIntegrationPlugin.ftl"; 
     34                return "plugins/examples/portal/PortalIntegrationPlugin.ftl"; 
    3535        } 
    3636 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/switchmacro/SwitchPlugin.java

    r2326 r2449  
    66 */ 
    77 
    8 package plugin.examples.switchmacro; 
     8package plugins.examples.switchmacro; 
    99 
    1010import org.molgenis.framework.db.Database; 
    … …  
    3737        public String getViewTemplate() 
    3838        { 
    39                 return "plugin/examples/test/SwitchPlugin.ftl"; 
     39                return "plugins/examples/test/SwitchPlugin.ftl"; 
    4040        } 
    4141 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/examples/wizard/WizardPlugin.java

    r2326 r2449  
    66 */ 
    77 
    8 package plugin.examples.wizard; 
     8package plugins.examples.wizard; 
    99 
    1010import java.util.ArrayList; 
    … …  
    5252        public String getViewTemplate() 
    5353        { 
    54                 return "plugin/examples/wizard/WizardPlugin.ftl"; 
     54                return "plugins/examples/wizard/WizardPlugin.ftl"; 
    5555        } 
    5656 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/login/DatabaseLogin.java

    r2303 r2449  
    1 package plugin.login; 
     1package plugins.login; 
    22 
    33import java.text.ParseException; 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/query/meta/EntityMetaData.java

    r2067 r2449  
    1 package plugin.query.meta; 
     1package plugins.query.meta; 
    22 
    33import java.util.List; 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/query/meta/FieldMetaData.java

    r2067 r2449  
    1 package plugin.query.meta; 
     1package plugins.query.meta; 
    22 
    33 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/query/meta/MetaDataException.java

    r2067 r2449  
    1 package plugin.query.meta; 
     1package plugins.query.meta; 
    22 
    33public class MetaDataException extends Exception { 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/query/meta/MolgenisMetaData.java

    r2067 r2449  
    1 package plugin.query.meta; 
     1package plugins.query.meta; 
    22 
    33import java.util.List; 

  • molgenis_distro/3.3/handwritten/java/plugins/query/view/MartView.java

    r2349 r2449  
    66 */ 
    77 
    8 package plugin.query.view; 
     8package plugins.query.view; 
    99 
    1010import java.util.ArrayList; 
    … …  
    9292        public String getViewTemplate() 
    9393        { 
    94                 return "plugin/query/view/MartView.ftl"; 
     94                return "plugins/query/view/MartView.ftl"; 
    9595        } 
    9696 

  • molgenis_distro/3.3/molgenis_db.xml

    r2415 r2449  
    3333                <field name="Sex" type="enum" enum_options="[male,female,unknown]" 
    3434                        description="Fixed choice on Sex" /> 
    35                 <field name="Experiment" type="xref" xref_field="Experiment.Id" 
     35                <field name="Experiment" type="xref" xref_field="Experiment.Id" xref_label="Name" 
    3636                        description="Samples are part-of one experiment (by cross reference to Experiment.id)" /> 
    3737                <field name="SampleTime" type="datetime"/> 

  • molgenis_distro/3.3/molgenis_ui.xml

    r2134 r2449  
    55        --> 
    66<molgenis name="example"> 
    7         <menu name="topmenu" position="top_right" startwith="Login"> 
    8                 <menu name="Main" position="left"> 
    9                         <form name="Experiment" entity="Experiment"> 
    10                                 <menu name="ExperimentMenu" position="top_left"> 
    11                                         <form name="Samples" entity="Sample" view="list" /> 
    12                                         <form name="Traits" entity="Trait" view="list" /> 
    13                                         <form name="Measurements" entity="Measurement"> 
    14                                                 <form name="Data" entity="Data" /> 
    15                                         </form> 
    16                                 </menu> 
    17                         </form> 
    18                         <menu name="pluginexamples" label="Plugin examples"> 
    19                                 <plugin name="Google" type="plugin.examples.portal.PortalIntegrationPlugin" /> 
    20                                 <plugin name="HelloWorld" type="plugin.examples.helloworld.HelloWorldPlugin" /> 
    21                                 <plugin name="ExperimentQuery" type="plugin.examples.dbquery.ExperimentQueryPlugin" /> 
    22                                 <plugin name="WizardPlugin" type="plugin.examples.wizard.WizardPlugin" /> 
    23                                 <plugin name="FileServingPlugin" type="plugin.examples.file.FileServingPlugin"/> 
     7        <plugin name="molgenis_header" type="plugins.header.MolgenisHeader" /> 
     8        <menu name="Main" position="left"> 
     9                <form name="Experiments" entity="Experiment"> 
     10                        <menu name="ExperimentMenu" position="top_left"> 
     11                                <form name="Samples" entity="Sample" view="list" /> 
     12                                <form name="Traits" entity="Trait" view="list" /> 
     13                                <form name="Measurements" entity="Measurement"> 
     14                                        <form name="Data" entity="Data" /> 
     15                                </form> 
    2416                        </menu> 
    25                         <plugin name="MartView" type="plugin.query.view.MartView"/> 
    26                         <!-- 
    27                                 <report name="alldata" 
    28                                 fields="sample.name,trait.name,measurement.value" 
    29                                 labels="sample,trait,value" /> <report name="bigvalues"> <output 
    30                                 name="sample.name" /> <output name="trait.name" /> <output 
    31                                 name="measurement.value" /> <fiter>measurement.value &gt; 10</fiter> 
    32                                 </report> <report name="countsamples" 
    33                                 fields="investigation.name,count(sample.id)"/> 
    34                         --> 
    35                         <!-- plugin name="martview" type="plugin.query.view.MartView"/--> 
     17                </form> 
     18                <menu name="pluginexamples" label="Plugin examples"> 
     19                        <plugin name="Google" type="plugin.examples.portal.PortalIntegrationPlugin" /> 
     20                        <plugin name="HelloWorld" type="plugin.examples.helloworld.HelloWorldPlugin" /> 
     21                        <plugin name="ExperimentQuery" type="plugin.examples.dbquery.ExperimentQueryPlugin" /> 
     22                        <plugin name="WizardPlugin" type="plugin.examples.wizard.WizardPlugin" /> 
     23                        <plugin name="FileServingPlugin" type="plugin.examples.file.FileServingPlugin" /> 
    3624                </menu> 
    37                 <plugin name="model_documentation" label="Documentation"  type="plugin.topmenu.DocumentationScreen"/> 
    38                 <plugin name="APIs" label="Programming Interfaces" type="plugin.topmenu.ApiScreen"/> 
    39                 <plugin name="Login" label="Login" type="plugin.topmenu.LoginScreen"/> 
     25                <plugin name="MartView" type="plugin.query.view.MartView" /> 
     26                <!-- 
     27                        <report name="alldata" fields="sample.name,trait.name,measurement.value" 
     28                        labels="sample,trait,value" /> <report name="bigvalues"> <output 
     29                        name="sample.name" /> <output name="trait.name" /> <output 
     30                        name="measurement.value" /> <fiter>measurement.value &gt; 10</fiter> 
     31                        </report> <report name="countsamples" 
     32                        fields="investigation.name,count(sample.id)"/> 
     33                --> 
     34                <!-- plugin name="martview" type="plugin.query.view.MartView"/--> 
    4035        </menu> 
    4136</molgenis> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.