Changeset 3439


Ignore:
Timestamp:
08/25/10 16:27:12 (18 months ago)
Author:
jlops
Message:

JPA changes

Location:
molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3
Files:
5 added
50 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/data/csv/CsvReaderGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    3030</#list> 
    3131 
    32 import org.apache.log4j.Logger; 
     32import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     33import org.apache.commons.logging.Log; 
    3334import org.molgenis.framework.Database; 
    3435import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    … …  
    5556{ 
    5657        static int BATCH_SIZE = 10000; 
    57         static Logger logger = Logger.getLogger(${JavaName(entity)}CsvReader.class.getSimpleName()); 
     58        static Log Log = LogFactory.getLog(${JavaName(entity)}CsvReader.class.getSimpleName()); 
    5859                         
    5960        /** 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/data/mappers/MultiqueryMapperGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2828 
    2929import org.apache.commons.lang.StringEscapeUtils; 
    30 import org.apache.log4j.Logger; 
     30import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     31import org.apache.commons.logging.Log; 
    3132 
    3233import org.molgenis.framework.Database; 
    … …  
    6667public class ${JavaName(entity)}Mapper extends AbstractJDBCMapper<${JavaName(entity)}> 
    6768{        
    68         Logger logger = Logger.getLogger(this.getClass()); 
     69        Log Log = LogFactory.getLog(this.getClass()); 
    6970         
    7071<#include "MapperCommons.subclass_per_table.java.ftl">   

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/data/types/DataTypeGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    376376        </#list> 
    377377                } 
    378                 //org.apache.log4j.Logger.getLogger("test").debug("set "+this); 
     378                //org.apache.log4j.LogFactory.getLog("test").debug("set "+this); 
    379379        }        
    380380 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/servlet/MolgenisContextListenerGen.ftl

    r3433 r3439  
    3434                        sc.setAttribute("DataSource", dsource); 
    3535                } catch (NamingException ex) { 
    36                         Logger.getLogger(ContextListener.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex); 
     36                        LogFactory.getLog(ContextListener.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex); 
    3737                } 
    3838        } 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/tools/CopyMemoryToDatabaseGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2828</#if></#list> 
    2929 
    30 import org.apache.log4j.Logger; 
     30import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     31import org.apache.commons.logging.Log; 
    3132import org.molgenis.framework.Database; 
    3233import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    … …  
    3435public class CopyMemoryToDatabase 
    3536{ 
    36         static Logger logger = Logger.getLogger(CopyMemoryToDatabase.class.getSimpleName()); 
     37        static Log Log = LogFactory.getLog(CopyMemoryToDatabase.class.getSimpleName()); 
    3738         
    3839<#list entities as e><#if !e.abstract>   

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/tools/CsvExportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    1919import java.io.IOException; 
    2020 
    21 import org.apache.log4j.Logger; 
     21import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     22import org.apache.commons.logging.Log; 
    2223import org.molgenis.framework.Database; 
    2324import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    … …  
    3233public class CsvExport 
    3334{ 
    34         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvExport.class.getSimpleName()); 
     35        static Log Log = LogFactory.getLog(CsvExport.class.getSimpleName()); 
    3536                 
    3637        /** 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/tools/CsvImportByNameGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2525import java.util.TreeMap; 
    2626 
    27 import org.apache.log4j.Logger; 
     27import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     28import org.apache.commons.logging.Log; 
    2829import org.molgenis.framework.Database; 
    2930import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    … …  
    4445        static int BATCH_SIZE = 10000; 
    4546        static int SMALL_BATCH_SIZE = 2500; 
    46         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvImportByName.class.getSimpleName()); 
     47        static Log Log = LogFactory.getLog(CsvImportByName.class.getSimpleName()); 
    4748         
    4849        /**wrapper to use int inside anonymous classes (requires final, so cannot update directly)*/ 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/build/classes/org/molgenis/generators/tools/CsvImportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2424import java.util.TreeMap; 
    2525 
    26 import org.apache.log4j.Logger; 
     26import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     27import org.apache.commons.logging.Log; 
    2728import org.molgenis.framework.Database; 
    2829import org.molgenis.framework.data.DatabaseException; 
    … …  
    3738public class CsvImport 
    3839{ 
    39         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvImport.class.getSimpleName()); 
     40        static Log Log = LogFactory.getLog(CsvImport.class.getSimpleName()); 
    4041        //mappings between imported and internally assigned ids 
    4142        //only necessary for automatic ids 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/DataTypeGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    550550        </#list> 
    551551                } 
    552                 //org.apache.log4j.Logger.getLogger("test").debug("set "+this); 
     552                //org.apache.log4j.LogFactory.getLog("test").debug("set "+this); 
    553553        }        
    554554 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/JpaDataTypeGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    634634--> 
    635635                } 
    636                 //org.apache.log4j.Logger.getLogger("test").debug("set "+this); 
     636                //org.apache.log4j.LogFactory.getLog("test").debug("set "+this); 
    637637        }        
    638638 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvExportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2323import java.util.Arrays; 
    2424 
    25 import org.apache.log4j.Logger; 
     25import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     26import org.apache.commons.logging.Log; 
    2627import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2728import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3940public class CsvExport 
    4041{ 
    41         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvExport.class.getSimpleName()); 
     42        static Log Log = LogFactory.getLog(CsvExport.class.getSimpleName()); 
    4243                 
    4344                /** 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvImportByIdGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2424import java.util.TreeMap; 
    2525 
    26 import org.apache.log4j.Logger; 
     26import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     27import org.apache.commons.logging.Log; 
    2728import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2829import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3738public class CsvImportById 
    3839{ 
    39         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvImport.class.getSimpleName()); 
     40        static Log Log = LogFactory.getLog(CsvImport.class.getSimpleName()); 
    4041        //mappings between imported and internally assigned ids 
    4142        //only necessary for automatic ids 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvImportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2525import java.util.TreeMap; 
    2626 
    27 import org.apache.log4j.Logger; 
     27import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     28import org.apache.commons.logging.Log; 
    2829import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2930import org.molgenis.framework.db.Database.DatabaseAction; 
    … …  
    4950        static int BATCH_SIZE = 10000; 
    5051        static int SMALL_BATCH_SIZE = 2500; 
    51         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvImport.class.getSimpleName()); 
     52        static Log Log = LogFactory.getLog(CsvImport.class.getSimpleName()); 
    5253         
    5354        /**wrapper to use int inside anonymous classes (requires final, so cannot update directly)*/ 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvReaderGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    6161public class ${JavaName(entity)}CsvReader extends CsvToDatabase<${JavaName(entity)}> 
    6262{ 
    63         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(${JavaName(entity)}CsvReader.class); 
     63        public static final transient Log Log = LogFactory.getLog(${JavaName(entity)}CsvReader.class); 
    6464         
    6565        <#assign has_xrefs=false /> 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/db/CopyMemoryToDatabaseGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2828</#if></#list> 
    2929 
    30 import org.apache.log4j.Logger; 
     30import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     31import org.apache.commons.logging.Log; 
    3132import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3233import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3435public class CopyMemoryToDatabase 
    3536{ 
    36         static Logger logger = Logger.getLogger(CopyMemoryToDatabase.class.getSimpleName()); 
     37        static Log Log = LogFactory.getLog(CopyMemoryToDatabase.class.getSimpleName()); 
    3738         
    3839<#list entities as e><#if !e.abstract>   

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/db/MultiqueryMapperGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    3535 
    3636import org.apache.commons.lang.StringEscapeUtils; 
    37 import org.apache.log4j.Logger; 
     37import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     38import org.apache.commons.logging.Log; 
    3839 
    3940import org.molgenis.framework.db.Database; 
    … …  
    7576public class ${JavaName(entity)}Mapper extends AbstractJDBCMapper<${JavaName(entity)}> 
    7677{        
    77         Logger logger = Logger.getLogger(this.getClass()); 
     78        Log Log = LogFactory.getLog(this.getClass()); 
    7879         
    7980        @Override 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/excel/ExcelExportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2929import jxl.write.WritableWorkbook; 
    3030 
    31 import org.apache.log4j.Logger; 
     31import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     32import org.apache.commons.logging.Log; 
    3233import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3334import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    … …  
    3940public class ExcelExport 
    4041{ 
    41         static Logger logger = Logger.getLogger(ExcelExport.class.getSimpleName()); 
     42        static Log Log = LogFactory.getLog(ExcelExport.class.getSimpleName()); 
    4243         
    4344        protected int sheetIndex = 0; 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/excel/ExcelImportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2323import jxl.Workbook; 
    2424 
    25 import org.apache.log4j.Logger; 
     25import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     26import org.apache.commons.logging.Log; 
    2627import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2728import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3839public class ExcelImport 
    3940{ 
    40         static Logger logger = Logger.getLogger(ExcelImport.class.getSimpleName()); 
     41        static Log Log = LogFactory.getLog(ExcelImport.class.getSimpleName()); 
    4142         
    4243        public static void importAll(File excelFile, Database db, Tuple defaults) throws Exception 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/excel/ExcelReaderGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2929import jxl.Sheet; 
    3030 
    31 import org.apache.log4j.Logger; 
     31import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     32import org.apache.commons.logging.Log; 
    3233import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3334import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    4546public class ${JavaName(entity)}ExcelReader<${JavaName(entity)}> 
    4647{ 
    47         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(${JavaName(entity)}ExcelReader.class); 
     48        public static final transient Log Log = LogFactory.getLog(${JavaName(entity)}ExcelReader.class); 
    4849                         
    4950        /** 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/server/MolgenisContextListenerGen.ftl

    r3433 r3439  
    3434                        sc.setAttribute("DataSource", dsource); 
    3535                } catch (NamingException ex) { 
    36                         Logger.getLogger(ContextListener.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex); 
     36                        LogFactory.getLog(ContextListener.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex); 
    3737                } 
    3838        } 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestCsvGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2727import java.util.Locale; 
    2828 
    29 import org.apache.log4j.Logger; 
     29import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     30import org.apache.commons.logging.Log; 
    3031 
    3132import org.molgenis.Molgenis; 
    … …  
    6263        private static int total = 10; 
    6364        private static Database db; 
    64         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(TestCsv.class); 
     65        public static final transient Log Log = LogFactory.getLog(TestCsv.class); 
    6566        DateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATEFORMAT, Locale.US); 
    6667        DateFormat dateTimeFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATETIMEFORMAT, Locale.US);          

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestDataSetGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2929import java.util.Set; 
    3030 
    31 import org.apache.log4j.Logger; 
     31import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     32import org.apache.commons.logging.Log; 
    3233 
    3334import org.molgenis.Molgenis; 
    … …  
    5354{ 
    5455        private static Database db; 
    55         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(TestCsv.class); 
     56        public static final transient Log Log = LogFactory.getLog(TestCsv.class); 
    5657        DateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATEFORMAT, Locale.US); 
    5758        DateFormat dateTimeFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATETIMEFORMAT, Locale.US);          

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestDatabaseGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2727import java.util.Locale; 
    2828 
    29 import org.apache.log4j.Logger; 
     29import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     30import org.apache.commons.logging.Log; 
    3031 
    3132import org.molgenis.Molgenis; 
    … …  
    4950        private static int total = 10; 
    5051        private static Database db; 
    51         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(TestDatabase.class); 
     52        public static final transient Log Log = LogFactory.getLog(TestDatabase.class); 
    5253        DateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATEFORMAT, Locale.US); 
    5354        DateFormat dateTimeFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATETIMEFORMAT, Locale.US);          

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/framework/db/jdbc/JDBCMapper.java

    r3433 r3439  
    1414import org.molgenis.framework.db.Database; 
    1515import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
     16import org.molgenis.framework.db.Mapper; 
    1617import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    1718import org.molgenis.framework.db.jdbc.ColumnInfo.Type; 
    … …  
    2930 *  
    3031 */ 
    31 public interface JDBCMapper<E extends Entity> 
     32public interface JDBCMapper<E extends Entity> extends Mapper<E> 
    3233{        
    33         public JDBCDatabase getDatabase(); 
    34  
    35         public int add(List<E> entities) throws DatabaseException; 
    36  
    37         // FIXME: can we merge the two add functions by wrapping list/reader into an 
    38         // iterator of some kind? 
    39         public E create(); 
    40          
    41         public int add(CsvReader reader, CsvWriter writer) throws DatabaseException; 
    42          
    43         public int update(List<E> entities) throws DatabaseException; 
    44          
    45         public int update(CsvReader reader) throws DatabaseException; 
    46          
    47         public int remove(List<E> entities) throws DatabaseException; 
    48          
    49         public int count(QueryRule ...rules) throws DatabaseException; 
    50  
    51         public List<E> find(QueryRule ...rules) throws DatabaseException; 
    52  
    53         public void find(CsvWriter writer, QueryRule[] rules) throws DatabaseException; 
    54          
    55         public void find(CsvWriter writer, List<String> fieldsToExport, QueryRule[] rules) throws DatabaseException; 
    56  
    57         public int remove(CsvReader reader) throws DatabaseException; 
    58  
    59         public List<E> toList(CsvReader reader, int limit) throws Exception; 
    60  
    61         public String getTableFieldName(String field); 
    62  
    63         public Type getFieldType(String field); 
     34//      public JDBCDatabase getDatabase(); 
     35 
     36//      public int add(List<E> entities) throws DatabaseException; 
     37// 
     38//      // FIXME: can we merge the two add functions by wrapping list/reader into an 
     39//      // iterator of some kind? 
     40//      public E create(); 
     41//       
     42//      public int add(CsvReader reader, CsvWriter writer) throws DatabaseException; 
     43//       
     44//      public int update(List<E> entities) throws DatabaseException; 
     45//       
     46//      public int update(CsvReader reader) throws DatabaseException; 
     47//       
     48//      public int remove(List<E> entities) throws DatabaseException; 
     49//       
     50//      public int count(QueryRule ...rules) throws DatabaseException; 
     51// 
     52//      public List<E> find(QueryRule ...rules) throws DatabaseException; 
     53// 
     54//      public void find(CsvWriter writer, QueryRule[] rules) throws DatabaseException; 
     55//       
     56//      public void find(CsvWriter writer, List<String> fieldsToExport, QueryRule[] rules) throws DatabaseException; 
     57// 
     58//      public int remove(CsvReader reader) throws DatabaseException; 
     59// 
     60//      public List<E> toList(CsvReader reader, int limit) throws Exception; 
     61// 
     62//      public String getTableFieldName(String field); 
     63// 
     64//      public Type getFieldType(String field); 
    6465 
    6566//      /** 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/framework/db/jdbc/MappingDecorator.java

    r3433 r3439  
    1212import org.molgenis.framework.db.Database; 
    1313import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
     14import org.molgenis.framework.db.Mapper; 
    1415import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    1516import org.molgenis.framework.db.jdbc.ColumnInfo.Type; 
    1617 
    17 public class MappingDecorator<E extends Entity> implements JDBCMapper<E> 
     18public class MappingDecorator<E extends Entity> implements Mapper<E> 
    1819{ 
    19         private JDBCMapper<E> mapper; 
     20        private Mapper<E> mapper; 
    2021 
    21         public MappingDecorator(JDBCMapper<E> generatedMapper) 
     22        public MappingDecorator(Mapper<E> generatedMapper) 
    2223        { 
    2324                this.mapper = generatedMapper; 
    … …  
    6667        } 
    6768 
    68         @Override 
    69         public JDBCDatabase getDatabase() 
    70         { 
    71                 return mapper.getDatabase(); 
    72         } 
     69//      @Override 
     70//      public Database getDatabase() 
     71//      { 
     72//              return mapper.getDatabase(); 
     73//      } 
    7374 
    7475        @Override 
    … …  
    116117                mapper.find(writer, fieldsToExport, rules); 
    117118        } 
     119 
     120        @Override 
     121        public Database getDatabase() { 
     122                return mapper.getDatabase(); 
     123        } 
    118124} 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/framework/db/jpa/JPAQueryGeneratorUtil.java

    r3433 r3439  
    2121import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
    2222import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
     23import org.molgenis.framework.db.Mapper; 
    2324import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    2425import org.molgenis.framework.db.QueryRule.Operator; 
    2526import org.molgenis.model.elements.Field.Type; 
     27 
    2628import org.molgenis.util.Entity; 
    2729 
    … …  
    7779 
    7880    private static <E> int[] createWhere( 
    79             JpaMapper mapper, 
     81                JpaMapper mapper, 
    8082            EntityManager em, 
    8183            Root<E> root, 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/framework/db/jpa/JpaDatabase.java

    r3433 r3439  
    1515import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    1616import org.molgenis.framework.db.JoinQuery; 
     17import org.molgenis.framework.db.Mapper; 
    1718import org.molgenis.framework.db.Query; 
    1819import org.molgenis.framework.db.QueryImp; 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/DataTypeGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    550550        </#list> 
    551551                } 
    552                 //org.apache.log4j.Logger.getLogger("test").debug("set "+this); 
     552                //org.apache.log4j.LogFactory.getLog("test").debug("set "+this); 
    553553        }        
    554554 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/JpaDataTypeGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    207207                        <#if isPrimaryKey(field,entity)> 
    208208                                <#if !entity.hasAncestor()> 
    209         private <#if field.type="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type="mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> ${name(field)} = ${default(field)};                                
     209        private <#if field.type="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type="mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> ${name(field)} = <#if field.type == "mref">new ArrayList<${JavaName(field.xrefEntity)}>()<#else> ${default(field)}</#if>;                          
    210210                                </#if> 
    211211                        <#else> 
    212         private <#if field.type="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type="mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> ${name(field)} = ${default(field)}; 
     212        private <#if field.type="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type="mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> ${name(field)} = <#if field.type == "mref">new ArrayList<${JavaName(field.xrefEntity)}>()<#else> ${default(field)}</#if>; 
    213213                        </#if> 
    214214                <#if type_label == "enum"> 
    … …  
    299299         * @return ${name(field)}. 
    300300         */ 
    301         public <#if field.type =="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#else>${type(field)}</#if> get${JavaName(field)}() 
     301 
     302        public <#if field.type =="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type == "mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> get${JavaName(field)}() 
    302303        { 
    303304                return this.${name(field)}; 
    … …  
    311312         * @param ${name(field)} 
    312313         */ 
    313         public void set${JavaName(field)}( <#if field.type =="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#else>${type(field)}</#if> ${name(field)}) 
     314        public void set${JavaName(field)}( <#if field.type =="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type == "mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> ${name(field)}) 
    314315        { 
    315316                this.${name(field)} = ${name(field)}; 
    … …  
    321322         * @param ${name(field)} 
    322323         */ 
    323         public void set${JavaName(field)}( <#if field.type =="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#else>${type(field)}</#if> ${name(field)}) 
     324        public void set${JavaName(field)}( <#if field.type =="xref">${JavaName(field.xrefEntity)}<#elseif field.type == "mref">List<${JavaName(field.xrefEntity)}><#else>${type(field)}</#if> ${name(field)}) 
    324325        { 
    325326                this.${name(field)} = ${name(field)}; 
    … …  
    634635--> 
    635636                } 
    636                 //org.apache.log4j.Logger.getLogger("test").debug("set "+this); 
     637                //org.apache.log4j.LogFactory.getLog("test").debug("set "+this); 
    637638        }        
    638639 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvExportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2323import java.util.Arrays; 
    2424 
    25 import org.apache.log4j.Logger; 
     25import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     26import org.apache.commons.logging.Log; 
    2627import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2728import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3940public class CsvExport 
    4041{ 
    41         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvExport.class.getSimpleName()); 
     42        static Log logger = LogFactory.getLog(CsvExport.class.getSimpleName()); 
    4243                 
    4344                /** 
    … …  
    144145                        <#if entity.hasAncestor() || entity.isRootAncestor()>QueryRule type = new QueryRule("${typefield()}",Operator.EQUALS, "${Name(entity)}"); 
    145146                        query.addRules(type);</#if> 
    146                         QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("${Name(entity)}"), rules); 
    147                         query.addRules(newRules); 
     147                         
     148                        if(rules != null && rules.length > 0) { 
     149                                QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("${Name(entity)}"), rules); 
     150                                query.addRules(newRules); 
     151                        } 
    148152                        int count = query.count(); 
    149153                        if(count > 0){ 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvImportByIdGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2424import java.util.TreeMap; 
    2525 
    26 import org.apache.log4j.Logger; 
     26import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     27import org.apache.commons.logging.Log; 
    2728import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2829import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3738public class CsvImportById 
    3839{ 
    39         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvImport.class.getSimpleName()); 
     40        static Log logger = LogFactory.getLog(CsvImport.class.getSimpleName()); 
    4041        //mappings between imported and internally assigned ids 
    4142        //only necessary for automatic ids 
    … …  
    106107                                //redirect outgoing fkeys 
    107108                                <#list allFields(entity) as f><#if f.type = "xref"> 
    108                                 if(object.get${Name(f)}() != null) object.set${Name(f)}(${name(f.xrefEntity)}IdMap.get(object.get${Name(f)}())); 
     109                                if(object.get${Name(f)}() != null) object.set${Name(f)}_Id(${name(f.xrefEntity)}IdMap.get(object.get${Name(f)}())); 
    109110                                <#elseif f.type="mref">  
    110111                                List<${type(f.xrefField)} > ${name(f)}Ids = new ArrayList<${type(f.xrefField)}>(); 
    111                                 for(${type(f.xrefField)} id: object.get${Name(f)}()) 
     112                                for(${type(f.xrefField)} id: object.get${Name(f)}_Id()) 
    112113                                { 
    113114                                        ${name(f)}Ids.add(${name(f.xrefEntity)}IdMap.get(id)); 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvImportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2525import java.util.TreeMap; 
    2626 
    27 import org.apache.log4j.Logger; 
     27import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     28import org.apache.commons.logging.Log; 
    2829import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2930import org.molgenis.framework.db.Database.DatabaseAction; 
    … …  
    4950        static int BATCH_SIZE = 10000; 
    5051        static int SMALL_BATCH_SIZE = 2500; 
    51         static Logger logger = Logger.getLogger(CsvImport.class.getSimpleName()); 
     52        static Log logger = LogFactory.getLog(CsvImport.class.getSimpleName()); 
    5253         
    5354        /**wrapper to use int inside anonymous classes (requires final, so cannot update directly)*/ 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/csv/CsvReaderGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    6161public class ${JavaName(entity)}CsvReader extends CsvToDatabase<${JavaName(entity)}> 
    6262{ 
    63         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(${JavaName(entity)}CsvReader.class); 
     63        public static final transient Log logger = LogFactory.getLog(${JavaName(entity)}CsvReader.class); 
    6464         
    6565        <#assign has_xrefs=false /> 
    … …  
    252252                                        </#if> 
    253253                                        } 
    254                                         o.set${JavaName(f)}(${name(f)}Keymap.get(key)); 
     254                                        o.set${JavaName(f)}_Id(${name(f)}Keymap.get(key)); 
    255255                                } 
    256256                                <#elseif f.type == 'mref'  && f.getXrefLabelNames()[0] != f.getXrefFieldName()> 
    … …  
    288288                                                break; 
    289289                                        } 
    290                                         o.set${JavaName(f)}(mrefs); 
     290                                        o.set${JavaName(f)}_Id(mrefs); 
    291291                                } 
    292292                                </#if></#list> 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/db/CopyMemoryToDatabaseGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2828</#if></#list> 
    2929 
    30 import org.apache.log4j.Logger; 
     30import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     31import org.apache.commons.logging.Log; 
    3132import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3233import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3435public class CopyMemoryToDatabase 
    3536{ 
    36         static Logger logger = Logger.getLogger(CopyMemoryToDatabase.class.getSimpleName()); 
     37        static Log Log = LogFactory.getLog(CopyMemoryToDatabase.class.getSimpleName()); 
    3738         
    3839<#list entities as e><#if !e.abstract>   

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/db/JpaDatabaseGen.java

    r3433 r3439  
    3737                //this.sortEntitiesByXref(entityList,model); //side effect? 
    3838                 
    39                 File target = new File( this.getSourcePath(options) + model.getName().toLowerCase().replace(".", "/") + "/JpaDatabase.java" ); 
     39                File target = new File( this.getSourcePath(options) /*+ model.getName().toLowerCase().replace(".", "/")*/ + "/app/JpaDatabase.java" ); 
    4040                target.getParentFile().mkdirs(); 
    4141                 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/db/JpaDatabaseGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    11<#include "GeneratorHelper.ftl"> 
    2 <#--#####################################################################--> 
    3 <#--                                                                   ##--> 
    4 <#--         START OF THE OUTPUT                                       ##--> 
    5 <#--                                                                   ##--> 
    6 <#--#####################################################################--> 
    7 /* File:        ${model.getName()}/model/JDBCDatabase 
    8  * Copyright:   GBIC 2000-${year?c}, all rights reserved 
    9  * Date:        ${date} 
    10  *  
    11  * generator:   ${generator} ${version} 
    12  * 
    13  * THIS FILE HAS BEEN GENERATED, PLEASE DO NOT EDIT! 
    14  */ 
    152 
    16 package ${package}; 
     3package app; 
    174 
    18 import java.io.File; 
    19 import java.io.FileNotFoundException; 
    20 import java.io.IOException; 
    21 import java.util.Properties; 
     5import java.util.HashMap; 
     6import java.util.Map; 
    227 
    238import javax.persistence.EntityManager; 
    24  
    25 import javax.sql.DataSource; 
    26  
    27 import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    28 import org.molgenis.framework.db.jdbc.datasource.DataSourceWrapper; 
    29 import org.molgenis.framework.db.jdbc.datasource.SimpleDataSourceWrapper; 
     9import javax.persistence.EntityManagerFactory; 
     10import javax.persistence.Persistence; 
    3011 
    3112public class JpaDatabase extends org.molgenis.framework.db.jpa.JpaDatabase 
    3213{ 
    33         //@EntityManager 
    34         //EntityManager em; 
    35  
    36         public JpaDatabase(EntityManager em) 
    37         { 
    38                 super(em); 
    39                 this.setup(); 
     14        private static class EMFactory { 
     15                 
     16                static private Map<String, EntityManagerFactory> emfs = new HashMap<String, EntityManagerFactory>();  
     17                 
     18                static EMFactory instance = null; 
     19                 
     20                private EMFactory() { 
     21                        addEntityManagerFactory("molgenis"); 
     22                } 
     23                 
     24                private static void addEntityManagerFactory(String persistenceUnit) { 
     25                        if(!emfs.containsKey(persistenceUnit)) { 
     26                                emfs.put(persistenceUnit, Persistence.createEntityManagerFactory(persistenceUnit)); 
     27                        } 
     28                } 
     29                 
     30                public static EntityManager createEntityManager(String persistenceUnit) { 
     31                        if(instance == null) { 
     32                                instance = new EMFactory(); 
     33                        }                
     34                        if(!emfs.containsKey(persistenceUnit)) { 
     35                                addEntityManagerFactory(persistenceUnit); 
     36                        }                        
     37                        return emfs.get(persistenceUnit).createEntityManager();          
     38                } 
     39                 
     40                public static EntityManager createEntityManager() { 
     41                        if(instance == null) { 
     42                                instance = new EMFactory(); 
     43                        }                
     44                        return emfs.get("molgenis").createEntityManager();               
     45                }                
    4046        } 
    41  
    42 /* 
    43         public JpaDatabase(Properties p) 
    44         { 
    45                 super(p); 
    46                 this.setup(); 
    47         } 
    48  
    49         public JpaDatabase(String propertiesFilePath) throws FileNotFoundException, IOException 
    50         { 
    51                 super(propertiesFilePath); 
    52                 this.setup(); 
    53         } 
    54 */       
    55         private void setup() 
     47         
     48        static 
    5649        { 
    5750                <#list model.entities as entity><#if !entity.isAbstract()> 
    58                         <#if entity.decorator?exists> 
    59                 this.putMapper(${entity.namespace}.data.types.${Name(entity)}.class, new ${entity.decorator}(new ${entity.namespace}.data.mappers.${Name(entity)}Mapper()));     
    60                         <#else> 
    61                 this.putMapper(${entity.namespace}.data.types.${Name(entity)}.class, new ${entity.namespace}.data.mappers.${Name(entity)}Mapper()); 
    62                         </#if> 
    63                 </#if></#list> 
     51                putMapper(${entity.namespace}.${Name(entity)}.class, new ${entity.namespace}.db.${Name(entity)}Mapper()); 
     52                </#if></#list>   
     53        }        
     54 
     55        public JpaDatabase() 
     56        { 
     57                super(EMFactory.createEntityManager()); 
     58        } 
     59         
     60        public JpaDatabase(String persistenceUnit) { 
     61                super(EMFactory.createEntityManager(persistenceUnit)); 
     62        } 
     63         
     64        public JpaDatabase(boolean testDatabase) { 
     65                super(); 
     66                if(testDatabase) { 
     67                        super.setEntityManager(EMFactory.createEntityManager("molgenis_test")); 
     68                } else { 
     69                        super.setEntityManager(EMFactory.createEntityManager()); 
     70                } 
    6471        } 
    6572} 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/db/MultiqueryMapperGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    3535 
    3636import org.apache.commons.lang.StringEscapeUtils; 
    37 import org.apache.log4j.Logger; 
     37import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     38import org.apache.commons.logging.Log; 
    3839 
    3940import org.molgenis.framework.db.Database; 
    … …  
    7576public class ${JavaName(entity)}Mapper extends AbstractJDBCMapper<${JavaName(entity)}> 
    7677{        
    77         Logger logger = Logger.getLogger(this.getClass()); 
     78        Log Log = LogFactory.getLog(this.getClass()); 
    7879         
    7980        @Override 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/excel/ExcelExportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2929import jxl.write.WritableWorkbook; 
    3030 
    31 import org.apache.log4j.Logger; 
     31import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     32import org.apache.commons.logging.Log; 
    3233import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3334import org.molgenis.framework.db.QueryRule; 
    … …  
    3940public class ExcelExport 
    4041{ 
    41         static Logger logger = Logger.getLogger(ExcelExport.class.getSimpleName()); 
     42        static Log logger = LogFactory.getLog(ExcelExport.class.getSimpleName()); 
    4243         
    4344        protected int sheetIndex = 0; 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/excel/ExcelImportGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2323import jxl.Workbook; 
    2424 
    25 import org.apache.log4j.Logger; 
     25import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     26import org.apache.commons.logging.Log; 
    2627import org.molgenis.framework.db.Database; 
    2728import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    3839public class ExcelImport 
    3940{ 
    40         static Logger logger = Logger.getLogger(ExcelImport.class.getSimpleName()); 
     41        static Log logger = LogFactory.getLog(ExcelImport.class.getSimpleName()); 
    4142         
    4243        public static void importAll(File excelFile, Database db, Tuple defaults) throws Exception 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/excel/ExcelReaderGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    2929import jxl.Sheet; 
    3030 
    31 import org.apache.log4j.Logger; 
     31import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     32import org.apache.commons.logging.Log; 
    3233import org.molgenis.framework.db.Database; 
    3334import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    … …  
    4546public class ${JavaName(entity)}ExcelReader<${JavaName(entity)}> 
    4647{ 
    47         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(${JavaName(entity)}ExcelReader.class); 
     48        public static final transient Log Log = LogFactory.getLog(${JavaName(entity)}ExcelReader.class); 
    4849                         
    4950        /** 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/server/MolgenisContextListenerGen.ftl

    r3433 r3439  
    44package ${package}.servlet; 
    55 
    6 import java.util.logging.Level; 
    7 import java.util.logging.Logger; 
     6import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
    87 
    98import javax.naming.Context; 
    … …  
    3433                        sc.setAttribute("DataSource", dsource); 
    3534                } catch (NamingException ex) { 
    36                         Logger.getLogger(ContextListener.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex); 
     35                        LogFactory.getLog(ContextListener.class.getName()).error(ex); 
    3736                } 
    3837        } 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/server/MolgenisServletGen.ftl

    r3433 r3439  
    4141                //The datasource is created by the servletcontext!               
    4242                DataSource dataSource = (DataSource)getServletContext().getAttribute("DataSource"); 
    43                 return new ${package}.<#if databaseImp = 'jpa'>Jpa<#else>JDBC</#if>Database(dataSource, new File("${db_filepath}")); 
     43                <#if databaseImp = 'jpa'> 
     44                return new ${package}.JpaDatabase();             
     45                <#else> 
     46                return new ${package}.JDBCDatabase(dataSource, new File("${db_filepath}")); 
     47                </#if> 
    4448                 
    4549                //TOMCAT 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/server/RestApiGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    122122        private Database getDatabase() throws DatabaseException, NamingException 
    123123        { 
     124                <#if databaseImp = 'jpa'> 
     125                return new app.JpaDatabase(); 
     126                <#else> 
    124127                //The datasource is created by the servletcontext!                               
    125128                DataSource dataSource = (DataSource)sc.getAttribute("DataSource"); 
    126                 return new ${package}.<#if databaseImp = 'jpa'>Jpa<#else>JDBC</#if>Database(dataSource, new File("${db_filepath}")); 
    127  
     129                return new ${package}.JDBCDatabase(dataSource, new File("${db_filepath}")); 
     130                </#if> 
    128131        } 
    129132} 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/server/SoapApiGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    136136</#list> 
    137137 
     138 
     139        public SoapApi() 
     140        { 
     141                this.database = new app.JpaDatabase(); 
     142        } 
     143 
    138144        public SoapApi(Database database) 
    139145        { 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestCsvGen.java

    r3433 r3439  
    4646                templateArgs.put("entities",entityList); 
    4747                templateArgs.put("package", packageName); 
     48                templateArgs.put("databaseImp", options.mapper_implementation); 
    4849                 
    4950                OutputStream targetOut = new FileOutputStream( target ); 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestCsvGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    1919import app.CsvExport; 
    2020import app.CsvImport; 
     21 
     22<#if databaseImp != 'jpa'>       
    2123import app.JDBCDatabase; 
     24</#if> 
    2225 
    2326import java.io.File; 
    … …  
    2730import java.util.Locale; 
    2831 
    29 import org.apache.log4j.Logger; 
     32import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     33import org.apache.commons.logging.Log; 
    3034 
    3135import org.molgenis.Molgenis; 
    … …  
    6266        private static int total = 10; 
    6367        private static Database db; 
    64         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(TestCsv.class); 
     68        public static final transient Log logger = LogFactory.getLog(TestCsv.class); 
    6569        DateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATEFORMAT, Locale.US); 
    6670        DateFormat dateTimeFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATETIMEFORMAT, Locale.US);          
    … …  
    7074        { 
    7175                //create database 
     76                <#if databaseImp = 'jpa'>                
     77                db = new app.JpaDatabase(true); 
     78                <#else> 
    7279                db = new JDBCDatabase("molgenis.test.properties");       
    7380                new Molgenis("molgenis.test.properties").updateDb(); 
     81                </#if> 
    7482                 
    7583                //create tem working directory 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestDataSetGen.java

    r3433 r3439  
    4646                templateArgs.put("entities",entityList); 
    4747                templateArgs.put("package", packageName); 
     48                templateArgs.put("databaseImp", options.mapper_implementation); 
    4849                 
    4950                OutputStream targetOut = new FileOutputStream( target ); 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestDataSetGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    1717package ${package}; 
    1818 
    19 import app.JDBCDatabase; 
    20  
    2119import java.text.DateFormat; 
    2220import java.text.SimpleDateFormat; 
    … …  
    2927import java.util.Set; 
    3028 
    31 import org.apache.log4j.Logger; 
     29import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     30import org.apache.commons.logging.Log; 
    3231 
    3332import org.molgenis.Molgenis; 
    … …  
    5352{ 
    5453        private static Database db; 
    55         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(TestCsv.class); 
     54        public static final transient Log logger = LogFactory.getLog(TestCsv.class); 
    5655        DateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATEFORMAT, Locale.US); 
    5756        DateFormat dateTimeFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATETIMEFORMAT, Locale.US);          

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestDatabaseGen.java

    r3433 r3439  
    4646                templateArgs.put("entities",entityList); 
    4747                templateArgs.put("package", packageName); 
     48                templateArgs.put("databaseImp", options.mapper_implementation);          
    4849                 
    4950                OutputStream targetOut = new FileOutputStream( target ); 

  • molgenis/3.6_experimental/molgenis3.3/src/org/molgenis/generators/tests/TestDatabaseGen.java.ftl

    r3433 r3439  
    1717package ${package}; 
    1818 
     19<#if databaseImp != 'jpa'> 
    1920import app.JDBCDatabase; 
     21</#if> 
     22 
    2023 
    2124import java.io.IOException; 
    … …  
    2730import java.util.Locale; 
    2831 
    29 import org.apache.log4j.Logger; 
     32import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     33import org.apache.commons.logging.Log; 
    3034 
    3135import org.molgenis.Molgenis; 
    … …  
    4953        private static int total = 10; 
    5054        private static Database db; 
    51         public static final transient Logger logger = Logger.getLogger(TestDatabase.class); 
     55        public static final transient Log logger = LogFactory.getLog(TestDatabase.class); 
    5256        DateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATEFORMAT, Locale.US); 
    5357        DateFormat dateTimeFormat = new SimpleDateFormat(SimpleTuple.DATETIMEFORMAT, Locale.US);          
    … …  
    6165                try 
    6266                {                
     67                 
     68                <#if databaseImp = 'jpa'>                
     69                db = new app.JpaDatabase(true); 
     70                <#else> 
     71                db = new JDBCDatabase("molgenis.test.properties");       
    6372                        //create the database 
    6473                        new Molgenis("molgenis.test.properties").updateDb(); 
     74                        //get it 
     75                        db = new JDBCDatabase("molgenis.test.properties"); 
     76                </#if>           
     77                 
    6578                         
    66                         //get it 
    67                         db = new JDBCDatabase("molgenis.test.properties");                       
    6879                } 
    6980                catch (Exception e) 
    … …  
    100111                        <#list entity.allFields as f><#if !f.auto> 
    101112                        <#if f.type == "xref"> 
    102                         if(${name(f)}Xrefs.size() > 0) e.set${JavaName(f)}( ${name(f)}Xrefs.get(i).get${JavaName(f.xrefField)}() ); 
     113                        if(${name(f)}Xrefs.size() > 0) e.set${JavaName(f)}_Id( ${name(f)}Xrefs.get(i).get${JavaName(f.xrefField)}() ); 
    103114                        <#elseif f.type == "mref"> 
    104115                        if(${name(f)}Xrefs.size() > 0) 
    105116                        { 
    106                                 e.get${JavaName(f)}().add( ${name(f)}Xrefs.get(i).get${JavaName(f.xrefField)}() ); 
     117                                e.get${JavaName(f)}_Id().add( ${name(f)}Xrefs.get(i).get${JavaName(f.xrefField)}() ); 
    107118                                //e.get${JavaName(f)}().add( random(${name(f)}Xrefs).get${JavaName(f.xrefField)}() ); 
    108119                        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.