Changeset 2700


Ignore:
Timestamp:
03/10/10 18:50:48 (2 years ago)
Author:
mswertz
Message:

Updated to new version of CXF for web services.
You have to fiddle with your J2EE dependencies to get this to work.
And you should remove all external molgenis/lib depencies from project properties -> build path -> libraries
(or just download the new distro and migrate your code).

enhancement: added set of REST/json services (draft).

Files:
54 added
24 deleted
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis/3.3/.classpath

    r2468 r2700  
    22<classpath> 
    33        <classpathentry kind="src" path="src"/> 
    4         <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.module.container"/> 
    5         <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    6         <classpathentry kind="lib" path="lib/ant.jar"> 
    7                 <attributes> 
    8                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    9                 </attributes> 
    10         </classpathentry> 
    11         <classpathentry kind="lib" path="lib/ant-apache-log4j.jar"> 
    12                 <attributes> 
    13                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    14                 </attributes> 
    15         </classpathentry> 
    16         <classpathentry kind="lib" path="lib/antlr-2.7.6.jar"> 
    17                 <attributes> 
    18                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    19                 </attributes> 
    20         </classpathentry> 
    21         <classpathentry kind="lib" path="lib/asm-2.2.3.jar"> 
    22                 <attributes> 
    23                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    24                 </attributes> 
    25         </classpathentry> 
    26         <classpathentry kind="lib" path="lib/cmdline_1.2.0.jar"> 
    27                 <attributes> 
    28                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    29                 </attributes> 
    30         </classpathentry> 
    31         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-collections.jar"> 
    32                 <attributes> 
    33                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    34                 </attributes> 
    35         </classpathentry> 
    36         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-collections-3.1.jar"> 
    37                 <attributes> 
    38                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    39                 </attributes> 
    40         </classpathentry> 
    41         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-dbcp-1.2.1.jar"> 
    42                 <attributes> 
    43                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    44                 </attributes> 
    45         </classpathentry> 
    46         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-fileupload-1.1.jar"> 
    47                 <attributes> 
    48                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    49                 </attributes> 
    50         </classpathentry> 
    51         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-io-1.3.1.jar"> 
    52                 <attributes> 
    53                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    54                 </attributes> 
    55         </classpathentry> 
    56         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-lang-2.3.jar"> 
    57                 <attributes> 
    58                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    59                 </attributes> 
    60         </classpathentry> 
    61         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-logging-1.1.1.jar"> 
    62                 <attributes> 
    63                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    64                 </attributes> 
    65         </classpathentry> 
    66         <classpathentry kind="lib" path="lib/commons-pool-1.2.jar"> 
    67                 <attributes> 
    68                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    69                 </attributes> 
    70         </classpathentry> 
    71         <classpathentry kind="lib" path="lib/cxf-2.1.2.jar"> 
    72                 <attributes> 
    73                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    74                 </attributes> 
    75         </classpathentry> 
    76         <classpathentry kind="lib" path="lib/dom4j-1.6.1.jar"> 
    77                 <attributes> 
    78                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    79                 </attributes> 
    80         </classpathentry> 
    81         <classpathentry kind="lib" path="lib/domsax_1.1.0.jar"> 
    82                 <attributes> 
    83                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    84                 </attributes> 
    85         </classpathentry> 
    86         <classpathentry kind="lib" path="lib/ejb3-persistence.jar"> 
    87                 <attributes> 
    88                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    89                 </attributes> 
    90         </classpathentry> 
    91         <classpathentry kind="lib" path="lib/freemarker.jar"> 
    92                 <attributes> 
    93                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    94                 </attributes> 
    95         </classpathentry> 
    96         <classpathentry kind="lib" path="lib/hibernate-annotations.jar"> 
    97                 <attributes> 
    98                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    99                 </attributes> 
    100         </classpathentry> 
    101         <classpathentry kind="lib" path="lib/hibernate-cglib-repack-2.1_3.jar"> 
    102                 <attributes> 
    103                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    104                 </attributes> 
    105         </classpathentry> 
    106         <classpathentry kind="lib" path="lib/hibernate-commons-annotations.jar"> 
    107                 <attributes> 
    108                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    109                 </attributes> 
    110         </classpathentry> 
    111         <classpathentry kind="lib" path="lib/hibernate-core.jar"> 
    112                 <attributes> 
    113                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    114                 </attributes> 
    115         </classpathentry> 
    116         <classpathentry kind="lib" path="lib/hibernate-entitymanager.jar"> 
    117                 <attributes> 
    118                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    119                 </attributes> 
    120         </classpathentry> 
    121         <classpathentry kind="lib" path="lib/hsqldb.jar"> 
    122                 <attributes> 
    123                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    124                 </attributes> 
    125         </classpathentry> 
    126         <classpathentry kind="lib" path="lib/javassist-3.4.GA.jar"> 
    127                 <attributes> 
    128                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    129                 </attributes> 
    130         </classpathentry> 
    131         <classpathentry kind="lib" path="lib/javax.servlet.jar"> 
    132                 <attributes> 
    133                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    134                 </attributes> 
    135         </classpathentry> 
    136         <classpathentry kind="lib" path="lib/jaxb-impl-2.1.7.jar"> 
    137                 <attributes> 
    138                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    139                 </attributes> 
    140         </classpathentry> 
    141         <classpathentry kind="lib" path="lib/jaxb-xjc-2.1.7.jar"> 
    142                 <attributes> 
    143                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    144                 </attributes> 
    145         </classpathentry> 
    146         <classpathentry kind="lib" path="lib/jaxen-1.1.jar"> 
    147                 <attributes> 
    148                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    149                 </attributes> 
    150         </classpathentry> 
    151         <classpathentry kind="lib" path="lib/jdom-1.0.jar"> 
    152                 <attributes> 
    153                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    154                 </attributes> 
    155         </classpathentry> 
    156         <classpathentry kind="lib" path="lib/jta-1.1.jar"> 
    157                 <attributes> 
    158                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    159                 </attributes> 
    160         </classpathentry> 
    161         <classpathentry kind="lib" path="lib/log4j-1.2.9.jar"> 
    162                 <attributes> 
    163                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    164                 </attributes> 
    165         </classpathentry> 
    166         <classpathentry kind="lib" path="lib/mysql-connector-java-5.1.2-beta-bin.jar"> 
    167                 <attributes> 
    168                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    169                 </attributes> 
    170         </classpathentry> 
    171         <classpathentry kind="lib" path="lib/neethi-2.0.4.jar"> 
    172                 <attributes> 
    173                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    174                 </attributes> 
    175         </classpathentry> 
    176         <classpathentry kind="lib" path="lib/org.mortbay.jetty.jar"> 
    177                 <attributes> 
    178                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    179                 </attributes> 
    180         </classpathentry> 
    181         <classpathentry kind="lib" path="lib/org.mortbay.jetty.plus.jar"> 
    182                 <attributes> 
    183                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    184                 </attributes> 
    185         </classpathentry> 
    186         <classpathentry kind="lib" path="lib/postgresql-8.3-603.jdbc4.jar"> 
    187                 <attributes> 
    188                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    189                 </attributes> 
    190         </classpathentry> 
    191         <classpathentry kind="lib" path="lib/slf4j-api-1.5.6.jar"> 
    192                 <attributes> 
    193                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    194                 </attributes> 
    195         </classpathentry> 
    196         <classpathentry kind="lib" path="lib/slf4j-log4j12-1.5.6.jar"> 
    197                 <attributes> 
    198                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    199                 </attributes> 
    200         </classpathentry> 
    201         <classpathentry kind="lib" path="lib/smtp.jar"> 
    202                 <attributes> 
    203                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    204                 </attributes> 
    205         </classpathentry> 
    206         <classpathentry kind="lib" path="lib/stax-utils-20060502.jar"> 
    207                 <attributes> 
    208                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    209                 </attributes> 
    210         </classpathentry> 
    211         <classpathentry kind="lib" path="lib/trove.jar"> 
    212                 <attributes> 
    213                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    214                 </attributes> 
    215         </classpathentry> 
    216         <classpathentry kind="lib" path="lib/wsdl4j-1.6.2.jar"> 
    217                 <attributes> 
    218                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    219                 </attributes> 
    220         </classpathentry> 
    221         <classpathentry kind="lib" path="lib/xercesImpl.jar"> 
    222                 <attributes> 
    223                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    224                 </attributes> 
    225         </classpathentry> 
    226         <classpathentry kind="lib" path="lib/xml-resolver-1.2.jar"> 
    227                 <attributes> 
    228                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    229                 </attributes> 
    230         </classpathentry> 
    231         <classpathentry kind="lib" path="lib/XmlSchema-1.4.2.jar"> 
    232                 <attributes> 
    233                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    234                 </attributes> 
    235         </classpathentry> 
    236         <classpathentry kind="lib" path="lib/javax.mail.jar"> 
    237                 <attributes> 
    238                         <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
    239                 </attributes> 
    240         </classpathentry> 
    241         <classpathentry kind="lib" path="lib/junit-4.8.1.jar"/> 
     4        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.module.container"/> 
     5        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
     6        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/abdera-core-0.4.0-incubating.jar"> 
     7                <attributes> 
     8                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     9                </attributes> 
     10        </classpathentry> 
     11        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/abdera-extensions-json-0.4.0-incubating.jar"> 
     12                <attributes> 
     13                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     14                </attributes> 
     15        </classpathentry> 
     16        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/abdera-extensions-main-0.4.0-incubating.jar"> 
     17                <attributes> 
     18                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     19                </attributes> 
     20        </classpathentry> 
     21        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/abdera-i18n-0.4.0-incubating.jar"> 
     22                <attributes> 
     23                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     24                </attributes> 
     25        </classpathentry> 
     26        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/abdera-parser-0.4.0-incubating.jar"> 
     27                <attributes> 
     28                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     29                </attributes> 
     30        </classpathentry> 
     31        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/ant-1.6.5.jar"> 
     32                <attributes> 
     33                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     34                </attributes> 
     35        </classpathentry> 
     36        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/ant-apache-log4j.jar"> 
     37                <attributes> 
     38                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     39                </attributes> 
     40        </classpathentry> 
     41        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/antlr-2.7.7.jar"> 
     42                <attributes> 
     43                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     44                </attributes> 
     45        </classpathentry> 
     46        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/aopalliance-1.0.jar"> 
     47                <attributes> 
     48                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     49                </attributes> 
     50        </classpathentry> 
     51        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/asm-2.2.3.jar"> 
     52                <attributes> 
     53                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     54                </attributes> 
     55        </classpathentry> 
     56        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/axiom-api-1.2.7.jar"> 
     57                <attributes> 
     58                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     59                </attributes> 
     60        </classpathentry> 
     61        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/axiom-impl-1.2.7.jar"> 
     62                <attributes> 
     63                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     64                </attributes> 
     65        </classpathentry> 
     66        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/bcprov-jdk15-1.43.jar"> 
     67                <attributes> 
     68                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     69                </attributes> 
     70        </classpathentry> 
     71        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-codec-1.3.jar"> 
     72                <attributes> 
     73                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     74                </attributes> 
     75        </classpathentry> 
     76        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-collections-3.2.1.jar"> 
     77                <attributes> 
     78                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     79                </attributes> 
     80        </classpathentry> 
     81        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-dbcp-1.2.1.jar"> 
     82                <attributes> 
     83                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     84                </attributes> 
     85        </classpathentry> 
     86        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-fileupload-1.1.jar"> 
     87                <attributes> 
     88                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     89                </attributes> 
     90        </classpathentry> 
     91        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-io-1.3.1.jar"> 
     92                <attributes> 
     93                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     94                </attributes> 
     95        </classpathentry> 
     96        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-lang-2.4.jar"> 
     97                <attributes> 
     98                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     99                </attributes> 
     100        </classpathentry> 
     101        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-logging-1.1.1.jar"> 
     102                <attributes> 
     103                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     104                </attributes> 
     105        </classpathentry> 
     106        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/commons-pool-1.5.2.jar"> 
     107                <attributes> 
     108                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     109                </attributes> 
     110        </classpathentry> 
     111        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/cxf-2.2.4.jar"> 
     112                <attributes> 
     113                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     114                </attributes> 
     115        </classpathentry> 
     116        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/cxf-manifest.jar"> 
     117                <attributes> 
     118                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     119                </attributes> 
     120        </classpathentry> 
     121        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/dom4j-1.6.1.jar"> 
     122                <attributes> 
     123                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     124                </attributes> 
     125        </classpathentry> 
     126        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/FastInfoset-1.2.7.jar"> 
     127                <attributes> 
     128                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     129                </attributes> 
     130        </classpathentry> 
     131        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/freemarker.jar"> 
     132                <attributes> 
     133                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     134                </attributes> 
     135        </classpathentry> 
     136        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-activation_1.1_spec-1.0.2.jar"> 
     137                <attributes> 
     138                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     139                </attributes> 
     140        </classpathentry> 
     141        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-annotation_1.0_spec-1.1.1.jar"> 
     142                <attributes> 
     143                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     144                </attributes> 
     145        </classpathentry> 
     146        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-javamail_1.4_spec-1.6.jar"> 
     147                <attributes> 
     148                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     149                </attributes> 
     150        </classpathentry> 
     151        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-jaxws_2.1_spec-1.0.jar"> 
     152                <attributes> 
     153                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     154                </attributes> 
     155        </classpathentry> 
     156        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-jms_1.1_spec-1.1.1.jar"> 
     157                <attributes> 
     158                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     159                </attributes> 
     160        </classpathentry> 
     161        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-servlet_2.5_spec-1.2.jar"> 
     162                <attributes> 
     163                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     164                </attributes> 
     165        </classpathentry> 
     166        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-stax-api_1.0_spec-1.0.1.jar"> 
     167                <attributes> 
     168                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     169                </attributes> 
     170        </classpathentry> 
     171        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/geronimo-ws-metadata_2.0_spec-1.1.2.jar"> 
     172                <attributes> 
     173                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     174                </attributes> 
     175        </classpathentry> 
     176        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/hsqldb.jar"> 
     177                <attributes> 
     178                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     179                </attributes> 
     180        </classpathentry> 
     181        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/javax.mail.jar"> 
     182                <attributes> 
     183                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     184                </attributes> 
     185        </classpathentry> 
     186        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/javax.servlet.jar"> 
     187                <attributes> 
     188                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     189                </attributes> 
     190        </classpathentry> 
     191        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jaxb-api-2.1.jar"> 
     192                <attributes> 
     193                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     194                </attributes> 
     195        </classpathentry> 
     196        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jaxb-impl-2.1.12.jar"> 
     197                <attributes> 
     198                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     199                </attributes> 
     200        </classpathentry> 
     201        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jaxb-xjc-2.1.12.jar"> 
     202                <attributes> 
     203                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     204                </attributes> 
     205        </classpathentry> 
     206        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jaxen-1.1.jar"> 
     207                <attributes> 
     208                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     209                </attributes> 
     210        </classpathentry> 
     211        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jdom-1.0.jar"> 
     212                <attributes> 
     213                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     214                </attributes> 
     215        </classpathentry> 
     216        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jettison-1.1.jar"> 
     217                <attributes> 
     218                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     219                </attributes> 
     220        </classpathentry> 
     221        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jetty-6.1.21.jar"> 
     222                <attributes> 
     223                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     224                </attributes> 
     225        </classpathentry> 
     226        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jetty-util-6.1.21.jar"> 
     227                <attributes> 
     228                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     229                </attributes> 
     230        </classpathentry> 
     231        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jra-1.0-alpha-4.jar"> 
     232                <attributes> 
     233                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     234                </attributes> 
     235        </classpathentry> 
     236        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/js-1.7R1.jar"> 
     237                <attributes> 
     238                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     239                </attributes> 
     240        </classpathentry> 
     241        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jsr311-api-1.0.jar"> 
     242                <attributes> 
     243                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     244                </attributes> 
     245        </classpathentry> 
     246        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jta-1.1.jar"> 
     247                <attributes> 
     248                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     249                </attributes> 
     250        </classpathentry> 
     251        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/junit-4.8.1.jar"> 
     252                <attributes> 
     253                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     254                </attributes> 
     255        </classpathentry> 
     256        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/log4j-1.2.15.jar"> 
     257                <attributes> 
     258                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     259                </attributes> 
     260        </classpathentry> 
     261        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/mail.jar"> 
     262                <attributes> 
     263                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     264                </attributes> 
     265        </classpathentry> 
     266        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/mysql-connector-java-5.1.2-beta-bin.jar"> 
     267                <attributes> 
     268                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     269                </attributes> 
     270        </classpathentry> 
     271        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/neethi-2.0.4.jar"> 
     272                <attributes> 
     273                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     274                </attributes> 
     275        </classpathentry> 
     276        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/oro-2.0.8.jar"> 
     277                <attributes> 
     278                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     279                </attributes> 
     280        </classpathentry> 
     281        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/postgresql-8.3-603.jdbc4.jar"> 
     282                <attributes> 
     283                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     284                </attributes> 
     285        </classpathentry> 
     286        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/saaj-api-1.3.jar"> 
     287                <attributes> 
     288                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     289                </attributes> 
     290        </classpathentry> 
     291        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/saaj-impl-1.3.2.jar"> 
     292                <attributes> 
     293                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     294                </attributes> 
     295        </classpathentry> 
     296        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/serializer-2.7.1.jar"> 
     297                <attributes> 
     298                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     299                </attributes> 
     300        </classpathentry> 
     301        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/slf4j-api-1.5.8.jar"> 
     302                <attributes> 
     303                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     304                </attributes> 
     305        </classpathentry> 
     306        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/slf4j-log4j12-1.5.6.jar"> 
     307                <attributes> 
     308                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     309                </attributes> 
     310        </classpathentry> 
     311        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/smtp.jar"> 
     312                <attributes> 
     313                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     314                </attributes> 
     315        </classpathentry> 
     316        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/stax-utils-20060502.jar"> 
     317                <attributes> 
     318                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     319                </attributes> 
     320        </classpathentry> 
     321        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/velocity-1.6.2.jar"> 
     322                <attributes> 
     323                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     324                </attributes> 
     325        </classpathentry> 
     326        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/WHICH_JARS"> 
     327                <attributes> 
     328                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     329                </attributes> 
     330        </classpathentry> 
     331        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/wsdl4j-1.6.2.jar"> 
     332                <attributes> 
     333                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     334                </attributes> 
     335        </classpathentry> 
     336        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/wss4j-1.5.8.jar"> 
     337                <attributes> 
     338                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     339                </attributes> 
     340        </classpathentry> 
     341        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/wstx-asl-3.2.8.jar"> 
     342                <attributes> 
     343                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     344                </attributes> 
     345        </classpathentry> 
     346        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/xalan-2.7.1.jar"> 
     347                <attributes> 
     348                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     349                </attributes> 
     350        </classpathentry> 
     351        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/xercesImpl.jar"> 
     352                <attributes> 
     353                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     354                </attributes> 
     355        </classpathentry> 
     356        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/xml-resolver-1.2.jar"> 
     357                <attributes> 
     358                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     359                </attributes> 
     360        </classpathentry> 
     361        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/xmlbeans-2.4.0.jar"> 
     362                <attributes> 
     363                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     364                </attributes> 
     365        </classpathentry> 
     366        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/XmlSchema-1.4.5.jar"> 
     367                <attributes> 
     368                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     369                </attributes> 
     370        </classpathentry> 
     371        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/xmlsec-1.4.3.jar"> 
     372                <attributes> 
     373                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     374                </attributes> 
     375        </classpathentry> 
     376        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jetty-plus-6.1.21.jar"> 
     377                <attributes> 
     378                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     379                </attributes> 
     380        </classpathentry> 
     381        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/jersey-json-1.1.5.jar"> 
     382                <attributes> 
     383                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     384                </attributes> 
     385        </classpathentry> 
     386        <classpathentry exported="true" kind="lib" path="lib/slf4j-jdk14-1.5.8.jar"> 
     387                <attributes> 
     388                        <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="../"/> 
     389                </attributes> 
     390        </classpathentry> 
    242391        <classpathentry kind="output" path="bin"/> 
    243392</classpath> 

  • molgenis/3.3/lib/WHICH_JARS

    r1851 r2700  
    66Jars marked with a [6] at the end are optional for Java 6 (update 4 or  
    77later is supported) as the functionality provided by those jars are  
    8 provided in the JDK 
     8provided in the JDK. 
     9 
     10Some users may prefer to use axis2-saaj.jar rather than saaj-impl.jar. Both are 
     11supported. 
    912 
    1013The following jars are required for all CXF usage: 
    … …  
    1417- geronimo-annotation.jar (Or the Sun equivalent) [6] 
    1518- geronimo-javamail.jar (Or the Sun equivalent) [6] 
     19  (MAY be able to remove javamail if you don't use any MTOM/SAAJ type things) 
    1620- geronimo-stax-api.jar (Or the Sun equivalent) [6] 
    1721- neethi.jar 
    1822- jaxb-api.jar  [6] 
    19 - jaxb-impl.jar 
    20 - stax-utils.jar 
     23- jaxb-impl.jar (this is a [6] for normal runtime, but is required for  
     24                 tooling and the dynamic clients) 
    2125- XmlSchema.jar 
    22 - wstx-asl.jar  [6] 
     26- wstx-asl.jar  [6] or another StAX implementation 
    2327- wsdl4j.jar 
     28 
     29The following jars are required for XML catalog support: 
    2430- xml-resolver.jar  
    2531 
    … …  
    2834- jaxb-xjc.jar 
    2935- velocity.jar 
    30 - velocity-dep.jar 
     36- commons-collections.jar 
     37- commons-lang.jar 
    3138 
    3239For JAX-WS support: 
    … …  
    4552- spring-core.jar 
    4653- spring.web.jar 
    47 - FastInfoset-1.2.2.jar 
     54- FastInfoset.jar 
    4855 
    4956For standalone HTTP support: 
    5057- geronimo-servlet.jar 
    5158- jetty.jar 
    52 - jetty-sslengine.jar 
    5359- jetty-util.jar 
    5460- sl4j.jar & sl4j-jdk14.jar (optional - but improves logging) 
    5561  
    5662For Aegis support: 
    57 - jaxen.jar 
    58 - jdom.jar 
    59 - stax-utils.jar 
     63- jdom.jar (optional, if you want to map xsd:anyType to JDOM) 
    6064 
    6165For WS-Security support: 
    62 - bcprov-jdk14.jar 
    63 - xalan.jar (version 2.7.1 preferred) 
     66- bcprov-jdk15.jar 
     67- xalan.jar 
     68- serializer.jar 
    6469- wss4j.jar 
    6570- xmlsec.jar 
    … …  
    7782For JMS transport 
    7883- geronimo-jms.jar (Or the Sun equivalent) 
     84- spring-jms.jar 
    7985 
    8086For CORBA support: 

  • molgenis/3.3/src/META-INF/MANIFEST.MF

    r2468 r2700  
    11Manifest-Version: 1.0 
    2 Class-Path:  
    32 

  • molgenis/3.3/src/org/molgenis/Molgenis.java

    r2672 r2700  
    5252import org.molgenis.generators.server.MolgenisServletContextGen; 
    5353import org.molgenis.generators.server.MolgenisServletGen; 
     54import org.molgenis.generators.server.RestApiGen; 
    5455import org.molgenis.generators.server.SoapApiGen; 
    5556import org.molgenis.generators.sql.CountPerEntityGen; 
    … …  
    235236                // SOAP 
    236237                generators.add(new SoapApiGen()); 
     238                generators.add(new RestApiGen()); 
    237239 
    238240                // CSV import/export 

  • molgenis/3.3/src/org/molgenis/framework/server/AbstractMolgenisServlet.java

    r2669 r2700  
    2323 
    2424import javax.naming.NamingException; 
     25import javax.servlet.ServletConfig; 
    2526import javax.servlet.ServletException; 
    2627import javax.servlet.http.HttpServletRequest; 
    … …  
    3132import org.apache.cxf.Bus; 
    3233import org.apache.cxf.BusFactory; 
     34import org.apache.cxf.common.classloader.ClassLoaderUtils; 
     35import org.apache.cxf.interceptor.Interceptor; 
     36import org.apache.cxf.jaxrs.JAXRSServerFactoryBean; 
     37import org.apache.cxf.jaxrs.servlet.CXFNonSpringJaxrsServlet; 
     38import org.apache.cxf.message.Message; 
    3339import org.apache.cxf.transport.servlet.CXFNonSpringServlet; 
    3440import org.apache.log4j.Level; 
    3541import org.apache.log4j.Logger; 
    36 import org.molgenis.framework.db.JoinQuery; 
    3742import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3843import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
     44import org.molgenis.framework.db.JoinQuery; 
    3945import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    4046import org.molgenis.framework.security.Login; 
    … …  
    120126        public abstract Object getSoapImpl() throws DatabaseException, NamingException; 
    121127 
     128        @Override 
     129        public void doGet(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response) 
     130        { 
     131                try 
     132                { 
     133                        this.service(request, response); 
     134                } 
     135                catch (IOException e) 
     136                { 
     137                        // TODO Auto-generated catch block 
     138                        e.printStackTrace(); 
     139                } 
     140                catch (ServletException e) 
     141                { 
     142                        // TODO Auto-generated catch block 
     143                        e.printStackTrace(); 
     144                } 
     145        } 
     146 
     147        @Override 
     148        public void doPut(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response) 
     149        { 
     150                try 
     151                { 
     152                        this.service(request, response); 
     153                } 
     154                catch (IOException e) 
     155                { 
     156                        // TODO Auto-generated catch block 
     157                        e.printStackTrace(); 
     158                } 
     159                catch (ServletException e) 
     160                { 
     161                        // TODO Auto-generated catch block 
     162                        e.printStackTrace(); 
     163                } 
     164        } 
     165 
     166        @Override 
     167        public void doDelete(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response) 
     168        { 
     169                try 
     170                { 
     171                        this.service(request, response); 
     172                } 
     173                catch (IOException e) 
     174                { 
     175                        // TODO Auto-generated catch block 
     176                        e.printStackTrace(); 
     177                } 
     178                catch (ServletException e) 
     179                { 
     180                        // TODO Auto-generated catch block 
     181                        e.printStackTrace(); 
     182                } 
     183        } 
     184 
     185        public void doPost(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response) 
     186        { 
     187                try 
     188                { 
     189                        this.service(request, response); 
     190                } 
     191                catch (IOException e) 
     192                { 
     193                        // TODO Auto-generated catch block 
     194                        e.printStackTrace(); 
     195                } 
     196                catch (ServletException e) 
     197                { 
     198                        // TODO Auto-generated catch block 
     199                        e.printStackTrace(); 
     200                } 
     201        } 
     202 
    122203        /** 
    123204         * Frontcontroller of the MOLGENIS application. Based on paths, requests are 
    … …  
    151232                                this.handleRAPIrequest(request, response); 
    152233                        } 
    153                         else if (path != null && (path.contains("/api/soap") ||  path.contains("/api/rest")) ) 
     234                        else if (path != null && (path.contains("/api/soap"))) 
    154235                        { 
    155236                                this.handleSOAPrequest(request, response); 
    … …  
    163244                                this.handleDownloadFile(request, response); 
    164245                        } 
    165                         else if (path != null && path.contains("/rest/")) 
    166                         { 
    167  
    168                                 RestInterface.handleRequest(request, response, getDatabase()); 
    169                         } 
     246//                      else if (path != null && path.contains("/rest/")) 
     247//                      { 
     248//                              // RestInterface.handleRequest(request, response, 
     249//                              // getDatabase()); 
     250//                              this.handleSOAPrequest(request, response); 
     251//                      } 
    170252                        else 
    171253                        { 
    … …  
    232314                // delegate to CXF servlet 
    233315                // load the bus if needed 
    234                 if (this.cxfLoaded == false && (this.getSoapImpl() != null || this.getRestImpl() != null)) 
     316                if (this.cxfLoaded == false && (this.getSoapImpl() != null))// || this.getRestImpl() != null)) 
    235317                { 
    236318                        super.loadBus(this.getServletConfig()); 
     319 
    237320                        Bus bus = this.getBus(); 
    238                         BusFactory.setDefaultBus(bus); 
    239                         Endpoint.publish("/soap/", this.getSoapImpl()); 
    240                         //Endpoint.publish("/rest/", this.getSoapImpl()); 
     321                         
     322                        //from samples/restfull directory 
     323                         
     324                // Build up the server factory bean 
     325//              JaxRsServerFactoryBean sf = new JaxWsServerFactoryBean(); 
     326//              sf.setBus(bus); 
     327//              sf.setServiceClass(this.getRestImpl().getClass()); 
     328//              // Use the HTTP Binding which understands the Java Rest Annotations 
     329//              sf.setBindingId(HttpBindingFactory.HTTP_BINDING_ID); 
     330//              sf.setAddress("/rest/"); 
     331//              sf.getServiceFactory().setInvoker(new BeanInvoker(this.getRestImpl())); 
     332//              sf.getServiceFactory().setWrapped(false); 
     333 
     334//              sf.create();                     
     335                         
     336                         BusFactory.setDefaultBus(bus); 
     337                         Endpoint.publish("/soap/", this.getSoapImpl()); 
     338                        // Endpoint.publish("/rest/", this.getSoapImpl()); 
     339 
     340                        // JAX-RS 
     341//                      JAXRSServerFactoryBean sf = new JAXRSServerFactoryBean(); 
     342//                      sf.setBus(bus); 
     343//                      sf.setResourceClasses(this.getRestImpl().getClass()); 
     344//                      sf.setResourceProvider(this.getRestImpl().getClass(), new SingletonResourceProvider(this.getRestImpl())); 
     345//                      sf.setAddress("/rest/"); 
     346//                      sf.create(); 
     347//                       
     348                        // JAX-WS 
     349                        //Endpoint.publish("/soap/", this.getSoapImpl()); 
     350 
     351//                      setInterceptors(sf, this.getServletConfig(), "jaxrs.inInterceptors"); 
     352//                      setInterceptors(sf, this.getServletConfig(), "jaxrs.outInterceptors"); 
     353 
     354                        //JAX-WS 
     355                        //sf.setBindingId(HttpBindingFactory.); 
     356//                      JAXRSServerFactoryBean sf2 = new JAXRSServerFactoryBean(); 
     357//                      sf2.setBus(bus); 
     358//                      sf2.setResourceClasses(this.getSoapImpl().getClass()); 
     359//                      sf2.setResourceProvider(this.getSoapImpl().getClass(), new SingletonResourceProvider(this.getSoapImpl())); 
     360//                      sf2.setAddress("/soap/"); 
     361//                      sf2.create(); 
     362                         
     363//                      JaxWsServerFactoryBean svrFactory = new JaxWsServerFactoryBean(); 
     364//                      //svrFactory.setBus(bus); 
     365//                      svrFactory.setServiceClass(this.getSoapImpl().getClass()); 
     366//                      svrFactory.setAddress("/soap/"); 
     367//                      svrFactory.setServiceBean(this.getSoapImpl()); 
     368//                      svrFactory.create(); 
     369                         
     370//                      ServiceFactoryBean svrFactory = new CFactoryBean(); 
     371//                      //svrFactory.setBus(bus); 
     372//                      svrFactory.setServiceClass(this.getSoapImpl().getClass()); 
     373//                      svrFactory.setAddress("/soap/"); 
     374//                      svrFactory.setServiceBean(this.getSoapImpl()); 
     375//                      svrFactory.create(); 
     376 
     377                        //                       
     378                        // //Ssf.setProvider(new AegisJSONProvider()); 
    241379 
    242380                        this.cxfLoaded = true; 
    243381                } 
    244                 super.service(request, response); 
     382 
     383                super.doPost(request, response); 
    245384 
    246385        } 
    … …  
    341480                        else 
    342481                        { 
    343                                  
     482 
    344483                                molgenis.getController().handleRequest(db, requestTuple); 
    345484                                // handle request 
    346485                                molgenis.getController().reload(db); // reload the application 
    347                                 logger.debug("reloaded "+molgenis.getName()+" screen, rendering..."); 
     486                                logger.debug("reloaded " + molgenis.getName() + " screen, rendering..."); 
    348487 
    349488                                // ((UserInterface)molgenis).getDatabase().close(); 
    … …  
    389528                                                List<Object> massupdate = requestTuple.getList("massUpdate"); 
    390529                                                // if empty list, create empty list 
    391                                                 if (massupdate == null) massupdate = new ArrayList<Object>(); 
     530                                                if (massupdate == null) 
     531                                                        massupdate = new ArrayList<Object>(); 
    392532 
    393533                                                Vector<String> massupdate_updateable = new Vector<String>(); 
    … …  
    396536                                                for (Object id : massupdate) 
    397537                                                { 
    398                                                         if (!massupdate_readonly.contains(id)) massupdate_updateable.add(id.toString()); 
     538                                                        if (!massupdate_readonly.contains(id)) 
     539                                                                massupdate_updateable.add(id.toString()); 
    399540                                                } 
    400541 
    … …  
    440581                logger.info("port: " + request.getLocalPort()); 
    441582                logger.info("port: " + request.getLocalAddr()); 
    442                 if (filename.startsWith("/")) filename = filename.substring(1); 
     583                if (filename.startsWith("/")) 
     584                        filename = filename.substring(1); 
    443585 
    444586                // if R file exists, return that 
    … …  
    470612                        out.println("source(\"" + rSource + "source.R\")"); 
    471613                        out.println(); 
    472                         //out.println("#load R/qtl to XGAP functions<br/>"); 
    473                         //out.println("source(\"" + rSource + "rqtl.R\")"); 
     614                        // out.println("#load R/qtl to XGAP functions<br/>"); 
     615                        // out.println("source(\"" + rSource + "rqtl.R\")"); 
    474616                        out.println(); 
    475617                        // out.println( 
    … …  
    554696                                        { 
    555697 
    556                                                 if (request.getPathInfo() == null) out.println("<a href=\"find/" + className 
    557                                                                 + "?__showQueryDialogue=true\">" + className + "</a><br/>"); 
     698                                                if (request.getPathInfo() == null) 
     699                                                        out.println("<a href=\"find/" + className + "?__showQueryDialogue=true\">" + className 
     700                                                                        + "</a><br/>"); 
    558701                                                else 
    559702                                                        out.println("<a href=\"" + className + "\">" + className + "</a><br/>"); 
    … …  
    633776                                                else 
    634777                                                { 
    635                                                         if (ruleElements[1] != "" && !"__submitbutton".equals(ruleElements[0])) rulesList 
    636                                                                         .add(new QueryRule(ruleElements[0], QueryRule.Operator.EQUALS, ruleElements[1])); 
     778                                                        if (ruleElements[1] != "" && !"__submitbutton".equals(ruleElements[0])) 
     779                                                                rulesList 
     780                                                                                .add(new QueryRule(ruleElements[0], QueryRule.Operator.EQUALS, ruleElements[1])); 
    637781                                                } 
    638782                                        } 
    … …  
    823967                                                                + entityClass.getCanonicalName() + "\n"); 
    824968 
    825                                                 if (writer != null) writer.close(); 
     969                                                if (writer != null) 
     970                                                        writer.close(); 
    826971                                                BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(temp)); 
    827972                                                String line = null; 
    … …  
    9651110                        // Walk trought the tree of user interface screens to find out which 
    9661111                        // template files to autoinclude 
    967                         if (userInterface.getViewTemplate() != null) conf.addAutoInclude(userInterface.getViewTemplate()); 
     1112                        if (userInterface.getViewTemplate() != null) 
     1113                                conf.addAutoInclude(userInterface.getViewTemplate()); 
    9681114                        for (ScreenModel screen : userInterface.getAllChildren()) 
    9691115                        { 
    … …  
    10291175                        { 
    10301176                                // logger.debug("using: " + result.get(i)); 
    1031                                 if (i > 0) out.write(","); 
     1177                                if (i > 0) 
     1178                                        out.write(","); 
    10321179                                out.write(result.get(i).getString(xref_field) + ":\""); 
    10331180                                out.write(result.get(i).getString(xref_label)); 
    … …  
    10461193        } 
    10471194 
    1048         public Object getRestImpl() throws DatabaseException, NamingException 
    1049         { 
    1050                 // TODO Auto-generated method stub 
    1051                 return null; 
    1052         } 
     1195        //public abstract Object getRestImpl() throws DatabaseException, NamingException; 
     1196 
     1197        @SuppressWarnings("unchecked") 
     1198        protected void setInterceptors(JAXRSServerFactoryBean bean, ServletConfig servletConfig, String paramName) 
     1199        { 
     1200                String value = servletConfig.getInitParameter(paramName); 
     1201                if (value == null) 
     1202                { 
     1203                        return; 
     1204                } 
     1205                String[] values = value.split(" "); 
     1206                List<Interceptor> list = new ArrayList<Interceptor>(); 
     1207                for (String interceptorVal : values) 
     1208                { 
     1209                        String theValue = interceptorVal.trim(); 
     1210                        if (theValue.length() != 0) 
     1211                        { 
     1212                                try 
     1213                                { 
     1214                                        Class<?> intClass = ClassLoaderUtils.loadClass(theValue, CXFNonSpringJaxrsServlet.class); 
     1215                                        list.add((Interceptor<? extends Message>) intClass.newInstance()); 
     1216                                } 
     1217                                catch (Exception ex) 
     1218                                { 
     1219                                        ex.printStackTrace(); 
     1220                                } 
     1221                        } 
     1222                } 
     1223                if (list.size() > 0) 
     1224                { 
     1225                        if ("jaxrs.outInterceptors".equals(paramName)) 
     1226                        { 
     1227                                bean.setOutInterceptors(list); 
     1228                        } 
     1229                        else 
     1230                        { 
     1231                                bean.setInInterceptors(list); 
     1232                        } 
     1233                } 
     1234        } 
     1235 
    10531236} 

  • molgenis/3.3/src/org/molgenis/framework/server/MolgenisServer.java

    r2273 r2700  
    66import java.sql.Connection; 
    77 
    8 import javax.servlet.ServletContextListener; 
    9 import javax.sql.DataSource; 
    108import javax.swing.JOptionPane; 
    119 
    … …  
    1412import org.apache.log4j.Level; 
    1513import org.apache.log4j.Logger; 
    16 import org.mortbay.http.SocketListener; 
    17 import org.mortbay.jetty.plus.DefaultDataSourceService; 
    18 import org.mortbay.jetty.plus.Server; 
    19 import org.mortbay.jetty.servlet.ServletHttpContext; 
     14import org.mortbay.jetty.Server; 
    2015 
    2116// import org.mortbay.jetty.plus.Server; 
    … …  
    10095        /** 
    10196         * Cleanup and close 
    102          */ 
    103         public void stop() 
     97         * @throws Exception  
     98         */ 
     99        public void stop() throws Exception 
    104100        { 
    105101                logger.info("stopping server"); 

  • molgenis/3.3/src/org/molgenis/framework/server/MolgenisServerGui.java

    r2314 r2700  
    5151                        public void actionPerformed( ActionEvent ae ) 
    5252                        { 
    53                                 server.stop(); 
     53                                try 
     54                                { 
     55                                        server.stop(); 
     56                                } 
     57                                catch (Exception e) 
     58                                { 
     59                                        // TODO Auto-generated catch block 
     60                                        e.printStackTrace(); 
     61                                } 
    5462                        } 
    5563                }; 
    … …  
    5967                        public void windowClosing( WindowEvent e ) 
    6068                        { 
    61                                 server.stop(); 
     69                                try 
     70                                { 
     71                                        server.stop(); 
     72                                } 
     73                                catch (Exception e1) 
     74                                { 
     75                                        // TODO Auto-generated catch block 
     76                                        e1.printStackTrace(); 
     77                                } 
    6278                        } 
    6379                }); 

  • molgenis/3.3/src/org/molgenis/framework/ui/FormView.ftl

    r2692 r2700  
    447447<!--FormScreen ${screen.getName()}--> 
    448448<div class="formscreen"> 
     449<a name="${screen.name}"/> 
    449450<div style="position: absolute; left: -10000px; top: -10000px;" id="popup_${screen.getName()}" class="popup" position="absolute" visibility="hidden"></div> 
    450 <form name="${screen.name}_form"  id="${screen.name}_form" target="" action="" method="post" style="margin: 0px;" enctype="multipart/form-data"> 
     451<form name="${screen.name}_form"  id="${screen.name}_form" target="#${screen.name}" action="" method="post" style="margin: 0px;" enctype="multipart/form-data"> 
    451452        <input type="hidden" name="__target" /> 
    452453        <input type="hidden" name="__action" /> 

  • molgenis/3.3/src/org/molgenis/generators/DataTypeGen.java.ftl

    r2677 r2700  
    3030import org.molgenis.framework.db.Query; 
    3131import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
     32 
     33import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType; 
     34import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType; 
     35import javax.xml.bind.annotation.XmlElement; 
     36import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement; 
    3237 
    3338<#--import parent class if extends--> 
    … …  
    8792public interface ${JavaName(entity)} extends <#if entity.hasImplements()><#list entity.getImplements() as i> ${JavaName(i)}<#if i_has_next>,</#if></#list><#else>org.molgenis.util.Entity</#if> 
    8893<#else> 
     94@XmlRootElement(name="${name(entity)}") 
     95@XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD) 
    8996public class ${JavaName(entity)} extends <#if entity.hasAncestor()>${JavaName(entity.getAncestor())}<#else>org.molgenis.util.AbstractEntity</#if> <#if entity.hasImplements()>implements<#list entity.getImplements() as i> ${JavaName(i)}<#if i_has_next>,</#if></#list></#if> 
    9097</#if> 
    … …  
    119126        // member variables (including setters.getters for interface) 
    120127        <#foreach field in entity.getImplementedFields()> 
     128         
    121129        //${field.description}[type=${field.type}] 
     130        @XmlElement(name="${name(field)}") 
    122131                <#assign type_label = field.getType().toString()> 
    123132        private ${type(field)} _${name(field)} = ${default(field)}; 

  • molgenis_distro/3.3/.classpath

    r2557 r2700  
    44        <classpathentry kind="src" path="generated/sql"/> 
    55        <classpathentry kind="src" path="generated/java"/> 
    6         <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.web.container"/> 
    7         <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    8         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/ant-apache-log4j.jar"/> 
    9         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/ant.jar"/> 
    10         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/antlr-2.7.6.jar"/> 
    11         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/asm-2.2.3.jar"/> 
    12         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/cmdline_1.2.0.jar"/> 
    13         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-collections-3.1.jar"/> 
    14         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-collections.jar"/> 
    15         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-dbcp-1.2.1.jar"/> 
    16         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-fileupload-1.1.jar"/> 
    17         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-io-1.3.1.jar"/> 
    18         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-lang-2.3.jar"/> 
    19         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-logging-1.1.1.jar"/> 
    20         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/commons-pool-1.2.jar"/> 
    21         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/cxf-2.1.2.jar"/> 
    22         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/dom4j-1.6.1.jar"/> 
    23         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/domsax_1.1.0.jar"/> 
    24         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/ejb3-persistence.jar"/> 
    25         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/freemarker.jar"/> 
    26         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/hibernate-annotations.jar"/> 
    27         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/hibernate-cglib-repack-2.1_3.jar"/> 
    28         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/hibernate-commons-annotations.jar"/> 
    29         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/hibernate-core.jar"/> 
    30         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/hibernate-entitymanager.jar"/> 
    31         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/hsqldb.jar"/> 
    32         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/javassist-3.4.GA.jar"/> 
    33         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/javax.mail.jar"/> 
    34         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/javax.servlet.jar"/> 
    35         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/jaxb-impl-2.1.7.jar"/> 
    36         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/jaxb-xjc-2.1.7.jar"/> 
    37         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/jaxen-1.1.jar"/> 
    38         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/jdom-1.0.jar"/> 
    39         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/jta-1.1.jar"/> 
    40         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/log4j-1.2.9.jar"/> 
    41         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/mysql-connector-java-5.1.2-beta-bin.jar"/> 
    42         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/neethi-2.0.4.jar"/> 
    43         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/org.mortbay.jetty.jar"/> 
    44         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/org.mortbay.jetty.plus.jar"/> 
    45         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/postgresql-8.3-603.jdbc4.jar"/> 
    46         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/slf4j-api-1.5.6.jar"/> 
    47         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/slf4j-log4j12-1.5.6.jar"/> 
    48         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/smtp.jar"/> 
    49         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/stax-utils-20060502.jar"/> 
    50         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/trove.jar"/> 
    51         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/WHICH_JARS"/> 
    52         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/wsdl4j-1.6.2.jar"/> 
    53         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/xercesImpl.jar"/> 
    54         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/xml-resolver-1.2.jar"/> 
    55         <classpathentry kind="lib" path="/molgenis/lib/XmlSchema-1.4.2.jar"/> 
     6        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.web.container"/> 
     7        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    568        <classpathentry kind="output" path="build/classes"/> 
    579</classpath> 

  • molgenis_distro/3.3/WebContent/WEB-INF/web.xml

    r2449 r2700  
    3232        </servlet> 
    3333 
     34        <servlet> 
     35                <servlet-name>RestServlet</servlet-name> 
     36                <servlet-class>org.apache.cxf.jaxrs.servlet.CXFNonSpringJaxrsServlet</servlet-class> 
     37                <init-param> 
     38                        <param-name>jaxrs.serviceClasses</param-name> 
     39                        <param-value> 
     40                        app.servlet.RestApi            
     41                        </param-value> 
     42                </init-param> 
     43                <load-on-startup>1</load-on-startup> 
     44        </servlet> 
     45 
     46         
    3447        <servlet-mapping> 
    3548                <servlet-name>MolgenisServlet</servlet-name> 
    … …  
    4154        </servlet-mapping> 
    4255        <servlet-mapping> 
    43                 <servlet-name>MolgenisServlet</servlet-name> 
     56                <servlet-name>RestServlet</servlet-name> 
    4457                <url-pattern>/api/rest/*</url-pattern> 
    4558        </servlet-mapping>       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.