Changeset 2671 for molgenis4animaldb


Ignore:
Timestamp:
03/03/10 17:03:03 (2 years ago)
Author:
erikroos
Message:

Corrected entity names for case problems (entities starting with caps result in table names starting with lower case, and then Linux like systems can't find the tables anymore).
Found bug: when generating a link table for an mref, the table name is in lower case instead of starting with a capital as with all the other tables!

Location:
molgenis4animaldb
Files:
8 deleted
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis4animaldb/.project

    r2658 r2671  
    3434                <nature>org.eclipse.jem.workbench.JavaEMFNature</nature> 
    3535        </natures> 
    36         <linkedResources> 
    37                 <link> 
    38                         <name>WebContent/res/img/funnel.jpg</name> 
    39                         <type>1</type> 
    40                         <location>C:/Documents and Settings/Administrator/workspace/molgenis4animaldb/WebContent/res/img/funnel.jpg</location> 
    41                 </link> 
    42                 <link> 
    43                         <name>WebContent/res/img/nofunnel.jpg</name> 
    44                         <type>1</type> 
    45                         <location>C:/Documents and Settings/Administrator/workspace/molgenis4animaldb/WebContent/res/img/nofunnel.jpg</location> 
    46                 </link> 
    47         </linkedResources> 
    4836</projectDescription> 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/decorators/EventTypeDecorator.java

    r2658 r2671  
    2121import org.molgenis.framework.db.jdbc.JDBCMapper; 
    2222 
    23 import animaldb.EventType; 
     23import animaldb.Eventtype; 
    2424import animaldb.Feature; 
    2525import animaldb.Ontology; 
    2626 
    27 public class EventTypeDecorator extends MappingDecorator<animaldb.EventType> 
     27public class EventTypeDecorator extends MappingDecorator<animaldb.Eventtype> 
    2828{ 
    2929        //JDBCMapper is the generate thing 
    … …  
    3333        } 
    3434         
    35         private boolean CheckForEmptyFeatures(List<animaldb.EventType> entities) { 
     35        private boolean CheckForEmptyFeatures(List<animaldb.Eventtype> entities) { 
    3636 
    3737                // get ID for Dummy entry in Ontology 
    … …  
    5050                dummyFeatureList.add(DummyID); 
    5151                 
    52                 for (EventType et : entities) { 
     52                for (Eventtype et : entities) { 
    5353                        List<Integer> featureList = et.getFeatures(); 
    5454                        if (featureList.isEmpty()) { 
    … …  
    6060        } 
    6161 
    62         public int add(List<animaldb.EventType> entities) throws DatabaseException 
     62        public int add(List<animaldb.Eventtype> entities) throws DatabaseException 
    6363        { 
    6464                int count = 0; 
    … …  
    7575        } 
    7676 
    77         public int update(List<animaldb.EventType> entities) throws DatabaseException 
     77        public int update(List<animaldb.Eventtype> entities) throws DatabaseException 
    7878        { 
    7979                int count = 0; 
    … …  
    9090 
    9191        @Override 
    92         public int remove(List<animaldb.EventType> entities) throws DatabaseException 
     92        public int remove(List<animaldb.Eventtype> entities) throws DatabaseException 
    9393        { 
    9494                // add your pre-processing here 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/decorators/FeatureDecorator.java

    r2632 r2671  
    2222import org.molgenis.framework.db.jdbc.JDBCMapper; 
    2323 
    24 import animaldb.EventType; 
    25 import animaldb.EventType_features; 
     24import animaldb.Eventtype; 
     25import animaldb.Eventtype_features; 
    2626import animaldb.Feature; 
    2727 
    … …  
    4343                        // Add corresponding event type 
    4444                        eventTypeName = "Set" + featureName; 
    45                         EventType eventType = new EventType(); 
     45                        Eventtype eventType = new Eventtype(); 
    4646                        eventType.setName(eventTypeName); 
    4747                        try { 
    … …  
    5757                        // Get event type and feature ID 
    5858                        int etId = -99; 
    59                         Query q = db.query(EventType.class); 
     59                        Query q = db.query(Eventtype.class); 
    6060                        q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, eventTypeName)); 
    6161                        try { 
    62                                 List<EventType> eventTypeList = q.find();                
    63                                 for (EventType et : eventTypeList) { 
     62                                List<Eventtype> eventTypeList = q.find();                
     63                                for (Eventtype et : eventTypeList) { 
    6464                                        etId = et.getId(); 
    6565                                } 
    … …  
    8888 
    8989                        // Add entry to coupling table 
    90                         EventType_features efEntry = new EventType_features(); 
    91                         efEntry.setEventType(etId); 
     90                        Eventtype_features efEntry = new Eventtype_features(); 
     91                        efEntry.setEventtype(etId); 
    9292                        efEntry.setFeatures(featId); 
    9393                        try { 
    … …  
    114114                        // Remove corresponding event type 
    115115                        eventTypeName = "Set" + featureName; 
    116                         Query q = db.query(EventType.class); 
     116                        Query q = db.query(Eventtype.class); 
    117117                        q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, eventTypeName)); 
    118118                        try { 
    119                                 List<EventType> eventTypeList = q.find(); 
    120                                 for (EventType et : eventTypeList) { 
     119                                List<Eventtype> eventTypeList = q.find(); 
     120                                for (Eventtype et : eventTypeList) { 
    121121                                        db.remove(et); 
    122122                                } 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/addevent/AddEventPlugin.java

    r2658 r2671  
    2525 
    2626import animaldb.Event; 
    27 import animaldb.EventType; 
    28 import animaldb.EventType_features; 
     27import animaldb.Eventtype; 
     28import animaldb.Eventtype_features; 
    2929import animaldb.Feature; 
    3030import animaldb.Ontology; 
    … …  
    3838        private static final long serialVersionUID = 783393812835980181L; 
    3939        private int success; 
    40         private List<EventType> eventTypeList; 
     40        private List<Eventtype> eventTypeList; 
    4141        private int selectedEventType; // not used at the moment 
    4242        private List<Target> animalList; 
    … …  
    6565         
    6666        // Event type related methods: 
    67         public List<EventType> getEventTypeList() { 
     67        public List<Eventtype> getEventTypeList() { 
    6868                return eventTypeList; 
    6969        } 
    70         public void setEventTypeList(List<EventType> eventTypeList) { 
     70        public void setEventTypeList(List<Eventtype> eventTypeList) { 
    7171                this.eventTypeList = eventTypeList; 
    7272        } 
    … …  
    170170        { 
    171171                // Populate event type list 
    172                 Query q = db.query(EventType.class); 
     172                Query q = db.query(Eventtype.class); 
    173173                try { 
    174174                        this.setEventTypeList(q.find()); 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/listplugin/ListPlugin.java

    r2658 r2671  
    2121import org.molgenis.util.Tuple; 
    2222 
    23 import animaldb.EventType; 
     23import animaldb.Eventtype; 
    2424import animaldb.Feature; 
    2525import animaldb.Ontology; 
    … …  
    194194                        firstTime = false; 
    195195                        // Populate animal list 
    196                         Query q = db.query(EventType.class); 
     196                        Query q = db.query(Eventtype.class); 
    197197                        q = db.query(Ontology.class); 
    198198                        q.addRules(new QueryRule("termtype", Operator.EQUALS, "Animal")); 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/servlets/AddEventMenuServlet.java

    r2657 r2671  
    1313import org.apache.log4j.Logger; 
    1414import org.molgenis.framework.db.Database; 
    15 import org.molgenis.framework.db.Query; 
    1615import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    1716import org.molgenis.framework.db.QueryRule.Operator; 
     17import org.molgenis.framework.ui.html.DateInput; 
     18import org.molgenis.framework.ui.html.HtmlInput; 
    1819import org.molgenis.util.HttpServletRequestTuple; 
    1920import org.molgenis.util.Tuple; 
    2021 
    21 import animaldb.EventType; 
    22 import animaldb.EventType_features; 
     22import animaldb.Eventtype_features; 
    2323import animaldb.Feature; 
    2424import animaldb.Ontology; 
    2525import animaldb.Target; 
    2626 
    27 public class AddEventMenuServlet extends app.servlet.MolgenisServlet 
    28 { 
     27public class AddEventMenuServlet extends app.servlet.MolgenisServlet { 
    2928        private static final long serialVersionUID = 8579428014673624684L; 
    3029        private static Logger logger = Logger.getLogger(AddEventMenuServlet.class); 
    … …  
    4443                                out.print(""); 
    4544                        } else { 
    46                                 List<EventType_features> links = db.find(EventType_features.class, new QueryRule("EventType", Operator.EQUALS, eventTypeId)); 
     45                                List<Eventtype_features> links = db.find(Eventtype_features.class, new QueryRule("EventType", Operator.EQUALS, eventTypeId)); 
    4746         
    4847                                List<Integer> idList = new ArrayList<Integer>(); 
    49                                 for(EventType_features ef : links){ 
     48                                for(Eventtype_features ef : links){ 
    5049                                    idList.add(ef.getFeatures()); 
    5150                                } 
    … …  
    9291                                                        out.print("<input type='text' class='textbox' name='value" + valueNr + "' id='value" + valueNr + "' " + dummyValue + "/>"); 
    9392                                                } 
     93                                                 
     94                                                // Idee van Morris! 
     95//                                              List<HtmlInput> iList = new ArrayList<HtmlInput>(); 
     96//                                               
     97//                                              for() 
     98//                                              { 
     99//                                                       
     100//                                               
     101//                                              DateInput i = new DateInput("feature"+valueNr, currentFeature.getId()); 
     102//                                              iList.add(i); 
     103//                                              } 
     104//                                               
     105//                                              for(HtmlInput i: iList) 
     106//                                              { 
     107//                                                      out.print(String.format("<tr><td>%s</td><td>%s</td></tr>", i.getLabel(), i.toHtml())); 
     108//                                              } 
     109                                                 
    94110                                                out.print("<em>(unit: "+currentFeature.getUnitLabel()+")</em>"); 
    95111                                                out.print("<input type='hidden' name='feature"+valueNr+"' value='"+currentFeature.getId()+"' />"); 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/servlets/ViewEventsServlet.java

    r2656 r2671  
    2020 
    2121import animaldb.Event; 
    22 import animaldb.EventType; 
    23 import animaldb.EventType_features; 
     22import animaldb.Eventtype; 
     23import animaldb.Eventtype_features; 
    2424import animaldb.Feature; 
    2525import animaldb.Ontology; 

  • molgenis4animaldb/molgenis4animal_db.xml

    r2656 r2671  
    1616        <!-- abstract data types --> 
    1717 
    18         <entity name="Identifiable" abstract="true"> 
     18        <entity name="identifiable" abstract="true"> 
    1919                <description>For modeling purposes only (denoted by 
    2020                        abstract='true', 
    … …  
    3030        <!-- event structure --> 
    3131 
    32         <entity name="Ontology" xref_label="id" label="Ontology"> 
     32        <entity name="ontology" xref_label="id" label="Ontology"> 
    3333                <description>This entity centrally defines the terms and their 
    3434                        definitions 
    … …  
    4848        </entity> 
    4949 
    50         <entity name="Feature" extends="Ontology" xref_label="id" label="Features" 
     50        <entity name="feature" extends="ontology" xref_label="id" label="Features" 
    5151                decorator="decorators.FeatureDecorator"> 
    5252                <description>Features</description> 
    53                 <field name="unit" type="xref" xref_field="Ontology.id" 
     53                <field name="unit" type="xref" xref_field="ontology.id" 
    5454                        xref_label="name" label="Unit" /> 
    5555        </entity> 
    5656 
    57         <entity name="Event" implements="Identifiable" xref_label="id" 
     57        <entity name="event" implements="identifiable" xref_label="id" 
    5858                label="Events"> 
    5959                <description>Events</description> 
    60                 <field name="eventtypeid" type="xref" xref_field="EventType.id" 
     60                <field name="eventtypeid" type="xref" xref_field="eventtype.id" 
    6161                        xref_label="name" label="Event type" /> 
    6262                <field name="timereported" type="datetime" auto="true" 
    6363                        description="Creation date and time, with an automatic default to 'now'" 
    6464                        label="Date and time" /> 
    65                 <field name="actorid" type="xref" xref_field="Target.id" 
     65                <field name="actorid" type="xref" xref_field="target.id" 
    6666                        xref_label="name" label="Actor" /> 
    6767                <field name="eventnotes" type="text" description="Additional notes about the event" 
    … …  
    6969        </entity> 
    7070 
    71         <entity name="Value" implements="Identifiable" xref_label="id" 
     71        <entity name="value" implements="identifiable" xref_label="id" 
    7272                label="Values"> 
    7373                <description>Values</description> 
    … …  
    7575                        description="Date and time, with an automatic default to 'now'" 
    7676                        label="Date and time" /> 
    77                 <field name="eventid" type="xref" xref_field="Event.id" 
     77                <field name="eventid" type="xref" xref_field="event.id" 
    7878                        xref_label="name" label="Corresponding event" nillable="true" /> 
    79                 <field name="featureid" type="xref" xref_field="Feature.id" 
     79                <field name="featureid" type="xref" xref_field="feature.id" 
    8080                        xref_label="name" label="Corresponding feature" /> 
    81                 <field name="targetid" type="xref" xref_field="Target.id" 
     81                <field name="targetid" type="xref" xref_field="target.id" 
    8282                        xref_label="name" label="Animal (group)" nillable="true" /> 
    8383                <field name="valuetype" type="string" description="The type of value" 
    … …  
    9494        </entity> 
    9595 
    96         <entity name="EventType" implements="Identifiable" xref_label="id" 
     96        <entity name="eventtype" implements="identifiable" xref_label="id" 
    9797                label="Event types" decorator="decorators.EventTypeDecorator"> 
    9898                <description>Event types</description> 
    99                 <field name="features" type="mref" xref_field="Feature.id" 
     99                <field name="features" type="mref" xref_field="feature.id" 
    100100                        xref_label="name" label="Feature" /> 
    101101                <!-- 
    … …  
    107107        <!-- Animals, Groups structure --> 
    108108 
    109         <entity name="Target" implements="Identifiable" xref_label="id" 
     109        <entity name="target" implements="identifiable" xref_label="id" 
    110110                label="Targets"> 
    111111                <description>Targets of different kinds, e.g. animals, groups, 
    112112                        experiments</description> 
    113                 <field name="targettype" type="xref" xref_field="Ontology.id" 
     113                <field name="targettype" type="xref" xref_field="ontology.id" 
    114114                        nillable="true" xref_label="name" label="Type of target" /> 
    115115                <!-- 

  • molgenis4animaldb/molgenis4animal_ui.xml

    r2658 r2671  
    1313 
    1414                <menu name="tablemenu" position="left" label="View/manage tables"> 
    15                         <form name="Ontology" entity="Ontology" view="list" label="Ontology" /> 
    16                         <form name="Target" entity="Target" view="list" label="Targets"> 
    17                                 <form name="Value" entity="Value" view="list" label="Values" /> 
     15                        <form name="ontology" entity="ontology" view="list" label="Ontology" /> 
     16                        <form name="target" entity="target" view="list" label="Targets"> 
     17                                <form name="value" entity="value" view="list" label="Values" /> 
    1818                        </form> 
    19                         <form name="Feature" entity="Feature" view="list" label="Features" /> 
    20                         <form name="EventType" entity="EventType" view="list" label="Types of events" /> 
     19                        <form name="feature" entity="feature" view="list" label="Features" /> 
     20                        <form name="eventtype" entity="eventtype" view="list" label="Types of events" /> 
    2121                </menu> 
    2222                 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.