Changeset 2699


Ignore:
Timestamp:
03/10/10 15:33:09 (2 years ago)
Author:
erikroos
Message:
  • Improved 'Add Animals' plugin: now able to add multiple animals at a time, automatically appending the chosen name with an incrementing number.
Location:
molgenis4animaldb
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis4animaldb/AnimalDB.sql

    r2670 r2699  
    44-- 
    55-- Host: localhost 
    6 -- Generation Time: Feb 25, 2010 at 04:57  
     6-- Generation Time: Mar 10, 2010 at 03:40  
    77-- Server version: 5.1.41 
    88-- PHP Version: 5.3.1 
    … …  
    2020-- 
    2121 
     22-- -------------------------------------------------------- 
     23 
     24-- 
     25-- Table structure for table `event` 
     26-- 
     27 
     28CREATE TABLE IF NOT EXISTS `event` ( 
     29  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
     30  `name` varchar(255) NOT NULL, 
     31  `comment` varchar(255) DEFAULT NULL, 
     32  `eventtypeid` int(11) NOT NULL, 
     33  `timereported` datetime NOT NULL, 
     34  `actorid` int(11) NOT NULL, 
     35  `eventnotes` text, 
     36  PRIMARY KEY (`id`), 
     37  UNIQUE KEY `name` (`name`), 
     38  UNIQUE KEY `id` (`id`), 
     39  KEY `eventtypeid` (`eventtypeid`), 
     40  KEY `actorid` (`actorid`) 
     41) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=39 ; 
     42 
     43-- 
     44-- Dumping data for table `event` 
     45-- 
     46 
     47INSERT INTO `event` (`id`, `name`, `comment`, `eventtypeid`, `timereported`, `actorid`, `eventnotes`) VALUES 
     48(1, 'eventFri Jan 22 09:56:42 CET 2010', NULL, 1, '2010-01-22 09:56:42', 2, NULL), 
     49(2, 'eventTue Feb 09 15:32:51 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 15:32:51', 2, NULL), 
     50(3, 'eventTue Feb 09 16:44:00 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 16:44:00', 1, NULL), 
     51(4, 'eventTue Feb 09 16:52:57 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 16:52:57', 1, NULL), 
     52(5, 'eventTue Feb 09 16:57:42 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 16:57:42', 1, NULL), 
     53(6, 'eventWed Feb 10 09:18:42 CET 2010', NULL, 2, '2010-02-10 09:18:42', 1, NULL), 
     54(7, 'eventWed Feb 10 09:32:31 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-10 09:32:31', 1, NULL), 
     55(8, 'eventWed Feb 10 09:34:25 CET 2010', NULL, 4, '2010-02-10 09:34:25', 1, NULL), 
     56(9, 'eventWed Feb 10 09:50:14 CET 2010', NULL, 9, '2010-02-10 09:50:14', 1, NULL), 
     57(10, 'eventWed Feb 10 14:01:44 CET 2010', NULL, 11, '2010-02-10 14:01:44', 1, NULL), 
     58(11, 'eventWed Feb 10 14:21:28 CET 2010', NULL, 4, '2010-02-10 14:21:28', 1, NULL), 
     59(13, 'eventWed Feb 10 14:54:52 CET 2010', NULL, 6, '2010-02-10 14:54:52', 1, NULL), 
     60(14, 'eventThu Feb 11 11:51:20 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-11 11:51:20', 1, NULL), 
     61(15, 'eventThu Feb 11 11:57:27 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-11 11:57:27', 1, NULL), 
     62(16, 'eventThu Feb 11 11:58:23 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-11 11:58:23', 1, NULL), 
     63(17, 'eventThu Feb 11 11:59:07 CET 2010', NULL, 6, '2010-02-11 11:59:07', 1, NULL), 
     64(18, 'eventTue Feb 23 10:16:27 CET 2010', NULL, 7, '2010-02-23 10:16:27', 1, NULL), 
     65(19, 'eventTue Feb 23 10:19:05 CET 2010', NULL, 6, '2010-02-23 10:19:05', 1, NULL), 
     66(24, 'eventWed Feb 24 15:06:11 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-24 15:06:11', 1, NULL), 
     67(26, 'eventThu Feb 25 09:39:23 CET 2010', NULL, 11, '2010-02-25 09:39:23', 1, NULL), 
     68(27, 'eventThu Feb 25 09:55:18 CET 2010', NULL, 4, '2010-02-25 09:55:18', 1, NULL), 
     69(28, 'eventThu Feb 25 09:57:13 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-25 09:57:13', 1, NULL), 
     70(29, 'eventThu Feb 25 09:59:42 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-25 09:59:42', 1, NULL), 
     71(30, 'eventThu Feb 25 14:13:43 CET 2010', NULL, 9, '2010-02-25 14:13:43', 1, NULL), 
     72(31, 'eventTue Mar 09 10:30:39 CET 2010', NULL, 1, '2010-03-09 10:30:39', 1, NULL), 
     73(32, 'eventWed Mar 10 14:23:28 CET 2010', NULL, 18, '2010-03-10 14:23:28', 1, NULL), 
     74(33, 'eventWed Mar 10 14:24:24 CET 2010', NULL, 18, '2010-03-10 14:24:24', 1, NULL), 
     75(34, 'eventWed Mar 10 15:17:39 CET 2010', NULL, 18, '2010-03-10 15:17:39', 12, NULL), 
     76(36, 'event0Wed Mar 10 15:27:30 CET 2010', NULL, 18, '2010-03-10 15:27:30', 12, NULL), 
     77(37, 'event1Wed Mar 10 15:28:57 CET 2010', NULL, 18, '2010-03-10 15:28:57', 12, NULL), 
     78(38, 'event2Wed Mar 10 15:29:53 CET 2010', NULL, 18, '2010-03-10 15:29:53', 12, NULL); 
     79 
     80-- -------------------------------------------------------- 
     81 
     82-- 
     83-- Table structure for table `eventtype` 
     84-- 
     85 
     86CREATE TABLE IF NOT EXISTS `eventtype` ( 
     87  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
     88  `name` varchar(255) NOT NULL, 
     89  `comment` varchar(255) DEFAULT NULL, 
     90  PRIMARY KEY (`id`), 
     91  UNIQUE KEY `name` (`name`), 
     92  UNIQUE KEY `id` (`id`) 
     93) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=19 ; 
     94 
     95-- 
     96-- Dumping data for table `eventtype` 
     97-- 
     98 
     99INSERT INTO `eventtype` (`id`, `name`, `comment`) VALUES 
     100(1, 'TakeTemperature', NULL), 
     101(2, 'SetAddress', NULL), 
     102(3, 'SetCauseOfDeath', NULL), 
     103(4, 'Died', NULL), 
     104(5, 'Born', NULL), 
     105(6, 'WaterSupplied', NULL), 
     106(7, 'FoodSupplied', NULL), 
     107(8, 'SetCorrespondingExperiment', NULL), 
     108(9, 'InExperiment', NULL), 
     109(10, 'SetCorrespondingLocation', NULL), 
     110(11, 'Move', NULL), 
     111(18, 'SetCorrespondingSpecies', NULL); 
     112 
     113-- -------------------------------------------------------- 
     114 
     115-- 
     116-- Table structure for table `eventtype_features` 
     117-- 
     118 
     119CREATE TABLE IF NOT EXISTS `eventtype_features` ( 
     120  `features` int(11) NOT NULL, 
     121  `eventtype` int(11) NOT NULL, 
     122  PRIMARY KEY (`features`,`eventtype`), 
     123  KEY `eventtype` (`eventtype`) 
     124) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
     125 
     126-- 
     127-- Dumping data for table `eventtype_features` 
     128-- 
     129 
     130INSERT INTO `eventtype_features` (`features`, `eventtype`) VALUES 
     131(9, 1), 
     132(10, 1), 
     133(14, 2), 
     134(16, 2), 
     135(19, 3), 
     136(19, 4), 
     137(27, 5), 
     138(27, 6), 
     139(27, 7), 
     140(23, 8), 
     141(23, 9), 
     142(25, 10), 
     143(25, 11), 
     144(31, 18); 
     145 
     146-- -------------------------------------------------------- 
     147 
     148-- 
     149-- Table structure for table `feature` 
     150-- 
     151 
     152CREATE TABLE IF NOT EXISTS `feature` ( 
     153  `unit` int(11) NOT NULL, 
     154  `id` int(11) NOT NULL, 
     155  PRIMARY KEY (`id`), 
     156  KEY `unit` (`unit`) 
     157) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
     158 
     159-- 
     160-- Dumping data for table `feature` 
     161-- 
     162 
     163INSERT INTO `feature` (`unit`, `id`) VALUES 
     164(7, 9), 
     165(7, 10), 
     166(13, 14), 
     167(15, 16), 
     168(18, 19), 
     169(21, 23), 
     170(24, 25), 
     171(26, 27), 
     172(30, 31); 
     173 
     174-- -------------------------------------------------------- 
     175 
     176-- 
     177-- Table structure for table `molgenisentitymetadata` 
     178-- 
     179 
     180CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisentitymetadata` ( 
     181  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
     182  `name` varchar(255) NOT NULL, 
     183  `className` varchar(255) NOT NULL, 
     184  PRIMARY KEY (`id`), 
     185  UNIQUE KEY `name` (`name`) 
     186) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ; 
     187 
     188-- 
     189-- Dumping data for table `molgenisentitymetadata` 
     190-- 
     191 
     192 
     193-- -------------------------------------------------------- 
     194 
     195-- 
     196-- Table structure for table `molgenisuser` 
     197-- 
     198 
     199CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisuser` ( 
     200  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
     201  `name` varchar(255) NOT NULL, 
     202  `password` varchar(255) NOT NULL, 
     203  `emailaddress` varchar(255) NOT NULL, 
     204  `activationCode` varchar(255) NOT NULL, 
     205  `active` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0', 
     206  PRIMARY KEY (`id`), 
     207  UNIQUE KEY `name` (`name`), 
     208  UNIQUE KEY `emailaddress` (`emailaddress`) 
     209) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ; 
     210 
     211-- 
     212-- Dumping data for table `molgenisuser` 
     213-- 
     214 
     215 
     216-- -------------------------------------------------------- 
     217 
     218-- 
     219-- Table structure for table `molgenisusergroup` 
     220-- 
     221 
     222CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup` ( 
     223  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
     224  `name` varchar(255) NOT NULL, 
     225  `superuser` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0', 
     226  PRIMARY KEY (`id`), 
     227  UNIQUE KEY `name` (`name`) 
     228) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ; 
     229 
     230-- 
     231-- Dumping data for table `molgenisusergroup` 
     232-- 
     233 
     234 
     235-- -------------------------------------------------------- 
     236 
     237-- 
     238-- Table structure for table `molgenisusergroup_canread` 
     239-- 
     240 
     241CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup_canread` ( 
     242  `canRead` int(11) NOT NULL, 
     243  `MolgenisUserGroup` int(11) NOT NULL, 
     244  PRIMARY KEY (`canRead`,`MolgenisUserGroup`), 
     245  KEY `MolgenisUserGroup` (`MolgenisUserGroup`) 
     246) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
     247 
     248-- 
     249-- Dumping data for table `molgenisusergroup_canread` 
     250-- 
     251 
     252 
     253-- -------------------------------------------------------- 
     254 
     255-- 
     256-- Table structure for table `molgenisusergroup_canwrite` 
     257-- 
     258 
     259CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup_canwrite` ( 
     260  `canWrite` int(11) NOT NULL, 
     261  `MolgenisUserGroup` int(11) NOT NULL, 
     262  PRIMARY KEY (`canWrite`,`MolgenisUserGroup`), 
     263  KEY `MolgenisUserGroup` (`MolgenisUserGroup`) 
     264) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
     265 
     266-- 
     267-- Dumping data for table `molgenisusergroup_canwrite` 
     268-- 
     269 
     270 
     271-- -------------------------------------------------------- 
     272 
     273-- 
     274-- Table structure for table `molgenisusergroup_members` 
     275-- 
     276 
     277CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup_members` ( 
     278  `members` int(11) NOT NULL, 
     279  `MolgenisUserGroup` int(11) NOT NULL, 
     280  PRIMARY KEY (`members`,`MolgenisUserGroup`), 
     281  KEY `MolgenisUserGroup` (`MolgenisUserGroup`) 
     282) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
     283 
     284-- 
     285-- Dumping data for table `molgenisusergroup_members` 
     286-- 
    22287 
    23288 
    … …  
    39304  UNIQUE KEY `name` (`name`), 
    40305  UNIQUE KEY `accession` (`accession`) 
    41 ) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=28 ; 
     306) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=33 ; 
    42307 
    43308-- 
    … …  
    50315('Ontology', 3, 'Role', 'meta', NULL, NULL, NULL), 
    51316('Ontology', 4, 'Location', 'meta', NULL, NULL, NULL), 
    52 ('Ontology', 5, 'Hamster', 'Animal', NULL, NULL, NULL), 
    53 ('Ontology', 6, 'Fish', 'Animal', NULL, NULL, NULL), 
    54317('Ontology', 7, 'DegreesCelsius', 'Unit', NULL, NULL, NULL), 
    55318('Ontology', 8, 'Researcher', 'Role', NULL, NULL, NULL), 
    … …  
    71334('Feature', 25, 'CorrespondingLocation', 'Feature', NULL, NULL, NULL), 
    72335('Ontology', 26, 'DummyUnit', 'Unit', NULL, NULL, NULL), 
    73 ('Feature', 27, 'Dummy', 'Feature', NULL, NULL, NULL); 
    74  
     336('Feature', 27, 'Dummy', 'Feature', NULL, NULL, NULL), 
     337('Ontology', 29, 'Species', 'meta', NULL, NULL, NULL), 
     338('Ontology', 30, 'SpeciesLink', 'DatabaseLink', NULL, NULL, NULL), 
     339('Feature', 31, 'CorrespondingSpecies', 'Feature', NULL, NULL, NULL), 
     340('Ontology', 32, 'Developer', 'Role', NULL, NULL, NULL); 
     341 
     342-- -------------------------------------------------------- 
    75343 
    76344-- 
    … …  
    87355  UNIQUE KEY `id` (`id`), 
    88356  KEY `targettype` (`targettype`) 
    89 ) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=10 ; 
     357) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=19 ; 
    90358 
    91359-- 
    … …  
    95363INSERT INTO `target` (`id`, `name`, `comment`, `targettype`) VALUES 
    96364(1, 'Ate', NULL, 8), 
    97 (2, 'Hamster001', NULL, 5), 
    98 (3, 'Nemo', NULL, 6), 
     365(2, 'Hamster001', NULL, 1), 
     366(3, 'Nemo', NULL, 1), 
    99367(4, 'AtesExperiment', NULL, 11), 
    100368(5, 'Room D228', NULL, 4), 
    101 (6, 'Henkie', NULL, 5), 
    102 (7, 'Frits', NULL, 5), 
     369(6, 'Henkie', NULL, 1), 
     370(7, 'Frits', NULL, 1), 
    103371(8, 'CDL', NULL, 4), 
    104 (9, 'Blub', NULL, 6); 
    105  
    106  
    107  
    108 -- 
    109 -- Table structure for table `feature` 
    110 -- 
    111  
    112 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `feature` ( 
    113   `unit` int(11) NOT NULL, 
    114   `id` int(11) NOT NULL, 
    115   PRIMARY KEY (`id`), 
    116   KEY `unit` (`unit`) 
    117 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
    118  
    119 -- 
    120 -- Dumping data for table `feature` 
    121 -- 
    122  
    123 INSERT INTO `feature` (`unit`, `id`) VALUES 
    124 (7, 9), 
    125 (7, 10), 
    126 (13, 14), 
    127 (15, 16), 
    128 (18, 19), 
    129 (21, 23), 
    130 (24, 25), 
    131 (26, 27); 
    132  
    133 -- -------------------------------------------------------- 
    134  
    135 -- -------------------------------------------------------- 
    136  
    137  
    138 -- 
    139 -- Table structure for table `eventtype` 
    140 -- 
    141  
    142 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `eventtype` ( 
    143   `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    144   `name` varchar(255) NOT NULL, 
    145   `comment` varchar(255) DEFAULT NULL, 
    146   PRIMARY KEY (`id`), 
    147   UNIQUE KEY `name` (`name`), 
    148   UNIQUE KEY `id` (`id`) 
    149 ) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=17 ; 
    150  
    151 -- 
    152 -- Dumping data for table `eventtype` 
    153 -- 
    154  
    155 INSERT INTO `eventtype` (`id`, `name`, `comment`) VALUES 
    156 (1, 'TakeTemperature', NULL), 
    157 (2, 'SetAddress', NULL), 
    158 (3, 'SetCauseOfDeath', NULL), 
    159 (4, 'Died', NULL), 
    160 (5, 'Born', NULL), 
    161 (6, 'WaterSupplied', NULL), 
    162 (7, 'FoodSupplied', NULL), 
    163 (8, 'SetCorrespondingExperiment', NULL), 
    164 (9, 'InExperiment', NULL), 
    165 (10, 'SetCorrespondingLocation', NULL), 
    166 (11, 'Move', NULL), 
    167 (12, 'SetDummy', NULL), 
    168 (15, 'EventTypeWithoutFeature', NULL), 
    169 (16, 'EventTypeWithoutFeature2', NULL); 
    170  
    171 -- -------------------------------------------------------- 
    172  
    173 -- 
    174 -- Table structure for table `eventtype_features` 
    175 -- 
    176  
    177 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `eventtype_features` ( 
    178   `features` int(11) NOT NULL, 
    179   `EventType` int(11) NOT NULL, 
    180   PRIMARY KEY (`features`,`EventType`), 
    181   KEY `EventType` (`EventType`) 
    182 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
    183  
    184 -- 
    185 -- Dumping data for table `eventtype_features` 
    186 -- 
    187  
    188 INSERT INTO `eventtype_features` (`features`, `EventType`) VALUES 
    189 (9, 1), 
    190 (10, 1), 
    191 (14, 2), 
    192 (16, 2), 
    193 (19, 3), 
    194 (19, 4), 
    195 (27, 5), 
    196 (27, 6), 
    197 (27, 7), 
    198 (23, 8), 
    199 (23, 9), 
    200 (25, 10), 
    201 (25, 11), 
    202 (27, 12), 
    203 (27, 15), 
    204 (27, 16); 
    205  
    206 -- -------------------------------------------------------- 
    207  
    208 -- -------------------------------------------------------- 
    209  
    210 -- 
    211 -- Table structure for table `event` 
    212 -- 
    213  
    214 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `event` ( 
    215   `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    216   `name` varchar(255) NOT NULL, 
    217   `comment` varchar(255) DEFAULT NULL, 
    218   `eventtypeid` int(11) NOT NULL, 
    219   `timereported` datetime NOT NULL, 
    220   `actorid` int(11) NOT NULL, 
    221   `eventnotes` text, 
    222   PRIMARY KEY (`id`), 
    223   UNIQUE KEY `name` (`name`), 
    224   UNIQUE KEY `id` (`id`), 
    225   KEY `eventtypeid` (`eventtypeid`), 
    226   KEY `actorid` (`actorid`) 
    227 ) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=31 ; 
    228  
    229 -- 
    230 -- Dumping data for table `event` 
    231 -- 
    232  
    233 INSERT INTO `event` (`id`, `name`, `comment`, `eventtypeid`, `timereported`, `actorid`, `eventnotes`) VALUES 
    234 (1, 'eventFri Jan 22 09:56:42 CET 2010', NULL, 1, '2010-01-22 09:56:42', 2, NULL), 
    235 (2, 'eventTue Feb 09 15:32:51 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 15:32:51', 2, NULL), 
    236 (3, 'eventTue Feb 09 16:44:00 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 16:44:00', 1, NULL), 
    237 (4, 'eventTue Feb 09 16:52:57 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 16:52:57', 1, NULL), 
    238 (5, 'eventTue Feb 09 16:57:42 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-09 16:57:42', 1, NULL), 
    239 (6, 'eventWed Feb 10 09:18:42 CET 2010', NULL, 2, '2010-02-10 09:18:42', 1, NULL), 
    240 (7, 'eventWed Feb 10 09:32:31 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-10 09:32:31', 1, NULL), 
    241 (8, 'eventWed Feb 10 09:34:25 CET 2010', NULL, 4, '2010-02-10 09:34:25', 1, NULL), 
    242 (9, 'eventWed Feb 10 09:50:14 CET 2010', NULL, 9, '2010-02-10 09:50:14', 1, NULL), 
    243 (10, 'eventWed Feb 10 14:01:44 CET 2010', NULL, 11, '2010-02-10 14:01:44', 1, NULL), 
    244 (11, 'eventWed Feb 10 14:21:28 CET 2010', NULL, 4, '2010-02-10 14:21:28', 1, NULL), 
    245 (13, 'eventWed Feb 10 14:54:52 CET 2010', NULL, 6, '2010-02-10 14:54:52', 1, NULL), 
    246 (14, 'eventThu Feb 11 11:51:20 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-11 11:51:20', 1, NULL), 
    247 (15, 'eventThu Feb 11 11:57:27 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-11 11:57:27', 1, NULL), 
    248 (16, 'eventThu Feb 11 11:58:23 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-11 11:58:23', 1, NULL), 
    249 (17, 'eventThu Feb 11 11:59:07 CET 2010', NULL, 6, '2010-02-11 11:59:07', 1, NULL), 
    250 (18, 'eventTue Feb 23 10:16:27 CET 2010', NULL, 7, '2010-02-23 10:16:27', 1, NULL), 
    251 (19, 'eventTue Feb 23 10:19:05 CET 2010', NULL, 6, '2010-02-23 10:19:05', 1, NULL), 
    252 (20, 'eventTue Feb 23 11:20:56 CET 2010', NULL, 15, '2010-02-23 11:20:56', 1, NULL), 
    253 (21, 'eventTue Feb 23 13:15:30 CET 2010', NULL, 15, '2010-02-23 13:15:30', 1, NULL), 
    254 (22, 'eventTue Feb 23 13:23:14 CET 2010', NULL, 15, '2010-02-23 13:23:14', 1, NULL), 
    255 (23, 'eventTue Feb 23 13:28:06 CET 2010', NULL, 15, '2010-02-23 13:28:06', 1, NULL), 
    256 (24, 'eventWed Feb 24 15:06:11 CET 2010', NULL, 5, '2010-02-24 15:06:11', 1, NULL), 
    257 (26, 'eventThu Feb 25 09:39:23 CET 2010', NULL, 11, '2010-02-25 09:39:23', 1, NULL), 
    258 (27, 'eventThu Feb 25 09:55:18 CET 2010', NULL, 4, '2010-02-25 09:55:18', 1, NULL), 
    259 (28, 'eventThu Feb 25 09:57:13 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-25 09:57:13', 1, NULL), 
    260 (29, 'eventThu Feb 25 09:59:42 CET 2010', NULL, 1, '2010-02-25 09:59:42', 1, NULL), 
    261 (30, 'eventThu Feb 25 14:13:43 CET 2010', NULL, 9, '2010-02-25 14:13:43', 1, NULL); 
    262  
    263 -- -------------------------------------------------------- 
    264  
    265  
    266 -- -------------------------------------------------------- 
    267  
     372(9, 'Blub', NULL, 1), 
     373(10, 'Hamster', NULL, 29), 
     374(11, 'Fish', NULL, 29), 
     375(12, 'Erik', NULL, 32), 
     376(13, 'TestHamster0', NULL, 1), 
     377(16, 'EriksFok0', NULL, 1), 
     378(17, 'EriksFok1', NULL, 1), 
     379(18, 'EriksFok2', NULL, 1); 
     380 
     381-- -------------------------------------------------------- 
    268382 
    269383-- 
    … …  
    287401  KEY `featureid` (`featureid`), 
    288402  KEY `targetid` (`targetid`) 
    289 ) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=26 ; 
     403) ENGINE=InnoDB  DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=34 ; 
    290404 
    291405-- 
    … …  
    308422(13, 'value1Thu Feb 11 11:51:20 CET 2010', NULL, '2010-02-25 11:51:14', 14, 10, 3, 'string', '38'), 
    309423(14, 'value0Tue Feb 23 10:19:05 CET 2010', NULL, '2010-02-23 10:19:02', 19, 27, 3, 'string', 'supplied water'), 
    310 (15, 'value0Tue Feb 23 11:20:56 CET 2010', NULL, '2010-02-23 11:20:54', 20, 27, 2, 'string', 'nonsense'), 
    311 (16, 'value0Tue Feb 23 13:28:06 CET 2010', NULL, '2010-02-23 13:28:03', 23, 27, 2, 'string', 'Dummy'), 
    312424(17, 'value0Wed Feb 24 15:06:11 CET 2010', NULL, '2010-02-24 15:06:08', 24, 27, 7, 'string', 'Dummy'), 
    313425(19, 'value0Thu Feb 25 09:39:23 CET 2010', NULL, '2010-02-25 09:39:20', 26, 25, 3, 'string', '8'), 
    … …  
    317429(23, 'value0Thu Feb 25 09:59:42 CET 2010', NULL, '2010-02-25 09:59:38', 29, 9, 7, 'string', '38'), 
    318430(24, 'value1Thu Feb 25 09:59:42 CET 2010', NULL, '2010-02-25 09:59:40', 29, 10, 7, 'string', '37'), 
    319 (25, 'value0Thu Feb 25 14:13:43 CET 2010', NULL, '2010-02-25 14:13:41', 30, 23, 7, 'string', '4'); 
    320  
    321  
    322  
    323  
    324  
    325  
    326 -- 
    327 -- Table structure for table `molgenisentitymetadata` 
    328 -- 
    329  
    330 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisentitymetadata` ( 
    331   `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    332   `name` varchar(255) NOT NULL, 
    333   `className` varchar(255) NOT NULL, 
    334   PRIMARY KEY (`id`), 
    335   UNIQUE KEY `name` (`name`) 
    336 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ; 
    337  
    338 -- 
    339 -- Dumping data for table `molgenisentitymetadata` 
    340 -- 
    341  
    342  
    343 -- -------------------------------------------------------- 
    344  
    345 -- 
    346 -- Table structure for table `molgenisuser` 
    347 -- 
    348  
    349 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisuser` ( 
    350   `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    351   `name` varchar(255) NOT NULL, 
    352   `password` varchar(255) NOT NULL, 
    353   `emailaddress` varchar(255) NOT NULL, 
    354   `activationCode` varchar(255) NOT NULL, 
    355   `active` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0', 
    356   PRIMARY KEY (`id`), 
    357   UNIQUE KEY `name` (`name`), 
    358   UNIQUE KEY `emailaddress` (`emailaddress`) 
    359 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ; 
    360  
    361 -- 
    362 -- Dumping data for table `molgenisuser` 
    363 -- 
    364  
    365  
    366 -- -------------------------------------------------------- 
    367  
    368 -- 
    369 -- Table structure for table `molgenisusergroup` 
    370 -- 
    371  
    372 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup` ( 
    373   `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    374   `name` varchar(255) NOT NULL, 
    375   `superuser` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0', 
    376   PRIMARY KEY (`id`), 
    377   UNIQUE KEY `name` (`name`) 
    378 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1 AUTO_INCREMENT=1 ; 
    379  
    380 -- 
    381 -- Dumping data for table `molgenisusergroup` 
    382 -- 
    383  
    384  
    385 -- -------------------------------------------------------- 
    386  
    387 -- 
    388 -- Table structure for table `molgenisusergroup_canread` 
    389 -- 
    390  
    391 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup_canread` ( 
    392   `canRead` int(11) NOT NULL, 
    393   `MolgenisUserGroup` int(11) NOT NULL, 
    394   PRIMARY KEY (`canRead`,`MolgenisUserGroup`), 
    395   KEY `MolgenisUserGroup` (`MolgenisUserGroup`) 
    396 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
    397  
    398 -- 
    399 -- Dumping data for table `molgenisusergroup_canread` 
    400 -- 
    401  
    402  
    403 -- -------------------------------------------------------- 
    404  
    405 -- 
    406 -- Table structure for table `molgenisusergroup_canwrite` 
    407 -- 
    408  
    409 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup_canwrite` ( 
    410   `canWrite` int(11) NOT NULL, 
    411   `MolgenisUserGroup` int(11) NOT NULL, 
    412   PRIMARY KEY (`canWrite`,`MolgenisUserGroup`), 
    413   KEY `MolgenisUserGroup` (`MolgenisUserGroup`) 
    414 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
    415  
    416 -- 
    417 -- Dumping data for table `molgenisusergroup_canwrite` 
    418 -- 
    419  
    420  
    421 -- -------------------------------------------------------- 
    422  
    423 -- 
    424 -- Table structure for table `molgenisusergroup_members` 
    425 -- 
    426  
    427 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `molgenisusergroup_members` ( 
    428   `members` int(11) NOT NULL, 
    429   `MolgenisUserGroup` int(11) NOT NULL, 
    430   PRIMARY KEY (`members`,`MolgenisUserGroup`), 
    431   KEY `MolgenisUserGroup` (`MolgenisUserGroup`) 
    432 ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1; 
    433  
    434 -- 
    435 -- Dumping data for table `molgenisusergroup_members` 
    436 -- 
    437  
    438  
     431(25, 'value0Thu Feb 25 14:13:43 CET 2010', NULL, '2010-02-25 14:13:41', 30, 23, 7, 'string', '4'), 
     432(26, 'value0Tue Mar 09 10:30:39 CET 2010', NULL, '2010-03-09 10:30:35', 31, 9, 9, 'string', '38'), 
     433(27, 'value1Tue Mar 09 10:30:39 CET 2010', NULL, '2010-03-09 10:30:38', 31, 10, 9, 'string', '38'), 
     434(28, 'value0Wed Mar 10 14:23:28 CET 2010', NULL, '2010-03-10 14:23:26', 32, 31, 2, 'string', '10'), 
     435(29, 'value0Wed Mar 10 14:24:24 CET 2010', NULL, '2010-03-10 14:24:21', 33, 31, 3, 'string', '11'), 
     436(30, 'species0Wed Mar 10 15:17:39 CET 2010', NULL, '2010-03-10 15:17:39', 34, 31, 13, 'string', '10'), 
     437(31, 'species0Wed Mar 10 15:27:30 CET 2010', NULL, '2010-03-10 15:27:30', 36, 31, 16, 'string', '10'), 
     438(32, 'species1Wed Mar 10 15:28:57 CET 2010', NULL, '2010-03-10 15:28:57', 37, 31, 17, 'string', '10'), 
     439(33, 'species2Wed Mar 10 15:29:53 CET 2010', NULL, '2010-03-10 15:29:53', 38, 31, 18, 'string', '10'); 
    439440 
    440441-- 
    … …  
    454455ALTER TABLE `eventtype_features` 
    455456  ADD CONSTRAINT `eventtype_features_ibfk_1` FOREIGN KEY (`features`) REFERENCES `feature` (`id`), 
    456   ADD CONSTRAINT `eventtype_features_ibfk_2` FOREIGN KEY (`EventType`) REFERENCES `eventtype` (`id`); 
     457  ADD CONSTRAINT `eventtype_features_ibfk_2` FOREIGN KEY (`eventtype`) REFERENCES `eventtype` (`id`); 
    457458 
    458459-- 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/addanimal/AddAnimalPlugin.ftl

    r2658 r2699  
    2626<#--begin your plugin-->         
    2727 
     28<div id="name" class="row"> 
     29<label for="name">Name:</label> 
     30<input type="text" name="name" id="name" class="textbox" /> 
     31</div> 
     32 
    2833<div id="speciesselect" class="row"> 
    2934<label for="species">Species:</label> 
    … …  
    3641</div> 
    3742 
    38 <div id="name" class="row"> 
    39 <label for="name">Name:</label> 
    40 <input type="text" name="name" id="name" class="textbox" /> 
     43<div id="numberofanimals" class="row"> 
     44<label for="name">Number of animals:</label> 
     45<input type="text" name="numberofanimals" id="numberofanimals" class="textbox" /> 
     46</div> 
     47 
     48<div id="actorselect" class="row"> 
     49<label for="actor">Actor:</label> 
     50<select name="actor" id="actor" class="selectbox"> 
     51        <option value="0">&nbsp;</option> 
     52        <#list screen.actorList as actl> 
     53                <option value="${actl.id}">${actl.name}</option> 
     54        </#list> 
     55</select> 
    4156</div> 
    4257 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/addanimal/AddAnimalPlugin.java

    r2658 r2699  
    1010import java.io.IOException; 
    1111import java.text.ParseException; 
     12import java.text.SimpleDateFormat; 
    1213import java.util.ArrayList; 
     14import java.util.Calendar; 
     15import java.util.Date; 
    1316import java.util.List; 
     17import java.util.Locale; 
    1418 
    1519import org.molgenis.framework.db.Database; 
    … …  
    2226import org.molgenis.util.Tuple; 
    2327 
     28import animaldb.Event; 
     29import animaldb.Eventtype; 
     30import animaldb.Feature; 
    2431import animaldb.Ontology; 
    2532import animaldb.Target; 
     33import animaldb.Value; 
    2634 
    2735public class AddAnimalPlugin extends PluginModel 
    … …  
    2937        private int success; 
    3038        private List<Ontology> speciesList; 
     39        private List<Target> actorList; 
     40        private int selectedActor; // not used at the moment 
    3141         
    3242        public AddAnimalPlugin(String name, ScreenModel parent) 
    … …  
    5262        public void setSpeciesList(List<Ontology> speciesList) { 
    5363                this.speciesList = speciesList; 
     64        } 
     65         
     66        // Actor related methods: 
     67        public List<Target> getActorList() { 
     68                return actorList; 
     69        } 
     70        public void setActorList(List<Target> actorList) { 
     71                this.actorList = actorList; 
     72        } 
     73        public int getSelectedActor() { 
     74                return selectedActor; 
     75        } 
     76        public void setSelectedActor(int selectedActor) { 
     77                this.selectedActor = selectedActor; 
    5478        } 
    5579 
    … …  
    7498                        String action = request.getString("__action"); 
    7599                        if (action.equals("addAnimal")) { 
    76                                 Target animalToAdd = new Target(); 
    77                                 animalToAdd.setName(request.getString("name")); 
    78                                 animalToAdd.setTargettype(request.getInt("species")); 
    79                                 db.add(animalToAdd); 
     100                                 
     101                                Query q = db.query(Ontology.class); 
     102                                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     103                                List<Ontology> ontList = q.find(); 
     104                                int anid = ontList.get(0).getId(); 
     105                                q = db.query(Eventtype.class); 
     106                                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "SetCorrespondingSpecies")); 
     107                                List<Eventtype> etList = q.find(); 
     108                                int etid = etList.get(0).getId(); 
     109                                q = db.query(Feature.class); 
     110                                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "CorrespondingSpecies")); 
     111                                List<Feature> featList = q.find(); 
     112                                int featid = featList.get(0).getId(); 
     113                                int specid = request.getInt("species"); 
     114                                int actid = request.getInt("actor"); 
     115                                String name = request.getString("name"); 
     116                                 
     117                                int nan = request.getInt("numberofanimals"); 
     118                                for (int i = 0; i < nan; i++) {  
     119                                        // Make and add animal 
     120                                        Target animalToAdd = new Target(); 
     121                                        animalToAdd.setName(name + i); 
     122                                        animalToAdd.setTargettype(anid); 
     123                                        db.add(animalToAdd); 
     124                                        q = db.query(Target.class); 
     125                                        q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, name + i)); 
     126                                        List<Target> targetList = q.find(); 
     127                                        int targetid = targetList.get(0).getId(); 
     128                                         
     129                                        // Make SetSpecies feature-value pair and event 
     130                                        // First, make the event 
     131                                        Event tmpEvent = new Event(); 
     132                                        SimpleDateFormat sdf = new SimpleDateFormat("MMMM d, yyyy, HH:mm:ss", Locale.US); 
     133                                        Calendar calendar = Calendar.getInstance(); 
     134                                        Date now = calendar.getTime(); 
     135                                        tmpEvent.setTimereported(now); 
     136                                        tmpEvent.setEventtypeid(etid); 
     137                                        tmpEvent.setName("event" + i + now); 
     138                                        tmpEvent.setActorid(actid); 
     139                                        if (db.add(tmpEvent) > 0) { 
     140                                                // Find back our event so we can link the value to it 
     141                                                q = db.query(Event.class); 
     142                                                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "event" + i + now)); 
     143                                                // Assumption: based on name + timestamp, we'll find exactly one event, 
     144                                                // namely the one we just created 
     145                                                List<Event> eventList = q.find(); 
     146                                                Event currentEvent = eventList.get(0); 
     147                                                // Then, add the value 
     148                                                Value tmpValue = new Value(); 
     149                                                tmpValue.setTime(now); 
     150                                                tmpValue.setEventid(currentEvent.getId()); 
     151                                                tmpValue.setName("species" + i + now); 
     152                                                tmpValue.setTargetid(targetid); 
     153                                                tmpValue.setFeatureid(featid); 
     154                                                tmpValue.setValuetype("string"); 
     155                                                tmpValue.setValuestring(Integer.toString(specid)); 
     156                                                db.add(tmpValue); 
     157                                        }                
     158                                } 
    80159                                this.setSuccess(1); 
    81160                        } 
    … …  
    90169                // Populate animal species list 
    91170                Query q = db.query(Ontology.class); 
    92                 q.addRules(new QueryRule("termtype", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     171                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "Species")); 
     172                List<Ontology> ontList; 
    93173                try { 
    94                         this.setSpeciesList(q.find()); 
     174                        ontList = q.find(); 
     175                        q = db.query(Target.class); 
     176                        q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.EQUALS, ontList.get(0).getId())); 
     177                        try { 
     178                                this.setSpeciesList(q.find()); 
     179                        } catch (Exception e) { 
     180                                e.printStackTrace(); 
     181                        } 
     182                } catch (Exception e) { 
     183                        e.printStackTrace(); 
     184                } 
     185                 
     186                // Populate actor list 
     187                q = db.query(Ontology.class); 
     188                q.addRules(new QueryRule("termtype", Operator.EQUALS, "Role")); 
     189                try { 
     190                        List<Ontology> ontologyList = q.find(); 
     191                        List<Integer> idList = new ArrayList<Integer>(); 
     192                        for(Ontology ont : ontologyList){ 
     193                            idList.add(ont.getId()); 
     194                        } 
     195                        q = db.query(Target.class); 
     196                        q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.IN, idList)); 
     197                        try { 
     198                                this.setActorList(q.find()); 
     199                        } catch (Exception e) { 
     200                                e.printStackTrace(); 
     201                        } 
     202                         
    95203                } catch (Exception e) { 
    96204                        e.printStackTrace(); 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/addevent/AddEventPlugin.java

    r2671 r2699  
    99 
    1010import java.text.DateFormat; 
     11import java.text.ParseException; 
    1112import java.text.SimpleDateFormat; 
    1213import java.util.ArrayList; 
    … …  
    1718 
    1819import org.molgenis.framework.db.Database; 
     20import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    1921import org.molgenis.framework.db.Query; 
    2022import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    … …  
    3335 
    3436public class AddEventPlugin extends PluginModel { 
    35         /** 
    36          *  
    37          */ 
     37 
    3838        private static final long serialVersionUID = 783393812835980181L; 
    3939        private int success; 
    … …  
    179179                // Populate animal list 
    180180                q = db.query(Ontology.class); 
    181                 q.addRules(new QueryRule("termtype", Operator.EQUALS, "Animal")); 
    182                 try { 
    183                         List<Ontology> ontologyList = q.find(); 
    184                         List<Integer> idList = new ArrayList<Integer>(); 
    185                         for(Ontology ont : ontologyList){ 
    186                             idList.add(ont.getId()); 
    187                         } 
     181                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     182                List<Ontology> ontList; 
     183                try { 
     184                        ontList = q.find(); 
    188185                        q = db.query(Target.class); 
    189                         q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.IN, idList)); 
     186                        q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.EQUALS, ontList.get(0).getId())); 
    190187                        try { 
    191188                                this.setAnimalList(q.find()); 
    … …  
    193190                                e.printStackTrace(); 
    194191                        } 
    195                          
    196                 } catch (Exception e) { 
    197                         e.printStackTrace(); 
    198                 } 
    199                  
     192                } catch (Exception e) { 
     193                        e.printStackTrace(); 
     194                } 
    200195                 
    201196                // Populate actor list 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/eventviewer/EventViewerPlugin.java

    r2636 r2699  
    104104                // Populate animal list 
    105105                Query q = db.query(Ontology.class); 
    106                 q.addRules(new QueryRule("termtype", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     106                q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     107                List<Ontology> ontList; 
    107108                try { 
    108                         List<Ontology> ontologyList = q.find(); 
    109                         List<Integer> idList = new ArrayList<Integer>(); 
    110                         for(Ontology ont : ontologyList){ 
    111                             idList.add(ont.getId()); 
    112                         } 
     109                        ontList = q.find(); 
    113110                        q = db.query(Target.class); 
    114                         q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.IN, idList)); 
     111                        q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.EQUALS, ontList.get(0).getId())); 
    115112                        try { 
    116113                                this.setAnimalList(q.find()); 
    … …  
    118115                                e.printStackTrace(); 
    119116                        } 
    120                          
    121117                } catch (Exception e) { 
    122118                        e.printStackTrace(); 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/plugin/listplugin/ListPlugin.java

    r2698 r2699  
    263263                         
    264264                        // Populate animal list 
    265                         Query q = db.query(Eventtype.class); 
    266                         q = db.query(Ontology.class); 
    267                         q.addRules(new QueryRule("termtype", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     265                        Query q = db.query(Ontology.class); 
     266                        q.addRules(new QueryRule("name", Operator.EQUALS, "Animal")); 
     267                        List<Ontology> ontList; 
    268268                        try { 
    269                                 List<Ontology> ontologyList = q.find(); 
    270                                 List<Integer> idList = new ArrayList<Integer>(); 
    271                                 for (Ontology ont : ontologyList) { 
    272                                         idList.add(ont.getId()); 
    273                                 } 
     269                                ontList = q.find(); 
    274270                                q = db.query(Target.class); 
    275                                 q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.IN, idList)); 
     271                                q.addRules(new QueryRule("targettype", Operator.EQUALS, ontList.get(0).getId())); 
    276272                                try { 
    277273                                        this.setAnimalList(q.find()); 
    … …  
    279275                                        e.printStackTrace(); 
    280276                                } 
    281          
    282277                        } catch (Exception e) { 
    283278                                e.printStackTrace(); 

  • molgenis4animaldb/handwritten/java/servlets/AddEventMenuServlet.java

    r2698 r2699  
    9797//                                              for() 
    9898//                                              { 
    99 //                                                       
    100 //                                               
    101 //                                              DateInput i = new DateInput("feature"+valueNr, currentFeature.getId()); 
    102 //                                              iList.add(i); 
     99//                                                      DateInput i = new DateInput("feature"+valueNr, currentFeature.getId()); 
     100//                                                      iList.add(i); 
    103101//                                              } 
    104102//                                               

  • molgenis4animaldb/molgenis4animal_ui.xml

    r2671 r2699  
    2222                 
    2323                <plugin name="AddAnimal" type="plugin.addanimal.AddAnimalPlugin" 
    24                         label="Add animal" /> 
     24                        label="Add animals" /> 
    2525 
    2626                <plugin name="AddEvent" type="plugin.addevent.AddEventPlugin" 
    27                         label="Apply event" /> 
     27                        label="Apply events" /> 
    2828 
    2929                <plugin name="EventViewer" type="plugin.eventviewer.EventViewerPlugin" 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.