Changeset 3489


Ignore:
Timestamp:
09/09/10 12:03:42 (17 months ago)
Author:
erikroos
Message:

Acceptable first version of report 4

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molgenis_projects/molgenis4phenotype/handwritten/java/plugin/yearlyreportplugin/VWAReport4.java

    r3488 r3489  
    4646                        List<Integer> aliveEndOfPrevYearList = new ArrayList<Integer>(); 
    4747                        List<Integer> aliveEndOfThisYearList = new ArrayList<Integer>(); 
     48                        List<Integer> col3List = new ArrayList<Integer>(); 
     49                        List<Integer> col4List = new ArrayList<Integer>(); 
     50                        List<Integer> col5List = new ArrayList<Integer>(); 
     51                        List<Integer> col6List = new ArrayList<Integer>(); 
     52                        List<Integer> col7List = new ArrayList<Integer>(); 
     53                        List<Integer> col8List = new ArrayList<Integer>(); 
     54                        List<Integer> col9List = new ArrayList<Integer>(); 
     55                        List<Integer> col10List = new ArrayList<Integer>(); 
     56                        List<Integer> col11List = new ArrayList<Integer>(); 
     57                        List<Integer> col12List = new ArrayList<Integer>(); 
     58                        List<Integer> col13List = new ArrayList<Integer>(); 
     59                        List<Integer> col14List = new ArrayList<Integer>(); 
     60                        List<Integer> col15List = new ArrayList<Integer>(); 
     61                        List<Integer> col16List = new ArrayList<Integer>(); 
     62                        List<Integer> col17List = new ArrayList<Integer>(); 
    4863                         
    4964                        List<ObservationTarget> animalList = ct.GetAllAnimals(); 
    … …  
    5772                                 
    5873                                // Check AnimalType 
     74                                String animalType = ""; 
    5975                                int featid = ct.GetObservableFeatureId("AnimalType"); 
    6076                                Query q = db.query(ObservedValue.class); 
    … …  
    6379                                List<ObservedValue> valueList = q.find(); 
    6480                                if (valueList.size() > 0) { 
    65                                         String animalType = valueList.get(0).getValue(); 
     81                                        animalType = valueList.get(0).getValue(); 
    6682                                        // Ignore animals that are not of the correct type for this report 
    6783                                        if ((animalType.equals("A. Gewoon dier") && !type.equals("A")) || 
    … …  
    132148                                if (skipAnimal) continue; 
    133149                                 
     150                                // Get source and source type for animals that came in this year 
     151                                boolean col3 = false; 
     152                                boolean col4 = false; 
     153                                boolean col5 = false; 
     154                                boolean col6 = false; 
     155                                boolean col7 = false; 
     156                                boolean col8 = false; 
     157                                boolean col9 = false; 
     158                                if (aliveEndOfPrevYear == false) { 
     159                                        featid = ct.GetObservableFeatureId("Source"); 
     160                                        q = db.query(ObservedValue.class); 
     161                                        q.addRules(new QueryRule("observationTarget", Operator.EQUALS, targetid)); 
     162                                        q.addRules(new QueryRule("observableFeature", Operator.EQUALS, featid)); 
     163                                        valueList = q.find(); 
     164                                        if (valueList.size() > 0) { 
     165                                                int sourceid = valueList.get(0).getRelatedObservationTarget(); 
     166                                                featid = ct.GetObservableFeatureId("SourceType"); 
     167                                                q = db.query(ObservedValue.class); 
     168                                                q.addRules(new QueryRule("observationTarget", Operator.EQUALS, sourceid)); 
     169                                                q.addRules(new QueryRule("observableFeature", Operator.EQUALS, featid)); 
     170                                                valueList = q.find(); 
     171                                                if (valueList.size() > 0) { 
     172                                                        String sourcetype = valueList.get(0).getValue(); 
     173                                                        if (sourcetype.equals("Eigen fok binnen uw organisatorische werkeenheid")) col3 = true; 
     174                                                        if (sourcetype.equals("Andere organisatorische werkeenheid vd instelling")) col4 = true; 
     175                                                        if (sourcetype.equals("Geregistreerde fok/aflevering in Nederland")) col5 = true; 
     176                                                        if (sourcetype.equals("Van EU-lid-staten")) col6 = true; 
     177                                                        if (sourcetype.equals("Niet-geregistreerde fok/afl in Nederland")) col7 = true; 
     178                                                        if (sourcetype.equals("Niet-geregistreerde fok/afl in andere EU-lid-staat")) col8 = true; 
     179                                                        if (sourcetype.equals("Andere herkomst")) col9 = true; 
     180                                                } 
     181                                        } 
     182                                } 
     183                                 
     184                                // Check AnimalType to see if it's been caught from the wild 
     185                                boolean col10 = false; 
     186                                if (aliveEndOfPrevYear == false && animalType.equals("C. Wildvang")) { 
     187                                        col10 = true; 
     188                                } 
     189                                 
     190                                // Get animals that were removed this year 
     191                                boolean col11 = false; 
     192                                boolean col12 = false; 
     193                                boolean col13 = false; 
     194                                boolean col14 = false; 
     195                                boolean col15 = false; 
     196                                boolean col16 = false; 
     197                                boolean col17 = false; 
     198                                if (aliveEndOfThisYear == false) { 
     199                                        // Not in an experiment at all? 
     200                                        featid = ct.GetObservableFeatureId("Experiment"); 
     201                                        q = db.query(ObservedValue.class); 
     202                                        q.addRules(new QueryRule("observationTarget", Operator.EQUALS, targetid)); 
     203                                        q.addRules(new QueryRule("observableFeature", Operator.EQUALS, featid)); 
     204                                        valueList = q.find(); 
     205                                        if (valueList.size() == 0) { 
     206                                                col11 = true; 
     207                                        } 
     208                                         
     209                                        // While in or after experiment? 
     210                                        featid = ct.GetObservableFeatureId("ActualAnimalEndStatus"); 
     211                                        q = db.query(ObservedValue.class); 
     212                                        q.addRules(new QueryRule("observationTarget", Operator.EQUALS, targetid)); 
     213                                        q.addRules(new QueryRule("observableFeature", Operator.EQUALS, featid)); 
     214                                        valueList = q.find(); 
     215                                        if (valueList.size() > 0) { 
     216                                                String endstatus = valueList.get(0).getValue(); 
     217                                                if (endstatus.equals("A. Dood in het kader van de proef")) col12 = true; 
     218                                                if (endstatus.equals("B. Gedood na beeindiging van de proef") || endstatus.equals("C. Na einde proef in leven gelaten")) col13 = true; 
     219                                        } 
     220                                } 
     221                                 
    134222                                // Get species 
    135223                                featid = ct.GetObservableFeatureId("Species"); 
    … …  
    142230                                        if (!speciesIdList.contains(speciesid)) { // new species 
    143231                                                speciesIdList.add(speciesid); 
    144                                                 // Plus, store numbers on status for right species 
     232                                                // Plus, store numbers on status etc. for right species 
    145233                                                if (aliveEndOfThisYear) { 
    146234                                                        aliveEndOfThisYearList.add(1); 
    … …  
    152240                                                } else { 
    153241                                                        aliveEndOfPrevYearList.add(0); 
     242                                                } 
     243                                                if (col3) { 
     244                                                        col3List.add(1); 
     245                                                } else { 
     246                                                        col3List.add(0); 
     247                                                } 
     248                                                if (col4) { 
     249                                                        col4List.add(1); 
     250                                                } else { 
     251                                                        col4List.add(0); 
     252                                                } 
     253                                                if (col5) { 
     254                                                        col5List.add(1); 
     255                                                } else { 
     256                                                        col5List.add(0); 
     257                                                } 
     258                                                if (col6) { 
     259                                                        col6List.add(1); 
     260                                                } else { 
     261                                                        col6List.add(0); 
     262                                                } 
     263                                                if (col7) { 
     264                                                        col7List.add(1); 
     265                                                } else { 
     266                                                        col7List.add(0); 
     267                                                } 
     268                                                if (col8) { 
     269                                                        col8List.add(1); 
     270                                                } else { 
     271                                                        col8List.add(0); 
     272                                                } 
     273                                                if (col9) { 
     274                                                        col9List.add(1); 
     275                                                } else { 
     276                                                        col9List.add(0); 
     277                                                } 
     278                                                if (col10) { 
     279                                                        col10List.add(1); 
     280                                                } else { 
     281                                                        col10List.add(0); 
     282                                                } 
     283                                                if (col11) { 
     284                                                        col11List.add(1); 
     285                                                } else { 
     286                                                        col11List.add(0); 
     287                                                } 
     288                                                if (col12) { 
     289                                                        col12List.add(1); 
     290                                                } else { 
     291                                                        col12List.add(0); 
     292                                                } 
     293                                                if (col13) { 
     294                                                        col13List.add(1); 
     295                                                } else { 
     296                                                        col13List.add(0); 
     297                                                } 
     298                                                if (col14) { 
     299                                                        col14List.add(1); 
     300                                                } else { 
     301                                                        col14List.add(0); 
     302                                                } 
     303                                                if (col15) { 
     304                                                        col15List.add(1); 
     305                                                } else { 
     306                                                        col15List.add(0); 
     307                                                } 
     308                                                if (col16) { 
     309                                                        col16List.add(1); 
     310                                                } else { 
     311                                                        col16List.add(0); 
     312                                                } 
     313                                                if (col17) { 
     314                                                        col17List.add(1); 
     315                                                } else { 
     316                                                        col17List.add(0); 
    154317                                                } 
    155318                                        } else { // species already in list 
    … …  
    162325                                                        Integer tmp = aliveEndOfThisYearList.get(specid); 
    163326                                                        aliveEndOfThisYearList.set(specid, tmp + 1); 
     327                                                } 
     328                                                if (col3) { 
     329                                                        Integer tmp = col3List.get(specid); 
     330                                                        col3List.set(specid, tmp + 1); 
     331                                                } 
     332                                                if (col4) { 
     333                                                        Integer tmp = col4List.get(specid); 
     334                                                        col4List.set(specid, tmp + 1); 
     335                                                } 
     336                                                if (col5) { 
     337                                                        Integer tmp = col5List.get(specid); 
     338                                                        col5List.set(specid, tmp + 1); 
     339                                                } 
     340                                                if (col6) { 
     341                                                        Integer tmp = col6List.get(specid); 
     342                                                        col6List.set(specid, tmp + 1); 
     343                                                } 
     344                                                if (col7) { 
     345                                                        Integer tmp = col7List.get(specid); 
     346                                                        col7List.set(specid, tmp + 1); 
     347                                                } 
     348                                                if (col8) { 
     349                                                        Integer tmp = col8List.get(specid); 
     350                                                        col8List.set(specid, tmp + 1); 
     351                                                } 
     352                                                if (col9) { 
     353                                                        Integer tmp = col9List.get(specid); 
     354                                                        col9List.set(specid, tmp + 1); 
     355                                                } 
     356                                                if (col10) { 
     357                                                        Integer tmp = col10List.get(specid); 
     358                                                        col10List.set(specid, tmp + 1); 
     359                                                } 
     360                                                if (col11) { 
     361                                                        Integer tmp = col11List.get(specid); 
     362                                                        col11List.set(specid, tmp + 1); 
     363                                                } 
     364                                                if (col12) { 
     365                                                        Integer tmp = col12List.get(specid); 
     366                                                        col12List.set(specid, tmp + 1); 
     367                                                } 
     368                                                if (col13) { 
     369                                                        Integer tmp = col13List.get(specid); 
     370                                                        col13List.set(specid, tmp + 1); 
     371                                                } 
     372                                                if (col14) { 
     373                                                        Integer tmp = col14List.get(specid); 
     374                                                        col14List.set(specid, tmp + 1); 
     375                                                } 
     376                                                if (col15) { 
     377                                                        Integer tmp = col15List.get(specid); 
     378                                                        col15List.set(specid, tmp + 1); 
     379                                                } 
     380                                                if (col16) { 
     381                                                        Integer tmp = col16List.get(specid); 
     382                                                        col16List.set(specid, tmp + 1); 
     383                                                } 
     384                                                if (col17) { 
     385                                                        Integer tmp = col17List.get(specid); 
     386                                                        col17List.set(specid, tmp + 1); 
    164387                                                } 
    165388                                        } 
    … …  
    188411                                matrix[idx][0] = species; 
    189412                                matrix[idx][1] = aliveEndOfPrevYearList.get(idx).toString(); 
    190                                 // For now, fill rest of matrix with empties 
    191                                 for (int col = 2; col < nrCol - 1; col++) { 
    192                                         matrix[idx][col] = ""; 
    193                                 } 
    194                                 matrix[idx][nrCol - 1] = aliveEndOfThisYearList.get(idx).toString(); 
     413                                matrix[idx][2] = col3List.get(idx).toString(); 
     414                                matrix[idx][3] = col4List.get(idx).toString(); 
     415                                matrix[idx][4] = col5List.get(idx).toString(); 
     416                                matrix[idx][5] = col6List.get(idx).toString(); 
     417                                matrix[idx][6] = col7List.get(idx).toString(); 
     418                                matrix[idx][7] = col8List.get(idx).toString(); 
     419                                matrix[idx][8] = col9List.get(idx).toString(); 
     420                                matrix[idx][9] = col10List.get(idx).toString(); 
     421                                matrix[idx][10] = col11List.get(idx).toString(); 
     422                                matrix[idx][11] = col12List.get(idx).toString(); 
     423                                matrix[idx][12] = col13List.get(idx).toString(); 
     424                                matrix[idx][13] = col14List.get(idx).toString(); 
     425                                matrix[idx][14] = col15List.get(idx).toString(); 
     426                                matrix[idx][15] = col16List.get(idx).toString(); 
     427                                matrix[idx][16] = col17List.get(idx).toString(); 
     428                                matrix[idx][17] = aliveEndOfThisYearList.get(idx).toString(); 
    195429                                idx++; 
    196430                        } 
    … …  
    203437        @Override 
    204438        public String toString() { 
    205                 String output = "<br /><p><strong>Report 4" + type + " for the year " + year + "</strong></p>"; 
     439                String output = "<br /><p><strong>JAARSTAAT AAN- EN AFVOER DIEREN registratiejaar " + year + " - Registratieformulier 4" + type + "</strong></p>"; 
    206440                output += "<br /><table border='1' cellpadding='5' cellspacing='5'>"; 
    207441                output += "<tr>"; 
    208442                for (int col = 1; col <= nrCol; col++) { 
    209                         output += ("<th>" + col + "</th>"); 
     443                        output += "<th"; 
     444                        if (col == 10 || col == 17) output += " style='border-right-width:2'"; 
     445                        output += (">" + col + "</th>"); 
    210446                } 
     447                output += "</tr>"; 
     448                output += "<tr>"; 
     449                output += "<td>Codenummer/diersoort en/of naam</td>"; 
     450                output += "<td>aanwezig op 1 jan. " + year + "</td>"; 
     451                output += "<td>eigen fok</td>"; 
     452                output += "<td>organisatorische eenheid RuG</td>"; 
     453                output += "<td>gereg. fok NL</td>"; 
     454                output += "<td>gereg. fok EU</td>"; 
     455                output += "<td>niet-gereg. fok NL</td>"; 
     456                output += "<td>niet-gereg. fok EU</td>"; 
     457                output += "<td>andere herkomst</td>"; 
     458                output += "<td style='border-right-width:2'>wilde fauna</td>"; 
     459                output += "<td>dood of gedood<br />voor het begin van de proef</td>"; 
     460                output += "<td>dood of gedood<br />tijdens de proef</td>"; 
     461                output += "<td>dood of gedood<br />na afloop van de proef</td>"; 
     462                output += "<td>levend afgevoerd<br />andere organisatorische eenheid RuG</td>"; 
     463                output += "<td>levend afgevoerd<br />gereg. onderzoeksinstelling NL</td>"; 
     464                output += "<td>levend afgevoerd<br />gereg. onderzoeksinstelling EU</td>"; 
     465                output += "<td style='border-right-width:2'>levend afgevoerd<br />andere bestemming</td>"; 
     466                output += "<td>aanwezig op 31 dec. " + year + "</td>"; 
    211467                output += "</tr>"; 
    212468                for (int idx = 0; idx < speciesList.size(); idx++) { 
    213469                        output += "<tr>"; 
    214                         for (int col = 0; col < nrCol; col++) { 
    215                                 output += ("<td>" + matrix[idx][col] + "</td>"); 
     470                        for (int col = 1; col <= nrCol; col++) { 
     471                                output += "<td"; 
     472                                if (col == 10 || col == 17) output += " style='border-right-width:2'"; 
     473                                output += (">" + matrix[idx][col - 1] + "</td>"); 
    216474                        } 
    217475                        output += "</tr>"; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.