Changeset 3486


Ignore:
Timestamp:
09/08/10 15:17:33 (17 months ago)
Author:
antonak
Message:

Entities added from hvp_pilot2 : User, Patient, gene, OntologySource?, OntologyTerm? .
tested on multiple tables. search working on DB.data . Producing duplicate entries found.

Location:
biobank_search
Files:
58 added
1 deleted
49 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • biobank_search/.classpath

    r3425 r3486  
    44        <classpathentry kind="src" path="generated/sql"/> 
    55        <classpathentry kind="src" path="generated/java"/> 
     6        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.module.container"/> 
     7        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
     8        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.server.core.container/org.eclipse.jst.server.tomcat.runtimeTarget/Apache Tomcat v6.0"/> 
    69        <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.web.container"/> 
    7         <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    8         <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.j2ee.internal.module.container"/> 
    9         <classpathentry exported="true" kind="con" path="org.eclipse.jst.server.core.container/org.eclipse.jst.server.tomcat.runtimeTarget/Apache Tomcat v6.0"/> 
    10         <classpathentry combineaccessrules="false" exported="true" kind="src" path="/molgenis"/> 
     10        <classpathentry combineaccessrules="false" exported="true" kind="src" path="/molgenis_3_3"/> 
    1111        <classpathentry kind="output" path="build/classes"/> 
    1212</classpath> 

  • biobank_search/.project

    r3198 r3486  
    44        <comment></comment> 
    55        <projects> 
    6                 <project>molgenis_util</project> 
    7                 <project>molgenis_language</project> 
     6                <project>FreeMarker</project> 
     7                <project>molgenis</project> 
     8                <project>molgenis_3_3</project> 
    89                <project>molgenis_assets</project> 
    910                <project>molgenis_generate</project> 
    10                 <project>molgenis3_2</project> 
    11                 <project>molgenis_3_3</project> 
    12                 <project>molgenis</project> 
    13                 <project>FreeMarker</project> 
     11                <project>molgenis_language</project> 
     12                <project>molgenis_util</project> 
    1413                <project>ontoCAT</project> 
    1514        </projects> 

  • biobank_search/WebContent/WEB-INF/molgenis-rdf-mapping.n3

    r3425 r3486  
    2828        jdbc:zeroDateTimeBehavior "convertToNull"; 
    2929        . 
     30# Entity User 
     31map:User a d2rq:ClassMap; 
     32        d2rq:dataStorage map:database; 
     33        d2rq:uriPattern "User/@@User.user_id@@"; 
     34        d2rq:class vocab:User; 
     35        d2rq:classDefinitionLabel ""; 
     36        d2rq:classDefinitionComment ""; 
     37        .        
     38# todo: use the xref labels if they are complete 
     39# label for User using primary key 
     40map:User__label a d2rq:PropertyBridge; 
     41        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     42        d2rq:property rdfs:label; 
     43        d2rq:pattern "User #@@User.user_id@@"; 
     44        . 
     45map:User_user_id a d2rq:PropertyBridge; 
     46        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     47        d2rq:property vocab:User_user_id; 
     48        d2rq:propertyDefinitionLabel "user_id"; 
     49        d2rq:propertyDefinitionComment "user_id"; 
     50        d2rq:column "User.user_id"; 
     51        d2rq:datatype xsd:int; 
     52        . 
     53map:User_loginname a d2rq:PropertyBridge; 
     54        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     55        d2rq:property vocab:User_loginname; 
     56        d2rq:propertyDefinitionLabel "loginname"; 
     57        d2rq:propertyDefinitionComment "loginname"; 
     58        d2rq:column "User.loginname"; 
     59        d2rq:datatype xsd:string; 
     60        . 
     61map:User_firstname a d2rq:PropertyBridge; 
     62        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     63        d2rq:property vocab:User_Firstname; 
     64        d2rq:propertyDefinitionLabel "Firstname"; 
     65        d2rq:propertyDefinitionComment "Firstname"; 
     66        d2rq:column "User.Firstname"; 
     67        d2rq:datatype xsd:string; 
     68        . 
     69map:User_midinitials a d2rq:PropertyBridge; 
     70        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     71        d2rq:property vocab:User_Midinitials; 
     72        d2rq:propertyDefinitionLabel "Mid initials"; 
     73        d2rq:propertyDefinitionComment "Mid initials"; 
     74        d2rq:column "User.Midinitials"; 
     75        d2rq:datatype xsd:string; 
     76        . 
     77map:User_lastname a d2rq:PropertyBridge; 
     78        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     79        d2rq:property vocab:User_Lastname; 
     80        d2rq:propertyDefinitionLabel "Lastname"; 
     81        d2rq:propertyDefinitionComment "Lastname"; 
     82        d2rq:column "User.Lastname"; 
     83        d2rq:datatype xsd:string; 
     84        . 
     85map:User_title a d2rq:PropertyBridge; 
     86        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     87        d2rq:property vocab:User_Title; 
     88        d2rq:propertyDefinitionLabel "Title"; 
     89        d2rq:propertyDefinitionComment "Title"; 
     90        d2rq:column "User.Title"; 
     91        d2rq:datatype xsd:string; 
     92        . 
     93map:User_profession a d2rq:PropertyBridge; 
     94        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     95        d2rq:property vocab:User_Profession; 
     96        d2rq:propertyDefinitionLabel "Profession"; 
     97        d2rq:propertyDefinitionComment "Profession"; 
     98        d2rq:column "User.Profession"; 
     99        d2rq:datatype xsd:string; 
     100        . 
     101map:User_instituteHospital a d2rq:PropertyBridge; 
     102        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     103        d2rq:property vocab:User_InstituteHospital; 
     104        d2rq:propertyDefinitionLabel "Institute/Hospital"; 
     105        d2rq:propertyDefinitionComment "Institute/Hospital"; 
     106        d2rq:column "User.InstituteHospital"; 
     107        d2rq:datatype xsd:string; 
     108        . 
     109map:User_address a d2rq:PropertyBridge; 
     110        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     111        d2rq:property vocab:User_Address; 
     112        d2rq:propertyDefinitionLabel "Address"; 
     113        d2rq:propertyDefinitionComment "Address"; 
     114        d2rq:column "User.Address"; 
     115        d2rq:datatype xsd:string; 
     116        . 
     117map:User_zipcode a d2rq:PropertyBridge; 
     118        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     119        d2rq:property vocab:User_Zipcode; 
     120        d2rq:propertyDefinitionLabel "Zipcode"; 
     121        d2rq:propertyDefinitionComment "Zipcode"; 
     122        d2rq:column "User.Zipcode"; 
     123        d2rq:datatype xsd:string; 
     124        . 
     125map:User_city a d2rq:PropertyBridge; 
     126        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     127        d2rq:property vocab:User_City; 
     128        d2rq:propertyDefinitionLabel "City"; 
     129        d2rq:propertyDefinitionComment "City"; 
     130        d2rq:column "User.City"; 
     131        d2rq:datatype xsd:string; 
     132        . 
     133map:User_country a d2rq:PropertyBridge; 
     134        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     135        d2rq:property vocab:User_Country; 
     136        d2rq:propertyDefinitionLabel "Country"; 
     137        d2rq:propertyDefinitionComment "Country"; 
     138        d2rq:column "User.Country"; 
     139        d2rq:datatype xsd:string; 
     140        . 
     141map:User_phonenumber a d2rq:PropertyBridge; 
     142        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     143        d2rq:property vocab:User_Phonenumber; 
     144        d2rq:propertyDefinitionLabel "Phonenumber"; 
     145        d2rq:propertyDefinitionComment "Phonenumber"; 
     146        d2rq:column "User.Phonenumber"; 
     147        d2rq:datatype xsd:string; 
     148        . 
     149map:User_faxnumber a d2rq:PropertyBridge; 
     150        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     151        d2rq:property vocab:User_Faxnumber; 
     152        d2rq:propertyDefinitionLabel "Faxnumber"; 
     153        d2rq:propertyDefinitionComment "Faxnumber"; 
     154        d2rq:column "User.Faxnumber"; 
     155        d2rq:datatype xsd:string; 
     156        . 
     157map:User_email a d2rq:PropertyBridge; 
     158        d2rq:belongsToClassMap map:User; 
     159        d2rq:property vocab:User_Email; 
     160        d2rq:propertyDefinitionLabel "Email"; 
     161        d2rq:propertyDefinitionComment "Email"; 
     162        d2rq:column "User.Email"; 
     163        d2rq:datatype xsd:string; 
     164        . 
     165# Entity Patient 
     166map:Patient a d2rq:ClassMap; 
     167        d2rq:dataStorage map:database; 
     168        d2rq:uriPattern "Patient/@@Patient.PatientID@@"; 
     169        d2rq:class vocab:Patient; 
     170        d2rq:classDefinitionLabel ""; 
     171        d2rq:classDefinitionComment ""; 
     172        .        
     173# todo: use the xref labels if they are complete 
     174# label for Patient using primary key 
     175map:Patient__label a d2rq:PropertyBridge; 
     176        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     177        d2rq:property rdfs:label; 
     178        d2rq:pattern "Patient #@@Patient.PatientID@@"; 
     179        . 
     180map:Patient_user_id a d2rq:PropertyBridge; 
     181        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     182        d2rq:property vocab:Patient_user_id; 
     183        d2rq:propertyDefinitionLabel "user_id"; 
     184        d2rq:propertyDefinitionComment "user_id"; 
     185        d2rq:refersToClassMap map:User; 
     186        d2rq:join "Patient.user_id => User.user_id"; 
     187        . 
     188map:Patient_patientID a d2rq:PropertyBridge; 
     189        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     190        d2rq:property vocab:Patient_PatientID; 
     191        d2rq:propertyDefinitionLabel "PatientID"; 
     192        d2rq:propertyDefinitionComment "PatientID"; 
     193        d2rq:column "Patient.PatientID"; 
     194        d2rq:datatype xsd:int; 
     195        . 
     196map:Patient_ontology a d2rq:PropertyBridge; 
     197        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     198        d2rq:property vocab:Patient_Ontology; 
     199        d2rq:propertyDefinitionLabel "Ontology"; 
     200        d2rq:propertyDefinitionComment "Ontology"; 
     201        d2rq:refersToClassMap map:OntologyTerm; 
     202        d2rq:join "Patient.PatientID <= Patient_Ontology.Patient"; 
     203        d2rq:join "Patient_Ontology.Ontology => OntologyTerm.id"; 
     204        . 
     205map:Patient_patientFileNumber a d2rq:PropertyBridge; 
     206        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     207        d2rq:property vocab:Patient_PatientFileNumber; 
     208        d2rq:propertyDefinitionLabel "PatientFileNumber"; 
     209        d2rq:propertyDefinitionComment "PatientFileNumber"; 
     210        d2rq:column "Patient.PatientFileNumber"; 
     211        d2rq:datatype xsd:string; 
     212        . 
     213map:Patient_disease a d2rq:PropertyBridge; 
     214        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     215        d2rq:property vocab:Patient_Disease; 
     216        d2rq:propertyDefinitionLabel "Disease"; 
     217        d2rq:propertyDefinitionComment "Disease"; 
     218        d2rq:column "Patient.Disease"; 
     219        d2rq:datatype xsd:text; 
     220        . 
     221map:Patient_numberOfFamilyMembersWithThisDisease a d2rq:PropertyBridge; 
     222        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     223        d2rq:property vocab:Patient_NumberOfFamilyMembersWithThisDisease; 
     224        d2rq:propertyDefinitionLabel "NumberOfFamilyMembersWithThisDisease"; 
     225        d2rq:propertyDefinitionComment "NumberOfFamilyMembersWithThisDisease"; 
     226        d2rq:column "Patient.NumberOfFamilyMembersWithThisDisease"; 
     227        d2rq:datatype xsd:string; 
     228        . 
     229map:Patient_totalGenerations a d2rq:PropertyBridge; 
     230        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     231        d2rq:property vocab:Patient_TotalGenerations; 
     232        d2rq:propertyDefinitionLabel "TotalGenerations"; 
     233        d2rq:propertyDefinitionComment "TotalGenerations"; 
     234        d2rq:column "Patient.TotalGenerations"; 
     235        d2rq:datatype xsd:string; 
     236        . 
     237map:Patient_possibleGeneticType a d2rq:PropertyBridge; 
     238        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     239        d2rq:property vocab:Patient_PossibleGeneticType; 
     240        d2rq:propertyDefinitionLabel "PossibleGeneticType"; 
     241        d2rq:propertyDefinitionComment "PossibleGeneticType"; 
     242        d2rq:column "Patient.PossibleGeneticType"; 
     243        d2rq:datatype xsd:string; 
     244        . 
     245map:Patient_country a d2rq:PropertyBridge; 
     246        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     247        d2rq:property vocab:Patient_Country; 
     248        d2rq:propertyDefinitionLabel "Country"; 
     249        d2rq:propertyDefinitionComment "Country"; 
     250        d2rq:column "Patient.Country"; 
     251        d2rq:datatype xsd:string; 
     252        . 
     253map:Patient_etnicBackground a d2rq:PropertyBridge; 
     254        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     255        d2rq:property vocab:Patient_EtnicBackground; 
     256        d2rq:propertyDefinitionLabel "EtnicBackground"; 
     257        d2rq:propertyDefinitionComment "EtnicBackground"; 
     258        d2rq:column "Patient.EtnicBackground"; 
     259        d2rq:datatype xsd:string; 
     260        . 
     261map:Patient_familyResearch a d2rq:PropertyBridge; 
     262        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     263        d2rq:property vocab:Patient_FamilyResearch; 
     264        d2rq:propertyDefinitionLabel "FamilyResearch"; 
     265        d2rq:propertyDefinitionComment "FamilyResearch"; 
     266        d2rq:column "Patient.FamilyResearch"; 
     267        d2rq:datatype xsd:string; 
     268        . 
     269map:Patient_hasDNA a d2rq:PropertyBridge; 
     270        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     271        d2rq:property vocab:Patient_hasDNA; 
     272        d2rq:propertyDefinitionLabel "hasDNA"; 
     273        d2rq:propertyDefinitionComment "hasDNA"; 
     274        d2rq:column "Patient.hasDNA"; 
     275        d2rq:datatype xsd:string; 
     276        . 
     277map:Patient_hasRNA a d2rq:PropertyBridge; 
     278        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     279        d2rq:property vocab:Patient_hasRNA; 
     280        d2rq:propertyDefinitionLabel "hasRNA"; 
     281        d2rq:propertyDefinitionComment "hasRNA"; 
     282        d2rq:column "Patient.hasRNA"; 
     283        d2rq:datatype xsd:string; 
     284        . 
     285map:Patient_dNAFromTissue a d2rq:PropertyBridge; 
     286        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     287        d2rq:property vocab:Patient_DNAFromTissue; 
     288        d2rq:propertyDefinitionLabel "DNAFromTissue"; 
     289        d2rq:propertyDefinitionComment "DNAFromTissue"; 
     290        d2rq:column "Patient.DNAFromTissue"; 
     291        d2rq:datatype xsd:string; 
     292        . 
     293map:Patient_rNAFromTissue a d2rq:PropertyBridge; 
     294        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     295        d2rq:property vocab:Patient_RNAFromTissue; 
     296        d2rq:propertyDefinitionLabel "RNAFromTissue"; 
     297        d2rq:propertyDefinitionComment "RNAFromTissue"; 
     298        d2rq:column "Patient.RNAFromTissue"; 
     299        d2rq:datatype xsd:string; 
     300        . 
     301map:Patient_dNAFromBlood a d2rq:PropertyBridge; 
     302        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     303        d2rq:property vocab:Patient_DNAFromBlood; 
     304        d2rq:propertyDefinitionLabel "DNAFromBlood"; 
     305        d2rq:propertyDefinitionComment "DNAFromBlood"; 
     306        d2rq:column "Patient.DNAFromBlood"; 
     307        d2rq:datatype xsd:string; 
     308        . 
     309map:Patient_cellsAvailable a d2rq:PropertyBridge; 
     310        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     311        d2rq:property vocab:Patient_CellsAvailable; 
     312        d2rq:propertyDefinitionLabel "CellsAvailable"; 
     313        d2rq:propertyDefinitionComment "CellsAvailable"; 
     314        d2rq:column "Patient.CellsAvailable"; 
     315        d2rq:datatype xsd:string; 
     316        . 
     317map:Patient_chromosomalResearch a d2rq:PropertyBridge; 
     318        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     319        d2rq:property vocab:Patient_ChromosomalResearch; 
     320        d2rq:propertyDefinitionLabel "ChromosomalResearch"; 
     321        d2rq:propertyDefinitionComment "ChromosomalResearch"; 
     322        d2rq:column "Patient.ChromosomalResearch"; 
     323        d2rq:datatype xsd:string; 
     324        . 
     325map:Patient_wGA a d2rq:PropertyBridge; 
     326        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     327        d2rq:property vocab:Patient_WGA; 
     328        d2rq:propertyDefinitionLabel "WGA"; 
     329        d2rq:propertyDefinitionComment "WGA"; 
     330        d2rq:column "Patient.WGA"; 
     331        d2rq:datatype xsd:string; 
     332        . 
     333map:Patient_literatureRef a d2rq:PropertyBridge; 
     334        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     335        d2rq:property vocab:Patient_LiteratureRef; 
     336        d2rq:propertyDefinitionLabel "LiteratureRef"; 
     337        d2rq:propertyDefinitionComment "LiteratureRef"; 
     338        d2rq:column "Patient.LiteratureRef"; 
     339        d2rq:datatype xsd:string; 
     340        . 
     341map:Patient_pedigree a d2rq:PropertyBridge; 
     342        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     343        d2rq:property vocab:Patient_Pedigree; 
     344        d2rq:propertyDefinitionLabel "Pedigree"; 
     345        d2rq:propertyDefinitionComment "Pedigree"; 
     346        d2rq:column "Patient.Pedigree"; 
     347        d2rq:datatype xsd:url; 
     348        . 
     349map:Patient_genesTested a d2rq:PropertyBridge; 
     350        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     351        d2rq:property vocab:Patient_GenesTested; 
     352        d2rq:propertyDefinitionLabel "GenesTested"; 
     353        d2rq:propertyDefinitionComment "GenesTested"; 
     354        d2rq:refersToClassMap map:Gene; 
     355        d2rq:join "Patient.PatientID <= Patient_GenesTested.Patient"; 
     356        d2rq:join "Patient_GenesTested.GenesTested => Gene.id"; 
     357        . 
     358map:Patient_freeText a d2rq:PropertyBridge; 
     359        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     360        d2rq:property vocab:Patient_FreeText; 
     361        d2rq:propertyDefinitionLabel "FreeText"; 
     362        d2rq:propertyDefinitionComment "FreeText"; 
     363        d2rq:column "Patient.FreeText"; 
     364        d2rq:datatype xsd:text; 
     365        . 
     366map:Patient_selectFreeText a d2rq:PropertyBridge; 
     367        d2rq:belongsToClassMap map:Patient; 
     368        d2rq:property vocab:Patient_SelectFreeText; 
     369        d2rq:propertyDefinitionLabel "SelectFreeText"; 
     370        d2rq:propertyDefinitionComment "SelectFreeText"; 
     371        d2rq:column "Patient.SelectFreeText"; 
     372        d2rq:datatype xsd:text; 
     373        . 
     374# Entity Gene 
     375map:Gene a d2rq:ClassMap; 
     376        d2rq:dataStorage map:database; 
     377        d2rq:uriPattern "Gene/@@Gene.id@@"; 
     378        d2rq:class vocab:Gene; 
     379        d2rq:classDefinitionLabel ""; 
     380        d2rq:classDefinitionComment ""; 
     381        .        
     382# todo: use the xref labels if they are complete 
     383# label for Gene using primary key 
     384map:Gene__label a d2rq:PropertyBridge; 
     385        d2rq:belongsToClassMap map:Gene; 
     386        d2rq:property rdfs:label; 
     387        d2rq:pattern "Gene #@@Gene.id@@"; 
     388        . 
     389map:Gene_id a d2rq:PropertyBridge; 
     390        d2rq:belongsToClassMap map:Gene; 
     391        d2rq:property vocab:Gene_id; 
     392        d2rq:propertyDefinitionLabel "id"; 
     393        d2rq:propertyDefinitionComment "id"; 
     394        d2rq:column "Gene.id"; 
     395        d2rq:datatype xsd:int; 
     396        . 
     397map:Gene_geneName a d2rq:PropertyBridge; 
     398        d2rq:belongsToClassMap map:Gene; 
     399        d2rq:property vocab:Gene_GeneName; 
     400        d2rq:propertyDefinitionLabel "GeneName"; 
     401        d2rq:propertyDefinitionComment "GeneName"; 
     402        d2rq:column "Gene.GeneName"; 
     403        d2rq:datatype xsd:string; 
     404        . 
     405map:Gene_chromosomeLocation a d2rq:PropertyBridge; 
     406        d2rq:belongsToClassMap map:Gene; 
     407        d2rq:property vocab:Gene_chromosomeLocation; 
     408        d2rq:propertyDefinitionLabel "chromosomeLocation"; 
     409        d2rq:propertyDefinitionComment "chromosomeLocation"; 
     410        d2rq:column "Gene.chromosomeLocation"; 
     411        d2rq:datatype xsd:string; 
     412        . 
     413map:Gene_geneDescription a d2rq:PropertyBridge; 
     414        d2rq:belongsToClassMap map:Gene; 
     415        d2rq:property vocab:Gene_geneDescription; 
     416        d2rq:propertyDefinitionLabel "geneDescription"; 
     417        d2rq:propertyDefinitionComment "geneDescription"; 
     418        d2rq:column "Gene.geneDescription"; 
     419        d2rq:datatype xsd:text; 
     420        . 
     421# Entity OntologySource 
     422map:OntologySource a d2rq:ClassMap; 
     423        d2rq:dataStorage map:database; 
     424        d2rq:uriPattern "OntologySource/@@OntologySource.id@@"; 
     425        d2rq:class vocab:OntologySource; 
     426        d2rq:classDefinitionLabel ""; 
     427        d2rq:classDefinitionComment " The OntologySource class defines a reference to a an existing ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, MAGE-TAB::TermSourceREF. "; 
     428        .        
     429# todo: use the xref labels if they are complete 
     430# label for OntologySource using primary key 
     431map:OntologySource__label a d2rq:PropertyBridge; 
     432        d2rq:belongsToClassMap map:OntologySource; 
     433        d2rq:property rdfs:label; 
     434        d2rq:pattern "OntologySource #@@OntologySource.id@@"; 
     435        . 
     436map:OntologySource_id a d2rq:PropertyBridge; 
     437        d2rq:belongsToClassMap map:OntologySource; 
     438        d2rq:property vocab:OntologySource_id; 
     439        d2rq:propertyDefinitionLabel "id"; 
     440        d2rq:propertyDefinitionComment "id"; 
     441        d2rq:column "OntologySource.id"; 
     442        d2rq:datatype xsd:int; 
     443        . 
     444map:OntologySource_name a d2rq:PropertyBridge; 
     445        d2rq:belongsToClassMap map:OntologySource; 
     446        d2rq:property vocab:OntologySource_name; 
     447        d2rq:propertyDefinitionLabel "name"; 
     448        d2rq:propertyDefinitionComment "name"; 
     449        d2rq:column "OntologySource.name"; 
     450        d2rq:datatype xsd:string; 
     451        . 
     452# Entity OntologyTerm 
     453map:OntologyTerm a d2rq:ClassMap; 
     454        d2rq:dataStorage map:database; 
     455        d2rq:uriPattern "OntologyTerm/@@OntologyTerm.id@@"; 
     456        d2rq:class vocab:OntologyTerm; 
     457        d2rq:classDefinitionLabel ""; 
     458        d2rq:classDefinitionComment " The OntologyTerm class defines references to a single entry from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms locally in which case there is no formal accession for the term. In those cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to model terms. "; 
     459        .        
     460# todo: use the xref labels if they are complete 
     461# label for OntologyTerm using primary key 
     462map:OntologyTerm__label a d2rq:PropertyBridge; 
     463        d2rq:belongsToClassMap map:OntologyTerm; 
     464        d2rq:property rdfs:label; 
     465        d2rq:pattern "OntologyTerm #@@OntologyTerm.id@@"; 
     466        . 
     467map:OntologyTerm_id a d2rq:PropertyBridge; 
     468        d2rq:belongsToClassMap map:OntologyTerm; 
     469        d2rq:property vocab:OntologyTerm_id; 
     470        d2rq:propertyDefinitionLabel "id"; 
     471        d2rq:propertyDefinitionComment "id"; 
     472        d2rq:column "OntologyTerm.id"; 
     473        d2rq:datatype xsd:int; 
     474        . 
     475map:OntologyTerm_term a d2rq:PropertyBridge; 
     476        d2rq:belongsToClassMap map:OntologyTerm; 
     477        d2rq:property vocab:OntologyTerm_term; 
     478        d2rq:propertyDefinitionLabel "term"; 
     479        d2rq:propertyDefinitionComment "The ontology term itself, also known as the 'local name' in some ontologies."; 
     480        d2rq:column "OntologyTerm.term"; 
     481        d2rq:datatype xsd:string; 
     482        . 
     483map:OntologyTerm_description a d2rq:PropertyBridge; 
     484        d2rq:belongsToClassMap map:OntologyTerm; 
     485        d2rq:property vocab:OntologyTerm_description; 
     486        d2rq:propertyDefinitionLabel "description"; 
     487        d2rq:propertyDefinitionComment "Definition of the term."; 
     488        d2rq:column "OntologyTerm.description"; 
     489        d2rq:datatype xsd:text; 
     490        . 
     491map:OntologyTerm_termAccession a d2rq:PropertyBridge; 
     492        d2rq:belongsToClassMap map:OntologyTerm; 
     493        d2rq:property vocab:OntologyTerm_termAccession; 
     494        d2rq:propertyDefinitionLabel "termAccession"; 
     495        d2rq:propertyDefinitionComment "The accession number assigned to the ontology term in the source ontology. If empty it is assumed to be a locally defined term."; 
     496        d2rq:column "OntologyTerm.termAccession"; 
     497        d2rq:datatype xsd:string; 
     498        . 
     499map:OntologyTerm_termSource a d2rq:PropertyBridge; 
     500        d2rq:belongsToClassMap map:OntologyTerm; 
     501        d2rq:property vocab:OntologyTerm_termSource; 
     502        d2rq:propertyDefinitionLabel "termSource"; 
     503        d2rq:propertyDefinitionComment "The source ontology or controlled vocabulary list that ontology terms have been obtained from. One can define a local ontology if needed."; 
     504        d2rq:refersToClassMap map:OntologySource; 
     505        d2rq:join "OntologyTerm.termSource => OntologySource.id"; 
     506        . 
    30507# Entity data 
    31508map:data a d2rq:ClassMap; 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/entitymodel.html

    r3425 r3486  
    6767 
    6868<h1>Entities:</h1> 
     69<a href="#User">User</a><br/> 
     70<a href="#OntologySource">OntologySource</a><br/> 
     71<a href="#Gene">Gene</a><br/> 
     72<a href="#OntologyTerm">OntologyTerm</a><br/> 
     73<a href="#Patient">Patient</a><br/> 
    6974<a href="#data">data</a><br/> 
     75<h3><a name="User">User</a>  
     76</h3> 
     77<p></p> 
     78<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     79        <!-- table header --> 
     80        <tr><th class="tablehead" colspan="7">User 
     81</th></tr>       
     82        <!-- column headers --> 
     83        <tr> 
     84                <th>field</th> 
     85                <th>type</th> 
     86                <th>description</th> 
     87                <th>constraints</th> 
     88        </tr> 
     89         
     90        <!-- all the fields --> 
     91        <tr  > 
     92                <td style="color:#000000">user_id</td> 
     93                <td style="color:#000000">int</td> 
     94                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     95                <td style="color:#000000"> 
     96 
     97not null,  
     98auto,           </td> 
     99        </tr> 
     100        <tr  > 
     101                <td style="color:#000000">loginname</td> 
     102                <td style="color:#000000">string</td> 
     103                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     104                <td style="color:#000000"> 
     105 
     106not null,  
     107                </td> 
     108        </tr> 
     109        <tr  > 
     110                <td style="color:#000000">Firstname</td> 
     111                <td style="color:#000000">string</td> 
     112                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     113                <td style="color:#000000"> 
     114 
     115not null,  
     116                </td> 
     117        </tr> 
     118        <tr  > 
     119                <td style="color:#000000">Midinitials</td> 
     120                <td style="color:#000000">string</td> 
     121                <td style="color:#000000">Label=Mid initials:Mid initials</td> 
     122                <td style="color:#000000"> 
     123 
     124 
     125                </td> 
     126        </tr> 
     127        <tr  > 
     128                <td style="color:#000000">Lastname</td> 
     129                <td style="color:#000000">string</td> 
     130                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     131                <td style="color:#000000"> 
     132 
     133not null,  
     134                </td> 
     135        </tr> 
     136        <tr  > 
     137                <td style="color:#000000">Title</td> 
     138                <td style="color:#000000">string</td> 
     139                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     140                <td style="color:#000000"> 
     141 
     142not null,  
     143                </td> 
     144        </tr> 
     145        <tr  > 
     146                <td style="color:#000000">Profession</td> 
     147                <td style="color:#000000">string</td> 
     148                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     149                <td style="color:#000000"> 
     150 
     151not null,  
     152                </td> 
     153        </tr> 
     154        <tr  > 
     155                <td style="color:#000000">InstituteHospital</td> 
     156                <td style="color:#000000">string</td> 
     157                <td style="color:#000000">Label=Institute/Hospital:Institute/Hospital</td> 
     158                <td style="color:#000000"> 
     159 
     160not null,  
     161                </td> 
     162        </tr> 
     163        <tr  > 
     164                <td style="color:#000000">Address</td> 
     165                <td style="color:#000000">string</td> 
     166                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     167                <td style="color:#000000"> 
     168 
     169not null,  
     170                </td> 
     171        </tr> 
     172        <tr  > 
     173                <td style="color:#000000">Zipcode</td> 
     174                <td style="color:#000000">string</td> 
     175                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     176                <td style="color:#000000"> 
     177 
     178not null,  
     179                </td> 
     180        </tr> 
     181        <tr  > 
     182                <td style="color:#000000">City</td> 
     183                <td style="color:#000000">string</td> 
     184                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     185                <td style="color:#000000"> 
     186 
     187not null,  
     188                </td> 
     189        </tr> 
     190        <tr  > 
     191                <td style="color:#000000">Country</td> 
     192                <td style="color:#000000">string</td> 
     193                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     194                <td style="color:#000000"> 
     195 
     196not null,  
     197                </td> 
     198        </tr> 
     199        <tr  > 
     200                <td style="color:#000000">Phonenumber</td> 
     201                <td style="color:#000000">string</td> 
     202                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     203                <td style="color:#000000"> 
     204 
     205 
     206                </td> 
     207        </tr> 
     208        <tr  > 
     209                <td style="color:#000000">Faxnumber</td> 
     210                <td style="color:#000000">string</td> 
     211                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     212                <td style="color:#000000"> 
     213 
     214 
     215                </td> 
     216        </tr> 
     217        <tr  > 
     218                <td style="color:#000000">Email</td> 
     219                <td style="color:#000000">string</td> 
     220                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     221                <td style="color:#000000"> 
     222 
     223not null,  
     224                </td> 
     225        </tr> 
     226         
     227        <!-- all the uniques --> 
     228        <tr> 
     229                <td colspan="2">primary key(user_id)</td> 
     230                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     231        </tr> 
     232        <tr> 
     233                <td colspan="2">key(loginname)</td> 
     234                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     235        </tr> 
     236        <!-- all the indices --> 
     237         
     238</table> 
     239*inherited field<br/> 
     240<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     241<p /> 
     242<h3><a name="OntologySource">OntologySource</a>  
     243</h3> 
     244<p> 
     245                The OntologySource class defines a reference to a an existing 
     246                ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable 
     247                (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use 
     248                of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic 
     249                descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, 
     250                MAGE-TAB::TermSourceREF. 
     251             
     252</p> 
     253<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     254        <!-- table header --> 
     255        <tr><th class="tablehead" colspan="7">OntologySource 
     256</th></tr>       
     257        <!-- column headers --> 
     258        <tr> 
     259                <th>field</th> 
     260                <th>type</th> 
     261                <th>description</th> 
     262                <th>constraints</th> 
     263        </tr> 
     264         
     265        <!-- all the fields --> 
     266        <tr  > 
     267                <td style="color:#000000">id</td> 
     268                <td style="color:#000000">int</td> 
     269                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     270                <td style="color:#000000"> 
     271 
     272not null,  
     273auto,           </td> 
     274        </tr> 
     275        <tr  > 
     276                <td style="color:#000000">name</td> 
     277                <td style="color:#000000">string</td> 
     278                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     279                <td style="color:#000000"> 
     280 
     281not null,  
     282                </td> 
     283        </tr> 
     284         
     285        <!-- all the uniques --> 
     286        <tr> 
     287                <td colspan="2">primary key(id)</td> 
     288                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     289        </tr> 
     290        <tr> 
     291                <td colspan="2">key(name)</td> 
     292                <td colspan="2">Name is unique</td> 
     293        </tr> 
     294        <!-- all the indices --> 
     295         
     296</table> 
     297*inherited field<br/> 
     298<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     299<p /> 
     300<h3><a name="Gene">Gene</a>  
     301</h3> 
     302<p></p> 
     303<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     304        <!-- table header --> 
     305        <tr><th class="tablehead" colspan="7">Gene 
     306</th></tr>       
     307        <!-- column headers --> 
     308        <tr> 
     309                <th>field</th> 
     310                <th>type</th> 
     311                <th>description</th> 
     312                <th>constraints</th> 
     313        </tr> 
     314         
     315        <!-- all the fields --> 
     316        <tr  > 
     317                <td style="color:#000000">id</td> 
     318                <td style="color:#000000">int</td> 
     319                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     320                <td style="color:#000000"> 
     321 
     322not null,  
     323auto,           </td> 
     324        </tr> 
     325        <tr  > 
     326                <td style="color:#000000">GeneName</td> 
     327                <td style="color:#000000">string</td> 
     328                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     329                <td style="color:#000000"> 
     330 
     331not null,  
     332                </td> 
     333        </tr> 
     334        <tr  > 
     335                <td style="color:#000000">chromosomeLocation</td> 
     336                <td style="color:#000000">string</td> 
     337                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     338                <td style="color:#000000"> 
     339 
     340not null,  
     341                </td> 
     342        </tr> 
     343        <tr  > 
     344                <td style="color:#000000">geneDescription</td> 
     345                <td style="color:#000000">text</td> 
     346                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     347                <td style="color:#000000"> 
     348 
     349not null,  
     350                </td> 
     351        </tr> 
     352         
     353        <!-- all the uniques --> 
     354        <tr> 
     355                <td colspan="2">primary key(id)</td> 
     356                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     357        </tr> 
     358        <tr> 
     359                <td colspan="2">key(GeneName)</td> 
     360                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     361        </tr> 
     362        <!-- all the indices --> 
     363         
     364</table> 
     365*inherited field<br/> 
     366<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     367<p /> 
     368<h3><a name="OntologyTerm">OntologyTerm</a>  
     369</h3> 
     370<p> 
     371                The OntologyTerm class defines references to a single entry 
     372                from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to 
     373                this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a 
     374                local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 
     375                'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms 
     376                locally in which case there is no formal accession for the term. In those 
     377                cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps 
     378                to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to 
     379                model terms. 
     380             
     381</p> 
     382<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     383        <!-- table header --> 
     384        <tr><th class="tablehead" colspan="7">OntologyTerm 
     385</th></tr>       
     386        <!-- column headers --> 
     387        <tr> 
     388                <th>field</th> 
     389                <th>type</th> 
     390                <th>description</th> 
     391                <th>constraints</th> 
     392        </tr> 
     393         
     394        <!-- all the fields --> 
     395        <tr  > 
     396                <td style="color:#000000">id</td> 
     397                <td style="color:#000000">int</td> 
     398                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     399                <td style="color:#000000"> 
     400 
     401not null,  
     402auto,           </td> 
     403        </tr> 
     404        <tr  > 
     405                <td style="color:#000000">term</td> 
     406                <td style="color:#000000">string</td> 
     407                <td style="color:#000000">The ontology term itself, also known as the 'local name' in some ontologies.</td> 
     408                <td style="color:#000000"> 
     409 
     410not null,  
     411                </td> 
     412        </tr> 
     413        <tr  > 
     414                <td style="color:#000000">description</td> 
     415                <td style="color:#000000">text</td> 
     416                <td style="color:#000000">Definition of the term.</td> 
     417                <td style="color:#000000"> 
     418 
     419 
     420                </td> 
     421        </tr> 
     422        <tr  > 
     423                <td style="color:#000000">termAccession</td> 
     424                <td style="color:#000000">string</td> 
     425                <td style="color:#000000">The accession number assigned to the ontology term in the source ontology. If empty it is assumed to be a locally defined term.</td> 
     426                <td style="color:#000000"> 
     427 
     428 
     429                </td> 
     430        </tr> 
     431        <tr  > 
     432                <td style="color:#000000">termSource</td> 
     433                <td style="color:#000000">xref</td> 
     434                <td style="color:#000000">The source ontology or controlled vocabulary list that ontology terms have been obtained from. One can define a local ontology if needed.</td> 
     435                <td style="color:#000000"> 
     436references(OntologySource.id), 
     437 
     438not null,  
     439                </td> 
     440        </tr> 
     441         
     442        <!-- all the uniques --> 
     443        <tr> 
     444                <td colspan="2">primary key(id)</td> 
     445                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     446        </tr> 
     447        <tr> 
     448                <td colspan="2">key(termSource, term)</td> 
     449                <td colspan="2">the local label of the OntologyTerm is unique within a data set.</td> 
     450        </tr> 
     451        <!-- all the indices --> 
     452         
     453</table> 
     454*inherited field<br/> 
     455<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     456<p /> 
     457<h3><a name="Patient">Patient</a>  
     458</h3> 
     459<p></p> 
     460<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     461        <!-- table header --> 
     462        <tr><th class="tablehead" colspan="7">Patient 
     463</th></tr>       
     464        <!-- column headers --> 
     465        <tr> 
     466                <th>field</th> 
     467                <th>type</th> 
     468                <th>description</th> 
     469                <th>constraints</th> 
     470        </tr> 
     471         
     472        <!-- all the fields --> 
     473        <tr  > 
     474                <td style="color:#000000">user_id</td> 
     475                <td style="color:#000000">xref</td> 
     476                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     477                <td style="color:#000000"> 
     478references(User.user_id), 
     479 
     480not null,  
     481                </td> 
     482        </tr> 
     483        <tr  > 
     484                <td style="color:#000000">PatientID</td> 
     485                <td style="color:#000000">int</td> 
     486                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     487                <td style="color:#000000"> 
     488 
     489not null,  
     490auto,           </td> 
     491        </tr> 
     492        <tr  > 
     493                <td style="color:#000000">Ontology</td> 
     494                <td style="color:#000000">mref</td> 
     495                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     496                <td style="color:#000000"> 
     497references-many(OntologyTerm.id), 
     498not null,  
     499                </td> 
     500        </tr> 
     501        <tr  > 
     502                <td style="color:#000000">PatientFileNumber</td> 
     503                <td style="color:#000000">string</td> 
     504                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     505                <td style="color:#000000"> 
     506 
     507 
     508                </td> 
     509        </tr> 
     510        <tr  > 
     511                <td style="color:#000000">Disease</td> 
     512                <td style="color:#000000">text</td> 
     513                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     514                <td style="color:#000000"> 
     515 
     516 
     517                </td> 
     518        </tr> 
     519        <tr  > 
     520                <td style="color:#000000">NumberOfFamilyMembersWithThisDisease</td> 
     521                <td style="color:#000000">string</td> 
     522                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     523                <td style="color:#000000"> 
     524 
     525 
     526                </td> 
     527        </tr> 
     528        <tr  > 
     529                <td style="color:#000000">TotalGenerations</td> 
     530                <td style="color:#000000">enum</td> 
     531                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     532                <td style="color:#000000"> 
     533 
     534 
     535                enum_options: '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', 'unknown' 
     536                </td> 
     537        </tr> 
     538        <tr  > 
     539                <td style="color:#000000">PossibleGeneticType</td> 
     540                <td style="color:#000000">enum</td> 
     541                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     542                <td style="color:#000000"> 
     543 
     544 
     545                enum_options: 'AD', 'AR', 'XL', 'Mitochondrial', 'Imprinted', 'Multifact', 'Unknown' 
     546                </td> 
     547        </tr> 
     548        <tr  > 
     549                <td style="color:#000000">Country</td> 
     550                <td style="color:#000000">string</td> 
     551                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     552                <td style="color:#000000"> 
     553 
     554 
     555                </td> 
     556        </tr> 
     557        <tr  > 
     558                <td style="color:#000000">EtnicBackground</td> 
     559                <td style="color:#000000">enum</td> 
     560                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     561                <td style="color:#000000"> 
     562 
     563 
     564                enum_options: 'Caucasian', 'Asian', 'African', 'Latin', 'Ashkenasi' 
     565                </td> 
     566        </tr> 
     567        <tr  > 
     568                <td style="color:#000000">FamilyResearch</td> 
     569                <td style="color:#000000">enum</td> 
     570                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     571                <td style="color:#000000"> 
     572 
     573 
     574                enum_options: 'Yes', 'No' 
     575                </td> 
     576        </tr> 
     577        <tr  > 
     578                <td style="color:#000000">hasDNA</td> 
     579                <td style="color:#000000">enum</td> 
     580                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     581                <td style="color:#000000"> 
     582 
     583 
     584                enum_options: 'yes', 'no', 'unknown' 
     585                </td> 
     586        </tr> 
     587        <tr  > 
     588                <td style="color:#000000">hasRNA</td> 
     589                <td style="color:#000000">enum</td> 
     590                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     591                <td style="color:#000000"> 
     592 
     593 
     594                enum_options: 'yes', 'no', 'unknown' 
     595                </td> 
     596        </tr> 
     597        <tr  > 
     598                <td style="color:#000000">DNAFromTissue</td> 
     599                <td style="color:#000000">enum</td> 
     600                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     601                <td style="color:#000000"> 
     602 
     603 
     604                enum_options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     605                </td> 
     606        </tr> 
     607        <tr  > 
     608                <td style="color:#000000">RNAFromTissue</td> 
     609                <td style="color:#000000">enum</td> 
     610                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     611                <td style="color:#000000"> 
     612 
     613 
     614                enum_options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     615                </td> 
     616        </tr> 
     617        <tr  > 
     618                <td style="color:#000000">DNAFromBlood</td> 
     619                <td style="color:#000000">enum</td> 
     620                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     621                <td style="color:#000000"> 
     622 
     623 
     624                enum_options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     625                </td> 
     626        </tr> 
     627        <tr  > 
     628                <td style="color:#000000">CellsAvailable</td> 
     629                <td style="color:#000000">enum</td> 
     630                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     631                <td style="color:#000000"> 
     632 
     633 
     634                enum_options: 'Fibroblasten', 'EBV immortalized lymphocytes', 'Unknown' 
     635                </td> 
     636        </tr> 
     637        <tr  > 
     638                <td style="color:#000000">ChromosomalResearch</td> 
     639                <td style="color:#000000">enum</td> 
     640                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     641                <td style="color:#000000"> 
     642 
     643 
     644                enum_options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     645                </td> 
     646        </tr> 
     647        <tr  > 
     648                <td style="color:#000000">WGA</td> 
     649                <td style="color:#000000">enum</td> 
     650                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     651                <td style="color:#000000"> 
     652 
     653 
     654                enum_options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     655                </td> 
     656        </tr> 
     657        <tr  > 
     658                <td style="color:#000000">LiteratureRef</td> 
     659                <td style="color:#000000">string</td> 
     660                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     661                <td style="color:#000000"> 
     662 
     663 
     664                </td> 
     665        </tr> 
     666        <tr  > 
     667                <td style="color:#000000">Pedigree</td> 
     668                <td style="color:#000000">file</td> 
     669                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     670                <td style="color:#000000"> 
     671 
     672 
     673                </td> 
     674        </tr> 
     675        <tr  > 
     676                <td style="color:#000000">GenesTested</td> 
     677                <td style="color:#000000">mref</td> 
     678                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     679                <td style="color:#000000"> 
     680references-many(Gene.id), 
     681 
     682                </td> 
     683        </tr> 
     684        <tr  > 
     685                <td style="color:#000000">FreeText</td> 
     686                <td style="color:#000000">text</td> 
     687                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     688                <td style="color:#000000"> 
     689 
     690 
     691                </td> 
     692        </tr> 
     693        <tr  > 
     694                <td style="color:#000000">SelectFreeText</td> 
     695                <td style="color:#000000">text</td> 
     696                <td style="color:#000000">&nbsp;</td> 
     697                <td style="color:#000000"> 
     698 
     699 
     700                </td> 
     701        </tr> 
     702         
     703        <!-- all the uniques --> 
     704        <tr> 
     705                <td colspan="2">primary key(PatientID)</td> 
     706                <td colspan="2">&nbsp;</td> 
     707        </tr> 
     708        <!-- all the indices --> 
     709         
     710</table> 
     711*inherited field<br/> 
     712<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     713<p /> 
    70714<h3><a name="data">data</a>  
    71715</h3> 
    … …  
    202846<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
    203847 
    204 <div align="center">Documentation generated on August 20, 2010 by MOLGENIS <a href="http://www.molgenis.org">http://www.molgenis.org</a></div> 
     848<div align="center">Documentation generated on September 8, 2010 by MOLGENIS <a href="http://www.molgenis.org">http://www.molgenis.org</a></div> 
    205849</body></html> 
    206850 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/fileformat.html

    r3425 r3486  
    6969<li><b>biobank_search</b> files: 
    7070<ul> 
     71<li><a href="#user_entity">user.txt</a> 
     72<li><a href="#patient_entity">patient.txt</a> 
     73<li><a href="#gene_entity">gene.txt</a> 
     74<li><a href="#ontologySource_entity">ontologysource.txt</a> 
     75<li><a href="#ontologyTerm_entity">ontologyterm.txt</a> 
    7176<li><a href="#data_entity">data.txt</a> 
    7277</ul> 
    … …  
    8085<!-- entities outside modules --> 
    8186<h2>biobank_search file types</h2> 
     87<h3><a name="#user_entity">File: user.txt</a></h3>  
     88 
     89<p/>Structure:<br/> 
     90<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     91        <!-- table header --> 
     92        <tr> 
     93                <th>column name</th> 
     94                <th>type</th> 
     95                <th>required?</th> 
     96                <th>auto/default</th> 
     97                <th>description</th> 
     98        </tr> 
     99         
     100        <!-- all required fields --> 
     101        <tr> 
     102                <td width="150">user_id</td> 
     103                <td width="50">int</td> 
     104                <td width="20">&nbsp;</td> 
     105                <td width="50">n+1</td> 
     106                <td>user_id.<br/></td> 
     107        </tr> 
     108        <tr> 
     109                <td width="150">loginname</td> 
     110                <td width="50">string</td> 
     111                <td width="20">YES</td> 
     112                <td width="50">&nbsp;</td> 
     113                <td>loginname.<br/></td> 
     114        </tr> 
     115        <tr> 
     116                <td width="150">firstname</td> 
     117                <td width="50">string</td> 
     118                <td width="20">YES</td> 
     119                <td width="50">&nbsp;</td> 
     120                <td>Firstname.<br/></td> 
     121        </tr> 
     122        <tr> 
     123                <td width="150">midinitials</td> 
     124                <td width="50">string</td> 
     125                <td width="20">&nbsp;</td> 
     126                <td width="50">&nbsp;</td> 
     127                <td>Mid initials.<br/></td> 
     128        </tr> 
     129        <tr> 
     130                <td width="150">lastname</td> 
     131                <td width="50">string</td> 
     132                <td width="20">YES</td> 
     133                <td width="50">&nbsp;</td> 
     134                <td>Lastname.<br/></td> 
     135        </tr> 
     136        <tr> 
     137                <td width="150">title</td> 
     138                <td width="50">string</td> 
     139                <td width="20">YES</td> 
     140                <td width="50">&nbsp;</td> 
     141                <td>Title.<br/></td> 
     142        </tr> 
     143        <tr> 
     144                <td width="150">profession</td> 
     145                <td width="50">string</td> 
     146                <td width="20">YES</td> 
     147                <td width="50">&nbsp;</td> 
     148                <td>Profession.<br/></td> 
     149        </tr> 
     150        <tr> 
     151                <td width="150">institutehospital</td> 
     152                <td width="50">string</td> 
     153                <td width="20">YES</td> 
     154                <td width="50">&nbsp;</td> 
     155                <td>Institute/Hospital.<br/></td> 
     156        </tr> 
     157        <tr> 
     158                <td width="150">address</td> 
     159                <td width="50">string</td> 
     160                <td width="20">YES</td> 
     161                <td width="50">&nbsp;</td> 
     162                <td>Address.<br/></td> 
     163        </tr> 
     164        <tr> 
     165                <td width="150">zipcode</td> 
     166                <td width="50">string</td> 
     167                <td width="20">YES</td> 
     168                <td width="50">&nbsp;</td> 
     169                <td>Zipcode.<br/></td> 
     170        </tr> 
     171        <tr> 
     172                <td width="150">city</td> 
     173                <td width="50">string</td> 
     174                <td width="20">YES</td> 
     175                <td width="50">&nbsp;</td> 
     176                <td>City.<br/></td> 
     177        </tr> 
     178        <tr> 
     179                <td width="150">country</td> 
     180                <td width="50">string</td> 
     181                <td width="20">YES</td> 
     182                <td width="50">&nbsp;</td> 
     183                <td>Country.<br/></td> 
     184        </tr> 
     185        <tr> 
     186                <td width="150">phonenumber</td> 
     187                <td width="50">string</td> 
     188                <td width="20">&nbsp;</td> 
     189                <td width="50">&nbsp;</td> 
     190                <td>Phonenumber.<br/></td> 
     191        </tr> 
     192        <tr> 
     193                <td width="150">faxnumber</td> 
     194                <td width="50">string</td> 
     195                <td width="20">&nbsp;</td> 
     196                <td width="50">&nbsp;</td> 
     197                <td>Faxnumber.<br/></td> 
     198        </tr> 
     199        <tr> 
     200                <td width="150">email</td> 
     201                <td width="50">string</td> 
     202                <td width="20">YES</td> 
     203                <td width="50">&nbsp;</td> 
     204                <td>Email.<br/></td> 
     205        </tr> 
     206        <!-- all optional fields --> 
     207        <!-- all the uniques --> 
     208<tr><td colspan="5">Constraint: values in column loginname should unique.</td></tr> 
     209</table> 
     210</p> 
     211 
     212 
     213<h3><a name="#patient_entity">File: patient.txt</a></h3>  
     214 
     215<p/>Structure:<br/> 
     216<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     217        <!-- table header --> 
     218        <tr> 
     219                <th>column name</th> 
     220                <th>type</th> 
     221                <th>required?</th> 
     222                <th>auto/default</th> 
     223                <th>description</th> 
     224        </tr> 
     225         
     226        <!-- all required fields --> 
     227        <tr> 
     228                <td width="150">user_id_loginname<br/></td> 
     229                <td width="50">xref</td> 
     230                <td width="20">YES</td> 
     231                <td width="50">&nbsp;</td> 
     232                <td>user_id. 
     233                This xref uses {user_id_loginname} to find related elements in file <a href="#user_entity">user.txt</a> based on unique column {loginname}. 
     234                </td> 
     235        </tr>    
     236        <tr> 
     237                <td width="150">patientid</td> 
     238                <td width="50">int</td> 
     239                <td width="20">&nbsp;</td> 
     240                <td width="50">n+1</td> 
     241                <td>PatientID.<br/></td> 
     242        </tr> 
     243        <tr> 
     244                <td width="150">ontology_term<br/></td> 
     245                <td width="50">mref</td> 
     246                <td width="20">YES</td> 
     247                <td width="50">&nbsp;</td> 
     248                <td>Ontology. 
     249                This mref uses {ontology_term} to find related elements in file <a href="#ontologyTerm_entity">ontologyTerm.txt</a> based on unique column {term}. 
     250                . More than one reference can be added separated by '|', for example: ref1|ref2|ref3.</td> 
     251        </tr>    
     252        <tr> 
     253                <td width="150">patientfilenumber</td> 
     254                <td width="50">string</td> 
     255                <td width="20">&nbsp;</td> 
     256                <td width="50">&nbsp;</td> 
     257                <td>PatientFileNumber.<br/></td> 
     258        </tr> 
     259        <tr> 
     260                <td width="150">disease</td> 
     261                <td width="50">text</td> 
     262                <td width="20">&nbsp;</td> 
     263                <td width="50">&nbsp;</td> 
     264                <td>Disease.<br/></td> 
     265        </tr> 
     266        <tr> 
     267                <td width="150">numberoffamilymemberswiththisdisease</td> 
     268                <td width="50">string</td> 
     269                <td width="20">&nbsp;</td> 
     270                <td width="50">&nbsp;</td> 
     271                <td>NumberOfFamilyMembersWithThisDisease.<br/></td> 
     272        </tr> 
     273        <tr> 
     274                <td width="150">totalgenerations</td> 
     275                <td width="50">enum</td> 
     276                <td width="20">&nbsp;</td> 
     277                <td width="50">&nbsp;</td> 
     278                <td>TotalGenerations.<br/></td> 
     279        </tr> 
     280        <tr> 
     281                <td width="150">possiblegenetictype</td> 
     282                <td width="50">enum</td> 
     283                <td width="20">&nbsp;</td> 
     284                <td width="50">&nbsp;</td> 
     285                <td>PossibleGeneticType.<br/></td> 
     286        </tr> 
     287        <tr> 
     288                <td width="150">country</td> 
     289                <td width="50">string</td> 
     290                <td width="20">&nbsp;</td> 
     291                <td width="50">&nbsp;</td> 
     292                <td>Country.<br/></td> 
     293        </tr> 
     294        <tr> 
     295                <td width="150">etnicbackground</td> 
     296                <td width="50">enum</td> 
     297                <td width="20">&nbsp;</td> 
     298                <td width="50">&nbsp;</td> 
     299                <td>EtnicBackground.<br/></td> 
     300        </tr> 
     301        <tr> 
     302                <td width="150">familyresearch</td> 
     303                <td width="50">enum</td> 
     304                <td width="20">&nbsp;</td> 
     305                <td width="50">&nbsp;</td> 
     306                <td>FamilyResearch.<br/></td> 
     307        </tr> 
     308        <tr> 
     309                <td width="150">hasdna</td> 
     310                <td width="50">enum</td> 
     311                <td width="20">&nbsp;</td> 
     312                <td width="50">&nbsp;</td> 
     313                <td>hasDNA.<br/></td> 
     314        </tr> 
     315        <tr> 
     316                <td width="150">hasrna</td> 
     317                <td width="50">enum</td> 
     318                <td width="20">&nbsp;</td> 
     319                <td width="50">&nbsp;</td> 
     320                <td>hasRNA.<br/></td> 
     321        </tr> 
     322        <tr> 
     323                <td width="150">dnafromtissue</td> 
     324                <td width="50">enum</td> 
     325                <td width="20">&nbsp;</td> 
     326                <td width="50">&nbsp;</td> 
     327                <td>DNAFromTissue.<br/></td> 
     328        </tr> 
     329        <tr> 
     330                <td width="150">rnafromtissue</td> 
     331                <td width="50">enum</td> 
     332                <td width="20">&nbsp;</td> 
     333                <td width="50">&nbsp;</td> 
     334                <td>RNAFromTissue.<br/></td> 
     335        </tr> 
     336        <tr> 
     337                <td width="150">dnafromblood</td> 
     338                <td width="50">enum</td> 
     339                <td width="20">&nbsp;</td> 
     340                <td width="50">&nbsp;</td> 
     341                <td>DNAFromBlood.<br/></td> 
     342        </tr> 
     343        <tr> 
     344                <td width="150">cellsavailable</td> 
     345                <td width="50">enum</td> 
     346                <td width="20">&nbsp;</td> 
     347                <td width="50">&nbsp;</td> 
     348                <td>CellsAvailable.<br/></td> 
     349        </tr> 
     350        <tr> 
     351                <td width="150">chromosomalresearch</td> 
     352                <td width="50">enum</td> 
     353                <td width="20">&nbsp;</td> 
     354                <td width="50">&nbsp;</td> 
     355                <td>ChromosomalResearch.<br/></td> 
     356        </tr> 
     357        <tr> 
     358                <td width="150">wga</td> 
     359                <td width="50">enum</td> 
     360                <td width="20">&nbsp;</td> 
     361                <td width="50">&nbsp;</td> 
     362                <td>WGA.<br/></td> 
     363        </tr> 
     364        <tr> 
     365                <td width="150">literatureref</td> 
     366                <td width="50">string</td> 
     367                <td width="20">&nbsp;</td> 
     368                <td width="50">&nbsp;</td> 
     369                <td>LiteratureRef.<br/></td> 
     370        </tr> 
     371        <tr> 
     372                <td width="150">pedigree</td> 
     373                <td width="50">file</td> 
     374                <td width="20">&nbsp;</td> 
     375                <td width="50">&nbsp;</td> 
     376                <td>Pedigree.<br/></td> 
     377        </tr> 
     378        <tr> 
     379                <td width="150">genestested_GeneName<br/></td> 
     380                <td width="50">mref</td> 
     381                <td width="20">&nbsp;</td> 
     382                <td width="50">&nbsp;</td> 
     383                <td>GenesTested. 
     384                This mref uses {genestested_genename} to find related elements in file <a href="#gene_entity">gene.txt</a> based on unique column {genename}. 
     385                . More than one reference can be added separated by '|', for example: ref1|ref2|ref3.</td> 
     386        </tr>    
     387        <tr> 
     388                <td width="150">freetext</td> 
     389                <td width="50">text</td> 
     390                <td width="20">&nbsp;</td> 
     391                <td width="50">&nbsp;</td> 
     392                <td>FreeText.<br/></td> 
     393        </tr> 
     394        <tr> 
     395                <td width="150">selectfreetext</td> 
     396                <td width="50">text</td> 
     397                <td width="20">&nbsp;</td> 
     398                <td width="50">&nbsp;</td> 
     399                <td>SelectFreeText.<br/></td> 
     400        </tr> 
     401        <!-- all optional fields --> 
     402        <!-- all the uniques --> 
     403</table> 
     404</p> 
     405 
     406 
     407<h3><a name="#gene_entity">File: gene.txt</a></h3>  
     408 
     409<p/>Structure:<br/> 
     410<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     411        <!-- table header --> 
     412        <tr> 
     413                <th>column name</th> 
     414                <th>type</th> 
     415                <th>required?</th> 
     416                <th>auto/default</th> 
     417                <th>description</th> 
     418        </tr> 
     419         
     420        <!-- all required fields --> 
     421        <tr> 
     422                <td width="150">id</td> 
     423                <td width="50">int</td> 
     424                <td width="20">&nbsp;</td> 
     425                <td width="50">n+1</td> 
     426                <td>id.<br/></td> 
     427        </tr> 
     428        <tr> 
     429                <td width="150">genename</td> 
     430                <td width="50">string</td> 
     431                <td width="20">YES</td> 
     432                <td width="50">&nbsp;</td> 
     433                <td>GeneName.<br/></td> 
     434        </tr> 
     435        <tr> 
     436                <td width="150">chromosomelocation</td> 
     437                <td width="50">string</td> 
     438                <td width="20">YES</td> 
     439                <td width="50">&nbsp;</td> 
     440                <td>chromosomeLocation.<br/></td> 
     441        </tr> 
     442        <tr> 
     443                <td width="150">genedescription</td> 
     444                <td width="50">text</td> 
     445                <td width="20">YES</td> 
     446                <td width="50">&nbsp;</td> 
     447                <td>geneDescription.<br/></td> 
     448        </tr> 
     449        <!-- all optional fields --> 
     450        <!-- all the uniques --> 
     451<tr><td colspan="5">Constraint: values in column genename should unique.</td></tr> 
     452</table> 
     453</p> 
     454 
     455 
     456<h3><a name="#ontologySource_entity">File: ontologysource.txt</a></h3>  
     457<p>Contents:<br/>  
     458                The OntologySource class defines a reference to a an existing 
     459                ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable 
     460                (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use 
     461                of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic 
     462                descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, 
     463                MAGE-TAB::TermSourceREF. 
     464             
     465.</p> 
     466<p/>Structure:<br/> 
     467<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     468        <!-- table header --> 
     469        <tr> 
     470                <th>column name</th> 
     471                <th>type</th> 
     472                <th>required?</th> 
     473                <th>auto/default</th> 
     474                <th>description</th> 
     475        </tr> 
     476         
     477        <!-- all required fields --> 
     478        <tr> 
     479                <td width="150">id</td> 
     480                <td width="50">int</td> 
     481                <td width="20">&nbsp;</td> 
     482                <td width="50">n+1</td> 
     483                <td>id.<br/></td> 
     484        </tr> 
     485        <tr> 
     486                <td width="150">name</td> 
     487                <td width="50">string</td> 
     488                <td width="20">YES</td> 
     489                <td width="50">&nbsp;</td> 
     490                <td>name.<br/></td> 
     491        </tr> 
     492        <!-- all optional fields --> 
     493        <!-- all the uniques --> 
     494<tr><td colspan="5">Constraint: values in column name should unique.</td></tr> 
     495</table> 
     496</p> 
     497 
     498 
     499<h3><a name="#ontologyTerm_entity">File: ontologyterm.txt</a></h3>  
     500<p>Contents:<br/>  
     501                The OntologyTerm class defines references to a single entry 
     502                from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to 
     503                this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a 
     504                local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 
     505                'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms 
     506                locally in which case there is no formal accession for the term. In those 
     507                cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps 
     508                to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to 
     509                model terms. 
     510             
     511.</p> 
     512<p/>Structure:<br/> 
     513<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     514        <!-- table header --> 
     515        <tr> 
     516                <th>column name</th> 
     517                <th>type</th> 
     518                <th>required?</th> 
     519                <th>auto/default</th> 
     520                <th>description</th> 
     521        </tr> 
     522         
     523        <!-- all required fields --> 
     524        <tr> 
     525                <td width="150">id</td> 
     526                <td width="50">int</td> 
     527                <td width="20">&nbsp;</td> 
     528                <td width="50">n+1</td> 
     529                <td>id.<br/></td> 
     530        </tr> 
     531        <tr> 
     532                <td width="150">term</td> 
     533                <td width="50">string</td> 
     534                <td width="20">YES</td> 
     535                <td width="50">&nbsp;</td> 
     536                <td>The ontology term itself, also known as the 'local name' in some ontologies..<br/></td> 
     537        </tr> 
     538        <tr> 
     539                <td width="150">description</td> 
     540                <td width="50">text</td> 
     541                <td width="20">&nbsp;</td> 
     542                <td width="50">&nbsp;</td> 
     543                <td>Definition of the term..<br/></td> 
     544        </tr> 
     545        <tr> 
     546                <td width="150">termaccession</td> 
     547                <td width="50">string</td> 
     548                <td width="20">&nbsp;</td> 
     549                <td width="50">&nbsp;</td> 
     550                <td>The accession number assigned to the ontology term in the source ontology. If empty it is assumed to be a locally defined term..<br/></td> 
     551        </tr> 
     552        <tr> 
     553                <td width="150">termsource_name<br/></td> 
     554                <td width="50">xref</td> 
     555                <td width="20">YES</td> 
     556                <td width="50">&nbsp;</td> 
     557                <td>The source ontology or controlled vocabulary list that ontology terms have been obtained from. One can define a local ontology if needed.. 
     558                This xref uses {termsource_name} to find related elements in file <a href="#ontologySource_entity">ontologySource.txt</a> based on unique column {name}. 
     559                </td> 
     560        </tr>    
     561        <!-- all optional fields --> 
     562        <!-- all the uniques --> 
     563<tr><td colspan="5">Contraint: values in the combined columns (termsource, term) should be unique.</td></tr> 
     564</table> 
     565</p> 
     566 
     567 
    82568<h3><a name="#data_entity">File: data.txt</a></h3>  
    83569 
    … …  
    193679<h1>Appendix: documentation of the mref tables</h1> 
    194680<h2>biobank_search file types</h2> 
     681<h3><a name="#patient_Ontology_entity">File: patient_ontology.txt</a></h3>  
     682<p>Contents:<br/> Link table for many-to-many relationship 'Patient.Ontology'..</p> 
     683<p/>Structure:<br/> 
     684<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     685        <!-- table header --> 
     686        <tr> 
     687                <th>column name</th> 
     688                <th>type</th> 
     689                <th>required?</th> 
     690                <th>auto/default</th> 
     691                <th>description</th> 
     692        </tr> 
     693         
     694        <!-- all required fields --> 
     695        <tr> 
     696                <td width="150">ontology_term<br/></td> 
     697                <td width="50">xref</td> 
     698                <td width="20">YES</td> 
     699                <td width="50">&nbsp;</td> 
     700                <td> 
     701                This xref uses {ontology_term} to find related elements in file <a href="#ontologyTerm_entity">ontologyTerm.txt</a> based on unique column {term}. 
     702                </td> 
     703        </tr>    
     704        <tr> 
     705                <td width="150">patient_PatientID<br/></td> 
     706                <td width="50">xref</td> 
     707                <td width="20">YES</td> 
     708                <td width="50">&nbsp;</td> 
     709                <td> 
     710                This xref uses {patient_patientid} to find related elements in file <a href="#patient_entity">patient.txt</a> based on unique column {patientid}. 
     711                </td> 
     712        </tr>    
     713        <!-- all optional fields --> 
     714        <!-- all the uniques --> 
     715<tr><td colspan="5">Contraint: values in the combined columns (ontology, patient) should be unique.</td></tr> 
     716</table> 
     717</p> 
     718 
     719 
     720<h3><a name="#patient_GenesTested_entity">File: patient_genestested.txt</a></h3>  
     721<p>Contents:<br/> Link table for many-to-many relationship 'Patient.GenesTested'..</p> 
     722<p/>Structure:<br/> 
     723<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     724        <!-- table header --> 
     725        <tr> 
     726                <th>column name</th> 
     727                <th>type</th> 
     728                <th>required?</th> 
     729                <th>auto/default</th> 
     730                <th>description</th> 
     731        </tr> 
     732         
     733        <!-- all required fields --> 
     734        <tr> 
     735                <td width="150">genestested_GeneName<br/></td> 
     736                <td width="50">xref</td> 
     737                <td width="20">YES</td> 
     738                <td width="50">&nbsp;</td> 
     739                <td> 
     740                This xref uses {genestested_genename} to find related elements in file <a href="#gene_entity">gene.txt</a> based on unique column {genename}. 
     741                </td> 
     742        </tr>    
     743        <tr> 
     744                <td width="150">patient_PatientID<br/></td> 
     745                <td width="50">xref</td> 
     746                <td width="20">YES</td> 
     747                <td width="50">&nbsp;</td> 
     748                <td> 
     749                This xref uses {patient_patientid} to find related elements in file <a href="#patient_entity">patient.txt</a> based on unique column {patientid}. 
     750                </td> 
     751        </tr>    
     752        <!-- all optional fields --> 
     753        <!-- all the uniques --> 
     754<tr><td colspan="5">Contraint: values in the combined columns (genestested, patient) should be unique.</td></tr> 
     755</table> 
     756</p> 
     757 
     758 
    195759 
    196760</body></html> 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/objectmodel-uml-diagram-summary.dot

    r3198 r3486  
    3333 
    3434/* entities outside modules*/ 
     35               "User" [ 
     36                            style = "filled" 
     37                            fillcolor =  "white" 
     38                                        fontname = "Arial" 
     39                                        fontcolor = "black" 
     40                                        color = "black" 
     41                 
     42                        label = "{User}" 
     43                ] 
     44 
     45               "Patient" [ 
     46                            style = "filled" 
     47                            fillcolor =  "white" 
     48                                        fontname = "Arial" 
     49                                        fontcolor = "black" 
     50                                        color = "black" 
     51                 
     52                        label = "{Patient}" 
     53                ] 
     54 
     55               "Gene" [ 
     56                            style = "filled" 
     57                            fillcolor =  "white" 
     58                                        fontname = "Arial" 
     59                                        fontcolor = "black" 
     60                                        color = "black" 
     61                 
     62                        label = "{Gene}" 
     63                ] 
     64 
     65               "OntologySource" [ 
     66                            style = "filled" 
     67                            fillcolor =  "white" 
     68                                        fontname = "Arial" 
     69                                        fontcolor = "black" 
     70                                        color = "black" 
     71                 
     72                        label = "{OntologySource}" 
     73                ] 
     74 
     75               "OntologyTerm" [ 
     76                            style = "filled" 
     77                            fillcolor =  "white" 
     78                                        fontname = "Arial" 
     79                                        fontcolor = "black" 
     80                                        color = "black" 
     81                 
     82                        label = "{OntologyTerm}" 
     83                ] 
     84 
    3585               "Data" [ 
    3686                            style = "filled" 
    … …  
    62112                color = "black" 
    63113        ] 
     114                "Patient" -> "User" [ 
     115                        headlabel = "1" 
     116                        taillabel = "*" 
     117                ] 
     118                "OntologyTerm" -> "OntologySource" [ 
     119                        headlabel = "1" 
     120                        taillabel = "*" 
     121                ] 
    64122         
    65123         
    … …  
    73131             constraint = false 
    74132        ] 
     133                "OntologyTerm" -> "Patient"[ 
     134                        ] 
     135                "Gene" -> "Patient"[ 
     136                        ] 
    75137} 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/objectmodel-uml-diagram.dot

    r3425 r3486  
    3232 
    3333/* entities outside modules*/ 
     34               "User" [ 
     35                            style = "filled" 
     36                            fillcolor =  "white" 
     37                                        fontname = "Arial" 
     38                                        fontcolor = "black" 
     39                                        color = "black" 
     40                 
     41                        label = "{User|user_id : int*\lloginname : string*\lfirstname : string*\lmidinitials : string\llastname : string*\ltitle : string*\lprofession : string*\linstituteHospital : string*\laddress : string*\lzipcode : string*\lcity : string*\lcountry : string*\lphonenumber : string\lfaxnumber : string\lemail : string*\l}" 
     42                ] 
     43 
     44               "Patient" [ 
     45                            style = "filled" 
     46                            fillcolor =  "white" 
     47                                        fontname = "Arial" 
     48                                        fontcolor = "black" 
     49                                        color = "black" 
     50                 
     51                        label = "{Patient|user_id : xref-&gt;user*\lpatientID : int*\lontology : mref-&gt;ontologyTerm*\lpatientFileNumber : string\ldisease : text\lnumberOfFamilyMembersWithThisDisease : string\ltotalGenerations : enum\lpossibleGeneticType : enum\lcountry : string\letnicBackground : enum\lfamilyResearch : enum\lhasDNA : enum\lhasRNA : enum\ldNAFromTissue : enum\lrNAFromTissue : enum\ldNAFromBlood : enum\lcellsAvailable : enum\lchromosomalResearch : enum\lwGA : enum\lliteratureRef : string\lpedigree : file\lgenesTested : mref-&gt;gene\lfreeText : text\lselectFreeText : text\l}" 
     52                ] 
     53 
     54               "Gene" [ 
     55                            style = "filled" 
     56                            fillcolor =  "white" 
     57                                        fontname = "Arial" 
     58                                        fontcolor = "black" 
     59                                        color = "black" 
     60                 
     61                        label = "{Gene|id : int*\lgeneName : string*\lchromosomeLocation : string*\lgeneDescription : text*\l}" 
     62                ] 
     63 
     64               "OntologySource" [ 
     65                            style = "filled" 
     66                            fillcolor =  "white" 
     67                                        fontname = "Arial" 
     68                                        fontcolor = "black" 
     69                                        color = "black" 
     70                 
     71                        label = "{OntologySource|id : int*\lname : string*\l}" 
     72                ] 
     73 
     74               "OntologyTerm" [ 
     75                            style = "filled" 
     76                            fillcolor =  "white" 
     77                                        fontname = "Arial" 
     78                                        fontcolor = "black" 
     79                                        color = "black" 
     80                 
     81                        label = "{OntologyTerm|id : int*\lterm : string*\ldescription : text\ltermAccession : string\ltermSource : xref-&gt;ontologySource*\l}" 
     82                ] 
     83 
    3484               "Data" [ 
    3585                            style = "filled" 
    … …  
    60110                arrowsize = 0.6 
    61111        ] 
     112                "Patient" -> "User" [ 
     113                        headlabel = "1" 
     114                        taillabel = "*" 
     115                ] 
     116                "OntologyTerm" -> "OntologySource" [ 
     117                        headlabel = "1" 
     118                        taillabel = "*" 
     119                ] 
    62120         
    63121         
    … …  
    70128             arrowsize = 0.6 
    71129        ] 
     130                "Patient" -> "OntologyTerm"[ 
     131                        ] 
     132                "Patient" -> "Gene"[ 
     133                        ] 
    72134} 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/objectmodel.html

    r3425 r3486  
    6868<b><a href="#biobank_search_package">All entities in biobank_search</a></b>: 
    6969<ul> 
     70<li><a href="#User">User</a></li> 
     71<li><a href="#Patient">Patient</a></li> 
     72<li><a href="#Gene">Gene</a></li> 
     73<li><a href="#OntologySource">OntologySource</a></li> 
     74<li><a href="#OntologyTerm">OntologyTerm</a></li> 
    7075<li><a href="#data">data</a></li> 
    7176</ul> 
    … …  
    7883 
    7984<h1><a name="biobank_search_package">biobank_search package</a></h1> 
     85<h3><a name="User">User</a></h3> 
     86<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"> 
     87 
     88 
     89</p> 
     90<p>      
     91 
     92</p> 
     93<p> 
     94<u>Attributes:</u> 
     95<table>  
     96<tr> 
     97<td > 
     98<b>user_id</b>: int  
     99(required) 
     100</td> 
     101</tr> 
     102 
     103<tr> 
     104<td > 
     105<b>loginname</b>: string  
     106(required) 
     107</td> 
     108</tr> 
     109 
     110<tr> 
     111<td > 
     112<b>Firstname</b>: string  
     113(required) 
     114</td> 
     115</tr> 
     116 
     117<tr> 
     118<td > 
     119<b>Midinitials</b>: string  
     120(optional) 
     121</td> 
     122</tr> 
     123<tr><td style="padding-left: 50px;">Mid initials 
     124</td></tr> 
     125<tr> 
     126<td > 
     127<b>Lastname</b>: string  
     128(required) 
     129</td> 
     130</tr> 
     131 
     132<tr> 
     133<td > 
     134<b>Title</b>: string  
     135(required) 
     136</td> 
     137</tr> 
     138 
     139<tr> 
     140<td > 
     141<b>Profession</b>: string  
     142(required) 
     143</td> 
     144</tr> 
     145 
     146<tr> 
     147<td > 
     148<b>InstituteHospital</b>: string  
     149(required) 
     150</td> 
     151</tr> 
     152<tr><td style="padding-left: 50px;">Institute/Hospital 
     153</td></tr> 
     154<tr> 
     155<td > 
     156<b>Address</b>: string  
     157(required) 
     158</td> 
     159</tr> 
     160 
     161<tr> 
     162<td > 
     163<b>Zipcode</b>: string  
     164(required) 
     165</td> 
     166</tr> 
     167 
     168<tr> 
     169<td > 
     170<b>City</b>: string  
     171(required) 
     172</td> 
     173</tr> 
     174 
     175<tr> 
     176<td > 
     177<b>Country</b>: string  
     178(required) 
     179</td> 
     180</tr> 
     181 
     182<tr> 
     183<td > 
     184<b>Phonenumber</b>: string  
     185(optional) 
     186</td> 
     187</tr> 
     188 
     189<tr> 
     190<td > 
     191<b>Faxnumber</b>: string  
     192(optional) 
     193</td> 
     194</tr> 
     195 
     196<tr> 
     197<td > 
     198<b>Email</b>: string  
     199(required) 
     200</td> 
     201</tr> 
     202 
     203</table> 
     204<p> 
     205<u>Constraints:</u> 
     206<table>  
     207<tr> 
     208<td > 
     209<b>unique(user_id)</b>:  
     210</td> 
     211</tr> 
     212<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     213Field user_id is unique within an User. 
     214</td></tr> 
     215<tr> 
     216<td > 
     217<b>unique(loginname)</b>:  
     218</td> 
     219</tr> 
     220<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     221Field loginname is unique within an User. 
     222</td></tr> 
     223</p> 
     224</table> 
     225<h3><a name="Patient">Patient</a></h3> 
     226<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"> 
     227 
     228 
     229</p> 
     230<p>      
     231 
     232</p> 
     233<p> 
     234<u>Attributes:</u> 
     235<table>  
     236<tr> 
     237<td > 
     238<b>PatientID</b>: int  
     239(required) 
     240</td> 
     241</tr> 
     242 
     243<tr> 
     244<td > 
     245<b>PatientFileNumber</b>: string  
     246(optional) 
     247</td> 
     248</tr> 
     249 
     250<tr> 
     251<td > 
     252<b>Disease</b>: text  
     253(optional) 
     254</td> 
     255</tr> 
     256 
     257<tr> 
     258<td > 
     259<b>NumberOfFamilyMembersWithThisDisease</b>: string  
     260(optional) 
     261</td> 
     262</tr> 
     263 
     264<tr> 
     265<td > 
     266<b>TotalGenerations</b>: enum  
     267(optional) 
     268</td> 
     269</tr> 
     270 
     271<tr> 
     272<td > 
     273<b>PossibleGeneticType</b>: enum  
     274(optional) 
     275</td> 
     276</tr> 
     277 
     278<tr> 
     279<td > 
     280<b>Country</b>: string  
     281(optional) 
     282</td> 
     283</tr> 
     284 
     285<tr> 
     286<td > 
     287<b>EtnicBackground</b>: enum  
     288(optional) 
     289</td> 
     290</tr> 
     291 
     292<tr> 
     293<td > 
     294<b>FamilyResearch</b>: enum  
     295(optional) 
     296</td> 
     297</tr> 
     298 
     299<tr> 
     300<td > 
     301<b>hasDNA</b>: enum  
     302(optional) 
     303</td> 
     304</tr> 
     305 
     306<tr> 
     307<td > 
     308<b>hasRNA</b>: enum  
     309(optional) 
     310</td> 
     311</tr> 
     312 
     313<tr> 
     314<td > 
     315<b>DNAFromTissue</b>: enum  
     316(optional) 
     317</td> 
     318</tr> 
     319 
     320<tr> 
     321<td > 
     322<b>RNAFromTissue</b>: enum  
     323(optional) 
     324</td> 
     325</tr> 
     326 
     327<tr> 
     328<td > 
     329<b>DNAFromBlood</b>: enum  
     330(optional) 
     331</td> 
     332</tr> 
     333 
     334<tr> 
     335<td > 
     336<b>CellsAvailable</b>: enum  
     337(optional) 
     338</td> 
     339</tr> 
     340 
     341<tr> 
     342<td > 
     343<b>ChromosomalResearch</b>: enum  
     344(optional) 
     345</td> 
     346</tr> 
     347 
     348<tr> 
     349<td > 
     350<b>WGA</b>: enum  
     351(optional) 
     352</td> 
     353</tr> 
     354 
     355<tr> 
     356<td > 
     357<b>LiteratureRef</b>: string  
     358(optional) 
     359</td> 
     360</tr> 
     361 
     362<tr> 
     363<td > 
     364<b>Pedigree</b>: file  
     365(optional) 
     366</td> 
     367</tr> 
     368 
     369<tr> 
     370<td > 
     371<b>FreeText</b>: text  
     372(optional) 
     373</td> 
     374</tr> 
     375 
     376<tr> 
     377<td > 
     378<b>SelectFreeText</b>: text  
     379(optional) 
     380</td> 
     381</tr> 
     382 
     383</table> 
     384<p> 
     385<u>Associations:</u> 
     386<table>  
     387<tr> 
     388<td > 
     389<b>user_id</b>:  
     390User (1..1) 
     391 
     392</td> 
     393</tr> 
     394 
     395<tr> 
     396<td > 
     397<b>Ontology</b>: OntologyTerm (1..n) 
     398</td> 
     399</tr> 
     400 
     401<tr> 
     402<td > 
     403<b>GenesTested</b>: Gene (0..n) 
     404</td> 
     405</tr> 
     406 
     407</table> 
     408<p> 
     409<u>Constraints:</u> 
     410<table>  
     411<tr> 
     412<td > 
     413<b>unique(PatientID)</b>:  
     414</td> 
     415</tr> 
     416<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     417Field PatientID is unique within an Patient. 
     418</td></tr> 
     419</p> 
     420</table> 
     421<h3><a name="Gene">Gene</a></h3> 
     422<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"> 
     423 
     424 
     425</p> 
     426<p>      
     427 
     428</p> 
     429<p> 
     430<u>Attributes:</u> 
     431<table>  
     432<tr> 
     433<td > 
     434<b>id</b>: int  
     435(required) 
     436</td> 
     437</tr> 
     438 
     439<tr> 
     440<td > 
     441<b>GeneName</b>: string  
     442(required) 
     443</td> 
     444</tr> 
     445 
     446<tr> 
     447<td > 
     448<b>chromosomeLocation</b>: string  
     449(required) 
     450</td> 
     451</tr> 
     452 
     453<tr> 
     454<td > 
     455<b>geneDescription</b>: text  
     456(required) 
     457</td> 
     458</tr> 
     459 
     460</table> 
     461<p> 
     462<u>Constraints:</u> 
     463<table>  
     464<tr> 
     465<td > 
     466<b>unique(id)</b>:  
     467</td> 
     468</tr> 
     469<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     470Field id is unique within an Gene. 
     471</td></tr> 
     472<tr> 
     473<td > 
     474<b>unique(GeneName)</b>:  
     475</td> 
     476</tr> 
     477<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     478Field GeneName is unique within an Gene. 
     479</td></tr> 
     480</p> 
     481</table> 
     482<h3><a name="OntologySource">OntologySource</a></h3> 
     483<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"> 
     484 
     485 
     486</p> 
     487<p>      
     488 
     489                The OntologySource class defines a reference to a an existing 
     490                ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable 
     491                (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use 
     492                of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic 
     493                descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, 
     494                MAGE-TAB::TermSourceREF. 
     495             
     496 
     497</p> 
     498<p> 
     499<u>Attributes:</u> 
     500<table>  
     501<tr> 
     502<td > 
     503<b>id</b>: int  
     504(required) 
     505</td> 
     506</tr> 
     507 
     508<tr> 
     509<td > 
     510<b>name</b>: string  
     511(required) 
     512</td> 
     513</tr> 
     514 
     515</table> 
     516<p> 
     517<u>Constraints:</u> 
     518<table>  
     519<tr> 
     520<td > 
     521<b>unique(id)</b>:  
     522</td> 
     523</tr> 
     524<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     525Field id is unique within an OntologySource. 
     526</td></tr> 
     527<tr> 
     528<td > 
     529<b>unique(name)</b>:  
     530</td> 
     531</tr> 
     532<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     533Name is unique. 
     534</td></tr> 
     535</p> 
     536</table> 
     537<h3><a name="OntologyTerm">OntologyTerm</a></h3> 
     538<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"> 
     539 
     540 
     541</p> 
     542<p>      
     543 
     544                The OntologyTerm class defines references to a single entry 
     545                from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to 
     546                this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a 
     547                local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 
     548                'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms 
     549                locally in which case there is no formal accession for the term. In those 
     550                cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps 
     551                to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to 
     552                model terms. 
     553             
     554 
     555</p> 
     556<p> 
     557<u>Attributes:</u> 
     558<table>  
     559<tr> 
     560<td > 
     561<b>id</b>: int  
     562(required) 
     563</td> 
     564</tr> 
     565 
     566<tr> 
     567<td > 
     568<b>term</b>: string  
     569(required) 
     570</td> 
     571</tr> 
     572<tr><td style="padding-left: 50px;">The ontology term itself, also known as the 'local name' in some ontologies. 
     573</td></tr> 
     574<tr> 
     575<td > 
     576<b>description</b>: text  
     577(optional) 
     578</td> 
     579</tr> 
     580<tr><td style="padding-left: 50px;">Definition of the term. 
     581</td></tr> 
     582<tr> 
     583<td > 
     584<b>termAccession</b>: string  
     585(optional) 
     586</td> 
     587</tr> 
     588<tr><td style="padding-left: 50px;">The accession number assigned to the ontology term in the source ontology. If empty it is assumed to be a locally defined term. 
     589</td></tr> 
     590</table> 
     591<p> 
     592<u>Associations:</u> 
     593<table>  
     594<tr> 
     595<td > 
     596<b>termSource</b>:  
     597OntologySource (1..1) 
     598 
     599</td> 
     600</tr> 
     601<tr><td style="padding-left: 50px;">The source ontology or controlled vocabulary list that ontology terms have been obtained from. One can define a local ontology if needed.</td></tr> 
     602</table> 
     603<p> 
     604<u>Constraints:</u> 
     605<table>  
     606<tr> 
     607<td > 
     608<b>unique(id)</b>:  
     609</td> 
     610</tr> 
     611<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     612Field id is unique within an OntologyTerm. 
     613</td></tr> 
     614<tr> 
     615<td > 
     616<b>unique(termSource, term)</b>:  
     617</td> 
     618</tr> 
     619<tr><td style="padding-left: 50px;"> 
     620the local label of the OntologyTerm is unique within a data set.. 
     621</td></tr> 
     622</p> 
     623</table> 
    80624<h3><a name="data">data</a></h3> 
    81625<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"> 
    … …  
    189733<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
    190734 
    191 <div align="center">Documentation generated on August 20, 2010 by MOLGENIS <a href="http://www.molgenis.org">http://www.molgenis.org</a></div> 
     735<div align="center">Documentation generated on September 8, 2010 by MOLGENIS <a href="http://www.molgenis.org">http://www.molgenis.org</a></div> 
    192736</body></html> 
    193737 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/tabledoc.html

    r3425 r3486  
    5555<h2>Entities:</h2> 
    5656<ol> 
     57<li><a href="#User">User</a> 
     58<li><a href="#Patient">Patient</a> 
     59<li><a href="#Gene">Gene</a> 
     60<li><a href="#OntologySource">OntologySource</a> 
     61<li><a href="#OntologyTerm">OntologyTerm</a> 
    5762<li><a href="#data">data</a> 
     63<li><a href="#Patient_Ontology">Patient_Ontology</a> 
     64<li><a href="#Patient_GenesTested">Patient_GenesTested</a> 
    5865</ol> 
     66<h2>Table: <a name="User">User</a>  
     67</h2> 
     68<p></p> 
     69<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     70        <!-- table header --> 
     71        <tr><th class="tablehead" colspan="6">User 
     72</th></tr>       
     73        <!-- column headers --> 
     74        <tr> 
     75                <th>attribute</th> 
     76                <th>type</th> 
     77                <th>NULL?</th> 
     78                <th>AUTO?</th> 
     79                <th>constraints</th> 
     80                <th>description</th> 
     81        </tr> 
     82         
     83        <!-- all the fields --> 
     84        <tr> 
     85                <td width="150">user_id</td> 
     86                <td width="50">int</td> 
     87                <td width="20">&nbsp;</td> 
     88                <td width="20">Y</td> 
     89                <td width=""> 
     90                &nbsp; 
     91                </td> 
     92                <td>user_id</td> 
     93        </tr> 
     94        <tr> 
     95                <td width="150">loginname</td> 
     96                <td width="50">string</td> 
     97                <td width="20">&nbsp;</td> 
     98                <td width="20">&nbsp;</td> 
     99                <td width=""> 
     100                &nbsp; 
     101                </td> 
     102                <td>loginname</td> 
     103        </tr> 
     104        <tr> 
     105                <td width="150">Firstname</td> 
     106                <td width="50">string</td> 
     107                <td width="20">&nbsp;</td> 
     108                <td width="20">&nbsp;</td> 
     109                <td width=""> 
     110                &nbsp; 
     111                </td> 
     112                <td>Firstname</td> 
     113        </tr> 
     114        <tr> 
     115                <td width="150">Midinitials</td> 
     116                <td width="50">string</td> 
     117                <td width="20">Y</td> 
     118                <td width="20">&nbsp;</td> 
     119                <td width=""> 
     120                &nbsp; 
     121                </td> 
     122                <td>Mid initials</td> 
     123        </tr> 
     124        <tr> 
     125                <td width="150">Lastname</td> 
     126                <td width="50">string</td> 
     127                <td width="20">&nbsp;</td> 
     128                <td width="20">&nbsp;</td> 
     129                <td width=""> 
     130                &nbsp; 
     131                </td> 
     132                <td>Lastname</td> 
     133        </tr> 
     134        <tr> 
     135                <td width="150">Title</td> 
     136                <td width="50">string</td> 
     137                <td width="20">&nbsp;</td> 
     138                <td width="20">&nbsp;</td> 
     139                <td width=""> 
     140                &nbsp; 
     141                </td> 
     142                <td>Title</td> 
     143        </tr> 
     144        <tr> 
     145                <td width="150">Profession</td> 
     146                <td width="50">string</td> 
     147                <td width="20">&nbsp;</td> 
     148                <td width="20">&nbsp;</td> 
     149                <td width=""> 
     150                &nbsp; 
     151                </td> 
     152                <td>Profession</td> 
     153        </tr> 
     154        <tr> 
     155                <td width="150">InstituteHospital</td> 
     156                <td width="50">string</td> 
     157                <td width="20">&nbsp;</td> 
     158                <td width="20">&nbsp;</td> 
     159                <td width=""> 
     160                &nbsp; 
     161                </td> 
     162                <td>Institute/Hospital</td> 
     163        </tr> 
     164        <tr> 
     165                <td width="150">Address</td> 
     166                <td width="50">string</td> 
     167                <td width="20">&nbsp;</td> 
     168                <td width="20">&nbsp;</td> 
     169                <td width=""> 
     170                &nbsp; 
     171                </td> 
     172                <td>Address</td> 
     173        </tr> 
     174        <tr> 
     175                <td width="150">Zipcode</td> 
     176                <td width="50">string</td> 
     177                <td width="20">&nbsp;</td> 
     178                <td width="20">&nbsp;</td> 
     179                <td width=""> 
     180                &nbsp; 
     181                </td> 
     182                <td>Zipcode</td> 
     183        </tr> 
     184        <tr> 
     185                <td width="150">City</td> 
     186                <td width="50">string</td> 
     187                <td width="20">&nbsp;</td> 
     188                <td width="20">&nbsp;</td> 
     189                <td width=""> 
     190                &nbsp; 
     191                </td> 
     192                <td>City</td> 
     193        </tr> 
     194        <tr> 
     195                <td width="150">Country</td> 
     196                <td width="50">string</td> 
     197                <td width="20">&nbsp;</td> 
     198                <td width="20">&nbsp;</td> 
     199                <td width=""> 
     200                &nbsp; 
     201                </td> 
     202                <td>Country</td> 
     203        </tr> 
     204        <tr> 
     205                <td width="150">Phonenumber</td> 
     206                <td width="50">string</td> 
     207                <td width="20">Y</td> 
     208                <td width="20">&nbsp;</td> 
     209                <td width=""> 
     210                &nbsp; 
     211                </td> 
     212                <td>Phonenumber</td> 
     213        </tr> 
     214        <tr> 
     215                <td width="150">Faxnumber</td> 
     216                <td width="50">string</td> 
     217                <td width="20">Y</td> 
     218                <td width="20">&nbsp;</td> 
     219                <td width=""> 
     220                &nbsp; 
     221                </td> 
     222                <td>Faxnumber</td> 
     223        </tr> 
     224        <tr> 
     225                <td width="150">Email</td> 
     226                <td width="50">string</td> 
     227                <td width="20">&nbsp;</td> 
     228                <td width="20">&nbsp;</td> 
     229                <td width=""> 
     230                &nbsp; 
     231                </td> 
     232                <td>Email</td> 
     233        </tr> 
     234         
     235        <!-- all the uniques --> 
     236        <tr> 
     237                <td colspan="5">Primary key(user_id)</td> 
     238                <td>&nbsp;</td> 
     239        </tr> 
     240        <tr> 
     241                <td colspan="5">Secondary key(loginname)</td> 
     242                <td>&nbsp;</td> 
     243        </tr> 
     244        <!-- all the indices --> 
     245         
     246</table> 
     247<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     248<p /> 
     249<h2>Table: <a name="Patient">Patient</a>  
     250</h2> 
     251<p></p> 
     252<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     253        <!-- table header --> 
     254        <tr><th class="tablehead" colspan="6">Patient 
     255</th></tr>       
     256        <!-- column headers --> 
     257        <tr> 
     258                <th>attribute</th> 
     259                <th>type</th> 
     260                <th>NULL?</th> 
     261                <th>AUTO?</th> 
     262                <th>constraints</th> 
     263                <th>description</th> 
     264        </tr> 
     265         
     266        <!-- all the fields --> 
     267        <tr> 
     268                <td width="150">user_id</td> 
     269                <td width="50">xref</td> 
     270                <td width="20">&nbsp;</td> 
     271                <td width="20">&nbsp;</td> 
     272                <td width=""> 
     273                References(User) 
     274                </td> 
     275                <td>user_id</td> 
     276        </tr> 
     277        <tr> 
     278                <td width="150">PatientID</td> 
     279                <td width="50">int</td> 
     280                <td width="20">&nbsp;</td> 
     281                <td width="20">Y</td> 
     282                <td width=""> 
     283                &nbsp; 
     284                </td> 
     285                <td>PatientID</td> 
     286        </tr> 
     287        <tr> 
     288                <td width="150">Ontology</td> 
     289                <td width="50">mref</td> 
     290                <td width="20">&nbsp;</td> 
     291                <td width="20">&nbsp;</td> 
     292                <td width=""> 
     293                References(OntologyTerm) via linktable.  
     294                </td> 
     295                <td>Ontology</td> 
     296        </tr> 
     297        <tr> 
     298                <td width="150">PatientFileNumber</td> 
     299                <td width="50">string</td> 
     300                <td width="20">Y</td> 
     301                <td width="20">&nbsp;</td> 
     302                <td width=""> 
     303                &nbsp; 
     304                </td> 
     305                <td>PatientFileNumber</td> 
     306        </tr> 
     307        <tr> 
     308                <td width="150">Disease</td> 
     309                <td width="50">text</td> 
     310                <td width="20">Y</td> 
     311                <td width="20">&nbsp;</td> 
     312                <td width=""> 
     313                &nbsp; 
     314                </td> 
     315                <td>Disease</td> 
     316        </tr> 
     317        <tr> 
     318                <td width="150">NumberOfFamilyMembersWithThisDisease</td> 
     319                <td width="50">string</td> 
     320                <td width="20">Y</td> 
     321                <td width="20">&nbsp;</td> 
     322                <td width=""> 
     323                &nbsp; 
     324                </td> 
     325                <td>NumberOfFamilyMembersWithThisDisease</td> 
     326        </tr> 
     327        <tr> 
     328                <td width="150">TotalGenerations</td> 
     329                <td width="50">enum</td> 
     330                <td width="20">Y</td> 
     331                <td width="20">&nbsp;</td> 
     332                <td width=""> 
     333                ENUM options: '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', 'unknown' 
     334                </td> 
     335                <td>TotalGenerations</td> 
     336        </tr> 
     337        <tr> 
     338                <td width="150">PossibleGeneticType</td> 
     339                <td width="50">enum</td> 
     340                <td width="20">Y</td> 
     341                <td width="20">&nbsp;</td> 
     342                <td width=""> 
     343                ENUM options: 'AD', 'AR', 'XL', 'Mitochondrial', 'Imprinted', 'Multifact', 'Unknown' 
     344                </td> 
     345                <td>PossibleGeneticType</td> 
     346        </tr> 
     347        <tr> 
     348                <td width="150">Country</td> 
     349                <td width="50">string</td> 
     350                <td width="20">Y</td> 
     351                <td width="20">&nbsp;</td> 
     352                <td width=""> 
     353                &nbsp; 
     354                </td> 
     355                <td>Country</td> 
     356        </tr> 
     357        <tr> 
     358                <td width="150">EtnicBackground</td> 
     359                <td width="50">enum</td> 
     360                <td width="20">Y</td> 
     361                <td width="20">&nbsp;</td> 
     362                <td width=""> 
     363                ENUM options: 'Caucasian', 'Asian', 'African', 'Latin', 'Ashkenasi' 
     364                </td> 
     365                <td>EtnicBackground</td> 
     366        </tr> 
     367        <tr> 
     368                <td width="150">FamilyResearch</td> 
     369                <td width="50">enum</td> 
     370                <td width="20">Y</td> 
     371                <td width="20">&nbsp;</td> 
     372                <td width=""> 
     373                ENUM options: 'Yes', 'No' 
     374                </td> 
     375                <td>FamilyResearch</td> 
     376        </tr> 
     377        <tr> 
     378                <td width="150">hasDNA</td> 
     379                <td width="50">enum</td> 
     380                <td width="20">Y</td> 
     381                <td width="20">&nbsp;</td> 
     382                <td width=""> 
     383                ENUM options: 'yes', 'no', 'unknown' 
     384                </td> 
     385                <td>hasDNA</td> 
     386        </tr> 
     387        <tr> 
     388                <td width="150">hasRNA</td> 
     389                <td width="50">enum</td> 
     390                <td width="20">Y</td> 
     391                <td width="20">&nbsp;</td> 
     392                <td width=""> 
     393                ENUM options: 'yes', 'no', 'unknown' 
     394                </td> 
     395                <td>hasRNA</td> 
     396        </tr> 
     397        <tr> 
     398                <td width="150">DNAFromTissue</td> 
     399                <td width="50">enum</td> 
     400                <td width="20">Y</td> 
     401                <td width="20">&nbsp;</td> 
     402                <td width=""> 
     403                ENUM options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     404                </td> 
     405                <td>DNAFromTissue</td> 
     406        </tr> 
     407        <tr> 
     408                <td width="150">RNAFromTissue</td> 
     409                <td width="50">enum</td> 
     410                <td width="20">Y</td> 
     411                <td width="20">&nbsp;</td> 
     412                <td width=""> 
     413                ENUM options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     414                </td> 
     415                <td>RNAFromTissue</td> 
     416        </tr> 
     417        <tr> 
     418                <td width="150">DNAFromBlood</td> 
     419                <td width="50">enum</td> 
     420                <td width="20">Y</td> 
     421                <td width="20">&nbsp;</td> 
     422                <td width=""> 
     423                ENUM options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     424                </td> 
     425                <td>DNAFromBlood</td> 
     426        </tr> 
     427        <tr> 
     428                <td width="150">CellsAvailable</td> 
     429                <td width="50">enum</td> 
     430                <td width="20">Y</td> 
     431                <td width="20">&nbsp;</td> 
     432                <td width=""> 
     433                ENUM options: 'Fibroblasten', 'EBV immortalized lymphocytes', 'Unknown' 
     434                </td> 
     435                <td>CellsAvailable</td> 
     436        </tr> 
     437        <tr> 
     438                <td width="150">ChromosomalResearch</td> 
     439                <td width="50">enum</td> 
     440                <td width="20">Y</td> 
     441                <td width="20">&nbsp;</td> 
     442                <td width=""> 
     443                ENUM options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     444                </td> 
     445                <td>ChromosomalResearch</td> 
     446        </tr> 
     447        <tr> 
     448                <td width="150">WGA</td> 
     449                <td width="50">enum</td> 
     450                <td width="20">Y</td> 
     451                <td width="20">&nbsp;</td> 
     452                <td width=""> 
     453                ENUM options: 'Yes', 'No', 'Unknown' 
     454                </td> 
     455                <td>WGA</td> 
     456        </tr> 
     457        <tr> 
     458                <td width="150">LiteratureRef</td> 
     459                <td width="50">string</td> 
     460                <td width="20">Y</td> 
     461                <td width="20">&nbsp;</td> 
     462                <td width=""> 
     463                &nbsp; 
     464                </td> 
     465                <td>LiteratureRef</td> 
     466        </tr> 
     467        <tr> 
     468                <td width="150">Pedigree</td> 
     469                <td width="50">file</td> 
     470                <td width="20">Y</td> 
     471                <td width="20">&nbsp;</td> 
     472                <td width=""> 
     473                &nbsp; 
     474                </td> 
     475                <td>Pedigree</td> 
     476        </tr> 
     477        <tr> 
     478                <td width="150">GenesTested</td> 
     479                <td width="50">mref</td> 
     480                <td width="20">Y</td> 
     481                <td width="20">&nbsp;</td> 
     482                <td width=""> 
     483                References(Gene) via linktable.  
     484                </td> 
     485                <td>GenesTested</td> 
     486        </tr> 
     487        <tr> 
     488                <td width="150">FreeText</td> 
     489                <td width="50">text</td> 
     490                <td width="20">Y</td> 
     491                <td width="20">&nbsp;</td> 
     492                <td width=""> 
     493                &nbsp; 
     494                </td> 
     495                <td>FreeText</td> 
     496        </tr> 
     497        <tr> 
     498                <td width="150">SelectFreeText</td> 
     499                <td width="50">text</td> 
     500                <td width="20">Y</td> 
     501                <td width="20">&nbsp;</td> 
     502                <td width=""> 
     503                &nbsp; 
     504                </td> 
     505                <td>SelectFreeText</td> 
     506        </tr> 
     507         
     508        <!-- all the uniques --> 
     509        <tr> 
     510                <td colspan="5">Primary key(PatientID)</td> 
     511                <td>&nbsp;</td> 
     512        </tr> 
     513        <!-- all the indices --> 
     514         
     515</table> 
     516<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     517<p /> 
     518<h2>Table: <a name="Gene">Gene</a>  
     519</h2> 
     520<p></p> 
     521<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     522        <!-- table header --> 
     523        <tr><th class="tablehead" colspan="6">Gene 
     524</th></tr>       
     525        <!-- column headers --> 
     526        <tr> 
     527                <th>attribute</th> 
     528                <th>type</th> 
     529                <th>NULL?</th> 
     530                <th>AUTO?</th> 
     531                <th>constraints</th> 
     532                <th>description</th> 
     533        </tr> 
     534         
     535        <!-- all the fields --> 
     536        <tr> 
     537                <td width="150">id</td> 
     538                <td width="50">int</td> 
     539                <td width="20">&nbsp;</td> 
     540                <td width="20">Y</td> 
     541                <td width=""> 
     542                &nbsp; 
     543                </td> 
     544                <td>id</td> 
     545        </tr> 
     546        <tr> 
     547                <td width="150">GeneName</td> 
     548                <td width="50">string</td> 
     549                <td width="20">&nbsp;</td> 
     550                <td width="20">&nbsp;</td> 
     551                <td width=""> 
     552                &nbsp; 
     553                </td> 
     554                <td>GeneName</td> 
     555        </tr> 
     556        <tr> 
     557                <td width="150">chromosomeLocation</td> 
     558                <td width="50">string</td> 
     559                <td width="20">&nbsp;</td> 
     560                <td width="20">&nbsp;</td> 
     561                <td width=""> 
     562                &nbsp; 
     563                </td> 
     564                <td>chromosomeLocation</td> 
     565        </tr> 
     566        <tr> 
     567                <td width="150">geneDescription</td> 
     568                <td width="50">text</td> 
     569                <td width="20">&nbsp;</td> 
     570                <td width="20">&nbsp;</td> 
     571                <td width=""> 
     572                &nbsp; 
     573                </td> 
     574                <td>geneDescription</td> 
     575        </tr> 
     576         
     577        <!-- all the uniques --> 
     578        <tr> 
     579                <td colspan="5">Primary key(id)</td> 
     580                <td>&nbsp;</td> 
     581        </tr> 
     582        <tr> 
     583                <td colspan="5">Secondary key(GeneName)</td> 
     584                <td>&nbsp;</td> 
     585        </tr> 
     586        <!-- all the indices --> 
     587         
     588</table> 
     589<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     590<p /> 
     591<h2>Table: <a name="OntologySource">OntologySource</a>  
     592</h2> 
     593<p> 
     594                The OntologySource class defines a reference to a an existing 
     595                ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable 
     596                (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use 
     597                of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic 
     598                descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, 
     599                MAGE-TAB::TermSourceREF. 
     600             
     601</p> 
     602<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     603        <!-- table header --> 
     604        <tr><th class="tablehead" colspan="6">OntologySource 
     605</th></tr>       
     606        <!-- column headers --> 
     607        <tr> 
     608                <th>attribute</th> 
     609                <th>type</th> 
     610                <th>NULL?</th> 
     611                <th>AUTO?</th> 
     612                <th>constraints</th> 
     613                <th>description</th> 
     614        </tr> 
     615         
     616        <!-- all the fields --> 
     617        <tr> 
     618                <td width="150">id</td> 
     619                <td width="50">int</td> 
     620                <td width="20">&nbsp;</td> 
     621                <td width="20">Y</td> 
     622                <td width=""> 
     623                &nbsp; 
     624                </td> 
     625                <td>id</td> 
     626        </tr> 
     627        <tr> 
     628                <td width="150">name</td> 
     629                <td width="50">string</td> 
     630                <td width="20">&nbsp;</td> 
     631                <td width="20">&nbsp;</td> 
     632                <td width=""> 
     633                &nbsp; 
     634                </td> 
     635                <td>name</td> 
     636        </tr> 
     637         
     638        <!-- all the uniques --> 
     639        <tr> 
     640                <td colspan="5">Primary key(id)</td> 
     641                <td>&nbsp;</td> 
     642        </tr> 
     643        <tr> 
     644                <td colspan="5">Secondary key(name)</td> 
     645                <td>&nbsp;</td> 
     646        </tr> 
     647        <!-- all the indices --> 
     648         
     649</table> 
     650<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     651<p /> 
     652<h2>Table: <a name="OntologyTerm">OntologyTerm</a>  
     653</h2> 
     654<p> 
     655                The OntologyTerm class defines references to a single entry 
     656                from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to 
     657                this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a 
     658                local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 
     659                'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms 
     660                locally in which case there is no formal accession for the term. In those 
     661                cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps 
     662                to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to 
     663                model terms. 
     664             
     665</p> 
     666<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     667        <!-- table header --> 
     668        <tr><th class="tablehead" colspan="6">OntologyTerm 
     669</th></tr>       
     670        <!-- column headers --> 
     671        <tr> 
     672                <th>attribute</th> 
     673                <th>type</th> 
     674                <th>NULL?</th> 
     675                <th>AUTO?</th> 
     676                <th>constraints</th> 
     677                <th>description</th> 
     678        </tr> 
     679         
     680        <!-- all the fields --> 
     681        <tr> 
     682                <td width="150">id</td> 
     683                <td width="50">int</td> 
     684                <td width="20">&nbsp;</td> 
     685                <td width="20">Y</td> 
     686                <td width=""> 
     687                &nbsp; 
     688                </td> 
     689                <td>id</td> 
     690        </tr> 
     691        <tr> 
     692                <td width="150">term</td> 
     693                <td width="50">string</td> 
     694                <td width="20">&nbsp;</td> 
     695                <td width="20">&nbsp;</td> 
     696                <td width=""> 
     697                &nbsp; 
     698                </td> 
     699                <td>The ontology term itself, also known as the 'local name' in some ontologies.</td> 
     700        </tr> 
     701        <tr> 
     702                <td width="150">description</td> 
     703                <td width="50">text</td> 
     704                <td width="20">Y</td> 
     705                <td width="20">&nbsp;</td> 
     706                <td width=""> 
     707                &nbsp; 
     708                </td> 
     709                <td>Definition of the term.</td> 
     710        </tr> 
     711        <tr> 
     712                <td width="150">termAccession</td> 
     713                <td width="50">string</td> 
     714                <td width="20">Y</td> 
     715                <td width="20">&nbsp;</td> 
     716                <td width=""> 
     717                &nbsp; 
     718                </td> 
     719                <td>The accession number assigned to the ontology term in the source ontology. If empty it is assumed to be a locally defined term.</td> 
     720        </tr> 
     721        <tr> 
     722                <td width="150">termSource</td> 
     723                <td width="50">xref</td> 
     724                <td width="20">&nbsp;</td> 
     725                <td width="20">&nbsp;</td> 
     726                <td width=""> 
     727                References(OntologySource) 
     728                </td> 
     729                <td>The source ontology or controlled vocabulary list that ontology terms have been obtained from. One can define a local ontology if needed.</td> 
     730        </tr> 
     731         
     732        <!-- all the uniques --> 
     733        <tr> 
     734                <td colspan="5">Primary key(id)</td> 
     735                <td>&nbsp;</td> 
     736        </tr> 
     737        <tr> 
     738                <td colspan="5">Secondary key(termSource, term)</td> 
     739                <td>&nbsp;</td> 
     740        </tr> 
     741        <!-- all the indices --> 
     742         
     743</table> 
     744<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     745<p /> 
    59746<h2>Table: <a name="data">data</a>  
    60747</h2> 
    … …  
    196883<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
    197884<p /> 
     885<h2>Table: <a name="Patient_Ontology">Patient_Ontology</a>  
     886</h2> 
     887<p>Link table for many-to-many relationship 'Patient.Ontology'.</p> 
     888<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     889        <!-- table header --> 
     890        <tr><th class="tablehead" colspan="6">Patient_Ontology 
     891</th></tr>       
     892        <!-- column headers --> 
     893        <tr> 
     894                <th>attribute</th> 
     895                <th>type</th> 
     896                <th>NULL?</th> 
     897                <th>AUTO?</th> 
     898                <th>constraints</th> 
     899                <th>description</th> 
     900        </tr> 
     901         
     902        <!-- all the fields --> 
     903        <tr> 
     904                <td width="150">autoid</td> 
     905                <td width="50">int</td> 
     906                <td width="20">&nbsp;</td> 
     907                <td width="20">Y</td> 
     908                <td width=""> 
     909                &nbsp; 
     910                </td> 
     911                <td>automatic id field to ensure ordering of mrefs</td> 
     912        </tr> 
     913        <tr> 
     914                <td width="150">Ontology</td> 
     915                <td width="50">xref</td> 
     916                <td width="20">&nbsp;</td> 
     917                <td width="20">&nbsp;</td> 
     918                <td width=""> 
     919                References(OntologyTerm) 
     920                </td> 
     921                <td></td> 
     922        </tr> 
     923        <tr> 
     924                <td width="150">Patient</td> 
     925                <td width="50">xref</td> 
     926                <td width="20">&nbsp;</td> 
     927                <td width="20">&nbsp;</td> 
     928                <td width=""> 
     929                References(Patient) 
     930                </td> 
     931                <td></td> 
     932        </tr> 
     933         
     934        <!-- all the uniques --> 
     935        <tr> 
     936                <td colspan="5">Primary key(autoid)</td> 
     937                <td>&nbsp;</td> 
     938        </tr> 
     939        <tr> 
     940                <td colspan="5">Secondary key(Ontology, Patient)</td> 
     941                <td>&nbsp;</td> 
     942        </tr> 
     943        <!-- all the indices --> 
     944         
     945</table> 
     946<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     947<p /> 
     948<h2>Table: <a name="Patient_GenesTested">Patient_GenesTested</a>  
     949</h2> 
     950<p>Link table for many-to-many relationship 'Patient.GenesTested'.</p> 
     951<table width="100%" cellspacing="0" border="1" bordercolor="#000000"> 
     952        <!-- table header --> 
     953        <tr><th class="tablehead" colspan="6">Patient_GenesTested 
     954</th></tr>       
     955        <!-- column headers --> 
     956        <tr> 
     957                <th>attribute</th> 
     958                <th>type</th> 
     959                <th>NULL?</th> 
     960                <th>AUTO?</th> 
     961                <th>constraints</th> 
     962                <th>description</th> 
     963        </tr> 
     964         
     965        <!-- all the fields --> 
     966        <tr> 
     967                <td width="150">autoid</td> 
     968                <td width="50">int</td> 
     969                <td width="20">&nbsp;</td> 
     970                <td width="20">Y</td> 
     971                <td width=""> 
     972                &nbsp; 
     973                </td> 
     974                <td>automatic id field to ensure ordering of mrefs</td> 
     975        </tr> 
     976        <tr> 
     977                <td width="150">GenesTested</td> 
     978                <td width="50">xref</td> 
     979                <td width="20">&nbsp;</td> 
     980                <td width="20">&nbsp;</td> 
     981                <td width=""> 
     982                References(Gene) 
     983                </td> 
     984                <td></td> 
     985        </tr> 
     986        <tr> 
     987                <td width="150">Patient</td> 
     988                <td width="50">xref</td> 
     989                <td width="20">&nbsp;</td> 
     990                <td width="20">&nbsp;</td> 
     991                <td width=""> 
     992                References(Patient) 
     993                </td> 
     994                <td></td> 
     995        </tr> 
     996         
     997        <!-- all the uniques --> 
     998        <tr> 
     999                <td colspan="5">Primary key(autoid)</td> 
     1000                <td>&nbsp;</td> 
     1001        </tr> 
     1002        <tr> 
     1003                <td colspan="5">Secondary key(GenesTested, Patient)</td> 
     1004                <td>&nbsp;</td> 
     1005        </tr> 
     1006        <!-- all the indices --> 
     1007         
     1008</table> 
     1009<a href="#_top_of_page">go to top</a> 
     1010<p /> 
    1981011 
    1991012</body></html> 

  • biobank_search/WebContent/generated-doc/textUML.txt

    r3425 r3486  
    1414 
    1515package biobank_search; 
     16 
     17(**) 
     18class User 
     19  attribute user_id : dataType::int; 
     20  attribute loginname : dataType::string; 
     21  attribute Firstname : dataType::string; 
     22  attribute Midinitials : dataType::string; 
     23  attribute Lastname : dataType::string; 
     24  attribute Title : dataType::string; 
     25  attribute Profession : dataType::string; 
     26  attribute InstituteHospital : dataType::string; 
     27  attribute Address : dataType::string; 
     28  attribute Zipcode : dataType::string; 
     29  attribute City : dataType::string; 
     30  attribute Country : dataType::string; 
     31  attribute Phonenumber : dataType::string; 
     32  attribute Faxnumber : dataType::string; 
     33  attribute Email : dataType::string; 
     34end; 
     35 
     36(**) 
     37class Patient 
     38  attribute PatientID : dataType::int; 
     39  attribute PatientFileNumber : dataType::string; 
     40  attribute Disease : dataType::text; 
     41  attribute NumberOfFamilyMembersWithThisDisease : dataType::string; 
     42  attribute TotalGenerations : dataType::enum; 
     43  attribute PossibleGeneticType : dataType::enum; 
     44  attribute Country : dataType::string; 
     45  attribute EtnicBackground : dataType::enum; 
     46  attribute FamilyResearch : dataType::enum; 
     47  attribute hasDNA : dataType::enum; 
     48  attribute hasRNA : dataType::enum; 
     49  attribute DNAFromTissue : dataType::enum; 
     50  attribute RNAFromTissue : dataType::enum; 
     51  attribute DNAFromBlood : dataType::enum; 
     52  attribute CellsAvailable : dataType::enum; 
     53  attribute ChromosomalResearch : dataType::enum; 
     54  attribute WGA : dataType::enum; 
     55  attribute LiteratureRef : dataType::string; 
     56  attribute Pedigree : dataType::file; 
     57  attribute FreeText : dataType::text; 
     58  attribute SelectFreeText : dataType::text; 
     59end; 
     60 
     61(**) 
     62class Gene 
     63  attribute id : dataType::int; 
     64  attribute GeneName : dataType::string; 
     65  attribute chromosomeLocation : dataType::string; 
     66  attribute geneDescription : dataType::text; 
     67end; 
     68 
     69(*The OntologySource class defines a reference to a an existing 
     70                ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable 
     71                (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use 
     72                of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic 
     73                descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, 
     74                MAGE-TAB::TermSourceREF.*) 
     75class OntologySource 
     76  attribute id : dataType::int; 
     77  attribute name : dataType::string; 
     78end; 
     79 
     80(*The OntologyTerm class defines references to a single entry 
     81                from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to 
     82                this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a 
     83                local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 
     84                'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms 
     85                locally in which case there is no formal accession for the term. In those 
     86                cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps 
     87                to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to 
     88                model terms.*) 
     89class OntologyTerm 
     90  attribute id : dataType::int; 
     91  attribute term : dataType::string; 
     92  attribute description : dataType::text; 
     93  attribute termAccession : dataType::string; 
     94end; 
    1695 
    1796(**) 

  • biobank_search/generated/java/app/CsvExport.java

    r3425 r3486  
    11 
    2 /* Date:        August 20, 2010 
     2/* Date:        September 8, 2010 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.csv.CsvExportGen 3.3.2-testing 
    … …  
    2626import org.molgenis.util.CsvFileWriter; 
    2727 
     28import biobank_search.User; 
     29 
     30import biobank_search.User; 
     31import biobank_search.OntologyTerm; 
     32import biobank_search.Patient_Ontology; 
     33import biobank_search.Gene; 
     34import biobank_search.Patient_GenesTested; 
     35import biobank_search.Patient; 
     36 
     37import biobank_search.Gene; 
     38 
     39import biobank_search.OntologySource; 
     40 
     41import biobank_search.OntologySource; 
     42import biobank_search.OntologyTerm; 
     43 
    2844import biobank_search.Data; 
    2945 
    … …  
    7894        public void exportAll(File directory, Database db, boolean skipAutoId, QueryRule ... rules) throws Exception 
    7995        {                                
     96                exportUser(db, new File(directory+"/user.txt"), skipAutoId ? Arrays.asList(new String[]{"loginname","Firstname","Midinitials","Lastname","Title","Profession","InstituteHospital","Address","Zipcode","City","Country","Phonenumber","Faxnumber","Email"}) : null, rules);               
     97                exportOntologySource(db, new File(directory+"/ontologysource.txt"), skipAutoId ? Arrays.asList(new String[]{"name"}) : null, rules);             
     98                exportGene(db, new File(directory+"/gene.txt"), skipAutoId ? Arrays.asList(new String[]{"GeneName","chromosomeLocation","geneDescription"}) : null, rules);              
     99                exportOntologyTerm(db, new File(directory+"/ontologyterm.txt"), skipAutoId ? Arrays.asList(new String[]{"term","description","termAccession","termSource_name"}) : null, rules);                 
     100                exportPatient(db, new File(directory+"/patient.txt"), skipAutoId ? Arrays.asList(new String[]{"user_id_loginname","Ontology_term","PatientFileNumber","Disease","NumberOfFamilyMembersWithThisDisease","TotalGenerations","PossibleGeneticType","Country","EtnicBackground","FamilyResearch","hasDNA","hasRNA","DNAFromTissue","RNAFromTissue","DNAFromBlood","CellsAvailable","ChromosomalResearch","WGA","LiteratureRef","Pedigree","GenesTested_GeneName","FreeText","SelectFreeText"}) : null, rules);               
    80101                exportData(db, new File(directory+"/data.txt"), skipAutoId ? Arrays.asList(new String[]{"name","investigation","inv_name","description","ontologyReference","ontologyReference_ontology_name","ontologyReference_term","unit","unit_ontology_name","unit_term"}) : null, rules);                 
    81102                         
    … …  
    87108                for(List l: entityLists) if(l.size()>0) 
    88109                { 
     110                        if(l.get(0).getClass().equals(User.class)) 
     111                                exportUser(l, new File(directory+"/user.txt"));          
     112                        if(l.get(0).getClass().equals(OntologySource.class)) 
     113                                exportOntologySource(l, new File(directory+"/ontologysource.txt"));              
     114                        if(l.get(0).getClass().equals(Gene.class)) 
     115                                exportGene(l, new File(directory+"/gene.txt"));          
     116                        if(l.get(0).getClass().equals(OntologyTerm.class)) 
     117                                exportOntologyTerm(l, new File(directory+"/ontologyterm.txt"));          
     118                        if(l.get(0).getClass().equals(Patient.class)) 
     119                                exportPatient(l, new File(directory+"/patient.txt"));            
    89120                        if(l.get(0).getClass().equals(Data.class)) 
    90121                                exportData(l, new File(directory+"/data.txt"));          
    … …  
    119150 
    120151        /** 
     152         *      export User to file. 
     153         *  @param db the database to export from. 
     154         *  @param f the file to export to. 
     155         */ 
     156        public void exportUser(Database db, File f, List<String> fieldsToExport, QueryRule ... rules) throws DatabaseException, IOException, ParseException, MolgenisModelException 
     157        { 
     158                if(db.count(User.class) > 0) 
     159                { 
     160                         
     161                        Query query = db.query(User.class); 
     162                         
     163                        QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("User"), rules); 
     164                        query.addRules(newRules); 
     165                        int count = query.count(); 
     166                        if(count > 0){ 
     167                                CsvFileWriter userWriter = new CsvFileWriter(f); 
     168                                query.find(userWriter, fieldsToExport); 
     169                                userWriter.close(); 
     170                        } 
     171                } 
     172        } 
     173         
     174        public void exportUser(List<User> entities, File file) throws IOException 
     175        { 
     176                if(entities.size()>0) 
     177                { 
     178                        //filter nulls 
     179                        List<String> fields = entities.get(0).getFields(); 
     180                        List<String> notNulls = new ArrayList<String>(); 
     181                         
     182                        for(String f: fields) 
     183                        { 
     184                                for(User e: entities) 
     185                                { 
     186                                        if(e.get(f) != null) notNulls.add(f); 
     187                                        break; 
     188                                } 
     189                        }                        
     190                         
     191                        //write 
     192                        CsvFileWriter userWriter = new CsvFileWriter(file, notNulls); 
     193                        userWriter.writeHeader(); 
     194                        for(User e: entities) 
     195                        { 
     196                                userWriter.writeRow(e); 
     197                        } 
     198                        userWriter.close(); 
     199                } 
     200        } 
     201        /** 
     202         *      export OntologySource to file. 
     203         *  @param db the database to export from. 
     204         *  @param f the file to export to. 
     205         */ 
     206        public void exportOntologySource(Database db, File f, List<String> fieldsToExport, QueryRule ... rules) throws DatabaseException, IOException, ParseException, MolgenisModelException 
     207        { 
     208                if(db.count(OntologySource.class) > 0) 
     209                { 
     210                         
     211                        Query query = db.query(OntologySource.class); 
     212                         
     213                        QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("OntologySource"), rules); 
     214                        query.addRules(newRules); 
     215                        int count = query.count(); 
     216                        if(count > 0){ 
     217                                CsvFileWriter ontologySourceWriter = new CsvFileWriter(f); 
     218                                query.find(ontologySourceWriter, fieldsToExport); 
     219                                ontologySourceWriter.close(); 
     220                        } 
     221                } 
     222        } 
     223         
     224        public void exportOntologySource(List<OntologySource> entities, File file) throws IOException 
     225        { 
     226                if(entities.size()>0) 
     227                { 
     228                        //filter nulls 
     229                        List<String> fields = entities.get(0).getFields(); 
     230                        List<String> notNulls = new ArrayList<String>(); 
     231                         
     232                        for(String f: fields) 
     233                        { 
     234                                for(OntologySource e: entities) 
     235                                { 
     236                                        if(e.get(f) != null) notNulls.add(f); 
     237                                        break; 
     238                                } 
     239                        }                        
     240                         
     241                        //write 
     242                        CsvFileWriter ontologySourceWriter = new CsvFileWriter(file, notNulls); 
     243                        ontologySourceWriter.writeHeader(); 
     244                        for(OntologySource e: entities) 
     245                        { 
     246                                ontologySourceWriter.writeRow(e); 
     247                        } 
     248                        ontologySourceWriter.close(); 
     249                } 
     250        } 
     251        /** 
     252         *      export Gene to file. 
     253         *  @param db the database to export from. 
     254         *  @param f the file to export to. 
     255         */ 
     256        public void exportGene(Database db, File f, List<String> fieldsToExport, QueryRule ... rules) throws DatabaseException, IOException, ParseException, MolgenisModelException 
     257        { 
     258                if(db.count(Gene.class) > 0) 
     259                { 
     260                         
     261                        Query query = db.query(Gene.class); 
     262                         
     263                        QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("Gene"), rules); 
     264                        query.addRules(newRules); 
     265                        int count = query.count(); 
     266                        if(count > 0){ 
     267                                CsvFileWriter geneWriter = new CsvFileWriter(f); 
     268                                query.find(geneWriter, fieldsToExport); 
     269                                geneWriter.close(); 
     270                        } 
     271                } 
     272        } 
     273         
     274        public void exportGene(List<Gene> entities, File file) throws IOException 
     275        { 
     276                if(entities.size()>0) 
     277                { 
     278                        //filter nulls 
     279                        List<String> fields = entities.get(0).getFields(); 
     280                        List<String> notNulls = new ArrayList<String>(); 
     281                         
     282                        for(String f: fields) 
     283                        { 
     284                                for(Gene e: entities) 
     285                                { 
     286                                        if(e.get(f) != null) notNulls.add(f); 
     287                                        break; 
     288                                } 
     289                        }                        
     290                         
     291                        //write 
     292                        CsvFileWriter geneWriter = new CsvFileWriter(file, notNulls); 
     293                        geneWriter.writeHeader(); 
     294                        for(Gene e: entities) 
     295                        { 
     296                                geneWriter.writeRow(e); 
     297                        } 
     298                        geneWriter.close(); 
     299                } 
     300        } 
     301        /** 
     302         *      export OntologyTerm to file. 
     303         *  @param db the database to export from. 
     304         *  @param f the file to export to. 
     305         */ 
     306        public void exportOntologyTerm(Database db, File f, List<String> fieldsToExport, QueryRule ... rules) throws DatabaseException, IOException, ParseException, MolgenisModelException 
     307        { 
     308                if(db.count(OntologyTerm.class) > 0) 
     309                { 
     310                         
     311                        Query query = db.query(OntologyTerm.class); 
     312                         
     313                        QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("OntologyTerm"), rules); 
     314                        query.addRules(newRules); 
     315                        int count = query.count(); 
     316                        if(count > 0){ 
     317                                CsvFileWriter ontologyTermWriter = new CsvFileWriter(f); 
     318                                query.find(ontologyTermWriter, fieldsToExport); 
     319                                ontologyTermWriter.close(); 
     320                        } 
     321                } 
     322        } 
     323         
     324        public void exportOntologyTerm(List<OntologyTerm> entities, File file) throws IOException 
     325        { 
     326                if(entities.size()>0) 
     327                { 
     328                        //filter nulls 
     329                        List<String> fields = entities.get(0).getFields(); 
     330                        List<String> notNulls = new ArrayList<String>(); 
     331                         
     332                        for(String f: fields) 
     333                        { 
     334                                for(OntologyTerm e: entities) 
     335                                { 
     336                                        if(e.get(f) != null) notNulls.add(f); 
     337                                        break; 
     338                                } 
     339                        }                        
     340                         
     341                        //write 
     342                        CsvFileWriter ontologyTermWriter = new CsvFileWriter(file, notNulls); 
     343                        ontologyTermWriter.writeHeader(); 
     344                        for(OntologyTerm e: entities) 
     345                        { 
     346                                ontologyTermWriter.writeRow(e); 
     347                        } 
     348                        ontologyTermWriter.close(); 
     349                } 
     350        } 
     351        /** 
     352         *      export Patient to file. 
     353         *  @param db the database to export from. 
     354         *  @param f the file to export to. 
     355         */ 
     356        public void exportPatient(Database db, File f, List<String> fieldsToExport, QueryRule ... rules) throws DatabaseException, IOException, ParseException, MolgenisModelException 
     357        { 
     358                if(db.count(Patient.class) > 0) 
     359                { 
     360                         
     361                        Query query = db.query(Patient.class); 
     362                         
     363                        QueryRule[] newRules = matchQueryRulesToEntity(db.getMetaData().getEntity("Patient"), rules); 
     364                        query.addRules(newRules); 
     365                        int count = query.count(); 
     366                        if(count > 0){ 
     367                                CsvFileWriter patientWriter = new CsvFileWriter(f); 
     368                                query.find(patientWriter, fieldsToExport); 
     369                                patientWriter.close(); 
     370                        } 
     371                } 
     372        } 
     373         
     374        public void exportPatient(List<Patient> entities, File file) throws IOException 
     375        { 
     376                if(entities.size()>0) 
     377                { 
     378                        //filter nulls 
     379                        List<String> fields = entities.get(0).getFields(); 
     380                        List<String> notNulls = new ArrayList<String>(); 
     381                         
     382                        for(String f: fields) 
     383                        { 
     384                                for(Patient e: entities) 
     385                                { 
     386                                        if(e.get(f) != null) notNulls.add(f); 
     387                                        break; 
     388                                } 
     389                        }                        
     390                         
     391                        //write 
     392                        CsvFileWriter patientWriter = new CsvFileWriter(file, notNulls); 
     393                        patientWriter.writeHeader(); 
     394                        for(Patient e: entities) 
     395                        { 
     396                                patientWriter.writeRow(e); 
     397                        } 
     398                        patientWriter.close(); 
     399                } 
     400        } 
     401        /** 
    121402         *      export Data to file. 
    122403         *  @param db the database to export from. 

  • biobank_search/generated/java/app/CsvImport.java

    r3425 r3486  
    11 
    2 /* Date:        August 20, 2010 
     2/* Date:        September 8, 2010 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.csv.CsvImportGen 3.3.2-testing 
    … …  
    3232import org.molgenis.framework.db.CsvToDatabase.ImportResult; 
    3333 
     34import biobank_search.csv.UserCsvReader; 
     35import biobank_search.csv.PatientCsvReader; 
     36import biobank_search.csv.GeneCsvReader; 
     37import biobank_search.csv.OntologySourceCsvReader; 
     38import biobank_search.csv.OntologyTermCsvReader; 
    3439import biobank_search.csv.DataCsvReader; 
     40import biobank_search.csv.Patient_OntologyCsvReader; 
     41import biobank_search.csv.Patient_GenesTestedCsvReader; 
    3542 
    3643public class CsvImport 
    … …  
    8693                        { 
    8794                                //reverse xref dependency order for remove 
     95                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_genestested"))) 
     96                                { 
     97                                        try { 
     98                                                int count = new Patient_GenesTestedCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/patient_genestested.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     99                                                result.getProgressLog().add("patient_genestested"); 
     100                                                result.getMessages().put("patient_genestested", "evaluated "+count+" patient_genestested elements"); 
     101                                        } catch (Exception e) { 
     102                                                result.setErrorItem("patient_genestested"); 
     103                                                result.getMessages().put("patient_genestested", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     104                                                throw e; 
     105                                        } 
     106                                } 
     107                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_ontology"))) 
     108                                { 
     109                                        try { 
     110                                                int count = new Patient_OntologyCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/patient_ontology.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     111                                                result.getProgressLog().add("patient_ontology"); 
     112                                                result.getMessages().put("patient_ontology", "evaluated "+count+" patient_ontology elements"); 
     113                                        } catch (Exception e) { 
     114                                                result.setErrorItem("patient_ontology"); 
     115                                                result.getMessages().put("patient_ontology", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     116                                                throw e; 
     117                                        } 
     118                                } 
    88119                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("data"))) 
    89120                                { 
    … …  
    95126                                                result.setErrorItem("data"); 
    96127                                                result.getMessages().put("data", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     128                                                throw e; 
     129                                        } 
     130                                } 
     131                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient"))) 
     132                                { 
     133                                        try { 
     134                                                int count = new PatientCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/patient.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     135                                                result.getProgressLog().add("patient"); 
     136                                                result.getMessages().put("patient", "evaluated "+count+" patient elements"); 
     137                                        } catch (Exception e) { 
     138                                                result.setErrorItem("patient"); 
     139                                                result.getMessages().put("patient", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     140                                                throw e; 
     141                                        } 
     142                                } 
     143                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologyterm"))) 
     144                                { 
     145                                        try { 
     146                                                int count = new OntologyTermCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/ontologyterm.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     147                                                result.getProgressLog().add("ontologyterm"); 
     148                                                result.getMessages().put("ontologyterm", "evaluated "+count+" ontologyterm elements"); 
     149                                        } catch (Exception e) { 
     150                                                result.setErrorItem("ontologyterm"); 
     151                                                result.getMessages().put("ontologyterm", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     152                                                throw e; 
     153                                        } 
     154                                } 
     155                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("gene"))) 
     156                                { 
     157                                        try { 
     158                                                int count = new GeneCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/gene.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     159                                                result.getProgressLog().add("gene"); 
     160                                                result.getMessages().put("gene", "evaluated "+count+" gene elements"); 
     161                                        } catch (Exception e) { 
     162                                                result.setErrorItem("gene"); 
     163                                                result.getMessages().put("gene", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     164                                                throw e; 
     165                                        } 
     166                                } 
     167                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologysource"))) 
     168                                { 
     169                                        try { 
     170                                                int count = new OntologySourceCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/ontologysource.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     171                                                result.getProgressLog().add("ontologysource"); 
     172                                                result.getMessages().put("ontologysource", "evaluated "+count+" ontologysource elements"); 
     173                                        } catch (Exception e) { 
     174                                                result.setErrorItem("ontologysource"); 
     175                                                result.getMessages().put("ontologysource", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     176                                                throw e; 
     177                                        } 
     178                                } 
     179                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("user"))) 
     180                                { 
     181                                        try { 
     182                                                int count = new UserCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/user.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     183                                                result.getProgressLog().add("user"); 
     184                                                result.getMessages().put("user", "evaluated "+count+" user elements"); 
     185                                        } catch (Exception e) { 
     186                                                result.setErrorItem("user"); 
     187                                                result.getMessages().put("user", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
    97188                                                throw e; 
    98189                                        } 
    … …  
    102193                        { 
    103194                                //follow xref dependency order 
     195                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("user"))) 
     196                                { 
     197                                        try { 
     198                                                int count = new UserCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/user.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     199                                                result.getProgressLog().add("user"); 
     200                                                result.getMessages().put("user",  "evaluated "+count+" user elements"); 
     201                                        } catch (Exception e) { 
     202                                                result.setErrorItem("user"); 
     203                                                result.getMessages().put("user", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     204                                                throw e; 
     205                                        }                                        
     206                                } 
     207                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologysource"))) 
     208                                { 
     209                                        try { 
     210                                                int count = new OntologySourceCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/ontologysource.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     211                                                result.getProgressLog().add("ontologysource"); 
     212                                                result.getMessages().put("ontologysource",  "evaluated "+count+" ontologysource elements"); 
     213                                        } catch (Exception e) { 
     214                                                result.setErrorItem("ontologysource"); 
     215                                                result.getMessages().put("ontologysource", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     216                                                throw e; 
     217                                        }                                        
     218                                } 
     219                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("gene"))) 
     220                                { 
     221                                        try { 
     222                                                int count = new GeneCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/gene.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     223                                                result.getProgressLog().add("gene"); 
     224                                                result.getMessages().put("gene",  "evaluated "+count+" gene elements"); 
     225                                        } catch (Exception e) { 
     226                                                result.setErrorItem("gene"); 
     227                                                result.getMessages().put("gene", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     228                                                throw e; 
     229                                        }                                        
     230                                } 
     231                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologyterm"))) 
     232                                { 
     233                                        try { 
     234                                                int count = new OntologyTermCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/ontologyterm.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     235                                                result.getProgressLog().add("ontologyterm"); 
     236                                                result.getMessages().put("ontologyterm",  "evaluated "+count+" ontologyterm elements"); 
     237                                        } catch (Exception e) { 
     238                                                result.setErrorItem("ontologyterm"); 
     239                                                result.getMessages().put("ontologyterm", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     240                                                throw e; 
     241                                        }                                        
     242                                } 
     243                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient"))) 
     244                                { 
     245                                        try { 
     246                                                int count = new PatientCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/patient.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     247                                                result.getProgressLog().add("patient"); 
     248                                                result.getMessages().put("patient",  "evaluated "+count+" patient elements"); 
     249                                        } catch (Exception e) { 
     250                                                result.setErrorItem("patient"); 
     251                                                result.getMessages().put("patient", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     252                                                throw e; 
     253                                        }                                        
     254                                } 
    104255                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("data"))) 
    105256                                { 
    … …  
    111262                                                result.setErrorItem("data"); 
    112263                                                result.getMessages().put("data", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     264                                                throw e; 
     265                                        }                                        
     266                                } 
     267                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_ontology"))) 
     268                                { 
     269                                        try { 
     270                                                int count = new Patient_OntologyCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/patient_ontology.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     271                                                result.getProgressLog().add("patient_ontology"); 
     272                                                result.getMessages().put("patient_ontology",  "evaluated "+count+" patient_ontology elements"); 
     273                                        } catch (Exception e) { 
     274                                                result.setErrorItem("patient_ontology"); 
     275                                                result.getMessages().put("patient_ontology", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     276                                                throw e; 
     277                                        }                                        
     278                                } 
     279                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_genestested"))) 
     280                                { 
     281                                        try { 
     282                                                int count = new Patient_GenesTestedCsvReader().importCsv(db, new File(directory+"/patient_genestested.txt"), defaults, dbAction, missingValue); 
     283                                                result.getProgressLog().add("patient_genestested"); 
     284                                                result.getMessages().put("patient_genestested",  "evaluated "+count+" patient_genestested elements"); 
     285                                        } catch (Exception e) { 
     286                                                result.setErrorItem("patient_genestested"); 
     287                                                result.getMessages().put("patient_genestested", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
    113288                                                throw e; 
    114289                                        }                                        

  • biobank_search/generated/java/app/CsvImportById.java

    r3425 r3486  
    11 
    2 /* Date:        August 20, 2010 
     2/* Date:        September 8, 2010 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.csv.CsvImportByIdGen 3.3.2-testing 
    … …  
    2323import org.molgenis.util.CsvFileReader; 
    2424 
     25import biobank_search.User; 
     26 
     27import biobank_search.User; 
     28import biobank_search.OntologyTerm; 
     29import biobank_search.Patient_Ontology; 
     30import biobank_search.Gene; 
     31import biobank_search.Patient_GenesTested; 
     32import biobank_search.Patient; 
     33 
     34import biobank_search.Gene; 
     35 
     36import biobank_search.OntologySource; 
     37 
     38import biobank_search.OntologySource; 
     39import biobank_search.OntologyTerm; 
     40 
    2541import biobank_search.Data; 
     42 
     43import biobank_search.OntologyTerm; 
     44import biobank_search.Patient; 
     45import biobank_search.Patient_Ontology; 
     46 
     47import biobank_search.Gene; 
     48import biobank_search.Patient; 
     49import biobank_search.Patient_GenesTested; 
    2650 
    2751 
    … …  
    3256        //mappings between imported and internally assigned ids 
    3357        //only necessary for automatic ids 
     58        static Map<Integer,Integer> userIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
     59        static Map<Integer,Integer> ontologySourceIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
     60        static Map<Integer,Integer> geneIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
     61        static Map<Integer,Integer> ontologyTermIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
     62        static Map<Integer,Integer> patientIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
    3463        static Map<Integer,Integer> dataIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
     64        static Map<Integer,Integer> patient_OntologyIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
     65        static Map<Integer,Integer> patient_GenesTestedIdMap = new TreeMap<Integer,Integer>();  
    3566 
    3667        /** 
    … …  
    4475                        db.beginTx(); 
    4576                                                 
     77                        importUser(db, new File(directory + "/user.txt")); 
     78                        importOntologySource(db, new File(directory + "/ontologysource.txt")); 
     79                        importGene(db, new File(directory + "/gene.txt")); 
     80                        importOntologyTerm(db, new File(directory + "/ontologyterm.txt")); 
     81                        importPatient(db, new File(directory + "/patient.txt")); 
    4682                        importData(db, new File(directory + "/data.txt")); 
     83                        importPatient_Ontology(db, new File(directory + "/patient_ontology.txt")); 
     84                        importPatient_GenesTested(db, new File(directory + "/patient_genestested.txt")); 
    4785                         
    4886                        // insert back again... 
    … …  
    63101        } 
    64102         
     103        /** 
     104         * Imports User from tab/comma delimited File. 
     105         * @param UserFile a tab delimited file with User data. 
     106         */ 
     107        private static void importUser(Database db, File UserFile)      throws DatabaseException, IOException, Exception  
     108        { 
     109                logger.debug("trying to import "+UserFile); 
     110                if(     !UserFile.exists() ) 
     111                { 
     112                        logger.warn("User.txt file is missing, skipped import"); 
     113                } 
     114                else 
     115                { 
     116                        //read User from file 
     117                        CsvReader reader = new CsvFileReader(UserFile); 
     118                        List<User> userList = db.toList(User.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     119                        logger.debug("loaded "+userList.size()+" User objects"); 
     120                         
     121                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     122                        List<Integer> userIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     123                        for(int i = 0; i < userList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     124                        { 
     125                                User object = userList.get(i); 
     126                                 
     127                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     128                                userIds.add(object.getUser_id());  
     129                                 
     130                                //redirect outgoing fkeys 
     131                                 
     132                                //add assay back to list 
     133                                userList.set(i, object); 
     134                        } 
     135                        //add to database 
     136                        db.add(userList); 
     137                        for(int i = 0; i < userList.size(); i++) 
     138                        { 
     139                                userIdMap.put(userIds.get(i), userList.get(i).getUser_id()); 
     140                        } 
     141                }         
     142        } 
     143        /** 
     144         * Imports OntologySource from tab/comma delimited File. 
     145         * @param OntologySourceFile a tab delimited file with OntologySource data. 
     146         */ 
     147        private static void importOntologySource(Database db, File OntologySourceFile)  throws DatabaseException, IOException, Exception  
     148        { 
     149                logger.debug("trying to import "+OntologySourceFile); 
     150                if(     !OntologySourceFile.exists() ) 
     151                { 
     152                        logger.warn("OntologySource.txt file is missing, skipped import"); 
     153                } 
     154                else 
     155                { 
     156                        //read OntologySource from file 
     157                        CsvReader reader = new CsvFileReader(OntologySourceFile); 
     158                        List<OntologySource> ontologySourceList = db.toList(OntologySource.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     159                        logger.debug("loaded "+ontologySourceList.size()+" OntologySource objects"); 
     160                         
     161                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     162                        List<Integer> ontologySourceIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     163                        for(int i = 0; i < ontologySourceList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     164                        { 
     165                                OntologySource object = ontologySourceList.get(i); 
     166                                 
     167                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     168                                ontologySourceIds.add(object.getId());  
     169                                 
     170                                //redirect outgoing fkeys 
     171                                 
     172                                //add assay back to list 
     173                                ontologySourceList.set(i, object); 
     174                        } 
     175                        //add to database 
     176                        db.add(ontologySourceList); 
     177                        for(int i = 0; i < ontologySourceList.size(); i++) 
     178                        { 
     179                                ontologySourceIdMap.put(ontologySourceIds.get(i), ontologySourceList.get(i).getId()); 
     180                        } 
     181                }         
     182        } 
     183        /** 
     184         * Imports Gene from tab/comma delimited File. 
     185         * @param GeneFile a tab delimited file with Gene data. 
     186         */ 
     187        private static void importGene(Database db, File GeneFile)      throws DatabaseException, IOException, Exception  
     188        { 
     189                logger.debug("trying to import "+GeneFile); 
     190                if(     !GeneFile.exists() ) 
     191                { 
     192                        logger.warn("Gene.txt file is missing, skipped import"); 
     193                } 
     194                else 
     195                { 
     196                        //read Gene from file 
     197                        CsvReader reader = new CsvFileReader(GeneFile); 
     198                        List<Gene> geneList = db.toList(Gene.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     199                        logger.debug("loaded "+geneList.size()+" Gene objects"); 
     200                         
     201                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     202                        List<Integer> geneIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     203                        for(int i = 0; i < geneList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     204                        { 
     205                                Gene object = geneList.get(i); 
     206                                 
     207                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     208                                geneIds.add(object.getId());  
     209                                 
     210                                //redirect outgoing fkeys 
     211                                 
     212                                //add assay back to list 
     213                                geneList.set(i, object); 
     214                        } 
     215                        //add to database 
     216                        db.add(geneList); 
     217                        for(int i = 0; i < geneList.size(); i++) 
     218                        { 
     219                                geneIdMap.put(geneIds.get(i), geneList.get(i).getId()); 
     220                        } 
     221                }         
     222        } 
     223        /** 
     224         * Imports OntologyTerm from tab/comma delimited File. 
     225         * @param OntologyTermFile a tab delimited file with OntologyTerm data. 
     226         */ 
     227        private static void importOntologyTerm(Database db, File OntologyTermFile)      throws DatabaseException, IOException, Exception  
     228        { 
     229                logger.debug("trying to import "+OntologyTermFile); 
     230                if(     !OntologyTermFile.exists() ) 
     231                { 
     232                        logger.warn("OntologyTerm.txt file is missing, skipped import"); 
     233                } 
     234                else 
     235                { 
     236                        //read OntologyTerm from file 
     237                        CsvReader reader = new CsvFileReader(OntologyTermFile); 
     238                        List<OntologyTerm> ontologyTermList = db.toList(OntologyTerm.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     239                        logger.debug("loaded "+ontologyTermList.size()+" OntologyTerm objects"); 
     240                         
     241                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     242                        List<Integer> ontologyTermIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     243                        for(int i = 0; i < ontologyTermList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     244                        { 
     245                                OntologyTerm object = ontologyTermList.get(i); 
     246                                 
     247                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     248                                ontologyTermIds.add(object.getId());  
     249                                 
     250                                //redirect outgoing fkeys 
     251                                if(object.getTermSource() != null) object.setTermSource(ontologySourceIdMap.get(object.getTermSource())); 
     252                                 
     253                                //add assay back to list 
     254                                ontologyTermList.set(i, object); 
     255                        } 
     256                        //add to database 
     257                        db.add(ontologyTermList); 
     258                        for(int i = 0; i < ontologyTermList.size(); i++) 
     259                        { 
     260                                ontologyTermIdMap.put(ontologyTermIds.get(i), ontologyTermList.get(i).getId()); 
     261                        } 
     262                }         
     263        } 
     264        /** 
     265         * Imports Patient from tab/comma delimited File. 
     266         * @param PatientFile a tab delimited file with Patient data. 
     267         */ 
     268        private static void importPatient(Database db, File PatientFile)        throws DatabaseException, IOException, Exception  
     269        { 
     270                logger.debug("trying to import "+PatientFile); 
     271                if(     !PatientFile.exists() ) 
     272                { 
     273                        logger.warn("Patient.txt file is missing, skipped import"); 
     274                } 
     275                else 
     276                { 
     277                        //read Patient from file 
     278                        CsvReader reader = new CsvFileReader(PatientFile); 
     279                        List<Patient> patientList = db.toList(Patient.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     280                        logger.debug("loaded "+patientList.size()+" Patient objects"); 
     281                         
     282                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     283                        List<Integer> patientIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     284                        for(int i = 0; i < patientList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     285                        { 
     286                                Patient object = patientList.get(i); 
     287                                 
     288                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     289                                patientIds.add(object.getPatientID());  
     290                                 
     291                                //redirect outgoing fkeys 
     292                                if(object.getUser_id() != null) object.setUser_id(userIdMap.get(object.getUser_id())); 
     293                                List<Integer > ontologyIds = new ArrayList<Integer>(); 
     294                                for(Integer id: object.getOntology()) 
     295                                { 
     296                                        ontologyIds.add(ontologyTermIdMap.get(id)); 
     297                                } 
     298                                List<Integer > genesTestedIds = new ArrayList<Integer>(); 
     299                                for(Integer id: object.getGenesTested()) 
     300                                { 
     301                                        genesTestedIds.add(geneIdMap.get(id)); 
     302                                } 
     303                                 
     304                                //add assay back to list 
     305                                patientList.set(i, object); 
     306                        } 
     307                        //add to database 
     308                        db.add(patientList); 
     309                        for(int i = 0; i < patientList.size(); i++) 
     310                        { 
     311                                patientIdMap.put(patientIds.get(i), patientList.get(i).getPatientID()); 
     312                        } 
     313                }         
     314        } 
    65315        /** 
    66316         * Imports Data from tab/comma delimited File. 
    … …  
    103353                }         
    104354        } 
     355        /** 
     356         * Imports Patient_Ontology from tab/comma delimited File. 
     357         * @param Patient_OntologyFile a tab delimited file with Patient_Ontology data. 
     358         */ 
     359        private static void importPatient_Ontology(Database db, File Patient_OntologyFile)      throws DatabaseException, IOException, Exception  
     360        { 
     361                logger.debug("trying to import "+Patient_OntologyFile); 
     362                if(     !Patient_OntologyFile.exists() ) 
     363                { 
     364                        logger.warn("Patient_Ontology.txt file is missing, skipped import"); 
     365                } 
     366                else 
     367                { 
     368                        //read Patient_Ontology from file 
     369                        CsvReader reader = new CsvFileReader(Patient_OntologyFile); 
     370                        List<Patient_Ontology> patient_OntologyList = db.toList(Patient_Ontology.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     371                        logger.debug("loaded "+patient_OntologyList.size()+" Patient_Ontology objects"); 
     372                         
     373                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     374                        List<Integer> patient_OntologyIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     375                        for(int i = 0; i < patient_OntologyList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     376                        { 
     377                                Patient_Ontology object = patient_OntologyList.get(i); 
     378                                 
     379                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     380                                patient_OntologyIds.add(object.getAutoid());  
     381                                 
     382                                //redirect outgoing fkeys 
     383                                if(object.getOntology() != null) object.setOntology(ontologyTermIdMap.get(object.getOntology())); 
     384                                if(object.getPatient() != null) object.setPatient(patientIdMap.get(object.getPatient())); 
     385                                 
     386                                //add assay back to list 
     387                                patient_OntologyList.set(i, object); 
     388                        } 
     389                        //add to database 
     390                        db.add(patient_OntologyList); 
     391                        for(int i = 0; i < patient_OntologyList.size(); i++) 
     392                        { 
     393                                patient_OntologyIdMap.put(patient_OntologyIds.get(i), patient_OntologyList.get(i).getAutoid()); 
     394                        } 
     395                }         
     396        } 
     397        /** 
     398         * Imports Patient_GenesTested from tab/comma delimited File. 
     399         * @param Patient_GenesTestedFile a tab delimited file with Patient_GenesTested data. 
     400         */ 
     401        private static void importPatient_GenesTested(Database db, File Patient_GenesTestedFile)        throws DatabaseException, IOException, Exception  
     402        { 
     403                logger.debug("trying to import "+Patient_GenesTestedFile); 
     404                if(     !Patient_GenesTestedFile.exists() ) 
     405                { 
     406                        logger.warn("Patient_GenesTested.txt file is missing, skipped import"); 
     407                } 
     408                else 
     409                { 
     410                        //read Patient_GenesTested from file 
     411                        CsvReader reader = new CsvFileReader(Patient_GenesTestedFile); 
     412                        List<Patient_GenesTested> patient_GenesTestedList = db.toList(Patient_GenesTested.class, reader, Integer.MAX_VALUE); //should have no limit  
     413                        logger.debug("loaded "+patient_GenesTestedList.size()+" Patient_GenesTested objects"); 
     414                         
     415                        //redirect incoming and outgoing fkeys 
     416                        List<Integer> patient_GenesTestedIds = new ArrayList<Integer>(); //also doesn't scale 
     417                        for(int i = 0; i < patient_GenesTestedList.size(); i++ ) //sorry, not a real list so need to put back!! 
     418                        { 
     419                                Patient_GenesTested object = patient_GenesTestedList.get(i); 
     420                                 
     421                                //remember index of this id for incoming fkeys 
     422                                patient_GenesTestedIds.add(object.getAutoid());  
     423                                 
     424                                //redirect outgoing fkeys 
     425                                if(object.getGenesTested() != null) object.setGenesTested(geneIdMap.get(object.getGenesTested())); 
     426                                if(object.getPatient() != null) object.setPatient(patientIdMap.get(object.getPatient())); 
     427                                 
     428                                //add assay back to list 
     429                                patient_GenesTestedList.set(i, object); 
     430                        } 
     431                        //add to database 
     432                        db.add(patient_GenesTestedList); 
     433                        for(int i = 0; i < patient_GenesTestedList.size(); i++) 
     434                        { 
     435                                patient_GenesTestedIdMap.put(patient_GenesTestedIds.get(i), patient_GenesTestedList.get(i).getAutoid()); 
     436                        } 
     437                }         
     438        } 
    105439} 

  • biobank_search/generated/java/app/ExcelExport.java

    r3425 r3486  
    11 
    2 /* Date:        August 20, 2010 
     2/* Date:        September 8, 2010 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.excel.ExcelExportGen 3.3.2-testing 
    … …  
    114114                 
    115115                // Variable: copy file contents to the workbook sheets 
     116                copyCsvToWorkbook("User", new File(directory+"/user.txt"), workbook, headerFormat, cellFormat);          
     117                copyCsvToWorkbook("OntologySource", new File(directory+"/ontologysource.txt"), workbook, headerFormat, cellFormat);              
     118                copyCsvToWorkbook("Gene", new File(directory+"/gene.txt"), workbook, headerFormat, cellFormat);          
     119                copyCsvToWorkbook("OntologyTerm", new File(directory+"/ontologyterm.txt"), workbook, headerFormat, cellFormat);          
     120                copyCsvToWorkbook("Patient", new File(directory+"/patient.txt"), workbook, headerFormat, cellFormat);            
    116121                copyCsvToWorkbook("data", new File(directory+"/data.txt"), workbook, headerFormat, cellFormat);          
    117122 

  • biobank_search/generated/java/app/ExcelImport.java

    r3425 r3486  
    11 
    2 /* Date:        August 20, 2010 
     2/* Date:        September 8, 2010 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.excel.ExcelImportGen 3.3.2-testing 
    … …  
    2323import org.molgenis.util.Tuple; 
    2424 
     25import biobank_search.excel.UserExcelReader; 
     26import biobank_search.excel.PatientExcelReader; 
     27import biobank_search.excel.GeneExcelReader; 
     28import biobank_search.excel.OntologySourceExcelReader; 
     29import biobank_search.excel.OntologyTermExcelReader; 
    2530import biobank_search.excel.DataExcelReader; 
     31import biobank_search.excel.Patient_OntologyExcelReader; 
     32import biobank_search.excel.Patient_GenesTestedExcelReader; 
    2633 
    2734public class ExcelImport 
    … …  
    5764                        { 
    5865                                //reverse xref dependency order for remove 
     66                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_genestested"))) 
     67                                { 
     68                                        try { 
     69                                                int count = 0; 
     70                                                if(sheetNames.contains("patient_genestested")){ 
     71                                                        count = new Patient_GenesTestedExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("patient_genestested")), defaults, dbAction, missingValue); 
     72                                                } 
     73                                                result.getProgressLog().add("patient_genestested"); 
     74                                                result.getMessages().put("patient_genestested", "evaluated "+count+" patient_genestested elements"); 
     75                                        } catch (Exception e) { 
     76                                                result.setErrorItem("patient_genestested"); 
     77                                                result.getMessages().put("patient_genestested", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     78                                                throw e; 
     79                                        } 
     80                                } 
     81                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_ontology"))) 
     82                                { 
     83                                        try { 
     84                                                int count = 0; 
     85                                                if(sheetNames.contains("patient_ontology")){ 
     86                                                        count = new Patient_OntologyExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("patient_ontology")), defaults, dbAction, missingValue); 
     87                                                } 
     88                                                result.getProgressLog().add("patient_ontology"); 
     89                                                result.getMessages().put("patient_ontology", "evaluated "+count+" patient_ontology elements"); 
     90                                        } catch (Exception e) { 
     91                                                result.setErrorItem("patient_ontology"); 
     92                                                result.getMessages().put("patient_ontology", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     93                                                throw e; 
     94                                        } 
     95                                } 
    5996                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("data"))) 
    6097                                { 
    … …  
    69106                                                result.setErrorItem("data"); 
    70107                                                result.getMessages().put("data", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     108                                                throw e; 
     109                                        } 
     110                                } 
     111                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient"))) 
     112                                { 
     113                                        try { 
     114                                                int count = 0; 
     115                                                if(sheetNames.contains("patient")){ 
     116                                                        count = new PatientExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("patient")), defaults, dbAction, missingValue); 
     117                                                } 
     118                                                result.getProgressLog().add("patient"); 
     119                                                result.getMessages().put("patient", "evaluated "+count+" patient elements"); 
     120                                        } catch (Exception e) { 
     121                                                result.setErrorItem("patient"); 
     122                                                result.getMessages().put("patient", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     123                                                throw e; 
     124                                        } 
     125                                } 
     126                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologyterm"))) 
     127                                { 
     128                                        try { 
     129                                                int count = 0; 
     130                                                if(sheetNames.contains("ontologyterm")){ 
     131                                                        count = new OntologyTermExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("ontologyterm")), defaults, dbAction, missingValue); 
     132                                                } 
     133                                                result.getProgressLog().add("ontologyterm"); 
     134                                                result.getMessages().put("ontologyterm", "evaluated "+count+" ontologyterm elements"); 
     135                                        } catch (Exception e) { 
     136                                                result.setErrorItem("ontologyterm"); 
     137                                                result.getMessages().put("ontologyterm", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     138                                                throw e; 
     139                                        } 
     140                                } 
     141                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("gene"))) 
     142                                { 
     143                                        try { 
     144                                                int count = 0; 
     145                                                if(sheetNames.contains("gene")){ 
     146                                                        count = new GeneExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("gene")), defaults, dbAction, missingValue); 
     147                                                } 
     148                                                result.getProgressLog().add("gene"); 
     149                                                result.getMessages().put("gene", "evaluated "+count+" gene elements"); 
     150                                        } catch (Exception e) { 
     151                                                result.setErrorItem("gene"); 
     152                                                result.getMessages().put("gene", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     153                                                throw e; 
     154                                        } 
     155                                } 
     156                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologysource"))) 
     157                                { 
     158                                        try { 
     159                                                int count = 0; 
     160                                                if(sheetNames.contains("ontologysource")){ 
     161                                                        count = new OntologySourceExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("ontologysource")), defaults, dbAction, missingValue); 
     162                                                } 
     163                                                result.getProgressLog().add("ontologysource"); 
     164                                                result.getMessages().put("ontologysource", "evaluated "+count+" ontologysource elements"); 
     165                                        } catch (Exception e) { 
     166                                                result.setErrorItem("ontologysource"); 
     167                                                result.getMessages().put("ontologysource", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     168                                                throw e; 
     169                                        } 
     170                                } 
     171                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("user"))) 
     172                                { 
     173                                        try { 
     174                                                int count = 0; 
     175                                                if(sheetNames.contains("user")){ 
     176                                                        count = new UserExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("user")), defaults, dbAction, missingValue); 
     177                                                } 
     178                                                result.getProgressLog().add("user"); 
     179                                                result.getMessages().put("user", "evaluated "+count+" user elements"); 
     180                                        } catch (Exception e) { 
     181                                                result.setErrorItem("user"); 
     182                                                result.getMessages().put("user", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
    71183                                                throw e; 
    72184                                        } 
    … …  
    76188                        { 
    77189                                //follow xref dependency order 
     190                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("user"))) 
     191                                { 
     192                                        try { 
     193                                                int count = 0; 
     194                                                if(sheetNames.contains("user")){ 
     195                                                        count = new UserExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("user")), defaults, dbAction, missingValue); 
     196                                                } 
     197                                                result.getProgressLog().add("user"); 
     198                                                result.getMessages().put("user",  "evaluated "+count+" user elements"); 
     199                                        } catch (Exception e) { 
     200                                                result.setErrorItem("user"); 
     201                                                result.getMessages().put("user", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     202                                                throw e; 
     203                                        }                                        
     204                                } 
     205                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologysource"))) 
     206                                { 
     207                                        try { 
     208                                                int count = 0; 
     209                                                if(sheetNames.contains("ontologysource")){ 
     210                                                        count = new OntologySourceExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("ontologysource")), defaults, dbAction, missingValue); 
     211                                                } 
     212                                                result.getProgressLog().add("ontologysource"); 
     213                                                result.getMessages().put("ontologysource",  "evaluated "+count+" ontologysource elements"); 
     214                                        } catch (Exception e) { 
     215                                                result.setErrorItem("ontologysource"); 
     216                                                result.getMessages().put("ontologysource", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     217                                                throw e; 
     218                                        }                                        
     219                                } 
     220                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("gene"))) 
     221                                { 
     222                                        try { 
     223                                                int count = 0; 
     224                                                if(sheetNames.contains("gene")){ 
     225                                                        count = new GeneExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("gene")), defaults, dbAction, missingValue); 
     226                                                } 
     227                                                result.getProgressLog().add("gene"); 
     228                                                result.getMessages().put("gene",  "evaluated "+count+" gene elements"); 
     229                                        } catch (Exception e) { 
     230                                                result.setErrorItem("gene"); 
     231                                                result.getMessages().put("gene", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     232                                                throw e; 
     233                                        }                                        
     234                                } 
     235                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("ontologyterm"))) 
     236                                { 
     237                                        try { 
     238                                                int count = 0; 
     239                                                if(sheetNames.contains("ontologyterm")){ 
     240                                                        count = new OntologyTermExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("ontologyterm")), defaults, dbAction, missingValue); 
     241                                                } 
     242                                                result.getProgressLog().add("ontologyterm"); 
     243                                                result.getMessages().put("ontologyterm",  "evaluated "+count+" ontologyterm elements"); 
     244                                        } catch (Exception e) { 
     245                                                result.setErrorItem("ontologyterm"); 
     246                                                result.getMessages().put("ontologyterm", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     247                                                throw e; 
     248                                        }                                        
     249                                } 
     250                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient"))) 
     251                                { 
     252                                        try { 
     253                                                int count = 0; 
     254                                                if(sheetNames.contains("patient")){ 
     255                                                        count = new PatientExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("patient")), defaults, dbAction, missingValue); 
     256                                                } 
     257                                                result.getProgressLog().add("patient"); 
     258                                                result.getMessages().put("patient",  "evaluated "+count+" patient elements"); 
     259                                        } catch (Exception e) { 
     260                                                result.setErrorItem("patient"); 
     261                                                result.getMessages().put("patient", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     262                                                throw e; 
     263                                        }                                        
     264                                } 
    78265                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("data"))) 
    79266                                { 
    … …  
    88275                                                result.setErrorItem("data"); 
    89276                                                result.getMessages().put("data", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     277                                                throw e; 
     278                                        }                                        
     279                                } 
     280                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_ontology"))) 
     281                                { 
     282                                        try { 
     283                                                int count = 0; 
     284                                                if(sheetNames.contains("patient_ontology")){ 
     285                                                        count = new Patient_OntologyExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("patient_ontology")), defaults, dbAction, missingValue); 
     286                                                } 
     287                                                result.getProgressLog().add("patient_ontology"); 
     288                                                result.getMessages().put("patient_ontology",  "evaluated "+count+" patient_ontology elements"); 
     289                                        } catch (Exception e) { 
     290                                                result.setErrorItem("patient_ontology"); 
     291                                                result.getMessages().put("patient_ontology", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
     292                                                throw e; 
     293                                        }                                        
     294                                } 
     295                                if (result.getErrorItem().equals("no error found") && (components == null || components.contains("patient_genestested"))) 
     296                                { 
     297                                        try { 
     298                                                int count = 0; 
     299                                                if(sheetNames.contains("patient_genestested")){ 
     300                                                        count = new Patient_GenesTestedExcelReader().importSheet(db, workbook.getSheet(sheetNames.indexOf("patient_genestested")), defaults, dbAction, missingValue); 
     301                                                } 
     302                                                result.getProgressLog().add("patient_genestested"); 
     303                                                result.getMessages().put("patient_genestested",  "evaluated "+count+" patient_genestested elements"); 
     304                                        } catch (Exception e) { 
     305                                                result.setErrorItem("patient_genestested"); 
     306                                                result.getMessages().put("patient_genestested", e.getMessage() != null ? e.getMessage() : "null"); 
    90307                                                throw e; 
    91308                                        }                                        

  • biobank_search/generated/java/app/ImportWizardExcelPrognosis.java

    r3425 r3486  
    11 
    2 /* Date:        August 20, 2010 
     2/* Date:        September 8, 2010 
    33 *  
    44 * generator:   org.molgenis.generators.excel.ImportWizardExcelPrognosisGen 3.3.2-testing 
    … …  
    1919import jxl.Sheet; 
    2020import jxl.Workbook; 
     21import biobank_search.User; 
     22import biobank_search.excel.UserExcelReader; 
     23import biobank_search.Patient; 
     24import biobank_search.excel.PatientExcelReader; 
     25import biobank_search.Gene; 
     26import biobank_search.excel.GeneExcelReader; 
     27import biobank_search.OntologySource; 
     28import biobank_search.excel.OntologySourceExcelReader; 
     29import biobank_search.OntologyTerm; 
     30import biobank_search.excel.OntologyTermExcelReader; 
    2131import biobank_search.Data; 
    2232import biobank_search.excel.DataExcelReader; 
     33import biobank_search.Patient_Ontology; 
     34import biobank_search.excel.Patient_OntologyExcelReader; 
     35import biobank_search.Patient_GenesTested; 
     36import biobank_search.excel.Patient_GenesTestedExcelReader; 
    2337 
    2438public class ImportWizardExcelPrognosis { 
    … …  
    5064 
    5165                        int sheetIndex = 0; 
     66                        if (lowercasedSheetNames.contains("user")) { 
     67                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("user"); 
     68                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     69                                UserExcelReader<User> excelReader = new UserExcelReader<User>(); 
     70                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     71                                User entity = new User(); 
     72                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     73                                sheetIndex++; 
     74                        } 
     75                        if (lowercasedSheetNames.contains("ontologysource")) { 
     76                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("ontologysource"); 
     77                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     78                                OntologySourceExcelReader<OntologySource> excelReader = new OntologySourceExcelReader<OntologySource>(); 
     79                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     80                                OntologySource entity = new OntologySource(); 
     81                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     82                                sheetIndex++; 
     83                        } 
     84                        if (lowercasedSheetNames.contains("gene")) { 
     85                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("gene"); 
     86                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     87                                GeneExcelReader<Gene> excelReader = new GeneExcelReader<Gene>(); 
     88                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     89                                Gene entity = new Gene(); 
     90                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     91                                sheetIndex++; 
     92                        } 
     93                        if (lowercasedSheetNames.contains("ontologyterm")) { 
     94                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("ontologyterm"); 
     95                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     96                                OntologyTermExcelReader<OntologyTerm> excelReader = new OntologyTermExcelReader<OntologyTerm>(); 
     97                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     98                                OntologyTerm entity = new OntologyTerm(); 
     99                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     100                                sheetIndex++; 
     101                        } 
     102                        if (lowercasedSheetNames.contains("patient")) { 
     103                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("patient"); 
     104                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     105                                PatientExcelReader<Patient> excelReader = new PatientExcelReader<Patient>(); 
     106                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     107                                Patient entity = new Patient(); 
     108                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     109                                sheetIndex++; 
     110                        } 
    52111                        if (lowercasedSheetNames.contains("data")) { 
    53112                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("data"); 
    … …  
    56115                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
    57116                                Data entity = new Data(); 
     117                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     118                                sheetIndex++; 
     119                        } 
     120                        if (lowercasedSheetNames.contains("patient_ontology")) { 
     121                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("patient_ontology"); 
     122                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     123                                Patient_OntologyExcelReader<Patient_Ontology> excelReader = new Patient_OntologyExcelReader<Patient_Ontology>(); 
     124                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     125                                Patient_Ontology entity = new Patient_Ontology(); 
     126                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
     127                                sheetIndex++; 
     128                        } 
     129                        if (lowercasedSheetNames.contains("patient_genestested")) { 
     130                                String originalSheetname = lowerToOriginalName.get("patient_genestested"); 
     131                                Sheet sheet = workbook.getSheet(originalSheetname); 
     132                                Patient_GenesTestedExcelReader<Patient_GenesTested> excelReader = new Patient_GenesTestedExcelReader<Patient_GenesTested>(); 
     133                                List<String> allHeaders = excelReader.getNonEmptyHeaders(sheet); 
     134                                Patient_GenesTested entity = new Patient_GenesTested(); 
    58135                                headersToMaps(originalSheetname, allHeaders, entity.getFields()); 
    59136                                sheetIndex++; 

  • biobank_search/generated/java/app/InMemoryDatabase.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        biobank_search/model/JDBCDatabase 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.db.InMemoryDatabaseGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/app/JDBCDatabase.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        biobank_search/model/JDBCDatabase 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.db.JDBCDatabaseGen 3.3.2-testing 
    … …  
    6161        private void setup() 
    6262        { 
     63                this.putMapper(biobank_search.User.class, new biobank_search.db.UserMapper(this)); 
     64                this.putMapper(biobank_search.Patient.class, new biobank_search.db.PatientMapper(this)); 
     65                this.putMapper(biobank_search.Gene.class, new biobank_search.db.GeneMapper(this)); 
     66                this.putMapper(biobank_search.OntologySource.class, new biobank_search.db.OntologySourceMapper(this)); 
     67                this.putMapper(biobank_search.OntologyTerm.class, new biobank_search.db.OntologyTermMapper(this)); 
    6368                this.putMapper(biobank_search.Data.class, new biobank_search.db.DataMapper(this)); 
     69                this.putMapper(biobank_search.Patient_Ontology.class, new biobank_search.db.Patient_OntologyMapper(this)); 
     70                this.putMapper(biobank_search.Patient_GenesTested.class, new biobank_search.db.Patient_GenesTestedMapper(this)); 
    6471        } 
    6572} 

  • biobank_search/generated/java/app/JDBCMetaDatabase.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        biobank_search/model/JDBCDatabase 
    22 * Copyright:   Inventory 2000-2010, GBIC 2002-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.db.JDBCMetaDatabaseGen 3.3.2-testing 
    … …  
    3232                { 
    3333                         
     34                        Entity user_entity = new Entity("User",this.getDatabase()); 
     35                        Field user_user_id_field = new Field(user_entity, "user_id", Field.Type.getType("int")); 
     36                        user_user_id_field.setAuto(true); 
     37                         
     38                        user_entity.addField(user_user_id_field); 
     39                        Field user_loginname_field = new Field(user_entity, "loginname", Field.Type.getType("string")); 
     40                         
     41                        user_entity.addField(user_loginname_field); 
     42                        Field user_firstname_field = new Field(user_entity, "Firstname", Field.Type.getType("string")); 
     43                         
     44                        user_entity.addField(user_firstname_field); 
     45                        Field user_midinitials_field = new Field(user_entity, "Midinitials", Field.Type.getType("string")); 
     46                         
     47                        user_entity.addField(user_midinitials_field); 
     48                        Field user_lastname_field = new Field(user_entity, "Lastname", Field.Type.getType("string")); 
     49                         
     50                        user_entity.addField(user_lastname_field); 
     51                        Field user_title_field = new Field(user_entity, "Title", Field.Type.getType("string")); 
     52                         
     53                        user_entity.addField(user_title_field); 
     54                        Field user_profession_field = new Field(user_entity, "Profession", Field.Type.getType("string")); 
     55                         
     56                        user_entity.addField(user_profession_field); 
     57                        Field user_instituteHospital_field = new Field(user_entity, "InstituteHospital", Field.Type.getType("string")); 
     58                         
     59                        user_entity.addField(user_instituteHospital_field); 
     60                        Field user_address_field = new Field(user_entity, "Address", Field.Type.getType("string")); 
     61                         
     62                        user_entity.addField(user_address_field); 
     63                        Field user_zipcode_field = new Field(user_entity, "Zipcode", Field.Type.getType("string")); 
     64                         
     65                        user_entity.addField(user_zipcode_field); 
     66                        Field user_city_field = new Field(user_entity, "City", Field.Type.getType("string")); 
     67                         
     68                        user_entity.addField(user_city_field); 
     69                        Field user_country_field = new Field(user_entity, "Country", Field.Type.getType("string")); 
     70                         
     71                        user_entity.addField(user_country_field); 
     72                        Field user_phonenumber_field = new Field(user_entity, "Phonenumber", Field.Type.getType("string")); 
     73                         
     74                        user_entity.addField(user_phonenumber_field); 
     75                        Field user_faxnumber_field = new Field(user_entity, "Faxnumber", Field.Type.getType("string")); 
     76                         
     77                        user_entity.addField(user_faxnumber_field); 
     78                        Field user_email_field = new Field(user_entity, "Email", Field.Type.getType("string")); 
     79                         
     80                        user_entity.addField(user_email_field); 
     81                        user_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"user_id"}),false,""); 
     82                        user_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"loginname"}),false,""); 
     83                        Entity ontologySource_entity = new Entity("OntologySource",this.getDatabase()); 
     84                        Field ontologySource_id_field = new Field(ontologySource_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     85                        ontologySource_id_field.setAuto(true); 
     86                         
     87                        ontologySource_entity.addField(ontologySource_id_field); 
     88                        Field ontologySource_name_field = new Field(ontologySource_entity, "name", Field.Type.getType("string")); 
     89                         
     90                        ontologySource_entity.addField(ontologySource_name_field); 
     91                        ontologySource_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"id"}),false,""); 
     92                        ontologySource_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"name"}),false,""); 
     93                        Entity gene_entity = new Entity("Gene",this.getDatabase()); 
     94                        Field gene_id_field = new Field(gene_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     95                        gene_id_field.setAuto(true); 
     96                         
     97                        gene_entity.addField(gene_id_field); 
     98                        Field gene_geneName_field = new Field(gene_entity, "GeneName", Field.Type.getType("string")); 
     99                         
     100                        gene_entity.addField(gene_geneName_field); 
     101                        Field gene_chromosomeLocation_field = new Field(gene_entity, "chromosomeLocation", Field.Type.getType("string")); 
     102                         
     103                        gene_entity.addField(gene_chromosomeLocation_field); 
     104                        Field gene_geneDescription_field = new Field(gene_entity, "geneDescription", Field.Type.getType("text")); 
     105                         
     106                        gene_entity.addField(gene_geneDescription_field); 
     107                        gene_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"id"}),false,""); 
     108                        gene_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"GeneName"}),false,""); 
     109                        Entity ontologyTerm_entity = new Entity("OntologyTerm",this.getDatabase()); 
     110                        Field ontologyTerm_id_field = new Field(ontologyTerm_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 
     111                        ontologyTerm_id_field.setAuto(true); 
     112                         
     113                        ontologyTerm_entity.addField(ontologyTerm_id_field); 
     114                        Field ontologyTerm_term_field = new Field(ontologyTerm_entity, "term", Field.Type.getType("string")); 
     115                         
     116                        ontologyTerm_entity.addField(ontologyTerm_term_field); 
     117                        Field ontologyTerm_description_field = new Field(ontologyTerm_entity, "description", Field.Type.getType("text")); 
     118                         
     119                        ontologyTerm_entity.addField(ontologyTerm_description_field); 
     120                        Field ontologyTerm_termAccession_field = new Field(ontologyTerm_entity, "termAccession", Field.Type.getType("string")); 
     121                         
     122                        ontologyTerm_entity.addField(ontologyTerm_termAccession_field); 
     123                        Field ontologyTerm_termSource_field = new Field(ontologyTerm_entity, "termSource", Field.Type.getType("xref")); 
     124                        ontologyTerm_termSource_field.setXRefVariables("OntologySource", "id",Arrays.asList(new String[]{"name"})); 
     125                        ontologyTerm_entity.addField(ontologyTerm_termSource_field); 
     126                        ontologyTerm_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"id"}),false,""); 
     127                        ontologyTerm_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"termSource","term"}),false,""); 
     128                        Entity patient_entity = new Entity("Patient",this.getDatabase()); 
     129                        Field patient_user_id_field = new Field(patient_entity, "user_id", Field.Type.getType("xref")); 
     130                        patient_user_id_field.setXRefVariables("User", "user_id",Arrays.asList(new String[]{"loginname"})); 
     131                        patient_entity.addField(patient_user_id_field); 
     132                        Field patient_patientID_field = new Field(patient_entity, "PatientID", Field.Type.getType("int")); 
     133                        patient_patientID_field.setAuto(true); 
     134                         
     135                        patient_entity.addField(patient_patientID_field); 
     136                        Field patient_ontology_field = new Field(patient_entity, "Ontology", Field.Type.getType("mref")); 
     137                        patient_ontology_field.setXRefVariables("OntologyTerm", "id",Arrays.asList(new String[]{"term"})); 
     138                        patient_entity.addField(patient_ontology_field); 
     139                        Field patient_patientFileNumber_field = new Field(patient_entity, "PatientFileNumber", Field.Type.getType("string")); 
     140                         
     141                        patient_entity.addField(patient_patientFileNumber_field); 
     142                        Field patient_disease_field = new Field(patient_entity, "Disease", Field.Type.getType("text")); 
     143                         
     144                        patient_entity.addField(patient_disease_field); 
     145                        Field patient_numberOfFamilyMembersWithThisDisease_field = new Field(patient_entity, "NumberOfFamilyMembersWithThisDisease", Field.Type.getType("string")); 
     146                         
     147                        patient_entity.addField(patient_numberOfFamilyMembersWithThisDisease_field); 
     148                        Field patient_totalGenerations_field = new Field(patient_entity, "TotalGenerations", Field.Type.getType("enum")); 
     149                         
     150                        patient_entity.addField(patient_totalGenerations_field); 
     151                        Field patient_possibleGeneticType_field = new Field(patient_entity, "PossibleGeneticType", Field.Type.getType("enum")); 
     152                         
     153                        patient_entity.addField(patient_possibleGeneticType_field); 
     154                        Field patient_country_field = new Field(patient_entity, "Country", Field.Type.getType("string")); 
     155                         
     156                        patient_entity.addField(patient_country_field); 
     157                        Field patient_etnicBackground_field = new Field(patient_entity, "EtnicBackground", Field.Type.getType("enum")); 
     158                         
     159                        patient_entity.addField(patient_etnicBackground_field); 
     160                        Field patient_familyResearch_field = new Field(patient_entity, "FamilyResearch", Field.Type.getType("enum")); 
     161                         
     162                        patient_entity.addField(patient_familyResearch_field); 
     163                        Field patient_hasDNA_field = new Field(patient_entity, "hasDNA", Field.Type.getType("enum")); 
     164                         
     165                        patient_entity.addField(patient_hasDNA_field); 
     166                        Field patient_hasRNA_field = new Field(patient_entity, "hasRNA", Field.Type.getType("enum")); 
     167                         
     168                        patient_entity.addField(patient_hasRNA_field); 
     169                        Field patient_dNAFromTissue_field = new Field(patient_entity, "DNAFromTissue", Field.Type.getType("enum")); 
     170                         
     171                        patient_entity.addField(patient_dNAFromTissue_field); 
     172                        Field patient_rNAFromTissue_field = new Field(patient_entity, "RNAFromTissue", Field.Type.getType("enum")); 
     173                         
     174                        patient_entity.addField(patient_rNAFromTissue_field); 
     175                        Field patient_dNAFromBlood_field = new Field(patient_entity, "DNAFromBlood", Field.Type.getType("enum")); 
     176                         
     177                        patient_entity.addField(patient_dNAFromBlood_field); 
     178                        Field patient_cellsAvailable_field = new Field(patient_entity, "CellsAvailable", Field.Type.getType("enum")); 
     179                         
     180                        patient_entity.addField(patient_cellsAvailable_field); 
     181                        Field patient_chromosomalResearch_field = new Field(patient_entity, "ChromosomalResearch", Field.Type.getType("enum")); 
     182                         
     183                        patient_entity.addField(patient_chromosomalResearch_field); 
     184                        Field patient_wGA_field = new Field(patient_entity, "WGA", Field.Type.getType("enum")); 
     185                         
     186                        patient_entity.addField(patient_wGA_field); 
     187                        Field patient_literatureRef_field = new Field(patient_entity, "LiteratureRef", Field.Type.getType("string")); 
     188                         
     189                        patient_entity.addField(patient_literatureRef_field); 
     190                        Field patient_pedigree_field = new Field(patient_entity, "Pedigree", Field.Type.getType("file")); 
     191                         
     192                        patient_entity.addField(patient_pedigree_field); 
     193                        Field patient_genesTested_field = new Field(patient_entity, "GenesTested", Field.Type.getType("mref")); 
     194                        patient_genesTested_field.setXRefVariables("Gene", "id",Arrays.asList(new String[]{"GeneName"})); 
     195                        patient_entity.addField(patient_genesTested_field); 
     196                        Field patient_freeText_field = new Field(patient_entity, "FreeText", Field.Type.getType("text")); 
     197                         
     198                        patient_entity.addField(patient_freeText_field); 
     199                        Field patient_selectFreeText_field = new Field(patient_entity, "SelectFreeText", Field.Type.getType("text")); 
     200                         
     201                        patient_entity.addField(patient_selectFreeText_field); 
     202                        patient_entity.addKey(Arrays.asList(new String[]{"PatientID"}),false,""); 
    34203                        Entity data_entity = new Entity("data",this.getDatabase()); 
    35204                        Field data_id_field = new Field(data_entity, "id", Field.Type.getType("int")); 

  • biobank_search/generated/java/app/servlet/MolgenisServlet.java

    r3425 r3486  
    11/* 
    22 * Created by: org.molgenis.generators.server.MolgenisServletGen 
    3  * Date: August 20, 2010 
     3 * Date: September 8, 2010 
    44 */ 
    55 

  • biobank_search/generated/java/app/servlet/RestApi.java

    r3425 r3486  
    2626import org.molgenis.framework.db.DatabaseException; 
    2727 
     28import biobank_search.User; 
     29import biobank_search.Patient; 
     30import biobank_search.Gene; 
     31import biobank_search.OntologySource; 
     32import biobank_search.OntologyTerm; 
    2833import biobank_search.Data; 
     34import biobank_search.Patient_Ontology; 
     35import biobank_search.Patient_GenesTested; 
    2936 
    3037/* 
    … …  
    5764     
    5865        @GET 
     66        @Path("/json/user") 
     67        @Produces("application/json") 
     68        public UserList findUserJson(String query) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     69        { 
     70                return new UserList(getDatabase().find(User.class)); 
     71        } 
     72         
     73        @XmlRootElement(name="user") 
     74        @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD) 
     75        public static class UserList 
     76        { 
     77                public UserList() 
     78                { 
     79                } 
     80                public UserList(List<User> list) 
     81                { 
     82                        this.list = list; 
     83                } 
     84                @XmlElement(name="user") 
     85                public List<User> list; 
     86        } 
     87 
     88        @POST 
     89        @Path("/json/user") 
     90        @Produces("application/json") 
     91        public User addUserJson(@FormParam("") User object) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     92        { 
     93                if(getDatabase().add(object) > 0) 
     94                        return object; 
     95                return null; 
     96        } 
     97         
     98        @GET 
     99        @Path("/json/user/{user_id}") 
     100        @Produces("application/json") 
     101        public User getUserJson(@PathParam("user_id") Integer user_id) throws DatabaseException, NamingException 
     102        { 
     103                return getDatabase().findById(User.class, user_id); 
     104        } 
     105         
     106        @PUT 
     107        @Path("/json/user/{user_id}") 
     108        @Produces("application/json") 
     109        public User updateUserJson(@PathParam("user_id") Integer user_id, @FormParam("") User object)  throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     110        { 
     111                if(getDatabase().update(object)>0) return object; 
     112                return null;     
     113        } 
     114         
     115        @DELETE 
     116        @Path("/json/user/{user_id}") 
     117        @Produces("application/json") 
     118        public void removeUserJson(@PathParam("user_id") Integer user_id) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     119        { 
     120                getDatabase().remove(getDatabase().findById(User.class, user_id));       
     121        } 
     122 
     123        @GET 
     124        @Path("/json/patient") 
     125        @Produces("application/json") 
     126        public PatientList findPatientJson(String query) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     127        { 
     128                return new PatientList(getDatabase().find(Patient.class)); 
     129        } 
     130         
     131        @XmlRootElement(name="patient") 
     132        @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD) 
     133        public static class PatientList 
     134        { 
     135                public PatientList() 
     136                { 
     137                } 
     138                public PatientList(List<Patient> list) 
     139                { 
     140                        this.list = list; 
     141                } 
     142                @XmlElement(name="patient") 
     143                public List<Patient> list; 
     144        } 
     145 
     146        @POST 
     147        @Path("/json/patient") 
     148        @Produces("application/json") 
     149        public Patient addPatientJson(@FormParam("") Patient object) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     150        { 
     151                if(getDatabase().add(object) > 0) 
     152                        return object; 
     153                return null; 
     154        } 
     155         
     156        @GET 
     157        @Path("/json/patient/{PatientID}") 
     158        @Produces("application/json") 
     159        public Patient getPatientJson(@PathParam("PatientID") Integer PatientID) throws DatabaseException, NamingException 
     160        { 
     161                return getDatabase().findById(Patient.class, PatientID); 
     162        } 
     163         
     164        @PUT 
     165        @Path("/json/patient/{PatientID}") 
     166        @Produces("application/json") 
     167        public Patient updatePatientJson(@PathParam("PatientID") Integer PatientID, @FormParam("") Patient object)  throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     168        { 
     169                if(getDatabase().update(object)>0) return object; 
     170                return null;     
     171        } 
     172         
     173        @DELETE 
     174        @Path("/json/patient/{PatientID}") 
     175        @Produces("application/json") 
     176        public void removePatientJson(@PathParam("PatientID") Integer PatientID) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     177        { 
     178                getDatabase().remove(getDatabase().findById(Patient.class, PatientID));  
     179        } 
     180 
     181        @GET 
     182        @Path("/json/gene") 
     183        @Produces("application/json") 
     184        public GeneList findGeneJson(String query) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     185        { 
     186                return new GeneList(getDatabase().find(Gene.class)); 
     187        } 
     188         
     189        @XmlRootElement(name="gene") 
     190        @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD) 
     191        public static class GeneList 
     192        { 
     193                public GeneList() 
     194                { 
     195                } 
     196                public GeneList(List<Gene> list) 
     197                { 
     198                        this.list = list; 
     199                } 
     200                @XmlElement(name="gene") 
     201                public List<Gene> list; 
     202        } 
     203 
     204        @POST 
     205        @Path("/json/gene") 
     206        @Produces("application/json") 
     207        public Gene addGeneJson(@FormParam("") Gene object) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     208        { 
     209                if(getDatabase().add(object) > 0) 
     210                        return object; 
     211                return null; 
     212        } 
     213         
     214        @GET 
     215        @Path("/json/gene/{id}") 
     216        @Produces("application/json") 
     217        public Gene getGeneJson(@PathParam("id") Integer id) throws DatabaseException, NamingException 
     218        { 
     219                return getDatabase().findById(Gene.class, id); 
     220        } 
     221         
     222        @PUT 
     223        @Path("/json/gene/{id}") 
     224        @Produces("application/json") 
     225        public Gene updateGeneJson(@PathParam("id") Integer id, @FormParam("") Gene object)  throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     226        { 
     227                if(getDatabase().update(object)>0) return object; 
     228                return null;     
     229        } 
     230         
     231        @DELETE 
     232        @Path("/json/gene/{id}") 
     233        @Produces("application/json") 
     234        public void removeGeneJson(@PathParam("id") Integer id) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     235        { 
     236                getDatabase().remove(getDatabase().findById(Gene.class, id));    
     237        } 
     238 
     239        @GET 
     240        @Path("/json/ontologySource") 
     241        @Produces("application/json") 
     242        public OntologySourceList findOntologySourceJson(String query) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     243        { 
     244                return new OntologySourceList(getDatabase().find(OntologySource.class)); 
     245        } 
     246         
     247        @XmlRootElement(name="ontologySource") 
     248        @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD) 
     249        public static class OntologySourceList 
     250        { 
     251                public OntologySourceList() 
     252                { 
     253                } 
     254                public OntologySourceList(List<OntologySource> list) 
     255                { 
     256                        this.list = list; 
     257                } 
     258                @XmlElement(name="ontologySource") 
     259                public List<OntologySource> list; 
     260        } 
     261 
     262        @POST 
     263        @Path("/json/ontologySource") 
     264        @Produces("application/json") 
     265        public OntologySource addOntologySourceJson(@FormParam("") OntologySource object) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     266        { 
     267                if(getDatabase().add(object) > 0) 
     268                        return object; 
     269                return null; 
     270        } 
     271         
     272        @GET 
     273        @Path("/json/ontologySource/{id}") 
     274        @Produces("application/json") 
     275        public OntologySource getOntologySourceJson(@PathParam("id") Integer id) throws DatabaseException, NamingException 
     276        { 
     277                return getDatabase().findById(OntologySource.class, id); 
     278        } 
     279         
     280        @PUT 
     281        @Path("/json/ontologySource/{id}") 
     282        @Produces("application/json") 
     283        public OntologySource updateOntologySourceJson(@PathParam("id") Integer id, @FormParam("") OntologySource object)  throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     284        { 
     285                if(getDatabase().update(object)>0) return object; 
     286                return null;     
     287        } 
     288         
     289        @DELETE 
     290        @Path("/json/ontologySource/{id}") 
     291        @Produces("application/json") 
     292        public void removeOntologySourceJson(@PathParam("id") Integer id) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     293        { 
     294                getDatabase().remove(getDatabase().findById(OntologySource.class, id));  
     295        } 
     296 
     297        @GET 
     298        @Path("/json/ontologyTerm") 
     299        @Produces("application/json") 
     300        public OntologyTermList findOntologyTermJson(String query) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     301        { 
     302                return new OntologyTermList(getDatabase().find(OntologyTerm.class)); 
     303        } 
     304         
     305        @XmlRootElement(name="ontologyTerm") 
     306        @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD) 
     307        public static class OntologyTermList 
     308        { 
     309                public OntologyTermList() 
     310                { 
     311                } 
     312                public OntologyTermList(List<OntologyTerm> list) 
     313                { 
     314                        this.list = list; 
     315                } 
     316                @XmlElement(name="ontologyTerm") 
     317                public List<OntologyTerm> list; 
     318        } 
     319 
     320        @POST 
     321        @Path("/json/ontologyTerm") 
     322        @Produces("application/json") 
     323        public OntologyTerm addOntologyTermJson(@FormParam("") OntologyTerm object) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     324        { 
     325                if(getDatabase().add(object) > 0) 
     326                        return object; 
     327                return null; 
     328        } 
     329         
     330        @GET 
     331        @Path("/json/ontologyTerm/{id}") 
     332        @Produces("application/json") 
     333        public OntologyTerm getOntologyTermJson(@PathParam("id") Integer id) throws DatabaseException, NamingException 
     334        { 
     335                return getDatabase().findById(OntologyTerm.class, id); 
     336        } 
     337         
     338        @PUT 
     339        @Path("/json/ontologyTerm/{id}") 
     340        @Produces("application/json") 
     341        public OntologyTerm updateOntologyTermJson(@PathParam("id") Integer id, @FormParam("") OntologyTerm object)  throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     342        { 
     343                if(getDatabase().update(object)>0) return object; 
     344                return null;     
     345        } 
     346         
     347        @DELETE 
     348        @Path("/json/ontologyTerm/{id}") 
     349        @Produces("application/json") 
     350        public void removeOntologyTermJson(@PathParam("id") Integer id) throws DatabaseException, NamingException, IOException 
     351        { 
     352                getDatabase().remove(getDatabase().findById(OntologyTerm.class, id));    
     353        } 
     354 
     355        @GET 
    59356        @Path("/json/data") 
    60357        @Produces("application/json") 

  • biobank_search/generated/java/app/servlet/SoapApi.java

    r3425 r3486  
    1515import javax.naming.NamingException; 
    1616 
     17import biobank_search.User; 
     18import biobank_search.Patient; 
     19import biobank_search.Gene; 
     20import biobank_search.OntologySource; 
     21import biobank_search.OntologyTerm; 
    1722import biobank_search.Data; 
     23import biobank_search.Patient_Ontology; 
     24import biobank_search.Patient_GenesTested; 
    1825 
    1926import org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource; 
    … …  
    3542// GET SERVICES (for each entity) 
    3643        @WebMethod() 
     44        @WebResult(name = "userList") 
     45        public User getUser(@WebParam(name = "user_id")Integer pkey) 
     46        { 
     47                try 
     48                { 
     49                        Database database = getDatabase(); 
     50                        List<User> _result = database.query(User.class).equals("user_id", pkey).find(); 
     51                        if(_result.size() == 1) 
     52                                return _result.get(0);//.toString()+"\n"; 
     53                        return null; 
     54                }  
     55                catch (Exception e) 
     56                { 
     57                        e.printStackTrace(); 
     58                        return null; 
     59                } 
     60        } 
     61        @WebMethod() 
     62        @WebResult(name = "patientList") 
     63        public Patient getPatient(@WebParam(name = "PatientID")Integer pkey) 
     64        { 
     65                try 
     66                { 
     67                        Database database = getDatabase(); 
     68                        List<Patient> _result = database.query(Patient.class).equals("PatientID", pkey).find(); 
     69                        if(_result.size() == 1) 
     70                                return _result.get(0);//.toString()+"\n"; 
     71                        return null; 
     72                }  
     73                catch (Exception e) 
     74                { 
     75                        e.printStackTrace(); 
     76                        return null; 
     77                } 
     78        } 
     79        @WebMethod() 
     80        @WebResult(name = "geneList") 
     81        public Gene getGene(@WebParam(name = "id")Integer pkey) 
     82        { 
     83                try 
     84                { 
     85                        Database database = getDatabase(); 
     86                        List<Gene> _result = database.query(Gene.class).equals("id", pkey).find(); 
     87                        if(_result.size() == 1) 
     88                                return _result.get(0);//.toString()+"\n"; 
     89                        return null; 
     90                }  
     91                catch (Exception e) 
     92                { 
     93                        e.printStackTrace(); 
     94                        return null; 
     95                } 
     96        } 
     97        @WebMethod() 
     98        @WebResult(name = "ontologySourceList") 
     99        public OntologySource getOntologySource(@WebParam(name = "id")Integer pkey) 
     100        { 
     101                try 
     102                { 
     103                        Database database = getDatabase(); 
     104                        List<OntologySource> _result = database.query(OntologySource.class).equals("id", pkey).find(); 
     105                        if(_result.size() == 1) 
     106                                return _result.get(0);//.toString()+"\n"; 
     107                        return null; 
     108                }  
     109                catch (Exception e) 
     110                { 
     111                        e.printStackTrace(); 
     112                        return null; 
     113                } 
     114        } 
     115        @WebMethod() 
     116        @WebResult(name = "ontologyTermList") 
     117        public OntologyTerm getOntologyTerm(@WebParam(name = "id")Integer pkey) 
     118        { 
     119                try 
     120                { 
     121                        Database database = getDatabase(); 
     122                        List<OntologyTerm> _result = database.query(OntologyTerm.class).equals("id", pkey).find(); 
     123                        if(_result.size() == 1) 
     124                                return _result.get(0);//.toString()+"\n"; 
     125                        return null; 
     126                }  
     127                catch (Exception e) 
     128                { 
     129                        e.printStackTrace(); 
     130                        return null; 
     131                } 
     132        } 
     133        @WebMethod() 
    37134        @WebResult(name = "dataList") 
    38135        public Data getData(@WebParam(name = "id")Integer pkey) 
    … …  
    54151 
    55152//FIND SERVICES (for each entity) 
     153        @WebMethod() 
     154        @WebResult(name = "userList") 
     155        public List<User> findUser(       
     156                @WebParam(name = "user_id") Integer user_id,      
     157                @WebParam(name = "loginname") String loginname,   
     158                @WebParam(name = "firstname") String firstname,   
     159                @WebParam(name = "midinitials") String midinitials,       
     160                @WebParam(name = "lastname") String lastname,     
     161                @WebParam(name = "title") String title,   
     162                @WebParam(name = "profession") String profession,         
     163                @WebParam(name = "instituteHospital") String instituteHospital,   
     164                @WebParam(name = "address") String address,       
     165                @WebParam(name = "zipcode") String zipcode,       
     166                @WebParam(name = "city") String city,     
     167                @WebParam(name = "country") String country,       
     168                @WebParam(name = "phonenumber") String phonenumber,       
     169                @WebParam(name = "faxnumber") String faxnumber,   
     170                @WebParam(name = "email") String email) 
     171        { 
     172                try 
     173                { 
     174                        Query q = getDatabase().query(User.class); 
     175                        if(user_id != null) q.equals("user_id", user_id); 
     176                        if(loginname != null) q.equals("loginname", loginname); 
     177                        if(firstname != null) q.equals("firstname", firstname); 
     178                        if(midinitials != null) q.equals("midinitials", midinitials); 
     179                        if(lastname != null) q.equals("lastname", lastname); 
     180                        if(title != null) q.equals("title", title); 
     181                        if(profession != null) q.equals("profession", profession); 
     182                        if(instituteHospital != null) q.equals("instituteHospital", instituteHospital); 
     183                        if(address != null) q.equals("address", address); 
     184                        if(zipcode != null) q.equals("zipcode", zipcode); 
     185                        if(city != null) q.equals("city", city); 
     186                        if(country != null) q.equals("country", country); 
     187                        if(phonenumber != null) q.equals("phonenumber", phonenumber); 
     188                        if(faxnumber != null) q.equals("faxnumber", faxnumber); 
     189                        if(email != null) q.equals("email", email); 
     190                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     191                }  
     192                catch (Exception e) 
     193                { 
     194                        e.printStackTrace(); 
     195                        return null; 
     196                } 
     197        } 
     198         
     199        @WebMethod() 
     200        @WebResult(name = "userCsv") 
     201        public String findUserCsv(        
     202                @WebParam(name = "user_id") Integer user_id,      
     203                @WebParam(name = "loginname") String loginname,   
     204                @WebParam(name = "firstname") String firstname,   
     205                @WebParam(name = "midinitials") String midinitials,       
     206                @WebParam(name = "lastname") String lastname,     
     207                @WebParam(name = "title") String title,   
     208                @WebParam(name = "profession") String profession,         
     209                @WebParam(name = "instituteHospital") String instituteHospital,   
     210                @WebParam(name = "address") String address,       
     211                @WebParam(name = "zipcode") String zipcode,       
     212                @WebParam(name = "city") String city,     
     213                @WebParam(name = "country") String country,       
     214                @WebParam(name = "phonenumber") String phonenumber,       
     215                @WebParam(name = "faxnumber") String faxnumber,   
     216                @WebParam(name = "email") String email) 
     217        { 
     218                try 
     219                { 
     220                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     221                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     222                        Query q = getDatabase().query(User.class); 
     223                        if(user_id != null) q.equals("user_id", user_id); 
     224                        if(loginname != null) q.equals("loginname", loginname); 
     225                        if(firstname != null) q.equals("firstname", firstname); 
     226                        if(midinitials != null) q.equals("midinitials", midinitials); 
     227                        if(lastname != null) q.equals("lastname", lastname); 
     228                        if(title != null) q.equals("title", title); 
     229                        if(profession != null) q.equals("profession", profession); 
     230                        if(instituteHospital != null) q.equals("instituteHospital", instituteHospital); 
     231                        if(address != null) q.equals("address", address); 
     232                        if(zipcode != null) q.equals("zipcode", zipcode); 
     233                        if(city != null) q.equals("city", city); 
     234                        if(country != null) q.equals("country", country); 
     235                        if(phonenumber != null) q.equals("phonenumber", phonenumber); 
     236                        if(faxnumber != null) q.equals("faxnumber", faxnumber); 
     237                        if(email != null) q.equals("email", email); 
     238                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     239                        out.close(); 
     240                        return _result.toString(); 
     241                }  
     242                catch (Exception e) 
     243                { 
     244                        e.printStackTrace(); 
     245                        return null; 
     246                } 
     247        }        
     248        @WebMethod() 
     249        @WebResult(name = "patientList") 
     250        public List<Patient> findPatient(         
     251                @WebParam(name = "user_id") Integer user_id, 
     252                @WebParam(name = "user_id_loginname") Integer user_id_loginname,          
     253                @WebParam(name = "patientID") Integer patientID,          
     254                @WebParam(name = "ontology") java.util.List<Integer> ontology, 
     255                @WebParam(name = "ontology_term") java.util.List<Integer> ontology_term,          
     256                @WebParam(name = "patientFileNumber") String patientFileNumber,   
     257                @WebParam(name = "disease") String disease,       
     258                @WebParam(name = "numberOfFamilyMembersWithThisDisease") String numberOfFamilyMembersWithThisDisease,     
     259                @WebParam(name = "totalGenerations") String totalGenerations,     
     260                @WebParam(name = "possibleGeneticType") String possibleGeneticType,       
     261                @WebParam(name = "country") String country,       
     262                @WebParam(name = "etnicBackground") String etnicBackground,       
     263                @WebParam(name = "familyResearch") String familyResearch,         
     264                @WebParam(name = "hasDNA") String hasDNA,         
     265                @WebParam(name = "hasRNA") String hasRNA,         
     266                @WebParam(name = "dNAFromTissue") String dNAFromTissue,   
     267                @WebParam(name = "rNAFromTissue") String rNAFromTissue,   
     268                @WebParam(name = "dNAFromBlood") String dNAFromBlood,     
     269                @WebParam(name = "cellsAvailable") String cellsAvailable,         
     270                @WebParam(name = "chromosomalResearch") String chromosomalResearch,       
     271                @WebParam(name = "wGA") String wGA,       
     272                @WebParam(name = "literatureRef") String literatureRef,   
     273                @WebParam(name = "pedigree") String pedigree,     
     274                @WebParam(name = "genesTested") java.util.List<Integer> genesTested, 
     275                @WebParam(name = "genesTested_GeneName") java.util.List<Integer> genesTested_GeneName,    
     276                @WebParam(name = "freeText") String freeText,     
     277                @WebParam(name = "selectFreeText") String selectFreeText) 
     278        { 
     279                try 
     280                { 
     281                        Query q = getDatabase().query(Patient.class); 
     282                        if(user_id != null) q.equals("user_id", user_id); 
     283                        if(patientID != null) q.equals("patientID", patientID); 
     284                        if(ontology != null) q.equals("ontology", ontology); 
     285                        if(patientFileNumber != null) q.equals("patientFileNumber", patientFileNumber); 
     286                        if(disease != null) q.equals("disease", disease); 
     287                        if(numberOfFamilyMembersWithThisDisease != null) q.equals("numberOfFamilyMembersWithThisDisease", numberOfFamilyMembersWithThisDisease); 
     288                        if(totalGenerations != null) q.equals("totalGenerations", totalGenerations); 
     289                        if(possibleGeneticType != null) q.equals("possibleGeneticType", possibleGeneticType); 
     290                        if(country != null) q.equals("country", country); 
     291                        if(etnicBackground != null) q.equals("etnicBackground", etnicBackground); 
     292                        if(familyResearch != null) q.equals("familyResearch", familyResearch); 
     293                        if(hasDNA != null) q.equals("hasDNA", hasDNA); 
     294                        if(hasRNA != null) q.equals("hasRNA", hasRNA); 
     295                        if(dNAFromTissue != null) q.equals("dNAFromTissue", dNAFromTissue); 
     296                        if(rNAFromTissue != null) q.equals("rNAFromTissue", rNAFromTissue); 
     297                        if(dNAFromBlood != null) q.equals("dNAFromBlood", dNAFromBlood); 
     298                        if(cellsAvailable != null) q.equals("cellsAvailable", cellsAvailable); 
     299                        if(chromosomalResearch != null) q.equals("chromosomalResearch", chromosomalResearch); 
     300                        if(wGA != null) q.equals("wGA", wGA); 
     301                        if(literatureRef != null) q.equals("literatureRef", literatureRef); 
     302                        if(pedigree != null) q.equals("pedigree", pedigree); 
     303                        if(genesTested != null) q.equals("genesTested", genesTested); 
     304                        if(freeText != null) q.equals("freeText", freeText); 
     305                        if(selectFreeText != null) q.equals("selectFreeText", selectFreeText); 
     306                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     307                }  
     308                catch (Exception e) 
     309                { 
     310                        e.printStackTrace(); 
     311                        return null; 
     312                } 
     313        } 
     314         
     315        @WebMethod() 
     316        @WebResult(name = "patientCsv") 
     317        public String findPatientCsv(     
     318                @WebParam(name = "user_id") Integer user_id, 
     319                @WebParam(name = "user_id_loginname") Integer user_id_loginname,          
     320                @WebParam(name = "patientID") Integer patientID,          
     321                @WebParam(name = "ontology") java.util.List<Integer> ontology, 
     322                @WebParam(name = "ontology_term") java.util.List<Integer> ontology_term,          
     323                @WebParam(name = "patientFileNumber") String patientFileNumber,   
     324                @WebParam(name = "disease") String disease,       
     325                @WebParam(name = "numberOfFamilyMembersWithThisDisease") String numberOfFamilyMembersWithThisDisease,     
     326                @WebParam(name = "totalGenerations") String totalGenerations,     
     327                @WebParam(name = "possibleGeneticType") String possibleGeneticType,       
     328                @WebParam(name = "country") String country,       
     329                @WebParam(name = "etnicBackground") String etnicBackground,       
     330                @WebParam(name = "familyResearch") String familyResearch,         
     331                @WebParam(name = "hasDNA") String hasDNA,         
     332                @WebParam(name = "hasRNA") String hasRNA,         
     333                @WebParam(name = "dNAFromTissue") String dNAFromTissue,   
     334                @WebParam(name = "rNAFromTissue") String rNAFromTissue,   
     335                @WebParam(name = "dNAFromBlood") String dNAFromBlood,     
     336                @WebParam(name = "cellsAvailable") String cellsAvailable,         
     337                @WebParam(name = "chromosomalResearch") String chromosomalResearch,       
     338                @WebParam(name = "wGA") String wGA,       
     339                @WebParam(name = "literatureRef") String literatureRef,   
     340                @WebParam(name = "pedigree") String pedigree,     
     341                @WebParam(name = "genesTested") java.util.List<Integer> genesTested, 
     342                @WebParam(name = "genesTested_GeneName") java.util.List<Integer> genesTested_GeneName,    
     343                @WebParam(name = "freeText") String freeText,     
     344                @WebParam(name = "selectFreeText") String selectFreeText) 
     345        { 
     346                try 
     347                { 
     348                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     349                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     350                        Query q = getDatabase().query(Patient.class); 
     351                        if(user_id != null) q.equals("user_id", user_id); 
     352                        if(patientID != null) q.equals("patientID", patientID); 
     353                        if(ontology != null) q.equals("ontology", ontology); 
     354                        if(patientFileNumber != null) q.equals("patientFileNumber", patientFileNumber); 
     355                        if(disease != null) q.equals("disease", disease); 
     356                        if(numberOfFamilyMembersWithThisDisease != null) q.equals("numberOfFamilyMembersWithThisDisease", numberOfFamilyMembersWithThisDisease); 
     357                        if(totalGenerations != null) q.equals("totalGenerations", totalGenerations); 
     358                        if(possibleGeneticType != null) q.equals("possibleGeneticType", possibleGeneticType); 
     359                        if(country != null) q.equals("country", country); 
     360                        if(etnicBackground != null) q.equals("etnicBackground", etnicBackground); 
     361                        if(familyResearch != null) q.equals("familyResearch", familyResearch); 
     362                        if(hasDNA != null) q.equals("hasDNA", hasDNA); 
     363                        if(hasRNA != null) q.equals("hasRNA", hasRNA); 
     364                        if(dNAFromTissue != null) q.equals("dNAFromTissue", dNAFromTissue); 
     365                        if(rNAFromTissue != null) q.equals("rNAFromTissue", rNAFromTissue); 
     366                        if(dNAFromBlood != null) q.equals("dNAFromBlood", dNAFromBlood); 
     367                        if(cellsAvailable != null) q.equals("cellsAvailable", cellsAvailable); 
     368                        if(chromosomalResearch != null) q.equals("chromosomalResearch", chromosomalResearch); 
     369                        if(wGA != null) q.equals("wGA", wGA); 
     370                        if(literatureRef != null) q.equals("literatureRef", literatureRef); 
     371                        if(pedigree != null) q.equals("pedigree", pedigree); 
     372                        if(genesTested != null) q.equals("genesTested", genesTested); 
     373                        if(freeText != null) q.equals("freeText", freeText); 
     374                        if(selectFreeText != null) q.equals("selectFreeText", selectFreeText); 
     375                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     376                        out.close(); 
     377                        return _result.toString(); 
     378                }  
     379                catch (Exception e) 
     380                { 
     381                        e.printStackTrace(); 
     382                        return null; 
     383                } 
     384        }        
     385        @WebMethod() 
     386        @WebResult(name = "geneList") 
     387        public List<Gene> findGene(       
     388                @WebParam(name = "id") Integer id,        
     389                @WebParam(name = "geneName") String geneName,     
     390                @WebParam(name = "chromosomeLocation") String chromosomeLocation,         
     391                @WebParam(name = "geneDescription") String geneDescription) 
     392        { 
     393                try 
     394                { 
     395                        Query q = getDatabase().query(Gene.class); 
     396                        if(id != null) q.equals("id", id); 
     397                        if(geneName != null) q.equals("geneName", geneName); 
     398                        if(chromosomeLocation != null) q.equals("chromosomeLocation", chromosomeLocation); 
     399                        if(geneDescription != null) q.equals("geneDescription", geneDescription); 
     400                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     401                }  
     402                catch (Exception e) 
     403                { 
     404                        e.printStackTrace(); 
     405                        return null; 
     406                } 
     407        } 
     408         
     409        @WebMethod() 
     410        @WebResult(name = "geneCsv") 
     411        public String findGeneCsv(        
     412                @WebParam(name = "id") Integer id,        
     413                @WebParam(name = "geneName") String geneName,     
     414                @WebParam(name = "chromosomeLocation") String chromosomeLocation,         
     415                @WebParam(name = "geneDescription") String geneDescription) 
     416        { 
     417                try 
     418                { 
     419                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     420                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     421                        Query q = getDatabase().query(Gene.class); 
     422                        if(id != null) q.equals("id", id); 
     423                        if(geneName != null) q.equals("geneName", geneName); 
     424                        if(chromosomeLocation != null) q.equals("chromosomeLocation", chromosomeLocation); 
     425                        if(geneDescription != null) q.equals("geneDescription", geneDescription); 
     426                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     427                        out.close(); 
     428                        return _result.toString(); 
     429                }  
     430                catch (Exception e) 
     431                { 
     432                        e.printStackTrace(); 
     433                        return null; 
     434                } 
     435        }        
     436        @WebMethod() 
     437        @WebResult(name = "ontologySourceList") 
     438        public List<OntologySource> findOntologySource(   
     439                @WebParam(name = "id") Integer id,        
     440                @WebParam(name = "name") String name) 
     441        { 
     442                try 
     443                { 
     444                        Query q = getDatabase().query(OntologySource.class); 
     445                        if(id != null) q.equals("id", id); 
     446                        if(name != null) q.equals("name", name); 
     447                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     448                }  
     449                catch (Exception e) 
     450                { 
     451                        e.printStackTrace(); 
     452                        return null; 
     453                } 
     454        } 
     455         
     456        @WebMethod() 
     457        @WebResult(name = "ontologySourceCsv") 
     458        public String findOntologySourceCsv(      
     459                @WebParam(name = "id") Integer id,        
     460                @WebParam(name = "name") String name) 
     461        { 
     462                try 
     463                { 
     464                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     465                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     466                        Query q = getDatabase().query(OntologySource.class); 
     467                        if(id != null) q.equals("id", id); 
     468                        if(name != null) q.equals("name", name); 
     469                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     470                        out.close(); 
     471                        return _result.toString(); 
     472                }  
     473                catch (Exception e) 
     474                { 
     475                        e.printStackTrace(); 
     476                        return null; 
     477                } 
     478        }        
     479        @WebMethod() 
     480        @WebResult(name = "ontologyTermList") 
     481        public List<OntologyTerm> findOntologyTerm(       
     482                @WebParam(name = "id") Integer id,        
     483                @WebParam(name = "term") String term,     
     484                @WebParam(name = "description") String description,       
     485                @WebParam(name = "termAccession") String termAccession,   
     486                @WebParam(name = "termSource") Integer termSource, 
     487                @WebParam(name = "termSource_name") Integer termSource_name) 
     488        { 
     489                try 
     490                { 
     491                        Query q = getDatabase().query(OntologyTerm.class); 
     492                        if(id != null) q.equals("id", id); 
     493                        if(term != null) q.equals("term", term); 
     494                        if(description != null) q.equals("description", description); 
     495                        if(termAccession != null) q.equals("termAccession", termAccession); 
     496                        if(termSource != null) q.equals("termSource", termSource); 
     497                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     498                }  
     499                catch (Exception e) 
     500                { 
     501                        e.printStackTrace(); 
     502                        return null; 
     503                } 
     504        } 
     505         
     506        @WebMethod() 
     507        @WebResult(name = "ontologyTermCsv") 
     508        public String findOntologyTermCsv(        
     509                @WebParam(name = "id") Integer id,        
     510                @WebParam(name = "term") String term,     
     511                @WebParam(name = "description") String description,       
     512                @WebParam(name = "termAccession") String termAccession,   
     513                @WebParam(name = "termSource") Integer termSource, 
     514                @WebParam(name = "termSource_name") Integer termSource_name) 
     515        { 
     516                try 
     517                { 
     518                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     519                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     520                        Query q = getDatabase().query(OntologyTerm.class); 
     521                        if(id != null) q.equals("id", id); 
     522                        if(term != null) q.equals("term", term); 
     523                        if(description != null) q.equals("description", description); 
     524                        if(termAccession != null) q.equals("termAccession", termAccession); 
     525                        if(termSource != null) q.equals("termSource", termSource); 
     526                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     527                        out.close(); 
     528                        return _result.toString(); 
     529                }  
     530                catch (Exception e) 
     531                { 
     532                        e.printStackTrace(); 
     533                        return null; 
     534                } 
     535        }        
    56536        @WebMethod() 
    57537        @WebResult(name = "dataList") 
    … …  
    133613                } 
    134614        }        
     615        @WebMethod() 
     616        @WebResult(name = "patient_OntologyList") 
     617        public List<Patient_Ontology> findPatient_Ontology(       
     618                @WebParam(name = "autoid") Integer autoid,        
     619                @WebParam(name = "ontology") Integer ontology, 
     620                @WebParam(name = "ontology_term") Integer ontology_term,          
     621                @WebParam(name = "patient") Integer patient) 
     622        { 
     623                try 
     624                { 
     625                        Query q = getDatabase().query(Patient_Ontology.class); 
     626                        if(autoid != null) q.equals("autoid", autoid); 
     627                        if(ontology != null) q.equals("ontology", ontology); 
     628                        if(patient != null) q.equals("patient", patient); 
     629                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     630                }  
     631                catch (Exception e) 
     632                { 
     633                        e.printStackTrace(); 
     634                        return null; 
     635                } 
     636        } 
     637         
     638        @WebMethod() 
     639        @WebResult(name = "patient_OntologyCsv") 
     640        public String findPatient_OntologyCsv(    
     641                @WebParam(name = "autoid") Integer autoid,        
     642                @WebParam(name = "ontology") Integer ontology, 
     643                @WebParam(name = "ontology_term") Integer ontology_term,          
     644                @WebParam(name = "patient") Integer patient) 
     645        { 
     646                try 
     647                { 
     648                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     649                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     650                        Query q = getDatabase().query(Patient_Ontology.class); 
     651                        if(autoid != null) q.equals("autoid", autoid); 
     652                        if(ontology != null) q.equals("ontology", ontology); 
     653                        if(patient != null) q.equals("patient", patient); 
     654                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     655                        out.close(); 
     656                        return _result.toString(); 
     657                }  
     658                catch (Exception e) 
     659                { 
     660                        e.printStackTrace(); 
     661                        return null; 
     662                } 
     663        }        
     664        @WebMethod() 
     665        @WebResult(name = "patient_GenesTestedList") 
     666        public List<Patient_GenesTested> findPatient_GenesTested(         
     667                @WebParam(name = "autoid") Integer autoid,        
     668                @WebParam(name = "genesTested") Integer genesTested, 
     669                @WebParam(name = "genesTested_GeneName") Integer genesTested_GeneName,    
     670                @WebParam(name = "patient") Integer patient) 
     671        { 
     672                try 
     673                { 
     674                        Query q = getDatabase().query(Patient_GenesTested.class); 
     675                        if(autoid != null) q.equals("autoid", autoid); 
     676                        if(genesTested != null) q.equals("genesTested", genesTested); 
     677                        if(patient != null) q.equals("patient", patient); 
     678                        return q.limit(1000).find(); //safety net of 1000 
     679                }  
     680                catch (Exception e) 
     681                { 
     682                        e.printStackTrace(); 
     683                        return null; 
     684                } 
     685        } 
     686         
     687        @WebMethod() 
     688        @WebResult(name = "patient_GenesTestedCsv") 
     689        public String findPatient_GenesTestedCsv(         
     690                @WebParam(name = "autoid") Integer autoid,        
     691                @WebParam(name = "genesTested") Integer genesTested, 
     692                @WebParam(name = "genesTested_GeneName") Integer genesTested_GeneName,    
     693                @WebParam(name = "patient") Integer patient) 
     694        { 
     695                try 
     696                { 
     697                        ByteArrayOutputStream _result = new ByteArrayOutputStream(); 
     698                        PrintWriter out = new PrintWriter(_result); 
     699                        Query q = getDatabase().query(Patient_GenesTested.class); 
     700                        if(autoid != null) q.equals("autoid", autoid); 
     701                        if(genesTested != null) q.equals("genesTested", genesTested); 
     702                        if(patient != null) q.equals("patient", patient); 
     703                        q.limit(1000).find(new CsvWriter(out)); //safety net of 1000 
     704                        out.close(); 
     705                        return _result.toString(); 
     706                }  
     707                catch (Exception e) 
     708                { 
     709                        e.printStackTrace(); 
     710                        return null; 
     711                } 
     712        }        
    135713         
    136714//CUSTOM SERVICES (defined by 'method' entries in MOLGENIS xml) 

  • biobank_search/generated/java/app/servlet/source.R

    r3425 r3486  
    22# File:        biobank_search/R/generated/java/app/servlet/source.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    4 # Date:        August 20, 2010 
     4# Date:        September 8, 2010 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.RApiGen 3.3.2-testing 
    … …  
    1515 
    1616#entities 
     17source(paste(molgenispath,"biobank_search/R/User.R", sep="")) 
     18source(paste(molgenispath,"biobank_search/R/Patient.R", sep="")) 
     19source(paste(molgenispath,"biobank_search/R/Gene.R", sep="")) 
     20source(paste(molgenispath,"biobank_search/R/OntologySource.R", sep="")) 
     21source(paste(molgenispath,"biobank_search/R/OntologyTerm.R", sep="")) 
    1722source(paste(molgenispath,"biobank_search/R/Data.R", sep="")) 
    1823 

  • biobank_search/generated/java/app/ui/DBIndexPlugin.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        Biobank_search/screen/DBIndex.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/app/ui/DataForm.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        Biobank_search/screen/Data.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.ui.FormScreenGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/app/ui/GenericWizardPlugin.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        Biobank_search/screen/GenericWizard.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/app/ui/MainMenu.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        Biobank_search/screen/Main.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.ui.MenuScreenGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/app/ui/Molgenis_headerPlugin.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        Biobank_search/screen/molgenis_header.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/app/ui/OntoCatIndexPlugin2Plugin.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        Biobank_search/screen/OntoCatIndexPlugin2.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.ui.PluginScreenGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/biobank_search/Data.java

    r3425 r3486  
    22/* File:        biobank_search/model/data.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    4  * Date:        August 20, 2010 
     4 * Date:        September 8, 2010 
    55 * Generator:   org.molgenis.generators.DataTypeGen 3.3.2-testing 
    66 * 
    … …  
    3232/** 
    3333 * Data: . 
    34  * @version August 20, 2010  
     34 * @version September 8, 2010  
    3535 * @author MOLGENIS generator 
    3636 */ 

  • biobank_search/generated/java/biobank_search/R/Data.R

    r3425 r3486  
    22# File:        biobank_search/R/generated/java/biobank_search/R/Data.R 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    4 # Date:        August 20, 2010 
     4# Date:        September 8, 2010 
    55# 
    66# generator:   org.molgenis.generators.R.REntityGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/biobank_search/csv/DataCsvReader.java

    r3425 r3486  
    22/* File:        biobank_search/model/data.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    4  * Date:        August 20, 2010 
     4 * Date:        September 8, 2010 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.csv.CsvReaderGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/biobank_search/db/DataMapper.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        biobank_search/model/data.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 * Template:    MultiqueryMapperGen.java.ftl 
    55 * generator:   org.molgenis.generators.db.MultiqueryMapperGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/biobank_search/excel/DataExcelReader.java

    r3425 r3486  
    22/* File:        biobank_search/model/data.java 
    33 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    4  * Date:        August 20, 2010 
     4 * Date:        September 8, 2010 
    55 *  
    66 * generator:   org.molgenis.generators.excel.ExcelReaderGen 3.3.2-testing 

  • biobank_search/generated/java/test/TestCsv.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        app/JUnitTest.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.tests.TestCsvGen 3.3.2-testing 
    … …  
    3535import org.testng.annotations.Test; 
    3636 
     37import biobank_search.User; 
     38import biobank_search.Patient; 
     39import biobank_search.Gene; 
     40import biobank_search.OntologySource; 
     41import biobank_search.OntologyTerm; 
    3742import biobank_search.Data; 
     43import biobank_search.Patient_Ontology; 
     44import biobank_search.Patient_GenesTested; 
    3845 
    3946/** 
    … …  
    7582                File dir1 = new File(dir + "/dir1"); 
    7683                dir1.mkdirs(); 
    77                 new CsvExport().exportAll(dir1, set1.data); 
     84                new CsvExport().exportAll(dir1, set1.user,set1.patient,set1.gene,set1.ontologySource,set1.ontologyTerm,set1.data,set1.patient_Ontology,set1.patient_GenesTested); 
    7885         
    7986                //import dir1 into database 
    … …  
    131138        { 
    132139                TestDataSet copy = new TestDataSet(); 
     140                copy.user = db.find(User.class); 
     141                copy.patient = db.find(Patient.class); 
     142                copy.gene = db.find(Gene.class); 
     143                copy.ontologySource = db.find(OntologySource.class); 
     144                copy.ontologyTerm = db.find(OntologyTerm.class); 
    133145                copy.data = db.find(Data.class); 
    134146                return copy;     

  • biobank_search/generated/java/test/TestDataSet.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        app/JUnitTest.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.tests.TestDataSetGen 3.3.2-testing 
    … …  
    3737import org.testng.annotations.Test; 
    3838 
     39import biobank_search.User; 
     40import biobank_search.Patient; 
     41import biobank_search.Gene; 
     42import biobank_search.OntologySource; 
     43import biobank_search.OntologyTerm; 
    3944import biobank_search.Data; 
     45import biobank_search.Patient_Ontology; 
     46import biobank_search.Patient_GenesTested; 
    4047 
    4148/** 
    … …  
    5865        public TestDataSet(int size, int mrefSize) 
    5966        { 
     67                //generating User data: 
     68                for(Integer i = 0; i < size; i++) 
     69                { 
     70                        User e = new User(); 
     71                        //assign field loginname 
     72                        e.setLoginname("User_loginname"+i); 
     73                        //assign field Firstname 
     74                        e.setFirstname("User_Firstname"+i); 
     75                        //assign field Midinitials 
     76                        e.setMidinitials("User_Midinitials"+i); 
     77                        //assign field Lastname 
     78                        e.setLastname("User_Lastname"+i); 
     79                        //assign field Title 
     80                        e.setTitle("User_Title"+i); 
     81                        //assign field Profession 
     82                        e.setProfession("User_Profession"+i); 
     83                        //assign field InstituteHospital 
     84                        e.setInstituteHospital("User_InstituteHospital"+i); 
     85                        //assign field Address 
     86                        e.setAddress("User_Address"+i); 
     87                        //assign field Zipcode 
     88                        e.setZipcode("User_Zipcode"+i); 
     89                        //assign field City 
     90                        e.setCity("User_City"+i); 
     91                        //assign field Country 
     92                        e.setCountry("User_Country"+i); 
     93                        //assign field Phonenumber 
     94                        e.setPhonenumber("User_Phonenumber"+i); 
     95                        //assign field Faxnumber 
     96                        e.setFaxnumber("User_Faxnumber"+i); 
     97                        //assign field Email 
     98                        e.setEmail("User_Email"+i); 
     99                        this.user.add(e); 
     100                } 
     101                //generating OntologySource data: 
     102                for(Integer i = 0; i < size; i++) 
     103                { 
     104                        OntologySource e = new OntologySource(); 
     105                        //assign field name 
     106                        e.setName("OntologySource_name"+i); 
     107                        this.ontologySource.add(e); 
     108                } 
     109                //generating Gene data: 
     110                for(Integer i = 0; i < size; i++) 
     111                { 
     112                        Gene e = new Gene(); 
     113                        //assign field GeneName 
     114                        e.setGeneName("Gene_GeneName"+i); 
     115                        //assign field chromosomeLocation 
     116                        e.setChromosomeLocation("Gene_chromosomeLocation"+i); 
     117                        //assign field geneDescription 
     118                        e.setGeneDescription("Gene_geneDescription"+i); 
     119                        this.gene.add(e); 
     120                } 
     121                //generating OntologyTerm data: 
     122                for(Integer i = 0; i < size; i++) 
     123                { 
     124                        OntologyTerm e = new OntologyTerm(); 
     125                        //assign field term 
     126                        e.setTerm("OntologyTerm_term"+i); 
     127                        //assign field description 
     128                        e.setDescription("OntologyTerm_description"+i); 
     129                        //assign field termAccession 
     130                        e.setTermAccession("OntologyTerm_termAccession"+i); 
     131                        //assign field termSource 
     132                        if( this.ontologySource.size() > 0) 
     133                        {  
     134                                OntologySource ref = this.ontologySource.get(random(this.ontologySource.size())); 
     135                                e.setTermSource_name(ref.getName() ); 
     136                        } 
     137                        this.ontologyTerm.add(e); 
     138                } 
     139                //generating Patient data: 
     140                for(Integer i = 0; i < size; i++) 
     141                { 
     142                        Patient e = new Patient(); 
     143                        //assign field user_id 
     144                        if( this.user.size() > 0) 
     145                        {  
     146                                User ref = this.user.get(random(this.user.size())); 
     147                                e.setUser_id_loginname(ref.getLoginname() ); 
     148                        } 
     149                        //assign field Ontology 
     150                        if( this.ontologyTerm.size() > 0) 
     151                        { 
     152                                //get a set of unique entity indexes 
     153                                Set<Integer> indexes = new LinkedHashSet(); 
     154                                for(int j = 0; j < mrefSize; j++) 
     155                                {        
     156                                        indexes.add(random(this.ontologyTerm.size())); 
     157                                } 
     158                                List<String> termList = new ArrayList<String>(); 
     159                                for(Integer index: indexes) 
     160                                { 
     161                                        termList.add( this.ontologyTerm.get(index).getTerm() ); 
     162                                } 
     163                                e.setOntology_term( termList ); 
     164                        } 
     165                        //assign field PatientFileNumber 
     166                        e.setPatientFileNumber("Patient_PatientFileNumber"+i); 
     167                        //assign field Disease 
     168                        e.setDisease("Patient_Disease"+i); 
     169                        //assign field NumberOfFamilyMembersWithThisDisease 
     170                        e.setNumberOfFamilyMembersWithThisDisease("Patient_NumberOfFamilyMembersWithThisDisease"+i); 
     171                        //assign field TotalGenerations 
     172                        e.setTotalGenerations(randomEnum(new String[]{"0","1","2","3","4","5","6","7","8","unknown"})); 
     173                        //assign field PossibleGeneticType 
     174                        e.setPossibleGeneticType(randomEnum(new String[]{"AD","AR","XL","Mitochondrial","Imprinted","Multifact","Unknown"})); 
     175                        //assign field Country 
     176                        e.setCountry("Patient_Country"+i); 
     177                        //assign field EtnicBackground 
     178                        e.setEtnicBackground(randomEnum(new String[]{"Caucasian","Asian","African","Latin","Ashkenasi"})); 
     179                        //assign field FamilyResearch 
     180                        e.setFamilyResearch(randomEnum(new String[]{"Yes","No"})); 
     181                        //assign field hasDNA 
     182                        e.setHasDNA(randomEnum(new String[]{"yes","no","unknown"})); 
     183                        //assign field hasRNA 
     184                        e.setHasRNA(randomEnum(new String[]{"yes","no","unknown"})); 
     185                        //assign field DNAFromTissue 
     186                        e.setDNAFromTissue(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     187                        //assign field RNAFromTissue 
     188                        e.setRNAFromTissue(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     189                        //assign field DNAFromBlood 
     190                        e.setDNAFromBlood(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     191                        //assign field CellsAvailable 
     192                        e.setCellsAvailable(randomEnum(new String[]{"Fibroblasten","EBV immortalized lymphocytes","Unknown"})); 
     193                        //assign field ChromosomalResearch 
     194                        e.setChromosomalResearch(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     195                        //assign field WGA 
     196                        e.setWGA(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     197                        //assign field LiteratureRef 
     198                        e.setLiteratureRef("Patient_LiteratureRef"+i); 
     199                        //assign field Pedigree 
     200                        e.setPedigree("Patient_Pedigree"+i); 
     201                        //assign field GenesTested 
     202                        if( this.gene.size() > 0) 
     203                        { 
     204                                //get a set of unique entity indexes 
     205                                Set<Integer> indexes = new LinkedHashSet(); 
     206                                for(int j = 0; j < mrefSize; j++) 
     207                                {        
     208                                        indexes.add(random(this.gene.size())); 
     209                                } 
     210                                List<String> GeneNameList = new ArrayList<String>(); 
     211                                for(Integer index: indexes) 
     212                                { 
     213                                        GeneNameList.add( this.gene.get(index).getGeneName() ); 
     214                                } 
     215                                e.setGenesTested_GeneName( GeneNameList ); 
     216                        } 
     217                        //assign field FreeText 
     218                        e.setFreeText("Patient_FreeText"+i); 
     219                        //assign field SelectFreeText 
     220                        e.setSelectFreeText("Patient_SelectFreeText"+i); 
     221                        this.patient.add(e); 
     222                } 
    60223                //generating data data: 
    61224                for(Integer i = 0; i < size; i++) 
    … …  
    110273                TestDataSet set = (TestDataSet) other; 
    111274                 
     275                if ( this.user == null ? set.user != null : !this.user.equals( set.user ) ) 
     276                        return false; 
     277                if ( this.patient == null ? set.patient != null : !this.patient.equals( set.patient ) ) 
     278                        return false; 
     279                if ( this.gene == null ? set.gene != null : !this.gene.equals( set.gene ) ) 
     280                        return false; 
     281                if ( this.ontologySource == null ? set.ontologySource != null : !this.ontologySource.equals( set.ontologySource ) ) 
     282                        return false; 
     283                if ( this.ontologyTerm == null ? set.ontologyTerm != null : !this.ontologyTerm.equals( set.ontologyTerm ) ) 
     284                        return false; 
    112285                if ( this.data == null ? set.data != null : !this.data.equals( set.data ) ) 
     286                        return false; 
     287                if ( this.patient_Ontology == null ? set.patient_Ontology != null : !this.patient_Ontology.equals( set.patient_Ontology ) ) 
     288                        return false; 
     289                if ( this.patient_GenesTested == null ? set.patient_GenesTested != null : !this.patient_GenesTested.equals( set.patient_GenesTested ) ) 
    113290                        return false; 
    114291                 
    … …  
    120297        {  
    121298        int hash = 1; 
     299        hash = hash * 31 + (this.user == null ? 0 : user.hashCode()); 
     300        hash = hash * 31 + (this.patient == null ? 0 : patient.hashCode()); 
     301        hash = hash * 31 + (this.gene == null ? 0 : gene.hashCode()); 
     302        hash = hash * 31 + (this.ontologySource == null ? 0 : ontologySource.hashCode()); 
     303        hash = hash * 31 + (this.ontologyTerm == null ? 0 : ontologyTerm.hashCode()); 
    122304        hash = hash * 31 + (this.data == null ? 0 : data.hashCode()); 
     305        hash = hash * 31 + (this.patient_Ontology == null ? 0 : patient_Ontology.hashCode()); 
     306        hash = hash * 31 + (this.patient_GenesTested == null ? 0 : patient_GenesTested.hashCode()); 
    123307        return hash; 
    124308        } 
    125309         
     310        public List<User> user = new ArrayList<User>(); 
     311        public List<Patient> patient = new ArrayList<Patient>(); 
     312        public List<Gene> gene = new ArrayList<Gene>(); 
     313        public List<OntologySource> ontologySource = new ArrayList<OntologySource>(); 
     314        public List<OntologyTerm> ontologyTerm = new ArrayList<OntologyTerm>(); 
    126315        public List<Data> data = new ArrayList<Data>(); 
     316        public List<Patient_Ontology> patient_Ontology = new ArrayList<Patient_Ontology>(); 
     317        public List<Patient_GenesTested> patient_GenesTested = new ArrayList<Patient_GenesTested>(); 
    127318} 

  • biobank_search/generated/java/test/TestDatabase.java

    r3425 r3486  
    11/* File:        app/JUnitTest.java 
    22 * Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    3  * Date:        August 20, 2010 
     3 * Date:        September 8, 2010 
    44 *  
    55 * generator:   org.molgenis.generators.tests.TestDatabaseGen 3.3.2-testing 
    … …  
    3535import org.testng.annotations.Test; 
    3636 
     37import biobank_search.User; 
     38import biobank_search.Patient; 
     39import biobank_search.Gene; 
     40import biobank_search.OntologySource; 
     41import biobank_search.OntologyTerm; 
    3742import biobank_search.Data; 
     43import biobank_search.Patient_Ontology; 
     44import biobank_search.Patient_GenesTested; 
    3845 
    3946public class TestDatabase 
    … …  
    6774                 
    6875                 
     76        @Test 
     77        public void testUser() throws DatabaseException, IOException, ParseException 
     78        { 
     79                //create entities 
     80                List<User> entities = new ArrayList<User>(); 
     81 
     82                //retrieve xref entity candidates 
     83 
     84                for(Integer i = 0; i < total; i++) 
     85                { 
     86                        User e = new User(); 
     87                        e.setLoginname("User_loginname_"+i); 
     88                        e.setFirstname("User_Firstname_"+i); 
     89                        e.setMidinitials("User_Midinitials_"+i); 
     90                        e.setLastname("User_Lastname_"+i); 
     91                        e.setTitle("User_Title_"+i); 
     92                        e.setProfession("User_Profession_"+i); 
     93                        e.setInstituteHospital("User_InstituteHospital_"+i); 
     94                        e.setAddress("User_Address_"+i); 
     95                        e.setZipcode("User_Zipcode_"+i); 
     96                        e.setCity("User_City_"+i); 
     97                        e.setCountry("User_Country_"+i); 
     98                        e.setPhonenumber("User_Phonenumber_"+i); 
     99                        e.setFaxnumber("User_Faxnumber_"+i); 
     100                        e.setEmail("User_Email_"+i); 
     101                                 
     102                        entities.add(e); 
     103                } 
     104                 
     105                //add entities and check counts 
     106                db.add(entities); 
     107                Query<User> q = db.query(User.class); 
     108                assertEquals(total, q.count()); 
     109                List<User> entitiesDb = q.sortASC("user_id").find(); 
     110                assertEquals(total, entitiesDb.size()); 
     111                 
     112                //compare entities against insert (assumes sorting by id) 
     113                for(int i = 0; i < total; i++) 
     114                { 
     115                        assertNotNull(entities.get(i).getUser_id()); 
     116                        assertEquals(entities.get(i).getLoginname(), entitiesDb.get(i).getLoginname()); 
     117                        assertEquals(entities.get(i).getFirstname(), entitiesDb.get(i).getFirstname()); 
     118                        assertEquals(entities.get(i).getMidinitials(), entitiesDb.get(i).getMidinitials()); 
     119                        assertEquals(entities.get(i).getLastname(), entitiesDb.get(i).getLastname()); 
     120                        assertEquals(entities.get(i).getTitle(), entitiesDb.get(i).getTitle()); 
     121                        assertEquals(entities.get(i).getProfession(), entitiesDb.get(i).getProfession()); 
     122                        assertEquals(entities.get(i).getInstituteHospital(), entitiesDb.get(i).getInstituteHospital()); 
     123                        assertEquals(entities.get(i).getAddress(), entitiesDb.get(i).getAddress()); 
     124                        assertEquals(entities.get(i).getZipcode(), entitiesDb.get(i).getZipcode()); 
     125                        assertEquals(entities.get(i).getCity(), entitiesDb.get(i).getCity()); 
     126                        assertEquals(entities.get(i).getCountry(), entitiesDb.get(i).getCountry()); 
     127                        assertEquals(entities.get(i).getPhonenumber(), entitiesDb.get(i).getPhonenumber()); 
     128                        assertEquals(entities.get(i).getFaxnumber(), entitiesDb.get(i).getFaxnumber()); 
     129                        assertEquals(entities.get(i).getEmail(), entitiesDb.get(i).getEmail()); 
     130                }        
     131                 
     132                //test the query capabilities by finding on all fields 
     133                for(User entity: entitiesDb) 
     134                { 
     135                        //test field 'user_id' 
     136                        { 
     137                                Query<User> q2 = db.query(User.class); 
     138                                q2.equals("user_id",entity.getUser_id()); 
     139                                List<User> results = q2.find(); 
     140                                assertEquals(results.size(),1); 
     141                                for(User r: results) 
     142                                { 
     143                                        assertEquals(r.getUser_id(),entity.getUser_id()); 
     144                                } 
     145                        } 
     146                } 
     147        } 
     148 
     149        @Test 
     150        public void testOntologySource() throws DatabaseException, IOException, ParseException 
     151        { 
     152                //create entities 
     153                List<OntologySource> entities = new ArrayList<OntologySource>(); 
     154 
     155                //retrieve xref entity candidates 
     156 
     157                for(Integer i = 0; i < total; i++) 
     158                { 
     159                        OntologySource e = new OntologySource(); 
     160                        e.setName("OntologySource_name_"+i); 
     161                                 
     162                        entities.add(e); 
     163                } 
     164                 
     165                //add entities and check counts 
     166                db.add(entities); 
     167                Query<OntologySource> q = db.query(OntologySource.class); 
     168                assertEquals(total, q.count()); 
     169                List<OntologySource> entitiesDb = q.sortASC("id").find(); 
     170                assertEquals(total, entitiesDb.size()); 
     171                 
     172                //compare entities against insert (assumes sorting by id) 
     173                for(int i = 0; i < total; i++) 
     174                { 
     175                        assertNotNull(entities.get(i).getId()); 
     176                        assertEquals(entities.get(i).getName(), entitiesDb.get(i).getName()); 
     177                }        
     178                 
     179                //test the query capabilities by finding on all fields 
     180                for(OntologySource entity: entitiesDb) 
     181                { 
     182                        //test field 'id' 
     183                        { 
     184                                Query<OntologySource> q2 = db.query(OntologySource.class); 
     185                                q2.equals("id",entity.getId()); 
     186                                List<OntologySource> results = q2.find(); 
     187                                assertEquals(results.size(),1); 
     188                                for(OntologySource r: results) 
     189                                { 
     190                                        assertEquals(r.getId(),entity.getId()); 
     191                                } 
     192                        } 
     193                } 
     194        } 
     195 
     196        @Test 
     197        public void testGene() throws DatabaseException, IOException, ParseException 
     198        { 
     199                //create entities 
     200                List<Gene> entities = new ArrayList<Gene>(); 
     201 
     202                //retrieve xref entity candidates 
     203 
     204                for(Integer i = 0; i < total; i++) 
     205                { 
     206                        Gene e = new Gene(); 
     207                        e.setGeneName("Gene_GeneName_"+i); 
     208                        e.setChromosomeLocation("Gene_chromosomeLocation_"+i); 
     209                        e.setGeneDescription("Gene_geneDescription_"+i); 
     210                                 
     211                        entities.add(e); 
     212                } 
     213                 
     214                //add entities and check counts 
     215                db.add(entities); 
     216                Query<Gene> q = db.query(Gene.class); 
     217                assertEquals(total, q.count()); 
     218                List<Gene> entitiesDb = q.sortASC("id").find(); 
     219                assertEquals(total, entitiesDb.size()); 
     220                 
     221                //compare entities against insert (assumes sorting by id) 
     222                for(int i = 0; i < total; i++) 
     223                { 
     224                        assertNotNull(entities.get(i).getId()); 
     225                        assertEquals(entities.get(i).getGeneName(), entitiesDb.get(i).getGeneName()); 
     226                        assertEquals(entities.get(i).getChromosomeLocation(), entitiesDb.get(i).getChromosomeLocation()); 
     227                        assertEquals(entities.get(i).getGeneDescription(), entitiesDb.get(i).getGeneDescription()); 
     228                }        
     229                 
     230                //test the query capabilities by finding on all fields 
     231                for(Gene entity: entitiesDb) 
     232                { 
     233                        //test field 'id' 
     234                        { 
     235                                Query<Gene> q2 = db.query(Gene.class); 
     236                                q2.equals("id",entity.getId()); 
     237                                List<Gene> results = q2.find(); 
     238                                assertEquals(results.size(),1); 
     239                                for(Gene r: results) 
     240                                { 
     241                                        assertEquals(r.getId(),entity.getId()); 
     242                                } 
     243                        } 
     244                } 
     245        } 
     246 
     247        @Test(dependsOnMethods = {"testOntologySource"}) 
     248        public void testOntologyTerm() throws DatabaseException, IOException, ParseException 
     249        { 
     250                //create entities 
     251                List<OntologyTerm> entities = new ArrayList<OntologyTerm>(); 
     252 
     253                //retrieve xref entity candidates 
     254                List<OntologySource> termSourceXrefs = db.query(OntologySource.class).find();    
     255 
     256                for(Integer i = 0; i < total; i++) 
     257                { 
     258                        OntologyTerm e = new OntologyTerm(); 
     259                        e.setTerm("OntologyTerm_term_"+i); 
     260                        e.setDescription("OntologyTerm_description_"+i); 
     261                        e.setTermAccession("OntologyTerm_termAccession_"+i); 
     262                        if(termSourceXrefs.size() > 0) e.setTermSource( termSourceXrefs.get(i).getId() ); 
     263                                 
     264                        entities.add(e); 
     265                } 
     266                 
     267                //add entities and check counts 
     268                db.add(entities); 
     269                Query<OntologyTerm> q = db.query(OntologyTerm.class); 
     270                assertEquals(total, q.count()); 
     271                List<OntologyTerm> entitiesDb = q.sortASC("id").find(); 
     272                assertEquals(total, entitiesDb.size()); 
     273                 
     274                //compare entities against insert (assumes sorting by id) 
     275                for(int i = 0; i < total; i++) 
     276                { 
     277                        assertNotNull(entities.get(i).getId()); 
     278                        assertEquals(entities.get(i).getTerm(), entitiesDb.get(i).getTerm()); 
     279                        assertEquals(entities.get(i).getDescription(), entitiesDb.get(i).getDescription()); 
     280                        assertEquals(entities.get(i).getTermAccession(), entitiesDb.get(i).getTermAccession()); 
     281                        assertEquals(entities.get(i).getTermSource(), entitiesDb.get(i).getTermSource()); 
     282                }        
     283                 
     284                //test the query capabilities by finding on all fields 
     285                for(OntologyTerm entity: entitiesDb) 
     286                { 
     287                        //test field 'id' 
     288                        { 
     289                                Query<OntologyTerm> q2 = db.query(OntologyTerm.class); 
     290                                q2.equals("id",entity.getId()); 
     291                                List<OntologyTerm> results = q2.find(); 
     292                                assertEquals(results.size(),1); 
     293                                for(OntologyTerm r: results) 
     294                                { 
     295                                        assertEquals(r.getId(),entity.getId()); 
     296                                } 
     297                        } 
     298                } 
     299        } 
     300 
     301        @Test(dependsOnMethods = {"testUser"}) 
     302        public void testPatient() throws DatabaseException, IOException, ParseException 
     303        { 
     304                //create entities 
     305                List<Patient> entities = new ArrayList<Patient>(); 
     306 
     307                //retrieve xref entity candidates 
     308                List<User> user_idXrefs = db.query(User.class).find();   
     309                List<OntologyTerm> ontologyXrefs = db.query(OntologyTerm.class).find();  
     310                List<Gene> genesTestedXrefs = db.query(Gene.class).find();       
     311 
     312                for(Integer i = 0; i < total; i++) 
     313                { 
     314                        Patient e = new Patient(); 
     315                        if(user_idXrefs.size() > 0) e.setUser_id( user_idXrefs.get(i).getUser_id() ); 
     316                        if(ontologyXrefs.size() > 0) 
     317                        { 
     318                                e.getOntology().add( ontologyXrefs.get(i).getId() ); 
     319                                //e.getOntology().add( random(ontologyXrefs).getId() ); 
     320                        } 
     321                        e.setPatientFileNumber("Patient_PatientFileNumber_"+i); 
     322                        e.setDisease("Patient_Disease_"+i); 
     323                        e.setNumberOfFamilyMembersWithThisDisease("Patient_NumberOfFamilyMembersWithThisDisease_"+i); 
     324                        e.setTotalGenerations(randomEnum(new String[]{"0","1","2","3","4","5","6","7","8","unknown"})); 
     325                        e.setPossibleGeneticType(randomEnum(new String[]{"AD","AR","XL","Mitochondrial","Imprinted","Multifact","Unknown"})); 
     326                        e.setCountry("Patient_Country_"+i); 
     327                        e.setEtnicBackground(randomEnum(new String[]{"Caucasian","Asian","African","Latin","Ashkenasi"})); 
     328                        e.setFamilyResearch(randomEnum(new String[]{"Yes","No"})); 
     329                        e.setHasDNA(randomEnum(new String[]{"yes","no","unknown"})); 
     330                        e.setHasRNA(randomEnum(new String[]{"yes","no","unknown"})); 
     331                        e.setDNAFromTissue(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     332                        e.setRNAFromTissue(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     333                        e.setDNAFromBlood(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     334                        e.setCellsAvailable(randomEnum(new String[]{"Fibroblasten","EBV immortalized lymphocytes","Unknown"})); 
     335                        e.setChromosomalResearch(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     336                        e.setWGA(randomEnum(new String[]{"Yes","No","Unknown"})); 
     337                        e.setLiteratureRef("Patient_LiteratureRef_"+i); 
     338                        e.setPedigree("Patient_Pedigree_"+i); 
     339                        if(genesTestedXrefs.size() > 0) 
     340                        { 
     341                                e.getGenesTested().add( genesTestedXrefs.get(i).getId() ); 
     342                                //e.getGenesTested().add( random(genesTestedXrefs).getId() ); 
     343                        } 
     344                        e.setFreeText("Patient_FreeText_"+i); 
     345                        e.setSelectFreeText("Patient_SelectFreeText_"+i); 
     346                                 
     347                        entities.add(e); 
     348                } 
     349                 
     350                //add entities and check counts 
     351                db.add(entities); 
     352                Query<Patient> q = db.query(Patient.class); 
     353                assertEquals(total, q.count()); 
     354                List<Patient> entitiesDb = q.sortASC("PatientID").find(); 
     355                assertEquals(total, entitiesDb.size()); 
     356                 
     357                //compare entities against insert (assumes sorting by id) 
     358                for(int i = 0; i < total; i++) 
     359                { 
     360                        assertNotNull(entities.get(i).getPatientID()); 
     361                        assertEquals(entities.get(i).getUser_id(), entitiesDb.get(i).getUser_id()); 
     362                        assertEquals(entities.get(i).getOntology(), entitiesDb.get(i).getOntology()); 
     363                        assertEquals(entities.get(i).getPatientFileNumber(), entitiesDb.get(i).getPatientFileNumber()); 
     364                        assertEquals(entities.get(i).getDisease(), entitiesDb.get(i).getDisease()); 
     365                        assertEquals(entities.get(i).getNumberOfFamilyMembersWithThisDisease(), entitiesDb.get(i).getNumberOfFamilyMembersWithThisDisease()); 
     366                        assertEquals(entities.get(i).getTotalGenerations(), entitiesDb.get(i).getTotalGenerations()); 
     367                        assertEquals(entities.get(i).getPossibleGeneticType(), entitiesDb.get(i).getPossibleGeneticType()); 
     368                        assertEquals(entities.get(i).getCountry(), entitiesDb.get(i).getCountry()); 
     369                        assertEquals(entities.get(i).getEtnicBackground(), entitiesDb.get(i).getEtnicBackground()); 
     370                        assertEquals(entities.get(i).getFamilyResearch(), entitiesDb.get(i).getFamilyResearch()); 
     371                        assertEquals(entities.get(i).getHasDNA(), entitiesDb.get(i).getHasDNA()); 
     372                        assertEquals(entities.get(i).getHasRNA(), entitiesDb.get(i).getHasRNA()); 
     373                        assertEquals(entities.get(i).getDNAFromTissue(), entitiesDb.get(i).getDNAFromTissue()); 
     374                        assertEquals(entities.get(i).getRNAFromTissue(), entitiesDb.get(i).getRNAFromTissue()); 
     375                        assertEquals(entities.get(i).getDNAFromBlood(), entitiesDb.get(i).getDNAFromBlood()); 
     376                        assertEquals(entities.get(i).getCellsAvailable(), entitiesDb.get(i).getCellsAvailable()); 
     377                        assertEquals(entities.get(i).getChromosomalResearch(), entitiesDb.get(i).getChromosomalResearch()); 
     378                        assertEquals(entities.get(i).getWGA(), entitiesDb.get(i).getWGA()); 
     379                        assertEquals(entities.get(i).getLiteratureRef(), entitiesDb.get(i).getLiteratureRef()); 
     380                        assertEquals(entities.get(i).getPedigree(), entitiesDb.get(i).getPedigree()); 
     381                        assertEquals(entities.get(i).getGenesTested(), entitiesDb.get(i).getGenesTested()); 
     382                        assertEquals(entities.get(i).getFreeText(), entitiesDb.get(i).getFreeText()); 
     383                        assertEquals(entities.get(i).getSelectFreeText(), entitiesDb.get(i).getSelectFreeText()); 
     384                }        
     385                 
     386                //test the query capabilities by finding on all fields 
     387                for(Patient entity: entitiesDb) 
     388                { 
     389                        //test field 'PatientID' 
     390                        { 
     391                                Query<Patient> q2 = db.query(Patient.class); 
     392                                q2.equals("patientID",entity.getPatientID()); 
     393                                List<Patient> results = q2.find(); 
     394                                assertEquals(results.size(),1); 
     395                                for(Patient r: results) 
     396                                { 
     397                                        assertEquals(r.getPatientID(),entity.getPatientID()); 
     398                                } 
     399                        } 
     400                } 
     401        } 
     402 
    69403        @Test 
    70404        public void testData() throws DatabaseException, IOException, ParseException 

  • biobank_search/generated/python/biobank_search/Data.py

    r3425 r3486  
    22# File:        biobank_search/model/data.py 
    33# Copyright:   GBIC 2000-2010, all rights reserved 
    4 # Date:        August 20, 2010 
     4# Date:        September 8, 2010 
    55# Generator:   org.molgenis.generators.python.PythonDataTypeGen 3.3.2-testing 
    66# 

  • biobank_search/generated/sql/alter_tables.sql

    r3425 r3486  
    11/* 
    22 * Created by: org.molgenis.generators.sql.MySqlAlterSubclassPerTableGen 
    3  * Date: August 20, 2010 
     3 * Date: September 8, 2010 
    44 */ 
    55 
    66/**********CREATE TABLES**********/ 
    77SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0; ##allows us to drop fkeyed tables 
     8 
     9/*user*/ 
     10#create the table if not exists 
     11CREATE TABLE User ( 
     12        user_id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     13        , loginname VARCHAR(255) NOT NULL 
     14        , Firstname VARCHAR(255) NOT NULL 
     15        , Midinitials VARCHAR(255) NULL 
     16        , Lastname VARCHAR(255) NOT NULL 
     17        , Title VARCHAR(255) NOT NULL 
     18        , Profession VARCHAR(255) NOT NULL 
     19        , InstituteHospital VARCHAR(255) NOT NULL 
     20        , Address VARCHAR(255) NOT NULL 
     21        , Zipcode VARCHAR(255) NOT NULL 
     22        , City VARCHAR(255) NOT NULL 
     23        , Country VARCHAR(255) NOT NULL 
     24        , Phonenumber VARCHAR(255) NULL 
     25        , Faxnumber VARCHAR(255) NULL 
     26        , Email VARCHAR(255) NOT NULL 
     27        , PRIMARY KEY(user_id) 
     28        , UNIQUE(loginname) 
     29) ENGINE=InnoDB; 
     30 
     31#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     32ALTER TABLE  
     33 
     34#modify the existing columns, simply fail if missing 
     35ALTER TABLE User MODIFY COLUMN user_id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     36 
     37#add missing columns, simply fail if exist 
     38ALTER TABLE User ADD COLUMN user_id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     39#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     40ALTER TABLE  
     41 
     42#modify the existing columns, simply fail if missing 
     43ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN loginname VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     44 
     45#add missing columns, simply fail if exist 
     46ALTER TABLE User , ADD COLUMN loginname VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     47#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     48ALTER TABLE  
     49 
     50#modify the existing columns, simply fail if missing 
     51ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Firstname VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     52 
     53#add missing columns, simply fail if exist 
     54ALTER TABLE User , ADD COLUMN Firstname VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     55#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     56ALTER TABLE  
     57 
     58#modify the existing columns, simply fail if missing 
     59ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Midinitials VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     60 
     61#add missing columns, simply fail if exist 
     62ALTER TABLE User , ADD COLUMN Midinitials VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     63#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     64ALTER TABLE  
     65 
     66#modify the existing columns, simply fail if missing 
     67ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Lastname VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     68 
     69#add missing columns, simply fail if exist 
     70ALTER TABLE User , ADD COLUMN Lastname VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     71#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     72ALTER TABLE  
     73 
     74#modify the existing columns, simply fail if missing 
     75ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Title VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     76 
     77#add missing columns, simply fail if exist 
     78ALTER TABLE User , ADD COLUMN Title VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     79#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     80ALTER TABLE  
     81 
     82#modify the existing columns, simply fail if missing 
     83ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Profession VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     84 
     85#add missing columns, simply fail if exist 
     86ALTER TABLE User , ADD COLUMN Profession VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     87#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     88ALTER TABLE  
     89 
     90#modify the existing columns, simply fail if missing 
     91ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN InstituteHospital VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     92 
     93#add missing columns, simply fail if exist 
     94ALTER TABLE User , ADD COLUMN InstituteHospital VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     95#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     96ALTER TABLE  
     97 
     98#modify the existing columns, simply fail if missing 
     99ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Address VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     100 
     101#add missing columns, simply fail if exist 
     102ALTER TABLE User , ADD COLUMN Address VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     103#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     104ALTER TABLE  
     105 
     106#modify the existing columns, simply fail if missing 
     107ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Zipcode VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     108 
     109#add missing columns, simply fail if exist 
     110ALTER TABLE User , ADD COLUMN Zipcode VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     111#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     112ALTER TABLE  
     113 
     114#modify the existing columns, simply fail if missing 
     115ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN City VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     116 
     117#add missing columns, simply fail if exist 
     118ALTER TABLE User , ADD COLUMN City VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     119#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     120ALTER TABLE  
     121 
     122#modify the existing columns, simply fail if missing 
     123ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Country VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     124 
     125#add missing columns, simply fail if exist 
     126ALTER TABLE User , ADD COLUMN Country VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     127#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     128ALTER TABLE  
     129 
     130#modify the existing columns, simply fail if missing 
     131ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Phonenumber VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     132 
     133#add missing columns, simply fail if exist 
     134ALTER TABLE User , ADD COLUMN Phonenumber VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     135#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     136ALTER TABLE  
     137 
     138#modify the existing columns, simply fail if missing 
     139ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Faxnumber VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     140 
     141#add missing columns, simply fail if exist 
     142ALTER TABLE User , ADD COLUMN Faxnumber VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     143#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     144ALTER TABLE  
     145 
     146#modify the existing columns, simply fail if missing 
     147ALTER TABLE User , MODIFY COLUMN Email VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     148 
     149#add missing columns, simply fail if exist 
     150ALTER TABLE User , ADD COLUMN Email VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     151 
     152 
     153#else modify an existing table 
     154#make dropped column names nullable, not auto 
     155 
     156 
     157#add the new columns 
     158 
     159 
     160/*ontologySource*/ 
     161#create the table if not exists 
     162CREATE TABLE OntologySource ( 
     163        id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     164        , name VARCHAR(255) NOT NULL 
     165        , PRIMARY KEY(id) 
     166        , UNIQUE(name) 
     167) ENGINE=InnoDB; 
     168 
     169#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     170ALTER TABLE  
     171 
     172#modify the existing columns, simply fail if missing 
     173ALTER TABLE OntologySource MODIFY COLUMN id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     174 
     175#add missing columns, simply fail if exist 
     176ALTER TABLE OntologySource ADD COLUMN id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     177#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     178ALTER TABLE  
     179 
     180#modify the existing columns, simply fail if missing 
     181ALTER TABLE OntologySource , MODIFY COLUMN name VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     182 
     183#add missing columns, simply fail if exist 
     184ALTER TABLE OntologySource , ADD COLUMN name VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     185 
     186 
     187#else modify an existing table 
     188#make dropped column names nullable, not auto 
     189 
     190 
     191#add the new columns 
     192 
     193 
     194/*gene*/ 
     195#create the table if not exists 
     196CREATE TABLE Gene ( 
     197        id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     198        , GeneName VARCHAR(255) NOT NULL 
     199        , chromosomeLocation VARCHAR(255) NOT NULL 
     200        , geneDescription TEXT NOT NULL 
     201        , PRIMARY KEY(id) 
     202        , UNIQUE(GeneName) 
     203) ENGINE=InnoDB; 
     204 
     205#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     206ALTER TABLE  
     207 
     208#modify the existing columns, simply fail if missing 
     209ALTER TABLE Gene MODIFY COLUMN id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     210 
     211#add missing columns, simply fail if exist 
     212ALTER TABLE Gene ADD COLUMN id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     213#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     214ALTER TABLE  
     215 
     216#modify the existing columns, simply fail if missing 
     217ALTER TABLE Gene , MODIFY COLUMN GeneName VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     218 
     219#add missing columns, simply fail if exist 
     220ALTER TABLE Gene , ADD COLUMN GeneName VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     221#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     222ALTER TABLE  
     223 
     224#modify the existing columns, simply fail if missing 
     225ALTER TABLE Gene , MODIFY COLUMN chromosomeLocation VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     226 
     227#add missing columns, simply fail if exist 
     228ALTER TABLE Gene , ADD COLUMN chromosomeLocation VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     229#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     230ALTER TABLE  
     231 
     232#modify the existing columns, simply fail if missing 
     233ALTER TABLE Gene , MODIFY COLUMN geneDescription TEXT NOT NULL IF EXISTS; 
     234 
     235#add missing columns, simply fail if exist 
     236ALTER TABLE Gene , ADD COLUMN geneDescription TEXT NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     237 
     238 
     239#else modify an existing table 
     240#make dropped column names nullable, not auto 
     241 
     242 
     243#add the new columns 
     244 
     245 
     246/*ontologyTerm*/ 
     247#create the table if not exists 
     248CREATE TABLE OntologyTerm ( 
     249        id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     250        , term VARCHAR(255) NOT NULL 
     251        , description TEXT NULL 
     252        , termAccession VARCHAR(255) NULL 
     253        , termSource INTEGER NOT NULL 
     254        , PRIMARY KEY(id) 
     255        , UNIQUE(termSource,term) 
     256) ENGINE=InnoDB; 
     257 
     258#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     259ALTER TABLE  
     260 
     261#modify the existing columns, simply fail if missing 
     262ALTER TABLE OntologyTerm MODIFY COLUMN id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     263 
     264#add missing columns, simply fail if exist 
     265ALTER TABLE OntologyTerm ADD COLUMN id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     266#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     267ALTER TABLE  
     268 
     269#modify the existing columns, simply fail if missing 
     270ALTER TABLE OntologyTerm , MODIFY COLUMN term VARCHAR(255) NOT NULL IF EXISTS; 
     271 
     272#add missing columns, simply fail if exist 
     273ALTER TABLE OntologyTerm , ADD COLUMN term VARCHAR(255) NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     274#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     275ALTER TABLE  
     276 
     277#modify the existing columns, simply fail if missing 
     278ALTER TABLE OntologyTerm , MODIFY COLUMN description TEXT NULL IF EXISTS; 
     279 
     280#add missing columns, simply fail if exist 
     281ALTER TABLE OntologyTerm , ADD COLUMN description TEXT NULL IF NOT EXISTS; 
     282#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     283ALTER TABLE  
     284 
     285#modify the existing columns, simply fail if missing 
     286ALTER TABLE OntologyTerm , MODIFY COLUMN termAccession VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     287 
     288#add missing columns, simply fail if exist 
     289ALTER TABLE OntologyTerm , ADD COLUMN termAccession VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     290#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     291ALTER TABLE  
     292 
     293#modify the existing columns, simply fail if missing 
     294ALTER TABLE OntologyTerm , MODIFY COLUMN termSource INTEGER NOT NULL IF EXISTS; 
     295 
     296#add missing columns, simply fail if exist 
     297ALTER TABLE OntologyTerm , ADD COLUMN termSource INTEGER NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     298 
     299 
     300#else modify an existing table 
     301#make dropped column names nullable, not auto 
     302 
     303 
     304#add the new columns 
     305 
     306 
     307/*patient*/ 
     308#create the table if not exists 
     309CREATE TABLE Patient ( 
     310        user_id INTEGER NOT NULL 
     311        , PatientID INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     312        , PatientFileNumber VARCHAR(255) NULL 
     313        , Disease TEXT NULL 
     314        , NumberOfFamilyMembersWithThisDisease VARCHAR(255) NULL 
     315        , TotalGenerations ENUM('0','1','2','3','4','5','6','7','8','unknown') NULL 
     316        , PossibleGeneticType ENUM('AD','AR','XL','Mitochondrial','Imprinted','Multifact','Unknown') NULL 
     317        , Country VARCHAR(255) NULL 
     318        , EtnicBackground ENUM('Caucasian','Asian','African','Latin','Ashkenasi') NULL 
     319        , FamilyResearch ENUM('Yes','No') NULL 
     320        , hasDNA ENUM('yes','no','unknown') NULL 
     321        , hasRNA ENUM('yes','no','unknown') NULL 
     322        , DNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     323        , RNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     324        , DNAFromBlood ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     325        , CellsAvailable ENUM('Fibroblasten','EBV immortalized lymphocytes','Unknown') NULL 
     326        , ChromosomalResearch ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     327        , WGA ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     328        , LiteratureRef VARCHAR(255) NULL 
     329        , Pedigree VARCHAR(1024) NULL 
     330        , FreeText TEXT NULL 
     331        , SelectFreeText TEXT NULL 
     332        , PRIMARY KEY(PatientID) 
     333) ENGINE=InnoDB; 
     334 
     335#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     336ALTER TABLE  
     337 
     338#modify the existing columns, simply fail if missing 
     339ALTER TABLE Patient MODIFY COLUMN user_id INTEGER NOT NULL IF EXISTS; 
     340 
     341#add missing columns, simply fail if exist 
     342ALTER TABLE Patient ADD COLUMN user_id INTEGER NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     343#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     344ALTER TABLE  
     345 
     346#modify the existing columns, simply fail if missing 
     347ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN PatientID INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     348 
     349#add missing columns, simply fail if exist 
     350ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN PatientID INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     351#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     352ALTER TABLE  
     353 
     354#modify the existing columns, simply fail if missing 
     355ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN PatientFileNumber VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     356 
     357#add missing columns, simply fail if exist 
     358ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN PatientFileNumber VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     359#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     360ALTER TABLE  
     361 
     362#modify the existing columns, simply fail if missing 
     363ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN Disease TEXT NULL IF EXISTS; 
     364 
     365#add missing columns, simply fail if exist 
     366ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN Disease TEXT NULL IF NOT EXISTS; 
     367#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     368ALTER TABLE  
     369 
     370#modify the existing columns, simply fail if missing 
     371ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN NumberOfFamilyMembersWithThisDisease VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     372 
     373#add missing columns, simply fail if exist 
     374ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN NumberOfFamilyMembersWithThisDisease VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     375#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     376ALTER TABLE  
     377 
     378#modify the existing columns, simply fail if missing 
     379ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN TotalGenerations ENUM('0','1','2','3','4','5','6','7','8','unknown') NULL IF EXISTS; 
     380 
     381#add missing columns, simply fail if exist 
     382ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN TotalGenerations ENUM('0','1','2','3','4','5','6','7','8','unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     383#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     384ALTER TABLE  
     385 
     386#modify the existing columns, simply fail if missing 
     387ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN PossibleGeneticType ENUM('AD','AR','XL','Mitochondrial','Imprinted','Multifact','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     388 
     389#add missing columns, simply fail if exist 
     390ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN PossibleGeneticType ENUM('AD','AR','XL','Mitochondrial','Imprinted','Multifact','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     391#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     392ALTER TABLE  
     393 
     394#modify the existing columns, simply fail if missing 
     395ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN Country VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     396 
     397#add missing columns, simply fail if exist 
     398ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN Country VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     399#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     400ALTER TABLE  
     401 
     402#modify the existing columns, simply fail if missing 
     403ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN EtnicBackground ENUM('Caucasian','Asian','African','Latin','Ashkenasi') NULL IF EXISTS; 
     404 
     405#add missing columns, simply fail if exist 
     406ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN EtnicBackground ENUM('Caucasian','Asian','African','Latin','Ashkenasi') NULL IF NOT EXISTS; 
     407#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     408ALTER TABLE  
     409 
     410#modify the existing columns, simply fail if missing 
     411ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN FamilyResearch ENUM('Yes','No') NULL IF EXISTS; 
     412 
     413#add missing columns, simply fail if exist 
     414ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN FamilyResearch ENUM('Yes','No') NULL IF NOT EXISTS; 
     415#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     416ALTER TABLE  
     417 
     418#modify the existing columns, simply fail if missing 
     419ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN hasDNA ENUM('yes','no','unknown') NULL IF EXISTS; 
     420 
     421#add missing columns, simply fail if exist 
     422ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN hasDNA ENUM('yes','no','unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     423#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     424ALTER TABLE  
     425 
     426#modify the existing columns, simply fail if missing 
     427ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN hasRNA ENUM('yes','no','unknown') NULL IF EXISTS; 
     428 
     429#add missing columns, simply fail if exist 
     430ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN hasRNA ENUM('yes','no','unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     431#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     432ALTER TABLE  
     433 
     434#modify the existing columns, simply fail if missing 
     435ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN DNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     436 
     437#add missing columns, simply fail if exist 
     438ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN DNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     439#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     440ALTER TABLE  
     441 
     442#modify the existing columns, simply fail if missing 
     443ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN RNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     444 
     445#add missing columns, simply fail if exist 
     446ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN RNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     447#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     448ALTER TABLE  
     449 
     450#modify the existing columns, simply fail if missing 
     451ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN DNAFromBlood ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     452 
     453#add missing columns, simply fail if exist 
     454ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN DNAFromBlood ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     455#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     456ALTER TABLE  
     457 
     458#modify the existing columns, simply fail if missing 
     459ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN CellsAvailable ENUM('Fibroblasten','EBV immortalized lymphocytes','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     460 
     461#add missing columns, simply fail if exist 
     462ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN CellsAvailable ENUM('Fibroblasten','EBV immortalized lymphocytes','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     463#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     464ALTER TABLE  
     465 
     466#modify the existing columns, simply fail if missing 
     467ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN ChromosomalResearch ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     468 
     469#add missing columns, simply fail if exist 
     470ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN ChromosomalResearch ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     471#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     472ALTER TABLE  
     473 
     474#modify the existing columns, simply fail if missing 
     475ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN WGA ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF EXISTS; 
     476 
     477#add missing columns, simply fail if exist 
     478ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN WGA ENUM('Yes','No','Unknown') NULL IF NOT EXISTS; 
     479#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     480ALTER TABLE  
     481 
     482#modify the existing columns, simply fail if missing 
     483ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN LiteratureRef VARCHAR(255) NULL IF EXISTS; 
     484 
     485#add missing columns, simply fail if exist 
     486ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN LiteratureRef VARCHAR(255) NULL IF NOT EXISTS; 
     487#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     488ALTER TABLE  
     489 
     490#modify the existing columns, simply fail if missing 
     491ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN Pedigree VARCHAR(1024) NULL IF EXISTS; 
     492 
     493#add missing columns, simply fail if exist 
     494ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN Pedigree VARCHAR(1024) NULL IF NOT EXISTS; 
     495#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     496ALTER TABLE  
     497 
     498#modify the existing columns, simply fail if missing 
     499ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN FreeText TEXT NULL IF EXISTS; 
     500 
     501#add missing columns, simply fail if exist 
     502ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN FreeText TEXT NULL IF NOT EXISTS; 
     503#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     504ALTER TABLE  
     505 
     506#modify the existing columns, simply fail if missing 
     507ALTER TABLE Patient , MODIFY COLUMN SelectFreeText TEXT NULL IF EXISTS; 
     508 
     509#add missing columns, simply fail if exist 
     510ALTER TABLE Patient , ADD COLUMN SelectFreeText TEXT NULL IF NOT EXISTS; 
     511 
     512 
     513#else modify an existing table 
     514#make dropped column names nullable, not auto 
     515 
     516 
     517#add the new columns 
     518 
    8519 
    9520/*data*/ 
    … …  
    120631#add the new columns 
    121632 
     633 
     634/*patient_Ontology*/ 
     635#create the table if not exists 
     636CREATE TABLE Patient_Ontology ( 
     637        autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     638        , Ontology INTEGER NOT NULL 
     639        , Patient INTEGER NOT NULL 
     640        , PRIMARY KEY(autoid) 
     641        , UNIQUE(Ontology,Patient) 
     642) ENGINE=InnoDB; 
     643 
     644#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     645ALTER TABLE  
     646 
     647#modify the existing columns, simply fail if missing 
     648ALTER TABLE Patient_Ontology MODIFY COLUMN autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     649 
     650#add missing columns, simply fail if exist 
     651ALTER TABLE Patient_Ontology ADD COLUMN autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     652#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     653ALTER TABLE  
     654 
     655#modify the existing columns, simply fail if missing 
     656ALTER TABLE Patient_Ontology , MODIFY COLUMN Ontology INTEGER NOT NULL IF EXISTS; 
     657 
     658#add missing columns, simply fail if exist 
     659ALTER TABLE Patient_Ontology , ADD COLUMN Ontology INTEGER NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     660#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     661ALTER TABLE  
     662 
     663#modify the existing columns, simply fail if missing 
     664ALTER TABLE Patient_Ontology , MODIFY COLUMN Patient INTEGER NOT NULL IF EXISTS; 
     665 
     666#add missing columns, simply fail if exist 
     667ALTER TABLE Patient_Ontology , ADD COLUMN Patient INTEGER NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     668 
     669 
     670#else modify an existing table 
     671#make dropped column names nullable, not auto 
     672 
     673 
     674#add the new columns 
     675 
     676 
     677/*patient_GenesTested*/ 
     678#create the table if not exists 
     679CREATE TABLE Patient_GenesTested ( 
     680        autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     681        , GenesTested INTEGER NOT NULL 
     682        , Patient INTEGER NOT NULL 
     683        , PRIMARY KEY(autoid) 
     684        , UNIQUE(GenesTested,Patient) 
     685) ENGINE=InnoDB; 
     686 
     687#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     688ALTER TABLE  
     689 
     690#modify the existing columns, simply fail if missing 
     691ALTER TABLE Patient_GenesTested MODIFY COLUMN autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF EXISTS; 
     692 
     693#add missing columns, simply fail if exist 
     694ALTER TABLE Patient_GenesTested ADD COLUMN autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT IF NOT EXISTS; 
     695#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     696ALTER TABLE  
     697 
     698#modify the existing columns, simply fail if missing 
     699ALTER TABLE Patient_GenesTested , MODIFY COLUMN GenesTested INTEGER NOT NULL IF EXISTS; 
     700 
     701#add missing columns, simply fail if exist 
     702ALTER TABLE Patient_GenesTested , ADD COLUMN GenesTested INTEGER NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     703#strip dropped columns from constraints (keep data to be sure) 
     704ALTER TABLE  
     705 
     706#modify the existing columns, simply fail if missing 
     707ALTER TABLE Patient_GenesTested , MODIFY COLUMN Patient INTEGER NOT NULL IF EXISTS; 
     708 
     709#add missing columns, simply fail if exist 
     710ALTER TABLE Patient_GenesTested , ADD COLUMN Patient INTEGER NOT NULL IF NOT EXISTS; 
     711 
     712 
     713#else modify an existing table 
     714#make dropped column names nullable, not auto 
     715 
     716 
     717#add the new columns 
     718 
    122719SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1; 
    123720 
    124721/**********ADD/UPDATE FOREIGN KEYS**********/ 
    125722 
     723ALTER TABLE OntologyTerm ADD FOREIGN KEY (termSource) REFERENCES OntologySource (id) ON DELETE RESTRICT; 
     724ALTER TABLE Patient ADD FOREIGN KEY (user_id) REFERENCES User (user_id) ON DELETE RESTRICT; 
     725ALTER TABLE Patient_Ontology ADD FOREIGN KEY (Ontology) REFERENCES OntologyTerm (id) ON DELETE RESTRICT; 
     726ALTER TABLE Patient_Ontology ADD FOREIGN KEY (Patient) REFERENCES Patient (PatientID) ON DELETE RESTRICT; 
     727ALTER TABLE Patient_GenesTested ADD FOREIGN KEY (GenesTested) REFERENCES Gene (id) ON DELETE RESTRICT; 
     728ALTER TABLE Patient_GenesTested ADD FOREIGN KEY (Patient) REFERENCES Patient (PatientID) ON DELETE RESTRICT; 

  • biobank_search/generated/sql/count_per_entity.sql

    r3198 r3486  
     1SELECT 'User' AS entity, count(*) AS count FROM User 
     2 UNION  
     3SELECT 'Patient' AS entity, count(*) AS count FROM Patient 
     4 UNION  
     5SELECT 'Gene' AS entity, count(*) AS count FROM Gene 
     6 UNION  
     7SELECT 'OntologySource' AS entity, count(*) AS count FROM OntologySource 
     8 UNION  
     9SELECT 'OntologyTerm' AS entity, count(*) AS count FROM OntologyTerm 
     10 UNION  
    111SELECT 'data' AS entity, count(*) AS count FROM data 
     12 UNION  
     13SELECT 'Patient_Ontology' AS entity, count(*) AS count FROM Patient_Ontology 
     14 UNION  
     15SELECT 'Patient_GenesTested' AS entity, count(*) AS count FROM Patient_GenesTested 
    216 
    317; 

  • biobank_search/generated/sql/count_per_table.sql

    r3198 r3486  
     1SELECT 'User' AS entity, count(*) AS count FROM user 
     2 UNION  
     3SELECT 'Patient' AS entity, count(*) AS count FROM patient 
     4 UNION  
     5SELECT 'Gene' AS entity, count(*) AS count FROM gene 
     6 UNION  
     7SELECT 'OntologySource' AS entity, count(*) AS count FROM ontologySource 
     8 UNION  
     9SELECT 'OntologyTerm' AS entity, count(*) AS count FROM ontologyTerm 
     10 UNION  
    111SELECT 'data' AS entity, count(*) AS count FROM data 
     12 UNION  
     13SELECT 'Patient_Ontology' AS entity, count(*) AS count FROM patient_Ontology 
     14 UNION  
     15SELECT 'Patient_GenesTested' AS entity, count(*) AS count FROM patient_GenesTested 
    216 
    317; 

  • biobank_search/generated/sql/create_tables.sql

    r3425 r3486  
    11/* 
    22 * Created by: org.molgenis.generators.sql.MySqlCreateSubclassPerTableGen 
    3  * Date: August 20, 2010 
     3 * Date: September 8, 2010 
    44 */ 
    55 
    66/**********CREATE TABLES**********/ 
    77SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0; ##allows us to drop fkeyed tables 
     8 
     9/*user*/ 
     10DROP TABLE IF EXISTS User; 
     11CREATE TABLE User ( 
     12        user_id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     13        , loginname VARCHAR(255) NOT NULL 
     14        , Firstname VARCHAR(255) NOT NULL 
     15        , Midinitials VARCHAR(255) NULL 
     16        , Lastname VARCHAR(255) NOT NULL 
     17        , Title VARCHAR(255) NOT NULL 
     18        , Profession VARCHAR(255) NOT NULL 
     19        , InstituteHospital VARCHAR(255) NOT NULL 
     20        , Address VARCHAR(255) NOT NULL 
     21        , Zipcode VARCHAR(255) NOT NULL 
     22        , City VARCHAR(255) NOT NULL 
     23        , Country VARCHAR(255) NOT NULL 
     24        , Phonenumber VARCHAR(255) NULL 
     25        , Faxnumber VARCHAR(255) NULL 
     26        , Email VARCHAR(255) NOT NULL 
     27        , PRIMARY KEY(user_id) 
     28) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
     29 
     30/*ontologySource*/ 
     31DROP TABLE IF EXISTS OntologySource; 
     32CREATE TABLE OntologySource ( 
     33        id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     34        , name VARCHAR(255) NOT NULL 
     35        , PRIMARY KEY(id) 
     36) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
     37 
     38/*gene*/ 
     39DROP TABLE IF EXISTS Gene; 
     40CREATE TABLE Gene ( 
     41        id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     42        , GeneName VARCHAR(255) NOT NULL 
     43        , chromosomeLocation VARCHAR(255) NOT NULL 
     44        , geneDescription TEXT NOT NULL 
     45        , PRIMARY KEY(id) 
     46) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
     47 
     48/*ontologyTerm*/ 
     49DROP TABLE IF EXISTS OntologyTerm; 
     50CREATE TABLE OntologyTerm ( 
     51        id INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     52        , term VARCHAR(255) NOT NULL 
     53        , description TEXT NULL 
     54        , termAccession VARCHAR(255) NULL 
     55        , termSource INTEGER NOT NULL 
     56        , PRIMARY KEY(id) 
     57) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
     58 
     59/*patient*/ 
     60DROP TABLE IF EXISTS Patient; 
     61CREATE TABLE Patient ( 
     62        user_id INTEGER NOT NULL 
     63        , PatientID INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     64        , PatientFileNumber VARCHAR(255) NULL 
     65        , Disease TEXT NULL 
     66        , NumberOfFamilyMembersWithThisDisease VARCHAR(255) NULL 
     67        , TotalGenerations ENUM('0','1','2','3','4','5','6','7','8','unknown') NULL 
     68        , PossibleGeneticType ENUM('AD','AR','XL','Mitochondrial','Imprinted','Multifact','Unknown') NULL 
     69        , Country VARCHAR(255) NULL 
     70        , EtnicBackground ENUM('Caucasian','Asian','African','Latin','Ashkenasi') NULL 
     71        , FamilyResearch ENUM('Yes','No') NULL 
     72        , hasDNA ENUM('yes','no','unknown') NULL 
     73        , hasRNA ENUM('yes','no','unknown') NULL 
     74        , DNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     75        , RNAFromTissue ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     76        , DNAFromBlood ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     77        , CellsAvailable ENUM('Fibroblasten','EBV immortalized lymphocytes','Unknown') NULL 
     78        , ChromosomalResearch ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     79        , WGA ENUM('Yes','No','Unknown') NULL 
     80        , LiteratureRef VARCHAR(255) NULL 
     81        , Pedigree VARCHAR(1024) NULL 
     82        , FreeText TEXT NULL 
     83        , SelectFreeText TEXT NULL 
     84        , PRIMARY KEY(PatientID) 
     85) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
    886 
    987/*data*/ 
    … …  
    23101        , PRIMARY KEY(id) 
    24102) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
     103 
     104/*patient_Ontology*/ 
     105DROP TABLE IF EXISTS Patient_Ontology; 
     106CREATE TABLE Patient_Ontology ( 
     107        autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     108        , Ontology INTEGER NOT NULL 
     109        , Patient INTEGER NOT NULL 
     110        , PRIMARY KEY(autoid) 
     111) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
     112 
     113/*patient_GenesTested*/ 
     114DROP TABLE IF EXISTS Patient_GenesTested; 
     115CREATE TABLE Patient_GenesTested ( 
     116        autoid INTEGER NOT NULL AUTO_INCREMENT 
     117        , GenesTested INTEGER NOT NULL 
     118        , Patient INTEGER NOT NULL 
     119        , PRIMARY KEY(autoid) 
     120) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs ENGINE=InnoDB; 
    25121SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1; 
    26122 
    27123/**********ADD FOREIGN KEYS**********/ 
    28124 
     125ALTER TABLE OntologyTerm ADD FOREIGN KEY (termSource) REFERENCES OntologySource (id) ON DELETE RESTRICT; 
     126ALTER TABLE Patient ADD FOREIGN KEY (user_id) REFERENCES User (user_id) ON DELETE RESTRICT; 
     127ALTER TABLE Patient_Ontology ADD FOREIGN KEY (Ontology) REFERENCES OntologyTerm (id) ON DELETE RESTRICT; 
     128ALTER TABLE Patient_Ontology ADD FOREIGN KEY (Patient) REFERENCES Patient (PatientID) ON DELETE RESTRICT; 
     129ALTER TABLE Patient_GenesTested ADD FOREIGN KEY (GenesTested) REFERENCES Gene (id) ON DELETE RESTRICT; 
     130ALTER TABLE Patient_GenesTested ADD FOREIGN KEY (Patient) REFERENCES Patient (PatientID) ON DELETE RESTRICT; 
    29131 
    30132/**********ADD UNIQUE CONSTRANTS**********/ 
     133ALTER TABLE User ADD UNIQUE loginname(loginname); 
     134ALTER TABLE OntologySource ADD UNIQUE name(name); 
     135ALTER TABLE Gene ADD UNIQUE GeneName(GeneName); 
     136ALTER TABLE OntologyTerm ADD UNIQUE termSource_term(termSource,term); 
     137ALTER TABLE Patient_Ontology ADD UNIQUE Ontology_Patient(Ontology,Patient); 
     138ALTER TABLE Patient_GenesTested ADD UNIQUE GenesTested_Patient(GenesTested,Patient); 

  • biobank_search/generated/sql/insert_metadata.sql

    r3198 r3486  
    11INSERT INTO molgenisuser(name,password,superuser,active) values ("admin","admin",true,true); 
     2INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("User","biobank_search.User"); 
     3INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("Patient","biobank_search.Patient"); 
     4INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("Gene","biobank_search.Gene"); 
     5INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("OntologySource","biobank_search.OntologySource"); 
     6INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("OntologyTerm","biobank_search.OntologyTerm"); 
    27INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("Data","biobank_search.Data"); 
     8INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("Patient_Ontology","biobank_search.Patient_Ontology"); 
     9INSERT INTO molgenisentity(name,classname) values ("Patient_GenesTested","biobank_search.Patient_GenesTested"); 

  • biobank_search/handwritten/java/GeneratorServlet.java

    r3194 r3486  
    2626public class GeneratorServlet extends HttpServlet 
    2727{ 
     28        /** 
     29         *  
     30         */ 
     31        private static final long serialVersionUID = 1L; 
    2832        static Logger logger = Logger.getLogger(GeneratorServlet.class); 
    2933         

  • biobank_search/handwritten/java/plugins/DBIndexPlugin.java

    r3484 r3486  
    189189                                                        Field fullTextField = new Field("fulltext", fullText, Field.Store.NO, Field.Index.ANALYZED); 
    190190                                                        document1.add(fullTextField); 
    191                                                         //System.out.println("All : FULLTEXT ( fulltext as anotherField inserted in Index" + fullTextField.toString());          
     191                                                        System.out.println("All : FULLTEXT ( fulltext as anotherField inserted in Index" + fullTextField.toString());            
    192192                                                } 
    193193                                                writer.addDocument(document1); 

  • biobank_search/molgenis_db.xml

    r3411 r3486  
    88<molgenis name="biobank_search"> 
    99        <description>HVP pilot: including Lucene Index creation  searching.</description> 
     10         
     11        <entity name="User"> 
     12                <field name="user_id" type="autoid" /> 
     13                <field name="loginname" unique="true" /> 
     14                <field name="Firstname" type="string" nillable="false" /> 
     15                <field name="Midinitials" label="Mid initials" type="string" nillable="true" /> 
     16                <field name="Lastname" type="string" nillable="false" /> 
     17                <field name="Title" type="string" nillable="false"/> 
     18                <field name="Profession" type="string" nillable="false" /> 
     19                <field name="InstituteHospital" label="Institute/Hospital" type="string" nillable="false" /> 
     20                <field name="Address" type="string" nillable="false" /> 
     21                <field name="Zipcode" type="string" nillable="false" /> 
     22                <field name="City" type="string" nillable="false" /> 
     23                <field name="Country" type="string" nillable="false" /> 
     24                <field name="Phonenumber" type="string" nillable="true" /> 
     25                <field name="Faxnumber" type="string" nillable="true" /> 
     26                <field name="Email" type="string" nillable="false" /> 
     27        </entity> 
     28         
     29        <entity name="Patient"> 
     30                <field name="user_id" type="xref" xref_field="User.user_id" 
     31                        xref_label="loginname" /> 
     32                <field name="PatientID" type="autoid" /> 
     33                <field name="Ontology" type="mref" xref_entity="OntologyTerm" xref_field="id" xref_label="term"/> 
     34                <field name="PatientFileNumber" type="string" nillable="true" /> 
     35                <field name="Disease" type="text" nillable="true" /> 
     36                <field name="NumberOfFamilyMembersWithThisDisease" type="string" 
     37                        nillable="true" /> 
     38                <field name="TotalGenerations" type="enum" enum_options="0,1,2,3,4,5,6,7,8,unknown" nillable="true"/> 
     39                <field name="PossibleGeneticType" type="enum" 
     40                        enum_options="AD,AR,XL,Mitochondrial,Imprinted,Multifact,Unknown" nillable="true" /> 
     41                <field name="Country" type="string" nillable="true" /> 
     42                <field name="EtnicBackground" type="enum" 
     43                        enum_options="Caucasian,Asian,African,Latin,Ashkenasi" nillable="true"/> 
     44                <field name="FamilyResearch" type="enum" enum_options="Yes,No" nillable="true" /> 
     45                <field name="hasDNA" type="enum" enum_options="yes,no,unknown" nillable="true" /> 
     46                <field name="hasRNA" type="enum" enum_options="yes,no,unknown" nillable="true" /> 
     47                <field name="DNAFromTissue" type="enum" enum_options="Yes,No,Unknown" nillable="true"/> 
     48                <field name="RNAFromTissue" type="enum" enum_options="Yes,No,Unknown" nillable="true"/> 
     49                <field name="DNAFromBlood" type="enum" enum_options="Yes,No,Unknown" nillable="true"/> 
     50                <field name="CellsAvailable" type="enum" 
     51                        enum_options="Fibroblasten,EBV immortalized lymphocytes,Unknown" nillable="true"/> 
     52                <field name="ChromosomalResearch" type="enum" enum_options="Yes,No,Unknown" nillable="true"/> 
     53                <field name="WGA" type="enum" enum_options="Yes,No,Unknown" nillable="true"/> 
     54                <field name="LiteratureRef" type="string" nillable="true"/> 
     55                <field name="Pedigree" type="file" nillable="true"/> 
     56                <field name="GenesTested" type="mref" xref_entity="Gene" xref_field="id" xref_label="GeneName" nillable="true" /> 
     57                <field name="FreeText" type="text" nillable="true"/> 
     58                <field name="SelectFreeText" type="text" nillable="true"/> 
     59        </entity> 
     60         
     61        <entity name="Gene"> 
     62                <field name="id" type="autoid" /> 
     63                <field name="GeneName" unique="true" /> 
     64                <field name="chromosomeLocation" /> 
     65                <field name="geneDescription" type="text" /> 
     66        </entity> 
     67         
     68        <entity name="OntologySource"> 
     69            <description> 
     70                The OntologySource class defines a reference to a an existing 
     71                ontology or controlled vocabulary from which well-defined and stable 
     72                (ontology) terms can be obtained. For instance: MO, GO, EFO, UMLS, etc. Use 
     73                of existing ontologies/vocabularies is recommended to harmonize phenotypic 
     74                descriptions. This class maps to FuGE::OntologySource, 
     75                MAGE-TAB::TermSourceREF. 
     76            </description> 
     77            <field name="id" type="autoid"/> 
     78            <field name="name"/> 
     79            <unique fields="name" description="Name is unique"/> 
     80    </entity> 
     81    <entity name="OntologyTerm"> 
     82           <description> 
     83                The OntologyTerm class defines references to a single entry 
     84                from an ontology or a controlled vocabulary. Other classes can reference to 
     85                this OntologyTerm to harmonize naming of concepts. Each term should have a 
     86                local, unique label. Good practice is to label it 'sourceid:term', e.g. 
     87                'MO:cell' If no suitable ontology term exists one can define new terms 
     88                locally in which case there is no formal accession for the term. In those 
     89                cases the local name should be repeated in both term and termAccession. Maps 
     90                to FuGE::OntologyIndividual; in MAGE-TAB there is no separate entity to 
     91                model terms. 
     92            </description> 
     93                <field name="id" type="autoid"/> 
     94            <field nillable="false" auto="false" name="term" type="varchar" 
     95             description="The ontology term itself, also known as the 'local name' in some ontologies."/> 
     96            <field name="description" type="text" 
     97             description="Definition of the term." nillable="true"/> 
     98                        <field nillable="true" auto="false" name="termAccession" type="varchar" 
     99             description="The accession number assigned to the ontology term in the source ontology. If empty it is assumed to be a locally defined term. "/> 
     100            <field auto="false" name="termSource" type="xref" 
     101             description="The source ontology or controlled vocabulary list that ontology terms have been obtained from. One can define a local ontology if needed." 
     102             xref_field="OntologySource.id" xref_label="name"/> 
     103            <unique fields="termSource,term" 
     104             description="the local label of the OntologyTerm is unique within a data set."/> 
     105    </entity>    
    10106         
    11107        <entity name="data"> 

  • biobank_search/molgenis_ui.xml

    r3411 r3486  
    1212                <plugin name="GenericWizard" type="plugin.genericwizard.GenericWizard" label="Excel upload"/> 
    1313                <plugin name="OntoCatIndexPlugin2" label="Index OntoCAT" type="plugins.OntoCatIndexPlugin2" /> 
     14                 
    1415                         
    1516        </menu> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.