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rwagner
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molgenis_projects/col7a1/handwritten/java/plugin/ui/upload
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    r3460 r3462  
    1616                this.add(new StringInput("age")); 
    1717                Vector<ValueLabel> aliveOptions   = new Vector<ValueLabel>(); 
    18                 aliveOptions.add(new ValueLabel("alive", "alive")); 
     18                aliveOptions.add(new ValueLabel("alive", "")); 
    1919                this.add(new CheckboxInput("alive", "", "Is patient still alive?", aliveOptions, new Vector<String>())); 
    2020                this.add(new CheckboxInput("consent", "", "Did patient give consent to publish data?", new Vector<ValueLabel>(), new Vector<String>())); 
    … …  
    2727                this.add(new StringInput("pubmed", "")); 
    2828        } 
    29          
    30         public String getAge() 
    31         { 
    32                 return ((StringInput) this.get("age")).toHtml(); 
    33         } 
    34          
    35         public String getAlive() 
    36         { 
    37                 return ((CheckboxInput) this.get("alive")).toHtml(); 
    38         } 
    39          
    40         public String getConsent() 
    41         { 
    42                 return ((CheckboxInput) this.get("consent")).toHtml(); 
    43         } 
    44          
    45         public String getIdentifier() 
    46         { 
    47                 return ((StringInput) this.get("identifier")).toHtml(); 
    48         } 
    49          
    50         public String getMutation1() 
    51         { 
    52                 return ((SelectInput) this.get("mutation1")).toHtml(); 
    53         } 
    54          
    55         public String getMutation2() 
    56         { 
    57                 return ((SelectInput) this.get("mutation2")).toHtml(); 
    58         } 
    59          
    60         public String getNumber() 
    61         { 
    62                 return ((IntInput) this.get("number")).toHtml(); 
    63         } 
    64          
    65         public String getPdf() 
    66         { 
    67                 return ((StringInput) this.get("pdf")).toHtml(); 
    68         } 
    69          
    70         public String getPhenotype() 
    71         { 
    72                 return ((SelectInput) this.get("phenotype")).toHtml(); 
    73         } 
    74          
    75         public String getPubmed() 
    76         { 
    77                 return ((StringInput) this.get("pubmed")).toHtml(); 
    78         } 
    79 //      this.inputPatient.add(new StringInput("age", this.patientSummaryVO.getPatient().getAge())); 
    80 //      this.inputPatient.add(new CheckboxInput("alive", "", "Is patient still alive?", aliveOptions, aliveValue)); 
    81 //      this.inputPatient.add(new CheckboxInput("consent", "", "Did patient give consent to publish data?", new Vector<ValueLabel>(), new Vector<String>())); 
    82 //      this.inputPatient.add(new StringInput("identifier", this.patientSummaryVO.getPatient().getIdentifier())); 
    83 //      this.inputPatient.add(new SelectInput("mutation1", this.patientSummaryVO.getMutation1().getId())); 
    84 //      ((SelectInput) this.inputPatient.get("mutation1")).setOptions(mutationOptions); 
    85 //      this.inputPatient.add(new SelectInput("mutation2", this.patientSummaryVO.getMutation2().getId())); 
    86 //      ((SelectInput) this.inputPatient.get("mutation2")).setOptions(mutationOptions); 
    87 //      this.inputPatient.add(new IntInput("number", this.patientSummaryVO.getPatient().getNumber_())); 
    88 //      this.inputPatient.add(new StringInput("pdf", this.patientSummaryVO.getPublication().getPdf())); 
    89 //      this.inputPatient.add(new SelectInput("phenotype", this.patientSummaryVO.getPhenotype().getId())); 
    90 //      ((SelectInput) this.inputPatient.get("phenotype")).setOptions(phenotypeOptions); 
    91 //      this.inputPatient.add(new StringInput("pubmed", this.patientSummaryVO.getPublication().getPubmed())); 
    9229} 

  • molgenis_projects/col7a1/handwritten/java/plugin/ui/upload/UploadPlugin.java

    r3460 r3462  
    99 
    1010import java.io.File; 
     11import java.text.ParseException; 
    1112import java.util.ArrayList; 
    1213import java.util.List; 
    … …  
    3435import col7a1.Gene; 
    3536import col7a1.Mutation; 
     37import col7a1.Patient; 
    3638import col7a1.Phenotype; 
    3739import col7a1.Publication; 
    … …  
    5052         
    5153        private PatientForm patientForm    = new PatientForm(); 
     54        private MutationForm mutationForm  = new MutationForm(); 
     55 
    5256//      private UploadPatient uploadPatient = new UploadPatient(); 
    5357 
    … …  
    5761        } 
    5862 
    59         private void initMutation() throws DatabaseException 
     63        private void initMutationUploadVO() throws DatabaseException 
    6064        { 
    6165                this.mutationUploadVO = new MutationUploadVO(); 
    … …  
    6367        } 
    6468         
    65         private void initPatient() throws DatabaseException 
     69        private void initPatientSummaryVO() throws DatabaseException 
    6670        { 
    6771                this.patientSummaryVO = new PatientSummaryVO(); 
    … …  
    127131                        int count = this.patientService.insertBatch(file); 
    128132                        this.getMessages().add(new ScreenMessage("Successfully inserted " + count + " patients", true)); 
    129                         this.initMutation(); 
    130                         this.initPatient(); 
     133                        this.initMutationUploadVO(); 
     134                        this.initPatientSummaryVO(); 
    131135                } 
    132136        } 
    … …  
    134138        private void handlePatient(Database db, Tuple request) throws Exception 
    135139        { 
    136                 this.toPatientSummaryVO(request); 
     140                this.patientSummaryVO = this.toPatientSummaryVO(request); 
    137141 
    138142                if (this.action.equals("newPatient")) 
    139143                { 
    140                         // populate patient form 
    141                         List<ValueLabel> mutationOptions  = new ArrayList<ValueLabel>(); 
    142                         for (Mutation mutation : this.mutationService.getAllMutations()) 
    143                                 mutationOptions.add(new ValueLabel(mutation.getId(), mutation.getCdna_notation())); 
    144  
    145                         List<ValueLabel> phenotypeOptions = new ArrayList<ValueLabel>(); 
    146                         for (Phenotype phenotype : this.phenotypeService.getPhenotypes()) 
    147                                 phenotypeOptions.add(new ValueLabel(phenotype.getId(), phenotype.getName())); 
    148  
    149                         Vector<String> aliveValue         = new Vector<String>(); 
    150                         aliveValue.add(this.patientSummaryVO.getPatient().getAlive() ? "alive" : ""); 
    151                          
    152                         this.patientForm.get("age").setValue(this.patientSummaryVO.getPatient().getAge()); 
    153                         this.patientForm.get("alive").setValue(aliveValue); 
    154                         this.patientForm.get("identifier").setValue(this.patientSummaryVO.getPatient().getIdentifier()); 
    155                         ((SelectInput) this.patientForm.get("mutation1")).setOptions(mutationOptions); 
    156                         this.patientForm.get("mutation1").setValue(this.patientSummaryVO.getMutation1().getId()); 
    157                         ((SelectInput) this.patientForm.get("mutation2")).setOptions(mutationOptions); 
    158                         this.patientForm.get("mutation2").setValue(this.patientSummaryVO.getMutation2().getId()); 
    159                         this.patientForm.get("number").setValue(this.patientSummaryVO.getPatient().getNumber_()); 
    160                         this.patientForm.get("pdf").setValue(this.patientSummaryVO.getPublication().getPdf()); 
    161                         ((SelectInput) this.patientForm.get("phenotype")).setOptions(phenotypeOptions); 
    162                         this.patientForm.get("phenotype").setValue(this.patientSummaryVO.getPhenotype().getId()); 
    163                         this.patientForm.get("pubmed").setValue(this.patientSummaryVO.getPublication().getPubmed()); 
     144                        this.populatePatientForm(); 
    164145                } 
    165146                else if (this.action.equals("insertPatient")) 
    … …  
    167148                        this.patientService.insert(this.patientSummaryVO); 
    168149                        this.getMessages().add(new ScreenMessage("Patient successfully inserted", true)); 
    169                         this.initPatient(); 
    170                 } 
    171         } 
    172  
    173         public PatientForm getPatientForm() 
    174         { 
    175                 return this.patientForm; 
     150                        this.initPatientSummaryVO(); 
     151                } 
    176152        } 
    177153 
    … …  
    180156                this.toMutationUploadVO(db, request); 
    181157 
    182                 if (this.action.equals("assignMutation")) 
     158                if (this.action.equals("newMutation")) 
     159                { 
     160                        this.populateMutationForm(); 
     161                } 
     162                else if (this.action.equals("assignMutation")) 
    183163                { 
    184164                        this.mutationService.assignValuesFromPosition(this.mutationUploadVO); 
     165                        this.populateMutationForm(); 
    185166                } 
    186167                else if (this.action.equals("checkMutation")) 
    … …  
    198179 
    199180                        this.getMessages().add(new ScreenMessage("Mutation successfully inserted", true)); 
    200                         this.initMutation(); 
    201                 } 
    202         } 
    203  
    204         private void toPatientSummaryVO(Tuple request) throws DatabaseException 
    205         { 
     181                        this.initMutationUploadVO(); 
     182                } 
     183        } 
     184 
     185        private void populatePatientForm() throws Exception 
     186        { 
     187                List<ValueLabel> mutationOptions  = new ArrayList<ValueLabel>(); 
     188                for (Mutation mutation : this.mutationService.getAllMutations()) 
     189                        mutationOptions.add(new ValueLabel(mutation.getId(), mutation.getCdna_notation())); 
     190 
     191                List<ValueLabel> phenotypeOptions = new ArrayList<ValueLabel>(); 
     192                for (Phenotype phenotype : this.phenotypeService.getPhenotypes()) 
     193                        phenotypeOptions.add(new ValueLabel(phenotype.getId(), phenotype.getName())); 
     194 
     195                Vector<String> aliveValue         = new Vector<String>(); 
     196                aliveValue.add(this.patientSummaryVO.getPatient().getAlive() ? "alive" : ""); 
     197                 
     198                this.patientForm.get("age").setValue(this.patientSummaryVO.getPatient().getAge()); 
     199                this.patientForm.get("alive").setValue(aliveValue); 
     200                this.patientForm.get("identifier").setValue(this.patientSummaryVO.getPatient().getIdentifier()); 
     201                ((SelectInput) this.patientForm.get("mutation1")).setOptions(mutationOptions); 
     202                this.patientForm.get("mutation1").setValue(this.patientSummaryVO.getMutation1().getId()); 
     203                ((SelectInput) this.patientForm.get("mutation2")).setOptions(mutationOptions); 
     204                this.patientForm.get("mutation2").setValue(this.patientSummaryVO.getMutation2().getId()); 
     205                this.patientForm.get("number").setValue(this.patientSummaryVO.getPatient().getNumber_()); 
     206                this.patientForm.get("pdf").setValue(this.patientSummaryVO.getPublication().getPdf()); 
     207                ((SelectInput) this.patientForm.get("phenotype")).setOptions(phenotypeOptions); 
     208                this.patientForm.get("phenotype").setValue(this.patientSummaryVO.getPhenotype().getId()); 
     209                this.patientForm.get("pubmed").setValue(this.patientSummaryVO.getPublication().getPubmed()); 
     210        } 
     211 
     212        public PatientForm getPatientForm() 
     213        { 
     214                return this.patientForm; 
     215        } 
     216 
     217        private void populateMutationForm() throws DatabaseException, ParseException 
     218        { 
     219                Vector<String> conservedValue         = new Vector<String>(); 
     220                if (this.mutationUploadVO.getMutation().getConservedAA() != null) 
     221                        if (this.mutationUploadVO.getMutation().getConservedAA()) 
     222                                conservedValue.add("conservedaa"); 
     223                        else 
     224                                conservedValue.add(""); 
     225 
     226                Vector<String> founderValue         = new Vector<String>(); 
     227                if (this.mutationUploadVO.getMutation().getFounderMutation() != null) 
     228                        if (this.mutationUploadVO.getMutation().getFounderMutation()) 
     229                                founderValue.add("foundermutation"); 
     230                        else 
     231                                founderValue.add(""); 
     232 
     233                Vector<String> snpValue         = new Vector<String>(); 
     234                if (this.mutationUploadVO.getMutation().getReportedSNP() != null) 
     235                        if (this.mutationUploadVO.getMutation().getReportedSNP()) 
     236                                snpValue.add("reportedsnp"); 
     237                        else 
     238                                snpValue.add(""); 
     239 
     240                List<ValueLabel> exonOptions  = new ArrayList<ValueLabel>(); 
     241                for (Exon exon : this.exonService.getAllExons()) 
     242                        exonOptions.add(new ValueLabel(exon.getId(), exon.getName())); 
     243 
     244                this.mutationForm.get("gene").setValue(this.mutationUploadVO.getGene().getName()); 
     245                this.mutationForm.get("refseq").setValue(""); 
     246                this.mutationForm.get("position").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getPosition()); 
     247                this.mutationForm.get("nt").setValue(this.mutationUploadVO.getNt()); 
     248                ((SelectInput) this.mutationForm.get("event")).setOptions(new Mutation().getEventOptions()); 
     249                ((SelectInput) this.mutationForm.get("event")).setOnchange("toggleForm(this.value);"); //TODO: Unhack this 
     250                this.mutationForm.get("event").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getEvent()); 
     251                this.mutationForm.get("length").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getLength_()); 
     252                this.mutationForm.get("ntchange").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getNtchange()); 
     253                this.mutationForm.get("conservedaa").setValue(conservedValue); 
     254                this.mutationForm.get("foundermutation").setValue(founderValue); 
     255                this.mutationForm.get("population").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getPopulation()); 
     256                this.mutationForm.get("reportedsnp").setValue(snpValue); 
     257                this.mutationForm.get("dominance").setValue(new Mutation().getDominanceOptions()); 
     258                this.mutationForm.get("readonly_pos").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getPosition()); 
     259                ((SelectInput) this.mutationForm.get("exon")).setOptions(exonOptions); 
     260                if (this.mutationUploadVO.getExon() != null) 
     261                        this.mutationForm.get("exon").setValue(this.mutationUploadVO.getExon().getId()); 
     262                this.mutationForm.get("nt").setValue(this.mutationUploadVO.getNt()); 
     263                this.mutationForm.get("readonly_ntchange").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getNtchange()); 
     264                this.mutationForm.get("codon_number").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getAa_position()); 
     265                this.mutationForm.get("codon").setValue(this.mutationUploadVO.getCodon()); 
     266                this.mutationForm.get("codonchange").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getCodonchange()); 
     267                this.mutationForm.get("aa").setValue(this.mutationUploadVO.getAa()); 
     268                this.mutationForm.get("aachange").setValue(this.mutationUploadVO.getAachange()); 
     269                this.mutationForm.get("cdna_notation").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getCdna_notation()); 
     270                this.mutationForm.get("gdna_notation").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getGdna_notation()); 
     271                this.mutationForm.get("aa_notation").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getAa_notation()); 
     272                ((SelectInput) this.mutationForm.get("consequence")).setOptions(new Mutation().getConsequenceOptions()); 
     273                this.mutationForm.get("consequence").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getConsequence()); 
     274                ((SelectInput) this.mutationForm.get("type")).setOptions(new Mutation().getType_Options()); 
     275                this.mutationForm.get("type").setValue(this.mutationUploadVO.getMutation().getType_()); 
     276        } 
     277         
     278        public MutationForm getMutationForm() 
     279        { 
     280                return this.mutationForm; 
     281        } 
     282 
     283        private PatientSummaryVO toPatientSummaryVO(Tuple request) throws DatabaseException 
     284        { 
     285                PatientSummaryVO patientSummaryVO = new PatientSummaryVO(); 
     286 
     287                patientSummaryVO.setPatient(new Patient()); 
     288 
    206289                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("number"))) 
    207                         this.patientSummaryVO.getPatient().setNumber_(request.getInt("number")); 
     290                        patientSummaryVO.getPatient().setNumber_(request.getInt("number")); 
    208291                 
    209292                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("identifier"))) 
    210                         this.patientSummaryVO.getPatient().setIdentifier(request.getString("identifier")); 
    211                  
     293                        patientSummaryVO.getPatient().setIdentifier(request.getString("identifier")); 
     294                 
     295                patientSummaryVO.setMutation1(new Mutation()); 
    212296 
    213297                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("mutation1"))) 
    214                 { 
    215 //                      Mutation mutation1 = this.mutationService.findMutation(request.getInt("mutation1")); 
    216 //                      this.patientSummaryVO.getPatient().setMutation1(mutation1); 
    217                         this.patientSummaryVO.getPatient().setMutation1(request.getInt("mutation1")); 
    218                 } 
     298                        patientSummaryVO.getMutation1().setId(request.getInt("mutation1")); 
     299 
     300                patientSummaryVO.setMutation2(new Mutation()); 
    219301 
    220302                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("mutation2"))) 
    221                 { 
    222 //                      Mutation mutation2 = this.mutationService.findMutation(request.getInt("mutation2")); 
    223 //                      this.patientSummaryVO.getPatient().setMutation2(mutation2); 
    224                         this.patientSummaryVO.getPatient().setMutation2(request.getInt("mutation2")); 
    225                 } 
     303                        patientSummaryVO.getMutation2().setId(request.getInt("mutation2")); 
     304 
     305                patientSummaryVO.setPhenotype(new Phenotype()); 
    226306 
    227307                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("phenotype"))) 
    228                 { 
    229 //                      logger.debug(">>> Finding phenotype with id==" + request.getInt("phenotype")); 
    230 //                      Phenotype phenotype = this.phenotypeService.findPhenotypeById(request.getInt("phenotype")); 
    231 //                      logger.debug(">>> Found phenotype with id==" + phenotype.getId() + ", name==" + phenotype.getName()); 
    232 //                      this.patientSummaryVO.getPatient().setPhenotype(phenotype); 
    233 //                      logger.debug(">>> Set phenotype with id==" + this.patientSummaryVO.getPatient().getPhenotype()); 
    234                         this.patientSummaryVO.getPatient().setPhenotype(request.getInt("phenotype")); 
    235                 } 
    236  
    237                 this.patientSummaryVO.setPublication(new Publication()); 
    238                 this.patientSummaryVO.getPublication().setAuthors(""); 
    239                 this.patientSummaryVO.getPublication().setEndPage(""); 
    240                 this.patientSummaryVO.getPublication().setIssue(""); 
    241                 this.patientSummaryVO.getPublication().setJournal(""); 
    242                 this.patientSummaryVO.getPublication().setPdf(""); 
    243                 this.patientSummaryVO.getPublication().setPubmed(""); 
    244                 this.patientSummaryVO.getPublication().setStartPage(""); 
    245                 this.patientSummaryVO.getPublication().setTitle(""); 
    246                 this.patientSummaryVO.getPublication().setVolume(""); 
    247                 this.patientSummaryVO.getPublication().setYear(0); 
     308                        patientSummaryVO.getPhenotype().setId(request.getInt("phenotype")); 
     309 
     310                patientSummaryVO.setPublication(new Publication()); 
     311                patientSummaryVO.getPublication().setAuthors(""); 
     312                patientSummaryVO.getPublication().setEndPage(""); 
     313                patientSummaryVO.getPublication().setIssue(""); 
     314                patientSummaryVO.getPublication().setJournal(""); 
     315                patientSummaryVO.getPublication().setPdf(""); 
     316                patientSummaryVO.getPublication().setPubmed(""); 
     317                patientSummaryVO.getPublication().setStartPage(""); 
     318                patientSummaryVO.getPublication().setTitle(""); 
     319                patientSummaryVO.getPublication().setVolume(""); 
     320                patientSummaryVO.getPublication().setYear(0); 
    248321 
    249322                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("pubmed"))) 
    250                         this.patientSummaryVO.getPublication().setPubmed(request.getString("pubmed")); 
     323                        patientSummaryVO.getPublication().setPubmed(request.getString("pubmed")); 
    251324                 
    252325                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("pdf"))) 
    253                         this.patientSummaryVO.getPublication().setPdf(request.getFile("pdf").toString()); 
     326                        patientSummaryVO.getPublication().setPdf(request.getFile("pdf").toString()); 
    254327 
    255328                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("age"))) 
    256                         this.patientSummaryVO.getPatient().setAge(request.getString("age")); 
     329                        patientSummaryVO.getPatient().setAge(request.getString("age")); 
    257330                 
    258331                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("alive"))) 
    259                         this.patientSummaryVO.getPatient().setAlive(true); 
     332                        patientSummaryVO.getPatient().setAlive(true); 
    260333                else 
    261                         this.patientSummaryVO.getPatient().setAlive(false); 
    262                  
    263 //              this.patientSummaryVO.setIf_(new I_F()); 
    264 //              this.patientSummaryVO.getIf_().setDescription(""); 
    265 //              this.patientSummaryVO.getIf_().setValue(""); 
     334                        patientSummaryVO.getPatient().setAlive(false); 
     335                 
     336//              patientSummaryVO.setIf_(new I_F()); 
     337//              patientSummaryVO.getIf_().setDescription(""); 
     338//              patientSummaryVO.getIf_().setValue(""); 
    266339//               
    267 //              this.patientSummaryVO.setEm_(new E_M()); 
    268 //              this.patientSummaryVO.getEm_().setDescription(""); 
    269 //              this.patientSummaryVO.getEm_().setValue(""); 
     340//              patientSummaryVO.setEm_(new E_M()); 
     341//              patientSummaryVO.getEm_().setDescription(""); 
     342//              patientSummaryVO.getEm_().setValue(""); 
     343                 
     344                return patientSummaryVO; 
    270345        } 
    271346 
    … …  
    301376                        else 
    302377                                this.mutationUploadVO.getMutation().setFounderMutation(false); 
    303  
    304                 if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("gene"))) 
    305                 { 
    306                         Gene gene = new Gene(); 
    307                         gene.setName(request.getString("gene")); 
    308                         gene = db.findByExample(gene).get(0); 
    309                         this.mutationUploadVO.setGene(gene); 
    310                 } 
    311378 
    312379                if (StringUtils.isNotEmpty(request.getString("length"))) 
    … …  
    351418                { 
    352419                        if (mutationUploadVO == null) 
    353                                 this.initMutation(); 
     420                                this.initMutationUploadVO(); 
    354421                         
    355422                        if (patientSummaryVO == null) 
    356                                 this.initPatient(); 
     423                                this.initPatientSummaryVO(); 
    357424                } 
    358425                catch (DatabaseException e) 
    … …  
    360427                        logger.error("Could not set default values"); 
    361428                } 
    362 //              try 
    363 //              { 
    364 //                      logger.debug(">>> in reload"); 
    365 // 
    366 //                      Gene gene = new Gene(); 
    367 //                      gene.setName("COL7A1"); 
    368 //                      gene = db.findByExample(gene).get(0); 
    369 //                       
    370 //                      Phenotype phenotype = new Phenotype(); 
    371 //                      phenotype.setName("DEB-u"); 
    372 //                      phenotype = db.findByExample(phenotype).get(0); 
    373 // 
    374 //                      Mutation nf = new Mutation(); 
    375 //                      nf.setCdna_notation("NF"); 
    376 //                      nf = db.findByExample(nf).get(0); 
    377 // 
    378 //                      if (StringUtils.isEmpty(this.mutationUploadVO.getMutation().getEvent())) 
    379 //                              this.mutationUploadVO.getMutation().setEvent("NA"); 
    380 //                      this.mutationUploadVO.setGene(gene); 
    381 // 
    382 //                      if (this.patientSummaryVO.getMutation1() == null) 
    383 //                              this.patientSummaryVO.setMutation1(nf); 
    384 //                      if (this.patientSummaryVO.getMutation2() == null) 
    385 //                              this.patientSummaryVO.setMutation2(nf); 
    386 // 
    387 //                      if (patientSummaryVO.getPhenotype() == null) 
    388 //                              this.patientSummaryVO.setPhenotype(phenotype); 
    389 //                      logger.debug("after reload"); 
    390 //              } 
    391 //              catch(Exception e) 
    392 //              { 
    393 //                      for (StackTraceElement el : e.getStackTrace()) 
    394 //                      this.getMessages().add(new ScreenMessage(el.toString(), false)); 
    395 //              } 
    396429        } 
    397430         
    … …  
    415448//      } 
    416449 
    417         public MutationUploadVO getMutationUploadVO() 
    418         { 
    419                 return this.mutationUploadVO; 
    420         } 
     450//      public MutationUploadVO getMutationUploadVO() 
     451//      { 
     452//              return this.mutationUploadVO; 
     453//      } 
    421454         
    422455//      public PatientSummaryVO getPatientSummaryVO() 
    … …  
    430463        } 
    431464 
    432         public List<Exon> getExons() throws Exception 
    433         { 
    434                 return this.exonService.getAllExons(); 
    435         } 
     465//      public List<Exon> getExons() throws Exception 
     466//      { 
     467//              return this.exonService.getAllExons(); 
     468//      } 
    436469 
    437470//      public List<Mutation> getMutations() throws Exception 

  • molgenis_projects/col7a1/handwritten/java/plugin/ui/upload/uploadMutation.ftl

    r3409 r3462  
    1 <#assign mutationVO  = screen.mutationUploadVO> 
     1<#assign form = screen.mutationForm> 
    22<script language="JavaScript"> 
    33function toggleForm(event) 
    … …  
    6161</script> 
    6262<table border="0" cellpadding="4" cellspacing="4"> 
     63<tr><td>Gene</td><td>${form.gene}</td><td>Reference sequence used</td><td>${form.refseq}</td></tr> 
     64<tr><td>Position</td><td>${form.position}</td><td>Affected nucleotide(s)</td><td>${form.nt}</td></tr> 
     65<tr> 
     66        <td rowspan="2">Event</td> 
     67        <td rowspan="2">${form.event}</td> 
     68        <td><div id="duplication_label" style="display:none">Length</div><div id="deletion_label" style="display:none">Length</div><div id="indel_label" style="display:none">Length of deletion</div></td> 
     69        <td>${form.length}</td> 
     70</tr> 
     71<tr> 
     72        <td><div id="substitution_label" style="display:none">Substituted by</div><div id="insertion_label" style="display:none">Inserted bases</div><div id="indel_label2" style="display:none">Inserted bases</div></td> 
     73        <td>${form.ntchange}</td> 
     74</tr> 
     75<tr><td>Conserved amino acid</td><td>${form.conservedaa}</td><td>Effect on splicing</td><td>${form.effectonsplicing}</td></tr> 
     76<tr><td>Founder mutation</td><td>${form.foundermutation}</td><td>Population</td><td>${form.population}</td></tr> 
     77<tr><td>Reported as SNP</td><td>${form.reportedsnp}</td><td>Dominant or recessive</td><td>${form.dominance}</td></tr> 
     78<tr><td><input type="submit" value="Assign values" onclick="__action.value='assignMutation';return true;"/></td><td></td><td></td><td></td></tr> 
     79<tr><td colspan="4"><hr/></td></tr> 
     80<tr><td>Position</td><td>${form.readonly_pos}</td><td>Exon</td><td>${form.exon}</td></tr> 
     81<tr><td>Affected nucleotide(s)</td><td><#--${form.nt}--></td><td>changed to</td><td>${form.readonly_ntchange}</td></tr> 
     82<tr><td>Codon number</td><td>${form.codon_number}</td><td>First affected codon number</td><td><#--${form.codon_number}--></td></tr> 
     83<tr><td>First affected codon</td><td>${form.codon}</td><td>changed to</td><td>${form.codonchange}</td></tr> 
     84<tr><td>First affected amino acid</td><td>${form.aa}</td><td>changed to</td><td>${form.aachange}</td></tr> 
     85<tr><td>cDNA notation</td><td>${form.cdna_notation}</td><td>gDNA notation</td><td>${form.gdna_notation}</td></tr> 
     86<tr><td>Amino acid notation</td><td>${form.aa_notation}</td><td>Consequence</td><td>${form.consequence}</td></tr> 
     87<tr><td></td><td></td><td>Type</td><td>${form.type}</td></tr> 
     88<tr><td colspan="4"><hr/></td></tr> 
     89<tr><td></td><td></td><td></td><td align="right"><input type="submit" value="Back to Patient" onclick="__action.value='newPatient';return true;"/><input type="submit" value="Proceed" onclick="__action.value='insertMutation';return true;"/></td></tr> 
     90</table> 
     91<#-- 
     92<table border="0" cellpadding="4" cellspacing="4"> 
    6393<tr><td>Gene</td><td><input type="text" name="gene" value="COL7A1" readonly="readonly"></td><td>Reference sequence used</td><td><input type="text" name="refseq" value="<#if mutationVO.mutation.gdna_position??>${mutationVO.mutation.gdna_position}</#if><#if mutationVO.refseq??>${mutationVO.refseq}</#if>"></td></tr> 
    6494<tr><td>Position</td><td><input type="text" name="position" value="<#if mutationVO.mutation.position??>${mutationVO.mutation.position}</#if>" onchange="__action.value='assignMutation'"/></td><td>Affected nucleotide(s)</td><td><input type="text" name="nt" value="<#if mutationVO.nt??>${mutationVO.nt}</#if>" readonly="readonly"/></td></tr> 
    … …  
    89119<tr><td></td><td></td><td></td><td align="right"><input type="submit" value="Back to Patient" onclick="__action.value='newPatient';return true;"/><input type="submit" value="Proceed" onclick="__action.value='insertMutation';return true;"/></td></tr> 
    90120</table> 
     121--> 
    91122<script language="JavaScript">toggleForm(document.getElementsByName("event")[0].value);</script> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.